Kul Gen Mikroba
-
Upload
kurniatikhasanahqhafisaqurratulain -
Category
Documents
-
view
217 -
download
0
Transcript of Kul Gen Mikroba
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
1/23
MIKROBIOLOGIMIKROBIOLOGIDASARDASAR
http://mikrobiolunsoed.wordpress.com/http://mikrobiolunsoed.wordpress.com/http://mikrobiolunsoed.wordpress.com/http://www.animationartgallery.com/artpages/superheroart.html
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
2/23
1. PENDAHULUAN
2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
3. STRUKTUR DAN FUNGSI SEL MIKROORGANISME
4. PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
5. GENETIKA MIKROORGANISME
6. BIOENERGETIKA MIKROORGANISME
7. PENGENDALIAN PERTUMBUHAN MIKROORGANISME8. INTERAKSI DAN PENYEBARAN MIKROORGANISME
9. PERANAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN
http://www.animationartgallery.com/artpages/superheroart.html
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
3/23
I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATI! BA!TERIOLOGY
I". GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
POKOK BAHASAN
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
4/23
I. PENDAHULUAN
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis
Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam kelompok-
kelompok (taksa)
Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-
kelompok taksonomi
dentifikasi adalah penentuan isolat tertentu pada takson
tertentu
Peranan taksonomi mikroba!
"emungkinkan ilmu#an mengorganisasikan se$umlah
besar pengetahuaann%a
"emungkinkan ilmu#an membuat prediksi dan kerangkahipotesis tentang organisme
"enempatkan organisme dalam kelompok-kelompok
bermakna dengan memberi nama se&ara tepat' $adi akan
mempermudah komunikasi ilmiah
Penting untuk identifikasi mikroorganisme se&ara tepat
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
5/23
Sistematik adalah ka$ian ilmiah organisme dengan tu$uan
akhir untuk mengkarakterisasi dan menempatkan organisme
dengan &ara %ang teratur
Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode
perubahan besar %ang disebabkan oleh penggunaan teknik
molekuler
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
6/23
I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATI! BA!TERIOLOGY
I". GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
POKOK BAHASAN
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
7/23
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
Bumi berumur kira-kira '* mil%ar tahun dan sisa-sisa fosil
sel prokariotik berumur +',-+' mil%ar tahun terdapat dalam
stromatolit dan batuan sedimen
Stromatolit adalah batuan berlapis %ang dibentuk dari
penggabungan sedimen mineral men$adi hamparan
mikroba (mi&robial mats)
Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob
Sianobakteri aerobik mungkin mun&ul .',-+'/ mil%ar
tahun %ang lalu
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
8/23
Hasil penelitan 0arl 1oese dan ka#an-ka#an
men%arankan bah#a organisme dibagi dalam tiga
domain!
2 3ukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik
. Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik %ang mempun%ai
r4NA bakterial and lipid membran terutama berupa diasil
gliserol eter
+ Ar&haea-terdiri dari organisme prokariotik %ang mempun%ai
r4NA ar&haeal dan lipid membran terutama berupada
isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
9/23
The Three-Domain SystemThe Three-Domain System
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
10/23
Sel eukariotik modern %ang mun&ul kurang lebih 2'
mil%ar tahun %ang lalu berasal dari prokariot
Hipotesis ! perkembangan kloroplast dan mitokondria
merupakan pelipatan (in5aginasi) membran plasma dan
kemudian membentuk ruang- ruang (&ompartmentali6ation)
dengan fungsi tertentu
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
11/23
Hipotesis (hipotesis endosimbiotik) men%arankan sebagai
berikut!
Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk
nukleus (mungkin fusi bakteri dan ar&haea purba) Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik %ang hidup
bebas bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif
(sianobakteria dan proklron disarankan sebagai kandidat
%ang paling kuat)
"itokondria mungkin terbentuk melalui proses %ang sama
(tetua Agroba&terium' 4hi6obium' dan riketsia men$adi
kandidatn%a)
Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari
penemuan sianobakterium %ang berendosimbiotik dengan
protista biflagelata (0%anophora parado7a)8 sianobakterium
berfungsi sebagai &hloroplast 0%anophora parado7a8
endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel (&%anelle)
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
12/23
I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATI! BA!TERIOLOGY
I". GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
POKOK BAHASAN
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
13/23
III. TINGKATAN TAKSONOMI
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
Tingkatan taksonomi (dari ba#ah ke atas) adalah!
spesies'
genus'
famili'
ordo'
klas'
kera$aan (kingdom)8
Namun' ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi
(suatu pengelompokan %ang kurang formal) %ang bersifat
deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu'
seperti metanogen' purple ba&teria' bakteri asam laktat' dan
lain-lain
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
14/23
9alur adalah populasi organisme %ang dapat dibedakan dari
sekurang-kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu
kategori taksonomik' galur dianggap berasal dari organisme
tunggal atau isolat kultur tunggal
Bio5ar : berbeda se&ara biokimia#i atau fisiologis
"orfo5ar : berbeda se&ara morfologi
Sero5ar : berbeda sifat antigenik
9alur tipe (T%pe strain) adalah galur suatu spesies %ang
dika$i pertama kali (%ang paling rin&i dikarakterisasi)' galur
ini tidak harus anggota %ang paling me#akili
9enus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) %ang telah
ditentukan dengan sangat baik %ang se&ara $elas terpisah
(berbeda) dari genera lain
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
15/23
;alam sistem nomenklatur binomial %ang dia$ukan oleh
0arl 5on
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
16/23
I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATI! BA!TERIOLOGY
I". GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
POKOK BAHASAN
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
17/23
IV. SISTEM KLASIFIKASI
#2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
Klasifikasi Alami (Natural &lassifi&ation) :
penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok %ang
anggota-anggotan%a mempn%ai ban%ak kesamaan sifat dan
men&erminkan seban%ak mungkin sifat biologis organisme
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
18/23
Sistem (Pheneti& s%stems) adalah mengelompokkan
organisme didasarkan atas kesamaan se&ara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami %ang didasarkan atas
kesamaan karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
"enggunakan =un#eighted traits>
Sistem terbaik $ika membandingkan seban%ak mungkin sifat(attributes)
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
19/23
Taksomi Numerik (Numeri&al ta7onom%)
nformasi sifat suatu organisme dikon5ersikan ke bentuk
%ang sesuai untuk analisis numerk dan dibandingkan
menggunakan komputer
Ada atau tidakn%a sekuran-kurangn%a ,/ (sebaikn%a
beberapa ratus) karakater dibandingkan8 karakter tersebut
di antaran%a karakter morfologi' biokimia#i' dan fisiologi) Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter
%ang dimiliki oleh dua organisme
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
20/23
Koefisien kesesuaian sederhana (Simple mat&hing
&oeffi&ient) : proporsi %ang sesuai (mat&h) baik untuk
karakter %ang ada maupun tidak ada
Koefisien ?a&&ard (?a&&ard &oeffi&ient) : mengabaikan
karakter-karakter %ang tidak ada pada kedua organisme
Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks
kesamaan (similarit% matri7)8 organisme dengan kesamaantinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons)
Perbedaan (signifi&an&e) fenon tidak selalu $elas terlihat
tetapi fenon dengan kesamaan /@ seringkali dianggap
satu spesies (bakteri)
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
21/23
Sistem (Pheneti& s%stems) adalah mengelompokkan
organisme didasarkan atas kesamaan se&ara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami %ang didasarkan atas
kesamaan karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
"enggunakan =un#eighted traits>
Sistem terbaik $ika membandingkan seban%ak mungkin sifat(attributes)
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
22/23
Sistem filogenetik (filetik) Ph%logeneti& (ph%leti&)
-pengelompokan organisme didasarkan pada hubungan
e5olusioner
2 ntuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan
e5olusi karena kekurangan &atatan fosil %ang baik
. Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen
seperti r4NA dan protein dapat digunakan untuk mengatasikesulitan tersebut di atas
-
8/18/2019 Kul Gen Mikroba
23/23