La Villa San Antonio fue fundada en el ao 1537 por el licenciado Antonio Navias Bolaos Oidor de la Audiencia de los confines en Guatemala.En este lugar por ser geogrficamente plano, y por estar ms cerca de la capitana general de Guatemala se pensaba instalar la capital de la Repblica pero los pobladores como fundadores no encontraron la piedra de cantera para iniciar con las construcciones de edificios

Por lo que se fueron por la margen del rio Humuya hasta llegar a Comayagua encontrando el material preciado en el cerro el nance en cercanas de aquel lugar, quedando en este sitio pobladores considerados entre una mescla de Indios y morenos, la poblacin fue creciendo paulatinamente de acuerdo a la procreacin entre ambas razas o denominaciones; a mediados del ao de 1700 llegaron procedentes de Curur o cururo de la provincia de la Paz unos sacerdotes misioneros perteneciente a la orden de los mercedarios y fundaron la primera iglesia catlica dedicada a la virgen de la merced construyendo su propio templo religioso en el Barrio que lleva su mismo nombre, con las siguientes caractersticas: tiene un tamao aproximado de 130 metros cuadrados, de largo 13.5 metros de ancho 10,3 metros su altura es de 9.1 metros hecha de adobes y parte de su campanario es de ladrillo, el piso es de ladrillo de barro aunque anteriormente tenia ladrillo esmaltado fabricado aqu en la Villa pero al hacer su reparacin fue cambiado por el actual.

En el ao de 1825 le fue otorgado el ttulo de Pueblo, pos su desarrollo y siendo cuna de soldados bien disciplinados en el ao de 1882 se le concedi el rango de Villa, posteriormente por gestiones del obispo Jos Manuel Vlez en el ao de 1900 se elev a Titulo de Municipio perteneciendo a esta cabecera Municipal Lamani, San Sebastin y Humuya, tuvo por primer nombre San Antonio del Valle y posteriormente se le llamo Villa San Antonio, Por Decreto Legislativo 130-2001 del Soberano Congreso Nacional de Honduras por unanimidad se le otorgo el Ttulo de Ciudad en el que se lee Textualmente: Articulo 1.- dar el Ttulo de Ciudad a la cabecera del Municipio Villa San Antonio Departamento Comayagua cuya denominacin ser CIUDAD VILLA SAN ANTONIO el 1 de Noviembre del 2001 el cual fue publicado en el diario oficial la Gaceta.

La Villa San Antonio posee su propia cultura autctona de acuerdo a sus costumbres y tradiciones por lo que debemos conservarla, predomina la libertad de cultos pero por generaciones la mayora de sus habitantes profesan la religin catlica, su patrimonio es la agricultura, la ganadera y la elaboracin de la deliciosa Rosquilla; su ubicacin geogrfica es en el centro de la Repblica, su clima es variable y su gente es muy generosa.Durante todo el periodo colonial en Hondura, se van a dar 3 tipos diferentes de pobladores al saber:

Las villas y ciudades fundadas solo por espaoles, tal sera el caso triunfo de la cruz Puerto Caballos Trujillo, San Pedro sula, Gracias a Dios, Valladolid de Comayagua San Jorge de Olancho y Choluteca.Los centros urbanos que salieron alrededor de la minas de plata, como casco de Tegucigalpa, El corpus, Cedros Santa Lucia, San Antonio Oriente Apoteca Yuscaran por solo anunciar las ms importantes que han llegado hasta nuestros das .Las reducciones indgenas y pueblos que dependieron de su importancia llegaron hasta nuestros das y otros que desaparecieron con correr de los tiempos, y que no enumeramos ahora por ser tantos, ya que los documentos coloniales no hablaban de ms de 135 pueblos de indios dispersos por toda Honduras.Desde un inicio los indios de la colonia el mestizaje se va a dar en Honduras en tres grupos radicales bien definidos.

Los blancos los indios y los negros, cuya mezcla va a salir los mestizo, mulatos, los pardos que a su vez al mezclarse va producir un gran variedad de castas como los castizos, los tercerones, cuarterones los vuelven otros, los lavos y otros que sera muy largo de enumerar.

En la segunda mitad del siglos XVII, ya las castas eran predominantes en todas las antiguas poblaciones de espaoles, pues junto a ellas estaban los esclavos negros, los indios laborias, los indios encomendados, los mestizos, los pardos, los mulatos libres que formaban el grueso de las poblaciones.

Como por las leyes nuevas de 1524 la audiencia de los confines prohbe la esclavitud de indios, declarndolos sbditos de la corona castellana de esclavos para ser repartidos entre espaoles.

Hay que suponer que la Villa San Antonio fue como dice el gobernador de Comayagua fundada por Oidor Bolaos en una poca indetermina del periodo del gobierno del Oidor en la audiencia de Guatemala pero para 1683 ya exista como villa de pardos y mulatos.

Todos los pardos y mulatos eran artesanos y pequeos propietarios de tierras la villa adquiri pronto un prestigio como formadores de soldados disciplinarios y artesanos.