micro SICol e a SICol Net no...

Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA

microSICol e a SIColNet no contexto da Rede CRB-Brasil

Vanderlei Perez Canhos


Desenvolvimento do Sistema de Informação e implanta ção nos CRBs

Rio de Janeiro, ABNT, 25 Setembro 2012


Coleções Microbiológicas

• de Trabalho

• de Referência

• de Serviços

• “Centros de Recursos Biológicos”


Material Biológico e Centros de Recursos Biológicos (CRB)

• Material Biológico= todo material que contém informação genética capaz de se auto-reproduzir ou de ser reproduzido em um sistema biológico

• Centros de Recursos Biológicos= coleções de culturas de microrganismos e/ou células, ou bancos de germoplasma, acreditados como tal.


Coleções Microbiológicas

• de Trabalho

• de Referência

• de Serviços

• “Centros de Recursos Biológicos”


Papel crítico dos Centros de Recursos Biológicos

• Conservação e suprimento de material biológico para aplicaçõesde P&D nos setores de agricultura, saúde, indústria e meioambiente

• P&D sobre o material do acervo

• Conservação da biodiversidade

• Autoridades de Depósito de material patentário

• Subsídios para a informação do público em geral e formulação de políticas

• Melhoria de práticas de biossegurança/bioproteção


Programa de Biotecnologia & Recursos Genéticos

Programa de Tecnologia Industrial Básica e Inovação (TIB)

• SICol 1 – Desenho da Arquitetura do Sistema de Informação: CRIA (2001)

• SICol 2 – Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico- CatálogoVirtual : CRIA (2002-2004)

• SICol 3 – FINEP: Sistema de Informação e de Avaliação da Conformidade de Material Biológico para Coleções de Interesse Biológico : CRIA e TECPAR (2005-2007)

• SICol 4 – FINEP: Rede de Centros de Recursos Biológicos para Avaliação da Conformidadede Material Biológico: CRIA, CBMAI, CENARGEN, CLIOC e BCRJ (2006-2008)

• SICol 5 - FINEP: Biotecnologia - Expansão do SICol: IBICT, CRIA (2009 -2011) (Ext 2013)

• + Programa de apoio à capacitação institucional (3 coleções + 2 Redes institucionais + 2 biotérios + Banco de Clones de Jaboticabal)


microSICol

status

Catálogos

onlineSIColNet

Agenda


O que é o microSICol?

microSICol é um sistema de informação para a gestão da qualidade em coleções

microbiológicas desenvolvido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA

desde 2005 com o apoio do Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI).

O principal objetivo do sistema é apoiar a implantação de melhores práticas de gestão

com a documentação e rastreabilidade de insumos, processos e produtos , subsidiando a

disseminação livre e aberta de dados não sensíveis de catálogos de acervos catálogos de

acervos na internet através da SIColNet e speciesLink.


microSICol • principais características

� Baseado nos guias CABRI* com adequações para atender necessidades e demandas

específicas.

Baseado em tecnologia web e operável em diferentes plataformas.

� Campos para atender requisitos de textos com formatação livre e vocabulário controlado.

� Mecanismos para referências internas a documentos, bibliografia and nomes cientificos

préviamente registrados.

� Multilingue para navegação e conteúdo.

� Esquema robusto de segurança de accesso à

� informação registrada em diferentes níveis

�

� (usuários, grupos e registros).

•

•

•

•

•

•


microSICol • componentes

Documentação da coleção:

(arqueas, bactérias, fungos filamentosos, leveduras e protozoários)

Linhagens (informações genéricas, coleta, isolamento, identificação, depósito,

crescimento, caracteristicas, propriedades tecnológicas, estoque)

Taxa (sistema configurável para diferentes grupos taxonômicos)

Instituições

Pessoas

Documentos (figuras, meios de cultivo, sequencias de DNA)

Referencias bibliográficas

Processos de documentação:

Preservação

Distribuição

Control de qualidade

Controle de estoque (alerta de minimo)

Acesso externo:

Integração com a SIColNet e speciesLink (DarwinCore2 + microbial extension)

•

•••••

••••


microSICol • coleções microbiológicas

15 coleções

CLIOC Leishmania Collection Fiocruz – RJ

CBMAI Coleção de Culturas de Microrganismos de Ambie nte e Indústria Unicamp - SP

CCBS Bacterial Culture Collection of Health Importan ceFiocruz - RJ

CLISTCollection of Listeria

Fiocruz - RJ

CCAMPCollection of Campylobacter

Fiocruz - RJ

CCBHCulture Collection of Hospital Bacteria

Fiocruz - RJ

CENTCollection of Enteropathogenic Bacteria

Fiocruz - RJ

CCFF Culture Collection of Filamentous FungiFiocruz - RJ

CCGB Culture Collection of Bacillus and Related Gene raFiocruz - RJ

CMT Mycological Collection of TrichocomaceaeFiocruz - RJ

ColTryp Collection of Trypanossoma from Wild and Dome stic Mammals and VectorsFiocruz - RJ

CBAM Collection of Bacteria from AmazonFiocruz - AM

CFAM Collection of Fungi from AmazonFiocruz - AM

CBMA Bacteria Collection of the Atlantic ForestFiocruz - RJ

CFP Collection of Pathogenic FungiFiocruz - RJ

INCQSColeção de Microrganismos de Referência do Instituto Na cional de Controle de Qualidadeem Saúde

Fiocruz - RJ


microSICol • desenvolvimentos em 2010-2011

Mapas de Estoque

Controle rigoroso do estoque da coleção como resultado dos processos de preservação,

controle de qualidade e distribuição. O mapeamento preciso das amostras nos containers

permite o acesso instantâneo à informação da localização da linhagem e o número de

amostras disponíveis.


Relatórios de rastreabilidade

Relatórios detalhados de rastreabilidade produzidos sob demanda do curador da coleção.Filtros podem ser aplicados para diferentes períodos, op eradores, e tipos de operações.Possibilita o mapear detalhes específicos de etapa do pr ocesso e indicadores da qualidade do produto.

microSICol • desenvolvimentos em 2011


Relatórios

Mecanismo de geração avançada de relatórios em implementação(lançamento em 2012-2013)

Gerador de relatórios wizard based permite configurações queatendam demandas específicas de diferentes coleções.

Relatórios podem ser gerados em• Tabelas HTML • CSV para importação em spreasheets (MS-Excel)• Documents XML para intercâmbio de dados• Gráficos (Pie, Linhas, Barras, Colunas)• Customizado para páginas HTML

microSICol • desenvolvimentos em 2011-2012 - 2013


microSICol • relatórios

Relatóriosdefinidos para

atenderdemandasespecíficas


microSICol • relatórios

RelatóriosGraficos


microSICol

status

Catálogos

online SIColNet

Agenda


clio

c.fi

ocr

uz.

br

ccff

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cru

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a.f

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cru

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fio

cru

z.b

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cfa

m.f

iocr

uz.

br

Portais de coleções

we

bd

rm.c

pq

ba

.un

ica

mp

.br


microSICol catálogos integrados a portais institucionais

Website da CLIOC Catálogo da CLIOC disponível na internet

microSICol

• Depósito aberto• Linhagens viáveis• Inserção no catálogo aberto• Sem restrição de segurança


microSICol

status

online

cataloguesSIColNet

agenda


Nova interface (2013…)


Nova interface


speciesLink o sistema de informação para a integração de dados

primários de amostras depositadas em coleções biológicas usa os

protocolos Tapir e/ou DiGIR e DarwinCore2 como modelo de

dados.

> 280 acervos biológicos com + de 5,5 milhões de registros online(Agosto 2012)

SIColNet sistema de informação integrador de dados primarios de

coleções microbiológicas, financiado pelo MCTI, FINEP and CRIA.

Usa Tapir como Protocol de busca e DarwinCore2 com a extensão

para microrganismos como modelo de dados.

18 coleções, 13,003 registros on-line de bacterias, fungos

filamentosos, leveduras e protozoários. (Setembro 2012)

SIColNet adota a tecnologia da rede speciesLink

Redes globais


DarwinCore2 Extensão Microbiana

modelo de dados • DarwinCore2 com extensão para microrganismos


Catálogo global Mapas de distribuição Relatórios de indicatores

CLIOC

CBMA

ColTryp

CMT

TAPIRLinkTAPIRLink

CCFF CCGB

CENT CCBH CLIST CCAMP

CCBSCCBS

μSICol

INCQSCFP

Fiocruz - RJ

CBAM

CFAMmicroSICol

Fiocruz - AM

spLinkerspLinker

CBMAI microSICol Unicamp - SP

Relatórios de qualidade de dados

speciesLink (DarwinCore2)speciesLink (DarwinCore2) SIColNet (DarwinCore2 + microbial)SIColNet (DarwinCore2 + microbial)

Integração de sistemas de informação

Embrapa Infomicro


SIColNet • resultados de buscas


SIColNet • resultado da busca em mapas


SIColNet • outros serviços

information about the collection datacleaning reports

Análise de dados, indicatores e sugestões de georeferenciamento


Vanderlei Perez Canhos

[email protected]


www.cria.org.br

sicol.cria.org.br

Obrigado!


Programa de Biotecnologia & Recursos Genéticos

Programa de Tecnologia Industrial Básica e Inovação (TIB)

• SICol 1 – Desenho da Arquitetura do Sistema de Informação: CRIA (2001)

• SICol 2 – Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico- CatálogoVirtual : CRIA (2002-2004)

• SICol 3 – FINEP: Sistema de Informação e de Avaliação da Conformidade de Material Biológico para Coleções de Interesse Biológico : CRIA e TECPAR (2005-2007)

• SICol 4 – FINEP: Rede de Centros de Recursos Biológicos para Avaliação da Conformidadede Material Biológico: CRIA, CBMAI, CENARGEN, CLIOC e BCRJ (2006-2008)

• SICol 5 - FINEP: Biotecnologia - Expansão do SICol: IBICT, CRIA (2009 -2011) (Ext 2013)

• + Programa de apoio à capacitação institucional (3 coleções + 2 Redes institucionais + 2 biotérios + Banco de Clones de Jaboticabal)

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