OMIMによる遺伝性疾患情報(英文情報)第19回日本遺伝子診療学会 遺伝子技術講習会 〜遺伝子診療におけるウェブツールの活用〜 2012.7.28
MassARRAY® Systemを用いた...親から子に伝わる 遺伝学的な変異不変性...
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MassARRAY® Systemを用いたPGx解析
2019/11/22株式会社ベリタス
研究用試薬
医薬品の作用と、薬物代謝関連遺伝子の変異との相関を研究する分野
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PGx(Pharmacogenomics:薬理ゲノム学)とは
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個人に対する医薬品の副作用の程度薬物の代謝活性 など
関連する遺伝子の配列の変異(SNP)コピー数の変異(CNV)発現量の変異
〇オーダーメイド医療への応用個人に有効な薬剤・投与量の選択副作用のある薬剤の除去
〇特定の疾病に効果のある薬剤の開発〇腫瘍組織のバイオマーカー
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PGxの対象となる変異
3Adams et al., Nephropharmacologyfor the Clinician, 2018
体細胞変異 生殖細胞系列変異
概要 腫瘍細胞など、病変部位の変異 親から子に伝わる遺伝学的な変異 不変性
医薬品-遺伝子の例
イマニチブ(グリベック)-Bre-AbIゲフィニチブ(イレッサ)-EGFRセツキシマブ-KRAS
コデイン-CYP2D6イリノテカン-UGT1A1クロピドグレル- CYP2C19
薬効・副作用予測に有用例:イリノテカン(吐き気、血液障害など)
コデイン(過剰な呼吸抑制)
<PGxデータに基づく投薬モデル>
解析手法
〇個別の遺伝子領域に注目した解析ダイレクトシーケンス法(遺伝子変異解析)
qPCR(遺伝子コピー数の解析)
RT定量PCR(遺伝子発現解析)
〇ゲノム網羅的な解析
主にNGS、マイクロアレイを用いたスクリーニング
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PGxの解析手法
4MassARRAY® SystemによるPGx解析
1度に検出可能な変異数/サンプル数が少ない
解析に時間がかかるデータ処理が煩雑
• MALDI-TOFベースの解析
• 医療機器(class I)取得済、検査ラボ等に導入済
• 1ウェルで複数変異を解析
• 必要DNA量は10 ng
• デザイン済パネルですぐに解析可能
• 実験操作~データ取得は短時間
• 高精度で反復解析は必要なし、低コスト
• 専用ソフトウェアによる自動解析
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MassARRAY® Systemを利用したPGx解析
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• 各個人の薬物代謝遺伝子変異をMassARRAYで同定
海外検査機関での導入例①
https://investor.myriad.com/static-files/2d725c5c-6286-477e-b25f-ea6504e13ace6
• 検査結果をレポート形式で提供
海外検査機関での導入例②
https://investor.myriad.com/static-files/2d725c5c-6286-477e-b25f-ea6504e13ace7
〇メインパネル:VeriDoseシリーズ
Agena社デザイン済パネル
SNPs/INDELs
CNV assay sites (CYP2D6)
ハイブリッドアレル検出
必要ウェル数
VeriDose Core Panel 68 (20 genes)
5 × 3/sample
VeriDose CYP2D6 CNV Panel
- 22 〇 1/sample
Complete VeriDoseCore & CNV Combo
VeriDose Core PanelとVeriDose CYP2D6 CNV Panelのセット
4/sample
〇その他パネル・PGx74 Panel: 20遺伝子の69 SNPs/INDELs+5CNV・CYP2C19: CYP2C19遺伝子の31 SNPs・CYP2C9/VKORC1: 4遺伝子の51 SNPs・UGT1A1: UGT1A1遺伝子の4リピート・SLC6A4: SLC6A4遺伝子の1 SNP+1 INDEL 8
Coreパネル:従来のPGx74パネルよりもSNP検出が確実に・PCR増幅プライマーの改良
・パネルデザインの修正
・低品質のDNAからの検出割合増加
CNVパネル:ハイブリッドアレルの検出が可能に・アッセイサイトの増加
・「機能している」遺伝子コピー数も算出
VeriDoseシリーズの特長
1*exon9
2 3 4 5 6 7 8 9
1*68
2 3 4 5 6 7 8 9
1*13
2 3 4 5 6 7 8 9
CYP2D7 Derived CYP2D6 Derived
左記の遺伝子アレルは機能しない
検出コピー数機能しているコピー数 分けて表示
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PGx解析のワークフロー
①マルチプレックスPCR②SAP処理③一塩基伸長反応④質量分析
簡便な実験ステップ
抽出DNAからデータ取得までは約9時間10
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PGx解析の詳細
Extensionprimer A
TG
C
ATG
CTerminatornucleotide
PCR反応&
dNTPの脱リン酸化(SAP)
1塩基伸長反応
質量分析
②
①
③
+SAP (dephospho unincorporated dNTP)
MassARRAY® Systemを用いた解析
96 or 384 wellのSpectroCHIP®を用いた解析=複数領域、複数検体の同時解析が可能(1ランで2チップまで解析可能) 12
1ウェルでの多項目(31遺伝子領域)の質量分析の例
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分析結果の例
SNP解析結果の例
AC
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• 図表やグラフ形式でデータを表示
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Typer Softwareによる出力結果の例
AC
自動エラーチェック
SNP解析結果
SNPリストSNP①
SNP②
SNP①②混合
• 遺伝子ごとに多型の種類をリスト表示
遺伝子変異レポートの出力例
遺伝子名
サンプルごとの多型情報
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ハイブリッドアレルの表示例
「機能している」遺伝子コピー数遺伝子コピー数
アレルの種類
PGxデータをより高精度に取得
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〇VeriDoseシリーズ(試薬とチップのセット品)
取り扱いパネルラインナップ
〇その他パネルPGx74、CYP2C19、CYP2C9/VKORC1、UGT1A1、SLC6A4
名称 解析サンプル数 チップフォーマット
VeriDose Core Panel 64/320 96 CPM
VeriDose Core Panel 256/1280 384 CPM
VeriDose CYP2D6 CNV Panel 192/960 96 CPM
VeriDose Core & CNV Combo 240 96 CPM
VeriDose Core & CNV Combo 960 384 CPM
※単品および従来製品(RS1000対応)については別途お問合せください。
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正確で低コストなPGx解析はMassARRAY® Systemで
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