Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.
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Lez 8Traduzione.
mRNAtRNAsRibosomaAminoacil-tRNA sintetasi
IniziazioneElongazione terminazione
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• Passaggi del processamento del RNA in eucarioti.
• Il pre RNA viene processato
• L’RNA maturo passa nel nuclear pore.
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Trasporto attraverso il nuclear pore complex
L’RNA maturo deve essere trasportato fuori dal nucleo con un processo regolato, attraverso il nuclear pore complex.
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Trasporto di mRNA
Nel trasporto l’RNA si dissocia da alcune proteine, ma non Cap binding protein (CBP) e nel citoplasma si lega a elongation factors elF-4G e elF-4E
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Il codice I
• Il codice è di 3 lettere= 64 combinazioni.
• È degenerato.
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Codice II
• I codoni con pirimidine in 2° posizione aa idrofobici
• I codoni con purine in 2° posizione aa polari
• Se hanno C-G in 1° e 2° posizioni, la terza non ha importanza
• Se hanno T-A in 1° e 2° posizioni, la terza ha importanza
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Reading frames
• I codoni sono letti senza interruzioni.
• Esistono tre “reading frames”
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Procarioti
Eucarioti
mRNA procariotici ed eucariotici
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La traduzione
Necessita di:mRNAtRNAsRibosomaAminoacil-tRNA sintetasi
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Transfer RNA
• L’anticodone è posto tra una purina al 3’ ed un uracile al 5’
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Modifiche covalenti di tRNA
Quasi 1 nucleotide su
10 è modificato,
circa 50 tipi di
modificazione
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tRNA splicing endonuclease
• L’endonucleasi (4 subunità) taglia l’introne (blu)
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Ripiegamento tRNA
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Codone anticodone
• Un tRNA può riconoscere codoni diversi usando accoppiamento tentennante (wobble) al 5’
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Chimica Aminoacil-tRNa- sintetasi.
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Attivazione di amino acidi
• Aminoacil-tRNA sintetase: il gruppo carbossile è attivato dal legame a AMP, ed è poi trasferito al 3’ terminale di tRNA
• Si forma un legame acilico, ad alta energia• Si consuma un ATP
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I due adattatori
• Esitono due classi di tRNA sintetasi: classe I legano al 2’, classe II legano al 3’
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Aminoacil-tRNA sintetaseOgni amino acido (aa) viene legato al
suo tRNA da una tRNA sintetasi specifica
Una sintetasi può riconoscere più di un tRNA (tRNA isoaccettori)
Una tRNA sintetasi riconosce solo un tipo di aa.
La sintetasi deve riconoscere un singolo tipo di aa, e diversi tRNA isoaccettori.
I siti di riconoscimento del tRNA sono: lo stelo accettore e l’ansa anticodone.
Anti-codon
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Accuratezza dell’amminoacil-tRNA-sintetasi
• Alcuni aa sono molto simili (es Ile e Leu, Val)
• Errori 1/1000
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Hydrolytic editing• Il riconoscimento
dell’aa è chimicamente complesso. L’enzima ha tasche per riconoscere i diversi aa
• Alcune tRNA sintetase hanno un sito di correzione
• Il ribosma non è in grado di riconoscere il carico del tRNA (es: CysAla)
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I ribosomi in procarioti ed eucarioti
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Ribosomi in una cellula eucariote• I ribosomi sono composti da tre RNA e 50
proteine diverse, con una massa > 2,5 MDa
• Nei procarioti la velocità di sintesi è di circa 20 aa/sec, negli eucarioti di 2-4 aa/sec
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Ciclo ribosomialeLa traduzione inizia quando mRNA e tRNA
iniziatore si legano alla subunità minorePoi viene reclutata la subunità maggiorePoi inizia la sintesi proteica ed il ribosoma scorre sul
mRNAQuando incontra il codone stop, il peptide viene
rilasciato, e le due subunità si dissocianoEsse sono poi pronte per un nuovo ciclo.Un ribosoma è in contatto con circa 30 nt, ma nei
poliribosomi sono distanziati circa 80 nt
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Ciclo ribosomiale
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Funzione del ribosoma: Incorporazione di un amino acido in una proteina
I legami polipeptidici si formano trasferendo la catena polipeptidica da un tRNA all’altro: reazione peptidil-transferasica
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Peptidil transferase
• Il sito catalitico della peptidil transferasi non contiene proteine ma solo RNA
• Un H di una Adenina sembra avere un ruolo nel’attivare la nucleofilicità dell’N del aa
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Struttura dell’rRNA nella subunità grande di ribosoma batterico
• Il ribosoma è fatto essenziamente di RNA. Nel sito catalitico c’è solo RNA
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Le proteine nel ribosoma (large subunit)
• Le proteina, in giallo, sono localizzate in periferia
![Page 32: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/32.jpg)
il ribosoma ha tre siti di legame del tRNA: E, P e A
• I siti sono all’interfaccia tra le due subunità• I canali per mRNA hanno dimensioni per RNA lineare• L’RNA tra i due codoni è piegato, per facilitare il
reading frame• Il canali di uscita del peptide permette alfa eliche ma
non beta sheet
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traduzione
• L’allungamento prevede l’entrata del tRNA nel sito A,
• Il trasferimento del peptide dal sito P ad A
• La traslocazione ai siti E e P
• L’uscita da E e la entrata in A
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La iniziazione
• Il tRNA iniziatore deve posizionarsi sul ATG iniziale e formare un complesso con la subunità minore,
• Poi viene reclutata la subunità maggiore e può iniziare la elongazione
![Page 35: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/35.jpg)
Iniziazione: mRNA batterico
RBS sono riconosciute da rRNA 12 SLa distanza tra RBS e AUG posiziona lo start codon nel sito P
il tRNA iniziatore porta la N-formil metionina (che verrà maturata da deformilasi o da amminopeptidasi)
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Iniziazione in procarioti
Intervengono tre Iniziation Factors: IF1, IF2 e IF3
IF1 blocca il sito A, IF2 aumenta la specificità del
legame con tRNA iniziatoreIF3 inibisce l’associazione con la
subunità maggiore
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Iniziazione in procarioti
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iniziazione negli eucarioti
La subunità minore associata al tRNA iniziatore lega il Cap
Scorre il mRNA fino a trovare UAG nel contesto giusto (sequenza Kosak 5’-G/ANNAUGG-3’)
Intervengono 30 proteine, tra cui eucariotic Elongation Factors (eIF3, eIF4, eIF5B)
Una elicasi abolisce la strutture secondarie dell’mRNA
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iniziazione negli eucarioti
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Riconoscimento AUG iniziale in eucarioti
![Page 41: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/41.jpg)
Poliribosoma
![Page 42: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/42.jpg)
Traduzione- II• Il tRNA viene scortato dal fattore di
allungamento EF-Tu, che si lega al 3’ e maschera l’aa
• EF-Tu lega tRNA solo quando ha GTP• Il dominio della subunità maggiore del
ribosoma innesca la attività GTPasica • EF-Tu GDP non ha affinità per tRNA e
vene rilasciato• EF-G di lega se in forma GTP. Si
idrolizza ed induce un cambiamento conformazionale
• Un legame peptidico costa 1 ATP e 2 GTP
![Page 43: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/43.jpg)
elongazione
• Meccansimo conservato in eucarioti e procarioti
• Il tRNA viene scortato dal fattore di allungamento EF-Tu, che si lega al 3’ e maschera l’aa
• EF-Tu lega tRNA solo come EF-Tu-GTP
• Il dominio della subunità maggiore del ribosoma innesca la attività GTPasica
• EF-Tu GDP non ha affinità per tRNA e viene rilasciato
• EF-G di lega se in forma GTP. Si idrolizza ed induce un cambiamento conformazionale
• Un legame peptidico costa 1 ATP e 2 GTP
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elongazione
![Page 45: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/45.jpg)
Meccanismi di controllo• Errori 10-3
• Due adenine nel rRNA 16S fanno legame con il solco minore del complesso codone-anticodone e lo stabilizzano
• l’idrolisi di EF-Tu è sensibile all’accoppiamento
• Proof reading: nell’accomodamento il tRNA deve ruotare. Se non si trova nella posizione giusta viene rilasciato
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terminazione
• I codoni di terminazione vengono riconosciuti da proteine: release factors (RF).
• sono proteine che hanno strutture simili a tRNA e riconoscono lo stop codon (eRF1 negli eucarioti)
![Page 47: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/47.jpg)
Human Translation Release Factor (eRF1)
• eRF1 ha struttura simile ad un tRNA
• Hanno un sequenza GGQ essenziale per la funzione
![Page 48: Lez 8 Traduzione. mRNA tRNAs Ribosoma Aminoacil-tRNA sintetasi Iniziazione Elongazione terminazione.](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062312/5542eb4a497959361e8b6fa0/html5/thumbnails/48.jpg)
Fattore RF-3 e fattore di riciclaggio RRF
RF-3 interviene dopo il rilascio del peptide ed induce il rilascio di RF-1
L’intervento di RRF insieme a EF-G cusa il rilascio dei tRNA scarichi e la dissociazione del ribosoma
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mRNA incompleto !!
• Senza stop codon il ribosmoma non si stacca.
• I batteri per risilvere il problema di mRNA incompleti hanno
• tmRNA recupera i ribosomi in stall
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mRNA incompleto
Gli eucarioti hanno due sistemi per risolvere il problema di mRNA incompleti hanno
• Decadimento mediato da codoni nonsenso
• Decadimento mediato da codoni nonstop
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Produzione di una proteina in
eucarioti