MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.
-
Upload
aimeric-verrier -
Category
Documents
-
view
105 -
download
1
Transcript of MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.
![Page 1: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/1.jpg)
MACRO A L’IGRMACRO A L’IGRMarseille - Mai 2010
N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa
Réunion DM-CLCC
![Page 2: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/2.jpg)
2
L’HISTOIRE DE MACRO À L’IGR
L’IGR a été impliqué très tôt dans le développement de MACRO
Il est utilisé dans le service depuis 2003
Pour chaque étude :1 DM et 1 biostatisticien utilisent les modules :
- Study Definition - Data Entry
- Batch validation- Library Management- System Management (administration des sites)
![Page 3: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/3.jpg)
3
Muriel Wartelle : En charge de l’implémentation des outils pour la recherche clinique
Benoît Royer : Développements spécifiques pour la recherche clinique
Anh Trinh : Promotion de TenALEA en France
Service informatique pour : Installation et maintenance des serveurs et ordinateurs Oracle
EQUIPE INFORMATIQUEPOUR LA RECHERCHE CLINIQUE
![Page 4: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/4.jpg)
EXPORT DES EXPORT DES DONNEESDONNEES
![Page 5: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/5.jpg)
5
LE FLUX DES DONNEES
ORACLE
MACRO
ANALYSE
Saisie & gestion des données
Create Data view
Fil ODBC
ACCESS
SAS
![Page 6: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/6.jpg)
6
STRUCTUREDES DONNEES
ORACLE - CRÉER DES VUESLe module « Create Data Views »
RECODAGE :
- Missing- NA- ND
- Codes des catégories
eFORMSDISPONIBLES
3 ETAPES POUR LA CREATION
![Page 7: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/7.jpg)
7
ACCEDER AUX ‘VUES’
On peut donc travailler les données dans ACCESS
Table FormVALUEDATA
Patients Data
DATAITEM
Valeurs des questions category
Formats de toutes les variables
Structure de la base de données ACCESS
Table Form
Patients Data
1 Table/fiche
Données des Patients
Le module d’interrogation des bases ORACLE de SAS est coûteux
Le fil ODBC est une solution pour travailler sur les ‘vues’ ORACLE via ACCESS
![Page 8: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/8.jpg)
8
ACCESS - ORGANISATION DES DONNÉES
Table FormVALUEDATA
Patients Data
DATAITEM
Valeurs desQuestions category
Format de toutes les variables
Table Form
Patients Data
1 table/fiche
Données des patients
Requête
Données des patients
Toutes les tables/requêtes d’ACCESSpeuvent ensuite être transférées dans SAS
Merge de toutes les fiches uniques(une ligne par patient)
Gestion des fiches répétées(plusieurs lignes par patient)
Suppression des lignes vides(si fiches enregistrées mais vide)
![Page 9: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/9.jpg)
9
SAS - REQUETES
proc format;…Value EVE0= 'no'1= 'yes';…run;
PROC IMPORT OUT= WORK.FichesUniquesDATATABLE = "FichesUniques" DBMS = ACCESS2000 Replace; LABEL AVOL = 'AVOL';Format AVOL 4.;…run;
Un code VBA scan les tables DATAITEM and VALUEDATA pour générer les scripts SAS
![Page 10: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/10.jpg)
HOME PAGEHOME PAGE
![Page 11: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/11.jpg)
11
HOME PAGE La «Home Page» développée à l’IGR, contient tous les rapports qui permettent d’obtenir des informations et données relatives à l’étude
![Page 12: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/12.jpg)
12
Description générale de l’etude : phase, recrutement, modifications, dates, libellé patient, nb items, questions, enregistrement …
Lien vers tous les documents de référence de l’étude
HOME PAGE
![Page 13: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/13.jpg)
13
HOME PAGE
Planning de l’étude
![Page 14: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/14.jpg)
14
HOME PAGE
Description complète des variables : questions, nom d’export, dérivations, validations …
![Page 15: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/15.jpg)
15
HOME PAGE
Par centre et par patient
![Page 16: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/16.jpg)
16
HOME PAGE Ces listes sont présentées sous forme de tableaux qui peuvent être envoyées directement aux centres par email
![Page 17: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/17.jpg)
17
HOME PAGE
![Page 18: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/18.jpg)
18
HOME PAGE
![Page 19: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/19.jpg)
19
Vue générale du statut des fichespar patient et par visite
HOME PAGE
![Page 20: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/20.jpg)
20
HOME PAGE
Définition des unités
Définition des grades
Définition des normales qui peuvent être centre-dépendant
Liste des centres utilisant lesnormales de laboratoire
![Page 21: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/21.jpg)
Gestion des fiches Gestion des fiches manquantesmanquantes
![Page 22: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/22.jpg)
22
Création d’une fiche supplémentaire ‘DATAMANAGEMENT’sur MACRO
Pour chaque fiche du CRF, création de 2 variables dérivées :
GESTION DES FICHES MANQUANTES
f1_1_datef1_1_dateDate théorique de réception de la fiche
(par rapport à l’inclusion)
f1_1_etatf1_1_etatEtat de la fiche
reçue, manquante ou sans objet
![Page 23: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/23.jpg)
23
GESTION DES FICHES MANQUANTES
Les données de la fiche ‘DATAMANAGEMENT’ sont ensuite traitées dans ACCESS sous forme de requêtes
f1_1_datef1_1_dateDate théorique de réception de la fiche
(par rapport à l’inclusion)
f1_1_etatf1_1_etatEtat de la fiche
reçue, manquante ou sans objet
![Page 24: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/24.jpg)
24
GESTION DES FICHES MANQUANTES
Les données de la fiche ‘DATAMANAGEMENT’ sont ensuite traitées dans ACCESS sous forme d’état
Cet état peut être envoyé par mail avec la liste de demande complémentaire liste de demande complémentaire (données manquantes et queries) créée sur la Home page(données manquantes et queries) créée sur la Home page
![Page 25: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/25.jpg)
WEB MACROWEB MACRO(e-CRF)(e-CRF)
![Page 26: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/26.jpg)
26
e-CRF – DEUX OPTIONS
Option DECENTRALISEEMacro doit être installé sur chaque poste investigateur
- Chaque utilisateur gère ses données sur son ordinateur- L’ordinateur est configuré pour que celles-ci soient
régulièrement transférées sur le serveur- Un gros investissement pour les informaticiens à
l’installation et à la maintenance du logiciel
Option INTERNETLes investigateurs se connectent au serveur IGR via le navigateur internet explorer 6 ou 7
- Les données saisies par l’investigateur sont instantanément disponibles sur le serveur IGR
- La vitesse d’accès à la base et la vitesse de navigation dans les dossiers dépendent de la qualité de la
connection internet et du poste investigateur- La mise à jour des études et des logiciels sont
disponibles dès l’installation sur le serveur IGR
![Page 27: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/27.jpg)
27
e-CRF – OPTION INTERNET
La création de la base MACRO est identique à la version classique même si la conception du masque de saisie doit répondre à certaines exigences (fiches plus courtes en terme de nombre de questions, variables dérivées…)
La page d’accueil est personnalisée en fonction de l’étude
Il faut veiller à avoir :– Des libellés de questions clairs et précis– Des conditions d’ouvertures des questions et des fiches très
précises
![Page 28: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/28.jpg)
28
Des conditions d’ouverture de fiche très précises
Totalité des fiches du CRF
e-CRF – OPTION INTERNET
![Page 29: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/29.jpg)
29
Fiches disponibles par l’investigateur au moment de l’enregistrement d’un patient.
Les fiches suivantes s’afficheront au fur et à mesure du remplissage du CRF
Des conditions d’ouverture de fiche très précises
e-CRF – OPTION INTERNET
![Page 30: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/30.jpg)
30
e-CRF : HOME PAGE PERSONNALISÉE
![Page 31: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/31.jpg)
31
e-CRF : HOME PAGE PERSONNALISÉE
![Page 32: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/32.jpg)
32
CONCLUSION
INCONVENIENTS– Enregistrement de fiches vides qui ne peuvent pas être supprimée et
qui génère des données manquantes– Le mode web ne supporte qu’Internet Explorer 6 ou 7– Pas de sélection possible des DCF à envoyer– Mise en page des ‘question group’ non paramétrable– Il n’existe pas d’éditeur de validation (obligation de travailler question
par question)– En préparation, un seul module peut être ouvert à la fois– Library management : gestion des normes de laboratoire très lourde– Pas de gestion des fiches manquantes intégrée à MACRO
![Page 33: MACRO A LIGR Marseille - Mai 2010 N. Bouvet-Forteau, G. Danton, A. Moussa Réunion DM-CLCC.](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022081518/551d9d82497959293b8bc5eb/html5/thumbnails/33.jpg)
33
CONCLUSION
AVANTAGES – Logiciel sûr et fiable– Possibilité de connexion simultanée sur le module data entry (mais
dans des dossiers patients différents) – Personnalisation de la page d’accueil du logiciel pour les data
managers en mode local ou les utilisateurs du mode web – Saisie aisée et peut être effectuée directement par l’investigateur en
mode web– Vérification des données en ligne et en temps réel en mode web
(réduction du nombre de valeurs manquantes et des requêtes à traiter– Des développements parallèles sont possibles mais demandent un
investissement