Les clones de SARM en France - Ministère des Solidarités ... · Les clones de SARM en France...
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Les clones de SARM en
France Francois Vandenesch
CNR des Staphylocoques Hospices Civils de Lyon
Université Lyon1-INSERM U851 – Equipe "Pathogénie des Staphylocoques"
Epidemiologie des Staphylococcus aureus résistants à la meticilline (MRSA)
HÔPITAL COMMUNAUTE
• Reservoires - Hôpital - Service de Long Séjour
SARM-H SARM-H dans la communauté - patients avec facteurs de risques - contact patients facteurs de risques
- Pas de facteurs de risques - +/- PVL
SARM-Co
3
SARM hospitaliers
• 5 grands clones pandémiques
– CC-5 • agr 2 • UK EMRSA -3
– ST5 – SSCmec I
• New York / Japon (USA 100) – ST5 – SSCmec II
• Pédiatrique – ST5 – SSCmec IV & VI
– CC-8 • agr 1 • Archaïque :
– ST250 – SSCmec I
• Ibérique – ST247 – SSCmec I
• Brésilien/ Hongrois – ST239, – SSCmec III
• Lyon – ST8 – SSCmec IV
– CC-22 • agr 1 • UK EMRSA-15
– ST 22 – SSCmec IV
– CC-36 • agr 3 • UK EMRSA-16
– ST 36 – SSCmec II
– CC-45 • agr 1 • Berlin
– ST 45 – SSCmec IV
SARM hospitaliers: les 5 grandes lignées de clones pandémiques
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SARM communautaires
• Apparu initialement hors de l’hôpital • Contiennent en majorité les gènes de la leucocidine de
Panton et Valentine (LPV) • Cassette SCCmec IV
– Europe : clone Européen (≈ 1 à 3% des infections communautaires à SA)
• agr 3 • ST80, CC-80
– USA : USA 300 (> 50% des infections communautaires à SA)
• agr 1, • ST8, CC-8
– Asie Océanie : Clone du Sud Ouest Pacific • agr 3 • ST 30, CC-30
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NEW! Le SARM hospitalo-communautaire
le clone Géralidine
• SARM-CO mais associés à infections communautaires et nosocomiales
• Agr2, ST5, type spa t002 et reliés • SCCmec I • Contient le gène codant la TSST-1 • Ne contient pas le gène codant la leucocidine
de Panton et Valentine (LPV)
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SARM d’origine animal: CC398
• Typiquement associés aux animaux d’élevage (LA-MRSA) • Non typable par PFGE • Nombreux ST types (398, 621, 752, 753, 804, 813, 1066,
1067) • SARM et SASM • Cassette SCCmec V, IV, NT • Doxycycline R et métaux lourds (Cd, Cu, Cd/Zn, As) • Habituellement PVL négatifs • Portage humain en relation avec un contact animal
(Hollande): jusqu’à 30% si contact intensif • Transmissibilité inter-humaine faible
SARM en lien avec des animaux d’élevage: étude européenne EFSA
Source : EFSA, Baseline survey on MRSA in breeding pigs in the EU, 2008. http://www.efsa.europa.eu/en/scdocs/scdoc/1376.htm
Quels sont les caractéristiques des clones de SARM en France dans les infections invasives ?
• Etude prospective : – Sept 2006 - fév
2007 – 23 centres – 5 SARM
consécutifs isolés de sites normalement stériles
SUD OUEST
SUD EST
EST OUEST
NORD
[ 111 souches
Caractérisation des clones de SARM
• Antibiogramme & PCR gène mecA
• PCR gènes codant 22 facteurs de virulences
• Caractérisation : – du fond génétique : allèle agr (1 -4) par PCR, – des cassettes SSCmec (I – VI) par PCR – de la protéine A (spa) par « spa typing » – du « sequence-type » (ST) par MLST
11
SUD OUEST
n=13
SUD EST n=21
OUEST n=17
EST n=16
NORD n=12
Clone majoritaire: clone Lyon (n=79), 70%
• Caractéristiques: – clone hospitalier, – répartition géographique
équilibrée – agr 1, ST8 – type spa t008 et reliés – SCCmec IV : – sea (87% des souches),
Antibiotique S, I ou R (% pop clonale)
Kanamycine R (77%) Tobramycine R (77%) Gentamicine S (95%)
Fluoroquinolones R (100%) Acide fusidique S (91%)
* Ferry et al., Toxin gene content of the Lyon methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone compared with that of other pandemic clones. JCM, 2006, 44(7):2642-4.
Clone Lyon
Centres EARSS
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Nombre de souches résistantes (% pop clonale)
Clone « Géraldine » n=7
Clone pédiatrique - IV n=9
Clone pédiatrique - VI n=8
Kanamycine R (57%) R (80%) S (89%)
Tobramycine R (57%) R (70%) S (89%)
Gentamicine S (100%) S (10%) S (100%)
Fluoroquinolones (I ou R) S (100%) R (80%) R (100%) Acide fusidique (I ou R) R (100%) S (10%) S (100%)
Un groupe minoritaire : 2 clones ST5 (n=24), 23%
• Clone « Géraldine » n=7 (6,3%) – hospitalier & communautaire – type spa t002 et reliés – SCCmec I – tst (87%)
• Clone « Pédiatrique » n=17 (15,3%)** – Hospitalier – Types spa t002 et t777 – SCCmec IV et VI
• Caractères communs – agr 2 – ST5
*Durand et al. Detection of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones containing the toxic shock syndrome toxin 1 gene responsible for hospital- and community-acquired infections in France. J Clin Microbiol. 2006 ;44(3):847-53
**Oliveira et al. Redefining a Structural Variant of Staphylococcal Cassette Chromosome mec, SCCmec Type VI, Antimicrob. Agent Chemoth. 2006 ;50(10):3457-59
S, I ou R (% pop clonale) CloneST80 n=4
Clone ST 59 n=1
Kanamycine R (100%) R (100%)
Tobramycine S (100%) S (100%)
Gentamicine S (100%) S (100%)
Fluoroquinolones (I ou R) S (100%) S (100%)
Acide fusidique (I ou R) R (100%) S (100%)
Très minoritaires: les clones communautaires PVL (n=5), 4.5%
– Clone européen n=4 (4%) – Agr3, ST80 – SSCmec IV – toxines pvl + etd +, edin +
– Clone Pacifique n=1 (≈1%) – Agr1, ST59 – SSCmec (en cours) – toxines pvl + seb +, sek +,
seq +
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S, I ou R (% pop clonale)
agr 1 n=1
agr 2 n=1
agr 3 n=1
Kanamycine R (100%) R (100%) S (100%)
Tobramycine R (100%) R (100%) S (100%)
Gentamicine R (100%) R (100%) S (100%)
Fluoroquinolones (I ou R) S (100%)
S (100%) S (100%)
Acide fusidique (I ou R) S (100%)
R (100%) S (100%)
Les singletons (1+1+1)
• agr 1: n=1 (≈1%) – hospitalier – type spa t037 – ST239, – toxine : sep – SSCmec III
Souche atypique
• agr 3 : n=1 (≈1%) – communautaire – type spa t186, – ST88 – aucune toxine
détectée – SSCmec IV
Clone présent en Afrique (Togo…)
79 + 24 + 5 + 3 111 souches
• agr 2: n=1 (≈1%) – hospitalier – type spa t002 – ST5, – toxine : sea, egc – SCCmec I
« Ancien clone hospitalier Genta R »
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SARM invasifs en France
SUD OUEST
SUD EST
EST OUEST
NORD
Clone Lyon Clone Géraldine Clones Pédiatriques
Clones LPV+ Autres
57%
5% 19%
14% 5%
72% 14%
5% 9%
68% 4%
24% 4%
61% 5%
29%
5%
95%
5%
Tous Genta S !! FQ R • Clone Lyon +++ • Clone
pédiatrique ++ FQ S • Clone
Géraldine + • Clone PVL +/-
Enquête SARM ONERBA n° 3 - 2008 Méthode
• Enquête prospective - Mai-Octobre 2008 • 105 LABM ONERBA (hôpitaux et ville) • 3 phénotypes SARM recherchés
– S-FQ ; S-Genta ; R-FA ; • SARM « PVL » (ST80) [R à K] - P 1 • SARM « TSST1 » [R à K-T] - P 2 • SARM S aminosides - P 3
• Informations cliniques • Recueil des souches => CNR
Résultats • 34.795 souches de S. aureus • 7.207 souches de SARM (21%) • SARM correspondant au phénotype
– 1 (« PVL ») : 108 souches (1,5% des SARM) – 2 (« TSST1 ») : 201 souches (2,8%) – 3 (S-amino) : 70 souches (1,0%) – Total 379 souches (5,3%) – > CNR : 332 cas analysables
Variable Phéno. 1 (n=95)
Phéno. 2 (n=176)
Phéno. 3 (n=61)
Antibiogramme Kan_R/Tobra_S Kan_R/Tobra_R Kan_S/Tobra_S
agr - 1 1% 7% 8% - 2 4% 92%) 87% - 3 95% 1% 5% lukSF-PV - edin - etd 94% 0 3% tst 4% 86% 72% sec-sed-sel-sem-seo-ser 4% 71% 61% seo 5% 94% 87% hlb 1% 9% 11%
Analyse génomique et toxinique
agr: accessory gene regulator: luk: staph leukocidin; edin: epidermal cell diff. factor; et: exfoliatin; tst: toxic shock syndrome toxin; se: staph enterotoxin; hlb: beta-hemolysin
Caractéristiques des 332 malades selon le phénotype
de SARM Variable Phénotype 1 (n=95)
Phénotype 2 (n=176)
Phénotype 3 (n=61)
Antibiogramme Kana_R/Tobra_S Kana_R/Tobra_R Kana_S/Tobra_S
Age médian 26 (0,1-83) 46 (0,1-96) 48 (0,1-96) Sexe Féminin 47% 53% 39% Isolé < 2 jours 90% 73% 64% Souche hospit. 17% 50% 46% Prélt cutané 79% 40% 57% Prélt respiratoire 9% (1 PN) 27% 20% Hémoculture + 0 6% 6% ISO 1% 4% 7% Tt antibiotique 49% 63% 56% Tt chirurgical 41% 12% 13%
Sensibilité aux antibiotiques selon le phénotype de 332
SARM
(* Une souche FQ-I et une Genta-I)
Variable Phénotype 1 (n=95)
Phénotype 2 (n=176)
Phénotype 3 (n=61)
S à FQ+G & R à FA 100% 99% * 100% R à Kanamycine 100% 100% 0 R à Tobramycine 0 100% 0 MLS - S 70% 66% 77% - Ery_R 22% 16% 15% - Prist_R 2% 5% 3% R tétracyclines 73% (10 nt) 7% (21 nt) 8% (12 nt) R rifampicine 0 9% 3%
ONERBA – SARM évolution 2004-2008
Souche 2004 2008 n (%) n (%) S. aureus 13840 (100.0) 34795 (100.0)
SARM 3901 (28.2) 7207 (21)
Profil PVL 56 (1.4) 108 (1.5)
Profil TSST NE NE 201
(2.8)
* SARM PVL : apparemment stable 2004-2008 SARM TSST-1 : 2 X > à SARM PVL+
Pneumonies nécrosantes à S.aureus PVL positives
• Mortalité élevée (50 à 70%)
• Nombre absolu de cas rapporté au CNR augmente
• SARM-C
0
10
20
30
40
50
60
70
Period of time (years)
Num
ber
of r
epor
ted
case
s
% of C-MRSA cases 11% 25% 30%
C-MRSA 5 14 18
C-MSSA 41 41 42
1986-2004 2004-2007 2008-2010
Pneumonies nécrosantes à S.aureus PVL positives
• Mortalité élevée (50 à 70%) • SARM-C environ 30%
Pneumonies nécrosantes à S. aureus PVL+ (N=132) / SARM (N=37)
0
5
10
15
20
25
30
2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009
Année
Cas
S au
reus
PVL
+
0
10
20
30
40
50
60
70
% S
ARM
S aureus PVL + SARM (%)
Conclusion • Hopital, infections invasives
– Clone Lyon +++ – Clone pédiatrique ++ – Clone Géraldine + – Clone PVL +/-
• Hôpitaux périphériques, LABM, toutes infections – Pas de diffusion épidémique des SARM
communautaire • CNR, pneumonie nécrosante
– Prévalence des SARM-co en augmentation (30%)
Remerciements CNR des
Staphylocoques • J. Etienne • F. Laurent • M. Bes • A. Tristan • Techniciennes du CNR
ONERBA • J. Robert • Tous les laboratoires
participants
EARSS • H. Grundmann • Tous les laboratoires par4cipants