LÖSEMİDE GENETİK

DR. EMEL ÖZYÜREK

ONDOKUZ MAYIS

ÜNİVERSİTESİ

KONUŞMA PLANI

• Kullanılan teknikler

• Akut lenfoblastik lösemi, KML

• Akut myeloblastik lösemi

• Myelodisplastik sendrom

Genetik

• Lösemi biyolojisi, patogenezi hakkında

bilgi

• Tanı

• Sınıflandırma

• Risk gruplarına göre tedavi verilmesi

• Moleküler hedeflere yönelik tedavi

• Prognoz konusunda bilgi

Acute myeloid leukemia and related neoplasms

Acute myeloid leukemia with recurrent genetic abnormalities

AML with t(8;21)(q22;q22); RUNX1-RUNX1T1

AML with inv(16)(p13.1q22) or t(16;16)(p13.1;q22); CBFB-MYH11

APL with t(15;17)(q22;q12); PML-RARA

AML with t(9;11)(p22;q23); MLLT3-MLL

AML with t(6;9)(p23;q34); DEK-NUP214

AML with inv(3)(q21q26.2) or t(3;3)(q21;q26.2); RPN1-EVI1

AML (megakaryoblastic) with t(1;22)(p13;q13); RBM15-MKL1

Provisional entity: AML with mutated NPM1

Provisional entity: AML with mutated CEBPA

………………

Myeloid leukemia associated with Down syndrome

Blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm

DSÖ AML sınıflaması

Blood 2009; 114:937-951

DSÖ ALL sınıflaması

Acute leukemias of ambiguous lineage

….

Mixed phenotype acute leukemia with t(9;22)(q34;q11.2); BCR-ABL1

Mixed phenotype acute leukemia with t(v;11q23); MLL rearranged

……..

B lymphoblastic leukemia/lymphoma

……….

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with recurrent genetic abnormalities

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with t(9;22)(q34;q11.2);BCR-ABL 1

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with t(v;11q23);MLL rearranged

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with t(12;21)(p13;q22) TEL-AML1

(ETV6-RUNX1)

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with hyperdiploidy

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with hypodiploidy

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with t(5;14)(q31;q32) IL3-IGH

B lymphoblastic leukemia/lymphoma with t(1;19)(q23;p13.3);TCF3-PBX1

T lymphoblastic leukemia/lymphoma

Blood 2009; 114:937-951

Kullanılan teknikler

• Kovansiyonel karyotipleme

• Floresan insitu hibridizasyon (FİSH)

• Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)

• Komparatif genomik hibridizasyon (CGH)

• Tek nükleotid polimorfizm analizleri (SNP)

Karyotipleme• Halen ilk tercih edilen

metod

• Tüm genomun

incelenmesi

• ALL %90’ı, AML’nin

%80’inde anormal

klon

• 20 metafaz

değerlendirilir.

• Klonalite için 2-4

metafazda bulunur

• Hücre kültüründen

sonra, kromozomlar

metafazda

değerlendirilir

• Düşük rezolüsyonu

nedeniyle, çok küçük

veya maskelenen

bozukluklar

saptanamaz

Karyotipleme-G bantlama

Karyotipleme-G bantlama

SentromerTelomer Kromozom Kol

DNA

Ried T, Schrock E, Ning Y, Wienberg J. Chromosome painting a useful art. Hum Mol

Genet 1998;7:1619-26.

1 kopya

1 siklüsdTNP

Taq polimeraz

2 siklüs

3 siklüs

20 siklüs

2.097.152 kopya

Özellik Karyotipleme FİSH PCR CGH SNP

Tüm genomun incelenmesini

sağlar mı?

Evet Hayır Hayır Evet Evet

Translokasyonu gösterebilir

mi?

Evet Evet Evet Hayır Hayır

Nokta mutasyonu gösterebilir

mi?

Hayır Hayır Evet Hayır Hayır

Delesyonu gösterebilir mi? Evet Evet Evet (qPCR)2 Evet Evet

Amplifikasyonu gösterebilir

mi?

Evet Evet Evet (qPCR) 2 Evet Evet

Nadir mutasyonları

gösterebilir mi?

Hayır Evet Evet Hayır Hayır

1 Raimondi SC. Cytogenetics of acute leukemias. In Pui CH Ed. Childhood leukemias, 2nd Eds. Cambridge University Press, Cambridge, UK.

2006: pp235-271, adlı kaynaktan uyarlanarak alınmıştır. 2Sadece kantitatif PCR (qPCR) yöntemiyle bu iki bozukluğu gösterebilir.

AKUT LENFOBLASTİK

LÖSEMİ• Sayısal bozukluklar

Hiperdiploidi

Psödodiploidi

Diploidi

Hipodiploidi

• Yapısal bozukluklar

Br J Haematol 2008; 144:147-156

SAYISAL

• Kromozom sayısı >50: %25-30

Yaklaşık olarak (“near”) tetraploidi

(kromozom sayısı=82-94): %1, T hücre

Triploidi (kromozom sayısı:69-81) : %0,3,

pre-B

Kromozom sayısı 51-68: %25-30, pre-B

• Kromozom sayısı 47-50: %10-15

standard

lösemi

SAYISAL

• Psödodiploidi: Kromozom sayısı 46:

yapısal veya sayısal anomaliler, %40

• Diploid: Normal karyotip, %10-15

• Hipodiploidi:

Hipodiploidi: kromozom sayısı <46 (35-

45): %7-9

Yaklaşık olarak (“near”) haploid:kromozom

sayısı 24-34: %0,5

Blood. 2002 Jun 1;99(11):4154-9.

YAPISALKromozom anormalliği Sıklık (%) Köken Genetik bozukluk

t(1;19)(q23;p13.3) 5-6 Pre-B E2A-PBX1

t(9;22)(q34;q11.2) 3-5 B hücre BCR-ABL

t(4;11)(q21;q23) 2 B hücre MLL-AF4

t(12;21)(p13;q22) 20-25 B-hücreli ETV6(TEL)-

CBFA2(AML1)

del (6q) 4-13 özellik yok bilinmiyor

t/del (9p) 7-12 özellik yok INK4A, INK4B, ARF

del (11q23) <1 özellik yok bilinmiyor

t(11q23;V) 2 3-5 özellik yok MLL-V2

t/del(12p) 10-12 özellik yok ETV6(TEL)

1 O’Sullivan MJ, Fletcher JA, Felix CA. Cytogeneric and molecular pathology of pediatric cancer. In Orkin SH, Fisher DE, Look AT, Lux

SE, Ginsburg D, Nathan DG Eds. Oncology of infancy and childhood. Saunders Elsevier, Philadelphia, USA. 2009:pp99-174, adlı

kaynaktan uyarlanarak alınmıştır.

t(1;19)

• TCF3(E2A)-PBX1 füzyon geni oluşur.

• Pre-B sitoplazmik immunoglobulin pozitif

ALL’lerin %25

• Prognozu kötü

• Yoğun kemoterapi ile iyi tedavi sonuçları

elde edilebilir.

t(9;22), Filadelfiya (Ph)

kromozomu • Büyük çoğunluğu B-

hücre kökenli

• Prognozu kötü

• % 3-5

BCR

ABL

BCR-ABL

Füzyon

geni

22

9

Filadelfiya kromozomu (FİSH)

Lindblom A , Liljegren A BMJ 2000;320:424-427

22

9

Lösemi tipine göre

• p210- KML, AML

• p190- ALL, KML

• p230- Kronik nötrofilik lösemi

• Tirozin kinaz

imatinib

11q23/MLL geninin yeniden

düzenlenmesi (“rearrangement”)• Süt çocukluğu dönemi ALL’lerinin %60-

70’inde

• çocukluk çağında ise %5-6

• genellikle miyeloid antijen pozitif erken

pre-B hücre fenotipinde

• prognozu kötü

• en sık bulunan 11q23 translokasyonları,

t(4;11) ve t(11;19)

• FİSH kullanılmalı

TranslokasyonMLL internal

duplikasyonuKromozom 11

inversiyon-delesyonu

Leukemia 2006;20:777-784

İnsersiyond

Leukemia 2006;20:777-784

Leukemia 2004;18:92-102

12p anomalileri

• %8-11’inde

• t(12;21) ise konvansiyonel sitogenetik

yöntemlerle gösterilemezken, FİSH veya

revers transkriptaz-PCR (RT-PCR) ile

saptanabilmektedir.

• ETV6(TEL)-RUNX1/CBF6(AML1) füzyon

geni oluşur.

• En sık görülen kromozomal bozukluk

Korean J Lab Med 2010;30:1-8

İmmunoglobulin (Ig) ve T hücre reseptör

(THR) genleri yeniden düzenlenmeleri

(“rearrangement”)

• İntralokus yeniden düzenlenme

B hücreli ALL

T hücreli ALL

• İnterlokus yeniden düzenlenme

• ALL’li çocukların %98’inde en az bir

anomali bulunuyor

• Minimal kalıntı hastalığın takibinde önemli

Pediatr Blood Cancer 2010;55:1278-86

Teknikler:

•Hipodiploidi-karyotiplendirme

•BCR-ABL, MLL, ETV6-RUNX1- FİSH, RT-

PCRBr J Haematol 2010;151:132-142

Akut Miyeloid Lösemi

• Erişkin AML ile aynı

• Yapısal kromozom anomalileri

• Dengeli translokasyonlar

Acute myeloid leukemia and related neoplasms

Acute myeloid leukemia with recurrent genetic abnormalities

AML with t(8;21)(q22;q22); RUNX1-RUNX1T1

AML with inv(16)(p13.1q22) or t(16;16)(p13.1;q22); CBFB-MYH11

APL with t(15;17)(q22;q12); PML-RARA

AML with t(9;11)(p22;q23); MLLT3-MLL

AML with t(6;9)(p23;q34); DEK-NUP214

AML with inv(3)(q21q26.2) or t(3;3)(q21;q26.2); RPN1-EVI1

AML (megakaryoblastic) with t(1;22)(p13;q13); RBM15-MKL1

Provisional entity: AML with mutated NPM1

Provisional entity: AML with mutated CEBPA

………………

Myeloid leukemia associated with Down syndrome

Blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm

DSÖ AML sınıflaması

Blood 2009; 114:937-951

Kromozom anomalisi İnsidans (%) FAB grubu Genetik lezyon

t(8;21)(q22;q22) 12 M2, M1 CBFA2(AML1)-ETO

İnv(16)(p13;q22)/

t(16;16)

6 M4 CBFB-MYH11

t(15;17)(q22;q12-21) 9 M3 PML-RARA

t(5;17)(q32;q12) <1 M3, varyant NPM-RARA

t(11;17)(q23;q21) <1 M3, varyant PLZF-RARA

t(11;17)(q13;q21) <1 M3, varyant NUMA-RARA

dup(17)(q21.3-q23) <1 M3, varyant STAT5b-RARA

-7/del(7q) 5 M2, M4 bilinmiyor

t(1;22)(p13;q13) 1 M7 RBM15-MLK1 (OTT-

MAL)

1 Raimondi SC. Cytogenetics of acute leukemias. In Pui CH Ed. Childhood leukemias, 2nd Eds. Cambridge University Press,

Cambridge, UK. 2006: pp235-271, adlı kaynaktan uyarlanarak alınmıştır.

t(8;21)

• Çocukluk çağı AML-M2’lerinin %82

• Ekstramedüller granülositik sarkom ile

birlikte bulunmaktadır.

• İyi prognostik gösterge

Huret JL . t(8;21)(q22;q22). Atlas Genet

Cytogenet Oncol Haematol. 1997

Huret JL . t(8;21)(q22;q22). Atlas Genet

Cytogenet Oncol Haematol. 1997

AML1/RUNX1 21q22

ETO/RUNX1T1 8q22

RUNX1-RUNX1T1 (AML-1-ETO)

Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 1997

İnv (16) ve t(16;16)

• Erişkinde klasik olarak AML M4’ün

eozinofilik varyantı olan hastalarda

görülürken, çocuklarda eozinofili

olmaksızın M2 veya M4’ü olan hastalarda

bulunabilmektedir.

• RT-PCR ve FİSH

• Prognoz iyi

Huret JL . inv(16)(p13q22); t(16;16)(p13;q22); del(16)(q22). Atlas

Genet Cytogenet Oncol Haematol.

t(15;17)

• AML-M3 için özgün

kabul edilir.

• PML-RARA füzyon

geni oluşmaktadır.

• İyi prognozlu

Huret JL and Chomienne C . t(15;17)(q22;q21). Atlas Genet

Cytogenet Oncol Haematol. April 1998 .

Huret JL and Chomienne C . t(15;17)(q22;q21). Atlas Genet

Cytogenet Oncol Haematol. April 1998 .

PML 15q22

RARA 17q21

PML-RARA

Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 1998

t(15;17)

• All-trans-retinoik asit (ATRA) bu füzyon

genindeki RARA’nın ligandıdır.

• ATRA, lösemi tedavisinde kullanılan ilk

moleküler hedef ilacıdır.

• RARA geni, PML dışında, NPM, NuMA,

STAT5b, PRKAR1A ve PLZF ile de füzyon

geni oluşturabilmektedir.

• ATRA, PLZF-RARA translokasyonu

bulunan hastalarda etkisizken, diğer

varyantlarda etkin bir ilaçtır.

Br J Cancer 2011;104:554-558

MLL gen translokasyonları

• MLL geniyle füzyon yapan genler çok

çeşitli

• En sık süt çocukluğu döneminde

• Yenidoğan döneminde AML, ALL’den

daha sıktır.

• Çocukluk çağı %5-10

• AML-M4 ve M5

• Prognostik bir değere sahip değil

Down sendromunda geçici anormal

miyelopoezis (TAM) ve AML-M7

• Down sendromlu yenidoğanların

%20’sinde gelişen TAM’de, GATA-1 nokta

mutasyonu

• GATA-1 mutasyonu, hem TAM hem de

AML-M7 için in utero onkolojik olayları

başlatan genetik değişiklik

• TAM için GATA-1 mutasyonunun

gelişmesi yeterliyken, AML-M7 için

postnatal ikinci bir genetik değişiklik

gereklidir.

Blood 2010;115:453-474

Normal karyotip

Blood 2010;115:453-474

Leukemia 2008; 22:915-31

MDS

Refraktor sitopeni, RAEB• Monozomi 7 veya del(7q): %40

• Monozomi 7- kötü prognoz

Juvenil miyelomonositik lösemi

(JMML)• BCR-ABL füzyon geninin negatif olduğu

gösterilir

• RAS sinyal yolağının hiperaktivasyonu

• RAS, NF1, PTPN11 (SHP2), c-CBL

mutasyonları (%80-85)

• Klonalitenin gösterilebilmesi için bu

mutasyonlara bakılması öneriliyor

Haematologica | 2010; 95:179-182

(PTPN11)

(NF1)