La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
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La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
Jean-Claude Bradley
Mai 9, 2011
ACFAS: Une Autre Science est Possible
Professeur de chimieUniversité Drexel
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L'industrie partage de plus en plus de ses données
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Possibilités de collaboration compétitive
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Quelques initiatives pour la promotion de transparence dans la découverte de
médicaments
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La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
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Il n'existe pas de faits, seulement des valeurs
mesurées
La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert maintient
l'intégrité de la provenance des données en mettant le contexte
des mesures explicite
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CONFIANCE
PREUVE
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Premièrement enregistrer et par la suite structurer
Afin d'être découvrable, utiliser des formats favorable pour Google (HTML simple, aucun
mot de passe)
Afin d'être reproductible libre utilisation des outils gratuits (Wikispaces, Google
Spreadsheets)
Stratégie pour un cahier de laboratoire ouvert :
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Projet UsefulChem: la recherche Projet UsefulChem: la recherche fondamentale ouverte dans la conception fondamentale ouverte dans la conception
de médicaments en utilisant des outils de médicaments en utilisant des outils Web2.0Web2.0
Docking
Synthèse
Essais
Rajarshi GuhaIndiana U
JC BradleyDrexel U
Phil RosenthalUCSF
(paludisme)
Dan ZaharevitzNCI
(tumeurs)
Tsu-Soo TanNanyang Inst.
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Cible pour le paludisme: falcipain-2impliqué dans le métabolisme
d'hémoglobine
Dana.org
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La reaction de Ugi
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Résultat de la collaboration Guha-Bradley-Rosenthal
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Les références aux articles, blogs, pages cahier de laboratoire, les
données brutes
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La réaction de Ugi: peut-on prédire les précipitations?
Peut-on prédire la solubilité dans les solvants organiques?
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La collecte de données sur la solubilité par « crowdsourcing »
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Juges pour le concour de solubilité
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Gagnants du concour de solubilité
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Les mesures de solubilité recueillies dans une feuille de
calcul Google
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Requête Web basé sur la feuille de calcul Google (Rajarshi Guha)
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Provenance des données:Un article de Wikipédia
conduit...
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…au cahier de laboratoire et les données brutes
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Spectres RMN interactifs utilisant JSpecView et JCAMP-DX
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(Andy Lang, Tony Williams)
Spectres à partir de données ouverte pour l'enseignement
(Andy Lang, Tony Williams, Robert Lancashire)
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Données brutes en images
Splatter?
Some liquid
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YouTube pour démontrer les expériences
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L'importance de la disponibilité des données brutes
Manqué dans une publication
préalable sur la solubilité de ce
composé
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Etude de cas: Cours de Recherche
d‘Information Chimique à Drexel (automne 2009/2010)
Optimisation du système éducatif pour contribuer nouvelle science
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La fiche de validation de l'information chimique
567 mesures vérifiées et référencées
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L'explorateur de validation de l'information chimique
(Andrew Lang)
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Découvrir les valeurs aberrantes pour des points de fusion
![Page 31: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/31.jpg)
Recherche de l‘incohérence du p.f. de EGCG
![Page 32: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/32.jpg)
Recherche de l’ incohérences du p.f. de cyclohexanone
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Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment les mêmes sources pour les points
de fusion
![Page 34: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/34.jpg)
Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment les mêmes sources pour les points
d'ébullition
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Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment PAS les mêmes sources pour les
points d'éclair
![Page 36: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/36.jpg)
Sources de données les plus utilisés
![Page 37: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/37.jpg)
Alfa Aesar fait don de leurs points de fusion au public
![Page 38: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/38.jpg)
Explorateur de Point de fusion
![Page 39: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/39.jpg)
Valeurs aberrantes
MDPI dataset
EPI (via ChemSpider)
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Valeurs aberrantes
Alfa Aesar
![Page 41: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/41.jpg)
Les incohérences et les problèmes de SMILES dans le dataset MDPI
![Page 42: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/42.jpg)
Ensemble de données MDPI étiquetés avec un Haut Niveau de confiance
![Page 43: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/43.jpg)
Ensembles de données de points de fusion
![Page 44: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/44.jpg)
Modélisation de données ouvertes de point de fusion utilisant les descripteurs de CDK (Andrew
Lang)
R2 = 0.78, TPSA and nHdon most important
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Service de prediction de point de fusion
![Page 46: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/46.jpg)
Autres services web…
(Andrew Lang)
Modélisation de solubilité
![Page 47: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/47.jpg)
Services Web dans une feuille de calcul Google
(Andrew Lang)
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Intégration des services Web multiples à Recommander Solvants
pour réactions
(Andrew Lang)
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Utilisation de point de fusion pour la prédiction de la solubilité dépendante de la
température
![Page 50: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/50.jpg)
![Page 51: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/51.jpg)
![Page 52: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/52.jpg)
Livre Reaction Attempts
![Page 53: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/53.jpg)
Reactions
![Page 54: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/54.jpg)
![Page 55: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/55.jpg)
Services Web
![Page 56: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/56.jpg)
Archives
![Page 57: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/57.jpg)
Livre de Solubilite cite pour une application de nanotechnologie
![Page 58: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/58.jpg)
(Don Pellegrino)
Carte sociale de chercheurs et produits chimiques
![Page 59: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/59.jpg)
Decanoic acid
WaterNaCl
![Page 60: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/60.jpg)
Recherche pour les applications de la solubilité sur le cancer du sein
![Page 61: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/61.jpg)
Solubilité prévisée pour le Taxol
Pred Exp
![Page 62: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/62.jpg)
Prédictions de la solubilité du Taxol dans l’eau selon la température (M)
![Page 63: La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022070303/5497daf5b47959e2328b4570/html5/thumbnails/63.jpg)
Conclusions
Utilisez des outils web gratuits et formats de données ouverts et partagez aussitôt que
possible
1. Google Spreadsheets2. Wikispaces3. YouTube, SlideShare, LuLu, Nature Precedings,
etc. 4. JCAMP-DX