Mercedes Pardo Belenguer Unidad de Genética Reproductiva · 2019-05-27 · ᴥ Deberían incluir...
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Valoración genética de
portadores de enfermedades
hereditarias: estudio genético
preconcepción.
Mercedes Pardo Belenguer
Unidad de Genética Reproductiva
80 genes Cáncer
229 genes Osteopatías
79 genes Hipoacusias
285 genes Enfermedades neurológicas
505 genes Discapacidad
intelectual
196 genes Cardiopatías hereditarias
2 genes Cáncer de mama
320 genes
B I O M É D I C A
Alteraciones
genéticas que
condicionan la
respuesta a
fármacos
Estudio de las enfermedades hereditarias: Agrupando genes
El proceso reproductivo
Preimplantación Prenata
l
Posnat
al
¿Qué es
Preconception
GeneProfile®?
• Es un estudio mutacional dirigido.
MutaciónGenEnfermedad
• Realizado a los futuros progenitores
biológicos.
• Establecemos el estatus de “portador/a”,
o “no portador/a” de determinadas
enfermedades de herencia autosómica
recesiva o ligadas al cromosoma X.
¿A quién va
dirigido
Preconceptio
n
GeneProfile®
?
• Parejas con un proyecto
reproductivo.
Riesgo
Genético !
• Parejas, o personas solas, en
programas de donación de
gametos, que requieren de un/a…
Donante
Idóneo !
• Parejas consanguíneas.
Donantes de
gametos:
Los donantes de gametos se consideran (RD
9/2014): “donante vivo de células reproductoras humanas para uso alogénico”
• Reducir el riesgo para la salud de
terceros.
• Evaluación carga genética (A.R).
• Grupo étnico del/la donante.
• Riesgo de enfermedades hereditarias.
• Presentes en la familia de la donante.
Documentos
de
consenso:
Recomendaciones (estudios mínimos):
• Cariotipo a todo/as lo/as donantes.
• Enfermedades con herencia recesiva.
Enfermedad Origen étnico Tasa de
portadores
*
Fibrosis quística Cualquiera. 1/20
α y β talasemia Mediterráneo, oriente medio,
suroeste asiático, sur del
Pacífico y sur de China.
1/20-30
Anemia falciforme Africano, afroamericano y
caribeño.
1/15
Enfermedad de Tay-
Sachs
Este de Europa (judío). 1/29
*Fuente: http://www.orpha.net/
2007
Manual de Recomendaciones de
la SEF con la colaboración de
ASEBIR, ASESA y SEC. Screening
de donantes.
Enfermedades A.R (étnia):
• Fibrosis quística
• Enfermedad de Tay-
Sachs
• Enfermedad de Gaucher
• Síndrome del X-frágil
2007 ESHRE position paper on the EU
Tissues and Cells Directive
EC/2004/23.
Trastornos recesivos más
prevalentes.
2008
UK Guidelines for medical and
laboratory screening of sperm,
egg and embryo donors (2008).
Trastornos mendelianos y
cromosómicos.
Enfermedades A.R:
• α y β-talasemia
• Anemia falciforme
• Enfermedad de Tay-
Sachs
• Fibrosis quística
2013
Recommendations for gamete
and embryo donation: a
committee opinion.
Enfermedades
mendelianas:
A.D, LX
A.R (étnia)
• Malformaciones
poligénicas.
• Enfermedades familiares
de base genética.
• Anomalías en el
cariotipo.
Documentos
de
consenso:
Documentos
de
consenso: • Tenemos que evitar la trasmisión de enfermedades de
base genética a la descendencia de lo/as donantes.
• Todas las recomendaciones son generales (normas de
mínimos).
• Lo importante es establecer el riesgo genético para la
descendencia.
En resumen
…
Riesgo genético
Individuo (donante)
Familia
Étnia
Población general
Riesgo genético
Riesgo genético
ᴥ Más cobertura
ᴥ Más rápido
ᴥ Más barato...
Los laboratorios de Genética estamos en una carrera:
Pero…
ᴥ ¿Qué enfermedades?,
ᴥ ¿Qué mutaciones?,
ᴥ ¿Existe un criterio médico?,
ᴥ ¿Existe un criterio técnico?...
Riesgo genético
Riesgo genético
¿Para qué queremos que sirva nuestro estudio
genético “masivo”?
ᴥ Que excluya todos los riesgos.
ᴥ Que excluya los riesgos más probables.
ᴥ Nos da igual, que excluya algo...(pero que excluya)!!
Documentos de
consenso:
ᴥ Deberían incluir enfermedades prevalentes graves
(beneficencia).
ᴥ Las enfermedades de expresividad variable, penetrancia
incompleta y fenotipo suave sería opcional (no maleficencia).
ᴥ Enfermedades de aparición tardía, sólo si el probandus
manifiesta su consentimiento expreso (autonomía y no
maleficencia).
ᴥ Variantes de significado incierto están contraindicadas en
población asintomática (incertidumbre).
ᴥ Los documentos de publicidad e información deben explicar
claramente:
- trastorno estudiado
- gen causal
- mutaciones estudiadas
- frecuencia en la población
- riesgo residual subyacente en caso de resultado negativo
(“falsa sensación de seguridad”).
ᴥ Deben cumplir estándares de calidad: control de calidad y
capacitación del estudio.
Documentos de
consenso:
Criterios de
selección de las
enfermedades:
ᴥ Enfermedades monogénicas de herencia recesiva o
recesiva ligada al cromosoma X.
ᴥ Enfermedades crónicas, severas y/o progresivas con
afectación sensorial, motora o intelectual.
ᴥ Se incluyen trastornos cardíacos, cutáneos, del desarrollo,
endocrinos, gastroenterológicos, hematológicos, hepáticos,
inmunológicos, metabólicos, neurológicos, oculares,
renales, respiratorios y esqueléticos.
ᴥ Prevalencia > 1/100.000 nacidos.
ᴥ Mayor incidencia en urgencias pediátricas (padres
asintomáticos).
ᴥ Mayor incidencia muerte neonatal.
ᴥ Mayor incidencia muerte intraútero.
ᴥ Incluidas en estudios neonatal ampliados (“prueba del
talón”).
Criterios de
selección de las
enfermedades:
NO cumplen los criterios:
ᴥ Enfermedades de herencia dominante o
mitocondrial.
ᴥ Enfermedades poligénicas.
ᴥ Variantes relacionadas con enfermedades
benignas.
ᴥ Variantes asociadas a la predisposición a
determinados tipos de cáncer u otros fenotipos.
ᴥ Variantes relacionadas con rasgos físicos no
patológicos.
ᴥ Variantes de significado incierto o sin evidencias
clínicas sobre su efecto patogénico.
http://www.sgreproduccion.com/index.php/es/
Información
completa
Información
completa
Información
completa
Información
completa
¿Cómo se
estudian las
enfermedades
?
Técnica 1: NGS, next generation sequencing
modalidad: captura, resecuenciación dirigida
Técnica 2: TP-PCR
Técnica 3: MLPA
Todas las variantes han sido descritas en la
HGMD® (Human Gene Mutation Database) y
comprobadas en ClinVar y dbSNPs, y han sido
publicadas previamente como causales.
NGS Next generation sequencing
¿Cómo se
estudian las
enfermedades
?
TP-PCR MLPA Triplet Repeat Primed PCR Multiplex ligation-
dependent probe
amplification
• Variantes puntuales
(nucleótido único)
• Deleciones < 11 pdb
• Inserciones < 5 pdb
> 30.000 variantes
• Deleciones >
11pdb en:
DMD (DM
Duchenne) SMN1
(AME)
• Expansiones de
trinucleótidos en
tándem en :
FMR1 (X frágil)
FXN (Ataxia
Friederich)
Ninguna detecta anomalías cromosómicas: indicado el cariotipo !
5’
Elementos
reguladores Regiones
flanqueantes
Exón 1 Exón 2 Exón 3 Intrón 1 Intrón 2
GT AG GT AG
Codón
de
inicio
Inicio de la transcripción
Codón de
parada
3’
¿Cómo se
estudian las
enfermedades
?
¿Dónde están las mutaciones?
5’
Elementos
reguladores Regiones
flanqueantes
Exón 1 Exón 2 Exón 3 Intrón 1 Intrón 2
GT AG GT AG
Codón
de
inicio
Inicio de la transcripción
Codón de
parada
3’
¿Cómo se
estudian las
enfermedades
?
5’
Elementos
reguladores Regiones
flanqueantes
Exón 1 Exón 2 Exón 3 Intrón 1 Intrón 2
GT AG GT AG
Codón
de
inicio
Inicio de la transcripción
Codón de
parada
3’
¿Cómo se
estudian las
enfermedades
?
• Regiones reguladoras
• Exones
• Intrones
• Zonas intermedias exón-intrón
• Regiones flanqueantes
¿Se puede
aplicar
clínicamente?
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gestión de los
casos
Informe completo de los hallazgos :
Escenario 1: parejas
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
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Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡
Gen†
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Gen ¥*
Gen €* Gen ß
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Gen Ž
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Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
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Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
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Gen Ž
Gen Œ
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Gen ß
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Gen Ž
Gen Œ Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Pareja de alto riesgo genético
Asesoramiento genético preconcepción
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡
Gen†
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Gen‡ Gen†
Genƒ
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Gen ß
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Gen Ž
Gen Œ Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Pareja de bajo riesgo genético
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
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Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡
Gen†
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Gen ß
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Gen Ž
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Genƒ
Gen £
Pareja de bajo riesgo genético
“Riesgo residual”
Gestión de los
casos
Gestión de los
casos
Escenario 1: parejas
“Riesgo residual” (por individuo)
Escenario 1: parejas
Gestión de los
casos
Escenario 2: donantes
Gestión de los
casos
Escenario 2: donantes
Donantes de ovocitos
Gestión de los
casos
Escenario 2: donantes
Donantes de ovocitos
Gen ¥*
Gen €* Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
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Gen‡ Gen†
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Gen £
Gestión de los
casos
Escenario 2: donantes
Donantes de ovocitos
Gen ¥*
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Gen Œ Gen $
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Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
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Gen‡ Gen†
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Gestión de los
casos
Donante
idónea
Escenario 2: donantes
Gen ¥*
Gen €* Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gestión de los
casos
Gestión de los
casos
Escenario 2: donantes
Escenario 2: donantes
Donante
idóneo
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡ Gen†
Genƒ
Gen £
Gen ß
Gen £
Gen Ž
Gen Œ
Gen $
Gen‡
Gen†
Genƒ
Gen £
Gestión de los
casos
https://imagenomics-dev.sgnet.local/GeneSystemsPortal
Gestión de los
casos
Gestión de los
casos
En resumen…
ᴥ Únicamente se estudian variantes descritas como
patogénicas (HGMD®, ClinVar, dbSNP, Alamut).
ᴥ Se estudian los genes de forma completa: exones,
intrones, elementos reguladores, regiones
flanqueantes, regiones intron/exón.
ᴥ Se estudian todos los transcritos: ARN canónicos
e isoformas.
ᴥ Se complementa con técnicas alternativas: TP-
PCR, MLPA.
ᴥ Información individualizada del riesgo residual.
ᴥ Exhaustiva validación clínica: muestras control,
HapMap, 1000genomes, HGMD.
ᴥ Indentificación del/la “donante idóneo”: Match-
Gene®.
Prenata
l
SCREENING PRENATAL NO INVASIVO
Preimplantación Posnat
al
Baby Test Plus
• Baby test Plus es una prueba de
cribado no invasiva cuyo fin es la
detección de aneuploidías fetales.
• Se realiza en ADN circulante, que
contiene una fracción de ADN fetal,
obtenido a partir de una muestra de
sangre de la mujer embarazada
entre las semanas 10 y 15 de
gestación.
• Baby Test Plus analiza las 24
parejas de cromosomas fetales y
determina el riesgo de que el feto
pueda ser portador de
aneuploidías, principalmente las
más frecuentes: trisomía de
autosomas 13, 18 y 21, y
aneuploidías de los cromosomas
sexuales X e Y.
TIEMPO TOTAL: 10 DÍAS
Toma de muestra
Separación plasma y
Extracción ADN
NGS
BIOINFORMÁTICA
INFORME UGM
Resultado de “alto riesgo”:
Aplicación de métodos de diagnóstico prenatal
invasivo
Cribado Genético semanas 10-15
gestación:
• Tasa de detección (sensibilidad): >99%
• Tasa de Falsos Positivos: <1%
0.2% y hasta el 5% dependiendo del tipo
de tecnología utilizada
Cribado bioquímico combinado de 1º
trimestre:
• Tasa de detección (sensibilidad): 85%
• Tasa de Falsos Positivos: 5%
Juan Carlos Triviño Pardo Guillermo Marco Puche Oscar Rodriguez Cruz Garikoitz Legarda Cristóbal
Victoria Fernández Pedrosa Carmen Collado Micó Raquel Rodríguez de Pablos Ángela Arilla Codoñer Victoria Oviedo Capilla
Xavier Vendrell Rosa Bautista Merche Pardo Empar Raga Andrea Oller Elena García Cristina Sánchez Raquel Tena Paloma Ferrer