Ion Torrent ターゲットリシーケンス製品ガイド4...

Ion Torrent™ ターゲットリシーケンス製品ガイド

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目　次

3 Ion AmpliSeq™ テクノロジー

4 Ion AmpliSeq™ カタログパネル

10 Ion AmpliSeq™ カスタムパネル

11 Ion AmpliSeq™ コミュニティーパネル

11 Ion AmpliSeq™ エクソームパネル

12 Ion AmpliSeq™ ライブラリーキット

12 Ion Library Equalizer™ キット

12 Ion Xpress™ Barcode アダプターキット

13 カスタムプライマー設計

13 Ion AmpliSeq™ デザイナー利用方法

14 Ion AmpliSeq™ カスタム/コミュニティーパネルオンラインオーダー方法

15 データ解析

15 Ion Reporter™ ソフトウェア利用方法

16 Ion TargetSeq™ テクノロジー

17 エクソンキャプチャー

18 TaqMan® アッセイ

19 SNPジェノタイピングアッセイ

20 SNPジェノタイピング用試薬

22 変異解析

23 コピー数多型解析

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Ion AmpliSeq™テクノロジー概要

Ion AmpliSeq™テクノロジーは、ターゲットになるゲノム領域にプライマーを設計し、PCRでマルチプレックス増幅することにより、目的のDNAを濃縮する全く新しいターゲットエンリッチメント手法です。これまでは難しいと考えられていたマルチプレックスPCRの障害を克服することにより、数百～数千のPCR産物を同時に回収し、イオントレントにより短時間でシーケンスすることを可能にしました。PCRによりターゲット領域を増幅するため、わずか10ngの初期DNA量があればシーケンスすることができ、臨床研究におけるホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織やトランスレーショナルリサーチにおける貴重なサンプルからも、確実に、かつ低頻度な変異も高感度に検出することができます。

Ion AmpliSeq™ Designer

カスタムパネル設計

ライブラリ作製

Ion AmpliSeq™ Library Kit Ion OneTouch™ システム Ion PGM™ シーケンサ Torrent サーバ

テンプレート調製シーケンスデータ解析

2.5時間

Ion Reporter™ ソフトウェア

アノテーション付与

Ion AmpliSeq™

CustomPanels

2~4時間

0.5時間

0.5時間

7時間

3.5時間

遺伝子情報をオンラインで入力。所要時間数分。

誰にでも始められるPCRによる次世代シーケンスのためのライブラリ作製

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主要ながんの変異を少量のDNAから高感度に検出

Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2がん遺伝子およびがん抑制遺伝子をターゲットに設計された207ヶ所のプライマーペアが、1チューブのプライマープールに収められ提供されます。米国の国立がん研究所（NCI）などの協力を得て、がん遺伝子や腫瘍プレッサー遺伝子など、50遺伝子、2,790ヶ所の変異を網羅的に探索するのに適しています。サンプル由来のわずか10ngのDNAをプライマープールの入ったチューブに入れ、必要試薬を加えてPCRにより増幅させることで、イオントレントでシーケンスするためのPCR産物が得られます。Ion

AmpliSeq™ Library Kit 2.0を利用することで、ライブラリを短時間作成することができます。

• 10 ngのＤＮＡからスタート

• 1チューブのマルチプレックスPCRによりターゲットを増幅

• Ion 314™ / 316™ / 318™ chip対応

• FFPEサンプル対応

がん関連遺伝子の網羅的変異解析

Ion AmpliSeq™ Comprehensive Cancer Panelがん遺伝子およびがん抑制遺伝子をターゲットに設計された、約16,000ヶ所のプライマーペアが、4チューブのプライマープールに収められ提供されます。癌研究をリードする著名な研究者との共同研究や、種々の文献やデータベース検索から得られる情報を取り入れることにより、頻繁に引用される主要な遺伝子のエクソン領域を含んでいます。このパネルは、複数の遺伝子ファミリーに渡って、コーディングDNA領域（CDS）およびスプライスバリアントを同時に解析できるようデザインされています。代謝経路に基づいて遺伝子の選択を行うことにより、シグナルカスケード、アポトーシス遺伝子、

DNA修復遺伝子、転写調節因子、炎症反応遺伝子および成長因子遺伝子に加え、癌ドライバー遺伝子およびドラッグターゲットにおける変異スペクトルのプロファイリングを、1回のアッセイで行うことができます。広範囲ながん遺伝子をターゲットとし、煩雑で手間の掛かるプライマーデザインおよびターゲットの選択作業を代行することにより、研究のスピードを加速できます。本製品には、Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2の50遺伝子も網羅されています。

• 40ngのDNAからスタート


• 4チューブのライブラリをミックスして1ランでシーケンス

• Ion 318™ チップ対応

• FFPEサンプル対応

Ion AmpliSeq™ カタログパネル

ターゲット遺伝子リスト

KRAS BRAF EGFR TP53 PIK3CA CSF1R JAK2

NRAS PTPN11 ERBB2 SRC FGFR3 NPM1 CDKN2A

RET HNF1A SMAD4 GNAS PDGFRA MPL ABL1

PTEN FLT3 STK11 SMARCB1 KIT MET NOTCH1

FGFR2 RB1 JAK3 VHL KDR SMO EZH2

HRAS AKT1 ALK MLH1 FBXW7 FRBB4 GNA11

ATM CDH1 IDH1 CTNNB1 APC FGFR1 GNAQ

IDH2■：TaqMan® Mutation Detection Kitが用意されています。詳しくは22ページをご覧ください。

製品名サイズ* 製品番号価格Ion AmpliSeq™Cancer Hotspot Panel v2 8反応 4475346 ¥24,000Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000Ion Xpress™Barcode Adaptors 1-16 Kit**

16BC×10反応

4471250 ¥192,000

製品名サイズ* 製品番号価格Ion AmpliSeq™Comprehensive Cancer Panel

8反応 4477685 ¥96,000

Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0*　 8反応 4475345 ¥96,000Ion Xpress™Barcode Adaptors 1-16 Kit**

16BC×10反応

4471250 ¥192,000

* Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0には、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。

**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520） 81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。

製品概要

ターゲット遺伝子数 50遺伝子

アンプリコン長 111～187 bp（平均154 bp）

プール数 1本

初期DNA量 10 ng（10 ng x 1本）

ワークフロー時間 10時間

カバレッジ均一性* >95%

オンターゲット率** >90%

平均カバレッジ NA

*平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合**1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列

製品概要



プール数 4本

初期DNA量 40 ng（10 ng x 4本）




平均カバレッジ数 NA


Ion AmpliSeq™テクノロジー

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遺伝性疾患の網羅的変異解析

Ion AmpliSeq™ Inherited Disease Panelメンデル遺伝する一般的な遺伝性疾患をターゲットとする10,000ヶ所のプライマーペア以上、3プールのプライマーペアから構成されており、遺伝性疾患の原因遺伝子の変異を網羅的に探索するのに適しています。このパネルには、神経性疾患、心疾患、発育障害、代謝異常など、700種類以上の独立した遺伝性疾患に関連する、328種類の遺伝子エクソンコード領域を含みます。本製品のターゲット遺伝子は、遺伝性疾患を研究する臨床分子遺伝学者らによって選定され、NIH Test Registryにリストアップされた遺伝子にマッチするよう開発されており、極めて簡単な操作で、短時間で結果を得ることができる、大変効率的なゲノム解析手法です。

• 30 ngのDNAからスタート


• 3チューブのライブラリをミックスして1ランでシーケンス

• Ion 316™ / 318™ chip対応

サンプルの識別が可能な配列情報を付加

Ion AmpliSeq™ Sample ID PanelIon AmpliSeq™ 疾患パネルおよびカスタムパネルを利用してターゲット領域を増幅する際に、Ｉon AmpliSeq™ Sample ID Panelを1μL添加することで、サンプルに固有の配列情報（SNPジェノタイピング）を同時に取得することにより、確実で間違いのないサンプル間の比較を行うことができます。

製品名サイズ* 製品番号価格Ion AmpliSeq™ Sample ID Panel 96反応 4479790 ¥15,000

製品名サイズ* 製品番号価格Ion AmpliSeq™Inherited Disease Panel

8反応 4477686 ¥72,000

Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000Ion Xpress™Barcode Adaptors 1-16 Kit**

16BC×10反応

4471250 ¥192,000


**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520） 81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。　　詳しくは12ページをご覧ください。

ターゲット遺伝子リスト神経筋疾患 245疾患、87遺伝子

心疾患 159疾患、62遺伝子

発育障害 193疾患、75遺伝子

代謝異常 46疾患、28遺伝子

その他（遺伝性がんや視覚障害など） 210疾患、73遺伝子

製品概要



プール数 3本

初期DNA量 30ng（10 ng x 3本）




平均カバレッジ数 NA


• Ion AmpliSeq™各種パネルのPCR反応時に1μL添加

• サンプル固有のSNPジェノタイピングが可能

• 同一個体からの腫瘍組織間の比較や正常 / 腫瘍組織の比較を取り違いなく実施


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Ion AmpliSeq™ Comprehensive Cancer Panel ターゲット遺伝子リスト

ABL1 AURKA BMPR1A CDK4 CTNNB1 EPHB4 FANCD2 FZR1ABL2 AURKB BRAF CDK6 CYLD EPHB6 FANCF G6PD

ACVR2A AURKC BRD3 CDK8 CYP2C19 ERBB2 FANCG GATA1ADAMTS20 AXL BRIP1 CDKN2A CYP2D6 ERBB3 FAS GATA2

AFF1 BAI3 BTK CDKN2B DAXX ERBB4 FBXW7 GATA3AFF3 BAP1 BUB1B CDKN2C DCC ERCC1 FGFR1 GDNFAKAP9 BCL10 CARD11 CEBPA DDB2 ERCC2 FGFR2 GNA11AKT1 BCL11A CASC5 CHEK1 DDIT3 ERCC3 FGFR3 GNAQAKT2 BCL11B CBL CHEK2 DDR2 ERCC4 FGFR4 GNASAKT3 BCL2 CCND1 CIC DEK ERCC5 FH GPR124ALK BCL2L1 CCND2 CKS1B DICER1 ERG FLCN GRM8APC BCL2L2 CCNE1 CMPK1 DNMT3A ESR1 FLI1 GUCY1A2AR BCL3 CD79A COL1A1 DPYD ETS1 FLT1 HCAR1

ARID1A BCL6 CD79B CRBN DST ETV1 FLT3 HIF1AARID2 BCL9 CDC73 CREB1 EGFR ETV4 FLT4 HLFARNT BCR CDH1 CREBBP EML4 EXT1 FN1 HNF1AASXL1 BIRC2 CDH11 CRKL EP300 EXT2 FOXL2 HOOK3ATF1 BIRC3 CDH2 CRTC1 EP400 EZH2 FOXO1 HRASATM BIRC5 CDH20 CSF1R EPHA3 FAM123B FOXO3 HSP90AA1ATR BLM CDH5 CSMD3 EPHA7 FANCA FOXP1 HSP90AB1ATRX BLNK CDK12 CTNNA1 EPHB1 FANCC FOXP4 ICK

IDH1 KRAS MLH1 NFKB2 PIK3C2B RARA SOCS1 TOP1IDH2 LAMP1 MLL NIN PIK3CA RB1 SOX11 TP53IGF1R LCK MLL2 NKX2-1 PIK3CB RECQL4 SOX2 TPRIGF2 LIFR MLL3 NLRP1 PIK3CD REL SRC TRIM24IGF2R LPHN3 MLLT10 NOTCH1 PIK3CG RET SSX1 TRIM33IKBKB POT1 MMP2 NOTCH2 PIK3R1 RHOH STK11 TRIP11IKBKE LPP MN1 NOTCH4 PIK3R2 RNASEL STK36 TRRAPIKZF1 LRP1B MPL NPM1 PIM1 RNF2 SUFU TSC1IL2 LTF MRE11A NRAS PKHD1 RNF213 SYK TSC2

IL21R LTK MSH2 NSD1 PLAG1 ROS1 SYNE1 TSHRIL6ST MAF MSH6 NTRK1 PLCG1 RPS6KA2 TAF1 UBR5IL7R MAFB MTOR NTRK3 PLEKHG5 RRM1 TAF1L UGT1A1ING4 MAGEA1 MTR NUMA1 PML RUNX1 TAL1 USP9XIRF4 MAGI1 MTRR NUP214 PMS1 RUNX1T1 TBX22 VHLIRS2 MALT1 MUC1 NUP98 PMS2 SAMD9 TCF12 WASITGA10 MAML2 MUTYH PAK3 POU5F1 SBDS TCF3 WHSC1ITGA9 MAP2K1 MYB PALB2 PPARG SDHA TCF7L1 WRNITGB2 MAP2K2 MYC PARP1 PPP2R1A SDHB TCF7L2 WT1ITGB3 MAP2K4 MYCL1 PAX3 PRDM1 SDHC TCL1A XPAJAK1 MAP3K7 MYCN PAX5 PRKAR1A SDHD TET1 XPCJAK2 MAPK1 MYD88 PAX7 PRKDC SEPT9 TET2 XPO1JAK3 MAPK8 MYH11 PAX8 PSIP1 SETD2 TFE3 XRCC2JUN MARK1 MYH9 PBRM1 PTCH1 SF3B1 TGFBR2 ZNF384KAT6A MARK4 NBN PBX1 PTEN SGK1 TGM7 ZNF521KAT6B MBD1 NCOA1 PDE4DIP PTGS2 SH2D1A THBS1KDM5C MCL1 NCOA2 PDGFB PTPN11 SMAD2 TIMP3KDM6A MDM2 NCOA4 PDGFRA PTPRD SMAD4 TLR4KDR MDM4 NF1 PDGFRB PTPRT SMARCA4 TLX1KEAP1 MEN1 NF2 PER1 RAD50 SMARCB1 TNFAIP3KIT MET NFE2L2 PGAP3 RAF1 SMO TNFRSF14KLF6 MITF NFKB1 PHOX2B RALGDS SMUG1 TNK2

■：Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 ターゲット遺伝子


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Ion AmpliSeq™ Inherited Disease Panel ターゲット遺伝子リスト

Symbol Disease Symbol Disease

ABCA4 Retinitis Pigmentosa BMPR1A Juvenile Polyposis Syndrome

ABCC9 Dilated Cardiomyopathy 1O BTD Biotinidase Deficiency

ABCD1 X-Linked Adrenoleukodystrophy BTK Agammaglobulinemia, X-Linked, Type 1

ACADVL Very Long Chain Acyl-Coenzyme A Dehydrogenase Deficiency CA4 Retinitis Pigmentosa

ACTA2 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections CACNA1C Brugada Syndrome

ACTC1 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy CACNB2 Brugada Syndrome

ACTN2 Dilated Cardiomyopathy 1AA CALR3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

ADA Severe Combined Immunodeficiency CAPN3 Limb-Girdle Muscular Dystrophy Type 2A - Calpainopathy

AIPL1 Leber Congenital Amaurosis CASQ2 Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT)

AIRE Autoimmune Polyendocrine Syndrome CAV3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

AKAP9 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant CCDC39 Primary Ciliary Dyskinesia

AKR1B1 Androgen Insensitivity Syndrome CCDC40 Primary Ciliary Dyskinesia

ALPL Hypophosphatasia CDH23 Usher Syndrome Type 1

AMT Glycine Encephalopathy CEP290 Leber Congenital Amaurosis

ANK2 Long/Short QT Syndrome, Autosomal Dominant CERKL Retinitis Pigmentosa

APC APC-Associated Polyposis Conditions CFTR Cystic Fibrosis

APP Early-Onset Familial Alzheimer Disease CHAT Congenital Myasthenic Syndromes

APTX Ataxia with Oculomotor Apraxia Type 2 CHD7 Charge Syndrome

ARL6 Retinitis Pigmentosa CHEK2 Li-Fraumeni Syndrome

ARSA Arylsulfatase A Deficiency CHM Choroideremia

ASL Argininosuccinate Lyase Deficiency CHRNA1 Congenital Myasthenic Syndromes

ASPA Canavan CHRNB1 Congenital Myasthenic Syndromes

ATL1 Spastic Paraplegia-3A CHRND Congenital Myasthenic Syndromes

ATM Ataxia-Telangiectasia CHRNE Congenital Myasthenic Syndromes

ATP2A2 Darier Disease CLCN1 Myotonia Congenita

ATP7A Menkes/ATP7A-Related Copper Transport Disease CNGB1 Retinitis Pigmentosa

ATP7B Wilson Disease COL11A1 Stickler Syndrome, AD

ATXN1 Spinocerebellar Ataxia 1 COL11A2 Inherited Deafness

ATXN2 Spinocerebellar Ataxia 2 COL1A1 Osteogenesis Imperfecta

ATXN7 Spinocerebellar Ataxia 7 COL1A2 Osteogenesis Imperfecta

BAG3 Dilated Cardiomyopathy 1HH COL2A1 Stickler Syndrome, AD

BCKDHA Maple Syrup Urine Disease COL3A1 Ehlers-Danlos Syndrome

BCKDHB Maple Syrup Urine Disease COL4A1 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections

BEST1 Retinitis Pigmentosa COL4A5 Alport Syndrome

COL5A1 Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type FOXL2 Blepharophimosis-Ptosis-Epicanthus Inversus

COL5A2 Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type FRG1 Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy

COL7A1 Epidermolysis Bullosa Simplex FRMD7 FRMD7-Related Infantile Nystagmus

COL9A1 Stickler Syndrome FSCN2 Retinitis Pigmentosa

CRB1 Leber Congenital Amaurosis FXN Friedreich Ataxia

CRX Retinitis Pigmentosa GAA Pompe Disease -GSD II

CTDP1 Congenital Cataracts, Facial Dysmorphism, and Neuropathy GALT Galactosemia

CTNS Cystinosis GATA4 Atrial Septal Defect

CYP27A1 Cerebrotendinous Xanthomatosis GBA Gaucher Disease

DBT Maple Syrup Urine Disease GBE1 Glycogen Storage Disease Type VI

DCX Double Cortex Syndrome GCSH Glycine Encephalopathy

DES Dilated Cardiomyopathy GDF5 Brachydactyly

DHCR7 Smith-Lemli-Opitz Syndrome GJB2 Inherited Deafness, Top Genes

DKC1 Dyskeratosis Congenita GJB3 Inherited Deafness, Top Genes

DLD Maple Syrup Urine Disease GJB6 Inherited Deafness, Top Genes

DMD Duchenne/Becker Muscular Dystrophy GLA Fabry Disease

DNAH5 Primary Ciliary Dyskinesia GLDC Glycine Encephalopathy

DNAH9 Primary Ciliary Dyskinesia GNE Inclusion Body Myopathy 2

DNAH11 Primary Ciliary Dyskinesia GNPTAB Mucolipidosis II

DNAI1 Primary Ciliary Dyskinesia GPC3 Wilms Tumor, Classical

DNAI2 Primary Ciliary Dyskinesia GPD1L Brugada Syndrome

DNM2 Charcot-Marie-Tooth Disease Type 2B GPR143 Ocular Albinism, X-Linked

DOK7 Congenital Myasthenic Syndromes GUCY2D Leber Congenital Amaurosis


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DSC2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HBA2 Alpha-Thalassemia - Southeast Asia

DSG2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HBB Sickle Cell Disease Beta-Thalassemia

DSP Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HCN4 Brugada Syndrome

DYSF Dysferlinopathy HEXA Hexosaminidase A Deficiency

ELN Supravalvular Aortic Stenosis HFE HFE-Associated Hereditary Hemochromatosis

EMD Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy, X-Linked HIBCH Beta-Hydroxyisobutyryl CoA Deacylase Deficiency (HIBCH Deficiency)

ENG Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia HMBS Hydroxymethylbilane Synthase (HMBS) Deficiency

EXT1 Exostoses, Multiple, Type 1 HR Alopecia Universalis Congenita (ALUNC)

EYA1 Branchiootorenal Spectrum Disorders IDS Hunter Syndrome (MPSII)

EYS Retinitis Pigmentosa IDUA Hurler Syndrome (MPSI)

F8 Hemophilia A IKBKAP Familial Dysautonomia (HSAN III)

F9 Hemophilia B IL2RG X-Linked SCIDS

FANCA Fanconi Anemia IMPDH1 Leber Congenital Amaurosis

FANCC Fanconi Anemia ITGB4 Epidermolysis Bullosa Simplex

FANCF Fanconi Anemia JAG1 Alagille Syndrome

FANCG Fanconi Anemia JUP Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy

FBN1 Marfan Syndrome KCNE1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant

FBXO7 Parkinson Disease KCNE2 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant

FGFR1 FGFR-Related Craniosynostosis Syndromes KCNE3 Brugada Syndrome

FGFR3 Hypochondroplasia KCNH2 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant

FMO3 Trimethylaminuria KCNJ2 Short QT Syndrome

KCNQ1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant NPC2 Niemann-Pick Disease Type C2

KCNQ4 Inherited Deafness NR2E3 Retinitis Pigmentosa

KIAA0196 Spastic Paraplegia 8 NRAS Noonan Syndrome

KLHL7 Retinitis Pigmentosa NSD1 Sotos Syndrome

KRAS Noonan Syndrome NUDT19 Retinitis Pigmentosa

KRT5 Epidermolysis Bullosa Simplex OCA2 Oculocutaneous Albinism Type 2

KRT14 Epidermolysis Bullosa Simplex OCRL Lowe Syndrome

L1CAM Spastic Paraplegia Type 1 - L1 Syndrome OTC Ornithine Transcarbamylase Deficiency

LAMB3 Epidermolysis Bullosa Simplex PABPN1 Oculopharyngeal Muscular Dystrophy

LAMP2 Dilated Cardiomyopathy PAFAH1B1 Lissencephaly 1

LDB3 Dilated Cardiomyopathy PAH Phenylketonuria (PKU)

LMNA Limb-Girdle Muscular Dystrophy, Type 1B PAX3 Waardenburg Syndrome, Type 1

LRAT Retinitis Pigmentosa PAX6 Aniridia

LRRK2 Parkinson Disease PCDH15 Usher Syndrome Type 1

MAPRE2 Retinitis Pigmentosa PEX1 Zellweger Syndrome

MAPT Parkinson-Dementia Syndrome PEX3 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MC1R Oculocutaneous Albinism Type 2 PEX5 Neonatal Adrenoleucodystrophy

MECP2 MECP2-Rett Syndrome PEX10 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MED12 Fryns Syndrome PEX13 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MEN1 Multiple Endocrine Neoplasia Type 1 PEX14 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MERTK Retinitis Pigmentosa PEX19 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MFN2 Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 2A PEX26 Peroxisome Biogenesis, Zellweger

MLH1 Turcot Syndrome PINK1 Parkinson Disease

MMAA Methylmalonic Acidemia PKD1 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Dominant

MMAB Methylmalonic Acidemia PKD2 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive

MMACHC Methylmalonic Acidemia PKHD1 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive

MPZ Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1B PKP2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy

MSH2 Turcot Syndrome PLEC Epidermolysis Bullosa Simplex

MTM1 X-Linked Myotubular Myopathy PLN Dilated Cardiomyopathy 1P

MUT Methylmalonic Acidemia PLOD1 Ehlers-Danlos Syndrome, Kyphoscoliotic Form

MYBPC3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PMM2 Congenital Disorder of Glycosylation Type 1a

MYH11 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections PMP22 Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1A

MYH6 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy POLG Alpers Syndrome

MYH7 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PPT1 Ceroid Lipofuscinoses (Batten Disease)

MYL2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PRCD Retinitis Pigmentosa


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MYL3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PRKAG2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

MYLK Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PROM1 Retinitis Pigmentosa

MYO7A Usher Syndrome Type 1 PRPF8 Retinitis Pigmentosa

MYOZ2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PRPF31 Retinitis Pigmentosa

NF1 Neurofibromatosis Type 1 PRPH2 Retinitis Pigmentosa

NF2 Neurofibromatosis Type 2 PSEN1 Early-Onset Familial Alzheimer Disease

NIPBL Cornelia de Lange Syndrome PSEN2 Early-Onset Familial Alzheimer Disease

NKX2-5 Tetralogy of Fallot PTCH1 Holoprosencephaly-7 & Basal Cell Nevus Syndrome

NPC1 Niemann-Pick Disease Type C1 PTPN11 Noonan Syndrome

RAF1 Noonan Syndrome SLC26A4 Pendred Syndrome/Syndromic Deafness

RAG1 Severe Combined Immunodeficiency SMAD3 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections

RAG2 Severe Combined Immunodeficiency SMAD4 Juvenile Polyposis Syndrome

RAI1 Smith-Magenis Syndrome SNCA Parkinson Disease

RAPSN Congenital Myasthenic Syndromes SNRNP200 Retinitis Pigmentosa

RB1 Retinoblastoma SNTA1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant

RDH12 Leber Congenital Amaurosis SOD1 Amyotrophic Lateral Sclerosis (Lou Gehrig’s Disease)

RET Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 SOS1 Noonan Syndrome

RHO Retinitis Pigmentosa SOX9 Campomelic Dysplasia

ROR2 Brachydactyly, Type B1 SPATA7 Retinitis Pigmentosa

RP9 Retinitis Pigmentosa SPG7 Spastic Paraplegia 7

RPE65 Leber Congenital Amaurosis STARD3 Cardiomyopathy (Dilated)

RPGR Retinitis Pigmentosa TAF1 X-Linked Dystonia-Parkinsonism

RPGRIP1 Leber Congenital Amaurosis TAZ Cardiomyopathy (Dilated)

RPL11 Diamond-Blackfan Anemia TBX5 Holt-Oram Syndrome

RPL35A Diamond-Blackfan Anemia TCOF1 Treacher Collins Syndrome

RPS6KA3 Coffin-Lowry Syndrome TGFBR1 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections

RPS7 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy TGFBR2 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections

RPS10 Diamond-Blackfan Anemia TMEM43 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy

RPS19 Diamond-Blackfan Anemia TNNC1 Dilated Cardiomyopathy

RPS24 Diamond-Blackfan Anemia TNNI3 Dilated Cardiomyopathy

RPS26 Diamond-Blackfan Anemia TNNT1 Nemaline Myopathy

RS1 X-Linked Juvenile Retinoschisis TNNT2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

RSPH4A Primary Ciliary Dyskinesia TNXB Ehlers-Danlos Syndrome, Hypermobility Type

RSPH9 Primary Ciliary Dyskinesia TOPORS Retinitis Pigmentosa

RYR1 Malignant Hyperthermia Susceptibility TP53 Li-Fraumeni Syndrome

RYR2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy TPM1 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

SALL4 Duane Syndrome - Autosomal Dominant TSC1 Tuberous Sclerosis Complex

SCN1B Brugada Syndrome TSC2 Tuberous Sclerosis Complex

SCN3B Brugada Syndrome TTPA Ataxia with Vitamin E Deficiency

SCN4B Long QT Syndrome, Autosomal Dominant TTR Familial Transthyretin Amyloidosis

SCN5A Brugada Syndrome TULP1 Retinitis Pigmentosa

SCN9A SCN9A-Related Inherited Erythromelalgia TWIST1 Saethre-Chotzen Syndrome

SEMA4A Retinitis Pigmentosa TXNDC3 Primary Ciliary Dyskinesia

SERPINA1 Alpha-1-Antitrypsin Deficiency TYR Oculocutaneous Albinism Type 1

SERPING1 Angioedema, Hereditary, Types I and II USH1C Usher Syndrome Type 1

SGCD Dilated Cardiomyopathy USH2A Usher Syndrome Type 2

SH3BP2 Cherubism VCL Familial Hypertrophic Cardiomyopathy

SIX1 Branchiootorenal Spectrum Disorders VHL von Hippel-Lindau Syndrome

SIX5 Branchiootorenal Spectrum Disorders WAS Wiskott-Aldrich Syndrome

SLC25A4 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy WRN Werner Syndrome

SLC25A13 Citrin Deficiency WT1 Wilms Tumor, Classical


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Ion AmpliSeq™ カスタムパネル

製品概要

スモールパネルラージパネル

アンプリコン数（ターゲットサイズによる） 24～96アンプリコン 97～6,144アンプリコン

アンプリコン長 100 or 200bpのいずれか選択

プール数（デザインによる） 1～3本

サイズプライマープール（チューブ） 750反応 3,000反応

プライマーペレット（384wellプレート） 1,500反応 6,000反応

Ion AmpliSeq™ Designer


Ion AmpliSeq™ Library Kit Ion OneTouch™ システム Ion PGM™ シーケンサ Torrent サーバ

テンプレート調製

シーケンシングデータ解析

2~4時間

0.5時間

7時間

3.5時間

2.5時間

Ion AmpliSeq™

CustomPanels

遺伝子情報をオンラインで入力。所要時間数分。

カスタムパネルのデザイン

製品名サイズ* 製品番号価格Ion AmpliSeq™Custom Panel スモール：

750反応ラージ：

3,000反応

お問い合わせ（1プライマーペアあたり）￥750

Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000Ion Xpress™Barcode Adaptors 1-16 Kit**

16BC×10反応

4471250 ¥192,000


**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520）、81-96 Kit（製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。

目的に合わせターゲット領域や遺伝子名から

自在にカスタムプライマープールを作製

Ion AmpliSeq™ Custom PanelIon AmpliSeq™ カタログパネル（Cancer Hotsopt Panel v2、 Comprehensive Cancer Panel、Inherited Disease Panel）の一部遺伝子を変更したい、もしくは新規カスタムパネルを作製したい場合、カスタムプライマーデザイン設計のための専用サイト Ion AmpliSeq™ Designer

を利用することで自由にカスタムパネルを設計することができます。ターゲット領域の設定やサイズ、選択する遺伝子等に応じて、設計されるアンプリコンの数が異なり、24～96アンプリコンのスモールパネルと97～6,144アンプリコンまでのラージパネルのいずれかで設計されます。ターゲットの塩基配列等に応じて、プライマープールの数は異なります。

• 最大6,144アンプリコン、10kb程度までの領域にプライマーを　　自由に設計

• Ion AmpliSeq™カタログパネルやコミュニティパネルの　　　　　カスタマイズにも対応

• 3-4週間程度でお届け

100% 98.7% 95.2% 96.7% 96.6% 93.7%

デザイン1 デザイン2 デザイン3 デザイン4 デザイン5 デザイン6

34ホットスポット 8 kb 68 kb 116 kb 171 kb 249 kb

33アンプリコン 77アンプリコン 665アンプリコン 964アンプリコン 1,819アンプリコン 2,310アンプリコン

DNA1_Panel1 DNA2_Panel1 DNA3_Panel1 DNA4_Panel2 DNA5_Panel3 DNA6_Panel4

10x coverage 20x coverage 30x coverage 50x coverage

100%

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Ion AmpliSeq™ コミュニティーパネル

Ion AmpliSeq™ エクソームパネル

臨床研究のニーズに合わせた用途別パネル

Ion AmpliSeq™ Community Panel研究ニーズの高い領域のカスタムパネルから、研究者間で検証済のデザインを公開。再現性の高いシーケンスを実施することができます。コミュニティーパネルのラインナップは今後さらに追加されていきます。

• 最先端の研究者の検証済パネルがすぐに利用可能

• 最適化された解析パイプラインを提供

• カスタマイズしてオリジナルパネルにも変更可能

• 1プール当たりDNA量10ng～からスタート

わずか6時間でエクソームシーケンスのためのライブラリが完成

Ion AmpliSeq™ Exome Kitマルチプレックス PCRにより、簡単で効率的なエクソームエンリチメントを可能にしました。60分以内のハンズオンタイムで、6時間以内に。Ion

Proton™シーケンサにより、2サンプルを1ランで解読し、2日以内に必要なエクソーム解析を実行することができます。

• Ion Proton™ シーケンサに対応

• 12プールのマルチプレックスPCRによりエクソーム濃縮

• 60分以内のハンズオンタイム

• 6時間でライブラリが完成

• DNA量50～ 100ngからスタート製品名サイズ製品番号価格Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Panel

1 プール× 750 反応

お問合せ ¥67,500

Ion AmpliSeq™ TP53 Panel 2 プール× 750 反応

お問合せ ¥18,000

Ion AmpliSeq™ BRCA1 and BRCA2 Panel

3 プール× 3000 反応

お問合せ ¥125,250

Ion AmpliSeq™ CFTR Panel 2 プール× 3000 反応

お問合せ ¥76,500

Ion AmpliSeq™ Human Identity Panel 1 プール× 3000 反応

お問合せ ¥90,000

* Ion AmpliSeq™ Library Kit およびIon PI™ Chip Kit v2（4pack）を含みます。

製品名サイズ製品番号価格Ion AmpliSeq™ Exome RDY Kit 4 × 2* 4 × 2エクソーム/

プレート+4チップ4489061 ¥510,000

Ion AmpliSeq™ Exome RDY Kit 1 × 8* 1 × 8エクソーム/プレート+4チップ

4489873 ¥490,000

製品概要

ターゲット領域 CCDS領域の97％以上

プライマープール数 ~294,000プライマーペア/12プライマープール

初期DNA量 1サンプルあたり50～100 ng

エクソームエンリッチメントとライブラリ作製

6時間以内の全行程と60分以内のハンズオンタイムで1～8サンプルの処理が可能

結果を得るまでの時間 2日（DNAサンプルから解析完了まで）

マルチプレックス対応 Ion PI™ チップ v2により1ラン1～2サンプルのマルチプレックスに対応

0 5 10 15 20 25 30 35 40

I社 Rapid Exome Capture Kit*

Ion AmpliSeq™ Exome Kit

A社 Exome Kit**

Hands-off timeHands-on time

*I社 Rapid Capture Exome Data Sheet参照**A社 Exome Data Sheet およびプロトコール参照

HOURS:

エクソームエンリッチメント時間


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手間の掛かるライブラリー定量を3ステップに簡略化

Ion Library Equalizer™ Kitライブラリーを専用のプライマーで増幅後、磁気ビーズで吸着、精製することで、一定濃度のライブラリーを簡単な3ステップの工程で調製できるキットです。リアルタイム PCRや電気泳動等によるライブラリー定量の工程を省力化することができます。

•磁気ビーズによる一定量のライブラリー吸着、溶出により、ライブラリー定量を大幅に簡略化

•Ion Torrent™の各種DNAライブラリー（Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0、Ion Plus Fragment Library Kit、Ion Xpress ™ Plus Fragment Library Kit）に対応

Ion LibraryEqualizer™ キット

Ion AmpliSeq™ ライブラリーキット

Ion Xpress™ Barcode アダプターキット

最大96サンプルまでの同時ランに対応

Ion Xpress™ Barcode　Adaptor KitIon Torrent™のためのDNAライブラリーのアダプターに、シーケンスすることで識別可能な17塩基の配列を挿入。96種類の配列パターンを提供し、1ラン最大96サンプルのマルチプレックスを可能にします。1ランで多くのサンプルを同時にシーケンスすることで、サンプルあたりのランコストを抑えることができます。

• 1ラン最大96サンプルまでのマルチプレックスに対応

Ion AmpliSeq™各種パネルのためのライブラリ作製キット

Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0Ion AmpliSeq™各種パネルを利用してターゲット領域を増幅するための酵素およびその後のアダプターをライゲーションするための必要な試薬が含まれています。AmpliSeq™テクノロジーによるライブラリ作製を簡単に行うことができます。

• Ion AmpliSeq™各種パネルの1プールあたり1反応を使用

• Ion AmpliSeq™各種パネルのライブラリ作製に対応

• 96ＬＶおよび384LVは、96ウェルプレートフォーマットにより、多サンプル処理のためのオートメーションにも対応

製品名サイズ製品番号価格Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 8反応 4475345 ¥96,000Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0 – 96LV 96反応 4480441 ¥912,000Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0 – 384LV 384反応 4480442 ¥2,304,000

製品名サイズ製品番号価格Ion Xpress™ Barcode Adapters 1-16 Kit 16BC×

10 ライブラリー4471250 ¥192,000

Ion Xpress™ Barcode Adapters 17-32 Kit 16BC×10 ライブラリー

4474009 ¥192,000


4474518 ¥192,000


4474519 ¥192,000


4474520 ¥192,000


4474521 ¥192,000

製品名サイズ製品番号価格Ion Library Equalizer™ Kit 96 反応 4482298 ￥60,000


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Ion AmpliSeq™ デザイナー利用方法

Ion AmpliSeq™ Custom Panelのための専用デザインサイト

Ion AmpliSeq™ DesignerLife Technologiesのオンラインオーダーに登録したIDとパスワードを利用して、カスタムプローブを自由に設計することができます。デザインは保存することができ、合成が必要なものだけ、必要な時にオーダーすることができます。

利用方法①Ion AmpliSeq™ Designer（www.ampliseq.com）にアクセス　「Sign in」をクリック

②Life Technologies ID・パスワードを入力　「Sign in」をクリック

③新規デザインの作成　「Start a new design」をクリック

④プロジェクト名を入力　「Save」をクリック

⑤デザインの入力　デザイン方法（およびデザインタイプ）を選択し、遺伝子を入力

⑥デザイン提出　「Submit targets」をクリック

⑦見積価格の確認　「Request Quote」をクリック

カスタムプライマー設計

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Ion AmpliSeq™ カスタム/コミュニティーパネルオンラインオーダー方法

Ion AmpliSeq™ カスタムパネルなどの製品については、オンラインオーダーシステムを採用しています。このシステムのご利用には、事前登録が必要となります。一度ご登録いただければ、次回以降Life TechnologiesのユーザーIDとパスワードだけで簡単にご注文いただけます。

オンラインオーダー製品• Ion AmpliSeq™ カスタムパネル• Ion AmpliSeq™ コミュニティパネル

〈ご登録方法〉新規ユーザーアカウントのご登録に関する詳細は、以下のウェブサイトをご参照ください。www.ampliseq.comからページ中央「Sign in」をクリック

ご登録に関してご不明な点がありましたら弊社ヘルプデスクまでお問い合わせください。

メール：JPOrderAdminCS＠appliedbiosystems.com電　話：03-6832-6980（音声ガイダンス　①のあと　インビトロジェンカスタムプライマーの②を選んでください。）

ご登録からご注文までの流れ

AmpliSeq™ Designer にアクセス「Register new account」をクリック

Life Technologiesのオンラインオーダー新規登録フォームに必要事項を入力

Life Technologiesのオンラインオーダー IDとパスワードでログインしてデザイン、オンラインオーダー可能に

カスタムプライマー設計

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Ion Reporter™ ソフトウェア利用方法Ion Torrent™のデータ解析をサポートするクラウドアプリケーション

Ion Reporter™ Software1～ 3サンプルまでの比較変異解析や豊富なアノテーション、CNV解析、

16Sメタゲノム解析まで対応したIon Torrent™のデータ解析のためのクラウドアプリケーションです。コマンドラインによる操作不要で、グラフィカルな操作画面で必要なデータ解析を実行できます。

利用方法

① Ion Reporter™ Software　（https://ionreporter.iontorrent.com）にアクセスし、　ID・パスワードを入力。「Sign in」をクリック

② 設定を開始　「Launch analysis」をクリック

⑥ ファイル名を指定して　「Launch Analysis」をクリック

⑦ 解析完了済ファイルを選択 ⑧ 解析結果の確認

③ ワークフローを選択して「Next」をクリック

④ サンプルを選択して「Next」をクリック

⑤ プラグインを選択して「Next」をクリック

データ解析

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Ion TargetSeq™テクノロジー

概要

ターゲットキャプチャーは、特定のゲノム領域を相補的なDNAプローブで濃縮し、次世代シーケンサのスループットを効率的に利用して、低コストでシーケンスするための手法です。DNAライブラリーを作成した後、DNAライブラリーとハイブリダイゼーションにより、ライブラリー-プローブ複合体を形成し、アビジン-ビオチン反応により、ターゲット領域を含むDNAライブラリーを回収します。1反応で最大4サンプルのマルチプレックスが可能で、１サンプルあたり125 ng程度のDNAライブラリーがあればシーケンスすることができます。

エクソーム解析のための次世代シーケンスワークフロー


Ion TargetSeq™ エクソームキット Ion Proton™ シーケンサ

テンプレート調製シーケンスデータ解析

Ion Proton™ System

Exome workflow

Proton™ Torrentサーバおよび

Ion Reporter™ ソフトウェア　

Ion Chef™ システムもしくは

Ion OneTouch™ 2.0 Duoシステム

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Ion TargetSeq™テクノロジー

エクソンキャプチャー

Ion Torrent™ のワークフローに最適化された高密度プローブ設計

Ion TargetSeq™ Human Exome KitIon TargetSeq™ Human Exome Kitは、Ion Torrent™ のライブラリサイズに適した設計による高密度 DNAプローブにより、RNAプローブ方式よりも低コストなエクソームシーケンスを実現します。エクソームターゲット39.5Mbに及ぶ範囲に対応するよう設計され、CCDsのコード領域の

99.4％以上のキャプチャーが可能です。各ターゲット領域に対して4個以上のプローブをタイリングするよう高密度なプローブ設計により、ハイブリダイゼーションを確実に行います。

• 1反応で最大4サンプルのマルチプレックスキャプチャーが可能

• 1サンプルあたり125 ngのDNAライブラリー

• 1反応あたり>200万のプローブでキャプチャー

カスタムプローブ設計も可能

Ion TargetSeq™ Custom Enrichment KitIon TargetSeq™ Custom Enrichment Kitは、ターゲット領域を100kb

～10Mbの範囲で自由にキャプチャープローブを設計することができるカスタムサービスです。ヒト以外の生物種にも対応できます。Ion Torrent™

のライブラリサイズに適した設計による高密度 DNAプローブにより、

RNAプローブ方式よりも低コストなエクソームシーケンスを実現します。

• 1反応で最大4サンプルのマルチプレックスキャプチャーが可能

• 1サンプルあたり125ngのDNAライブラリー

• 8-12週間でお届け

製品概要

ターゲット領域エクソーム　39.5Mb領域3’UTRncRNA

プローブ長 60～115 bp（平均76bp）

プローブ密度 >200万/反応

製品概要ターゲット領域 100kb～10Mb

プローブ長 60～115bp（平均76bp）

プローブ密度 8～12週間

製品名サイズ製品番号価格Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 4反応 4477742 ¥144,000Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 12反応 4477743 ¥336,000Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 48反応 4477744 ¥1,152,000

製品名サイズ製品番号価格Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kit （100-500 kb）

96反応 A14230 ¥2,304,000

Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kit （0.5-2 Mb）

96反応 A14229 ¥3,264,000

Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kit （2-10 M）

96反応 A14228 ¥4,608,000

Ion TargetSeq™ Multi Blocker Kit （2-10 M）

12反応 4477113 ¥48,000

39.5 Mb>99.4%の完全CCDs>97% のCOSMIC V56バリアント（<100 bp）

1,472の miRNA, tRNA, snoRNA, lncRNA

44,100個の予測されたmiRNA結合サイト

エクソン 3' UTR ノンコーディングRNA

プローブ長： 60～115 bp、平均75　プローブ数： 2.1 x106 DNAベイトトータル： 52.7 Mb （プローブ総塩基数）； 46.2 Mb（ターゲット塩基数）

Ion TargetSeq™

Human Exome Kitのプローブデザイン

エクソーム配列カバレッジ（％）

カバーされたエクソーム配列数

カバレッジ

100 300,000

250,000

200,000

150,000

100,000

50,000

0

90

80

70

60

50

40

30

20

10

0

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500

Ion TargetSeq™

Human Exome Kitによるエクソーム配列のカバレッジ赤：カバレッジが低い方から高い方へ並べた際のエクソーム配列に対するカバー率（左目盛）青：エクソーム配列数（右目盛）

ご注文までの流れ

④カスタムプローブのデザイン

⑥カスタムプローブの合成

Life Technologies US 本社

お客様

注文番号 (PO#)を発行

納期8~12週間

web経由

注文ライフ

テクノロジーズジャパン

①お客様情報の登録 ②オーダー ⑤デザイン確定

③リクエストフォームを作成

⑦カスタムプローブ納品

代理店代理店

注文番号(PO#)、リクエストフォーム、Coordinates file

A

デザインファイルB

再デザインの依頼C

A B C

Yes

No

ライフテクノロジーズジャパン

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TaqMan® アッセイ検出原理

TaqMan® アッセイを用いたSNP解析では、異なる蛍光色素で標識されたアレル特異的な2種類のTaqMan®プローブとその領域を増幅するようにデザインされたプライマーを作成します。

TaqMan® プローブの5'末端はレポーターの蛍光色素（VIC® dyeや

FAM™ dye）で標識され、3'末端にはクエンチャー（Q）が結合しています。レポーターの蛍光色素はクエンチャーが近接する状態では検出されませんが、PCRにおいてDNAポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性により

™

®

TaqMan® アッセイを用いたSNP解析の原理

タイピング例Allele1用のTaqMan®プローブが機能した場合 VIC

®の蛍光、Allele2用のTaqMan® プローブが機能した場合 FAM™の蛍光が検

出されます。横軸にVIC®の蛍光強度、縦軸にFAM™の蛍光強度の相対値をとると、それぞれAllele1のホモ郡、Allele2のホモ群、

Allele1、2のヘテロ群というように空間的に分かれてプロットされます。

プローブが分解されることで検出され、検出される蛍光の種類によりアレルを識別することができます。VIC® dye、またはFAM™ dyeのみが検出されればそれぞれのホモ接合型、両方が検出されればヘテロ接合型ということになります。

TaqMan® SNP Genotyping Assayの増幅領域は、通常100塩基程度であるため、断片化したDNAに対する適用性が高いという特徴があります。

TaqMan®

アッセイ

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SNPジェノタイピングアッセイ

TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assays薬物代謝酵素および薬物輸送タンパク質をコードする約220遺伝子の多型を対象としたタイピング用試薬です。2,000以上のアッセイの中から、任意のアッセイをお選びいただけます。

製品名サイズ製品番号価格TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assays

150反応750反応

4362691 ¥59,600

*上段25µL、下段5µL反応系として計算

Human

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Small scale

300反応 1,500反応

4351379 ¥53,000

TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Medium scale

1,000反応5,000反応

4351376 ¥96,000

TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Large scale

2,400反応 12,000反応

4351374 ¥185,900


non-Human

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Small scale

300反応 1,500反応

4351384 ¥53,000

TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Medium scale

1,000反応5,000反応

4351382 ¥96,000

TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Large scale

2,400反応 12,000反応

4351380 ¥185,900


TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping AssaysTaqMan® SNP Genotyping Assaysは、SNPタイピング用のプローブとプライマーのセットです。高い再現性をもち、簡便な手法によりSNP

をタイピングすることができます。450万種類を超えるヒトのアッセイと約1万種類のマウスのアッセイの中から、遺伝子名やSNP ID等より簡単に目的のアッセイを検索することができます。

ヒトSNPジェノタイピングアッセイラインナップ

・アミノ酸置換に関わる機能cSNP：約7万種類

・頻度解析がなされているマーカー SNP：約16万種類

・国際ハップマッププロジェクト解析済みSNP：約350万種類

・薬物代謝およびトランスポーター遺伝子の機能SNP：約2600種類

Human

製品名サイズ* 製品番号価格Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, S-scale, Human

300反応 1,500反応

4331349 ¥58,600

Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, M-scale, Human

1,000反応5,000反応

4332072 ¥111,100

Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, L-scale, Human

2,400反応 12,000反応

4332073 ¥222,200


non-Human

製品名サイズ* 製品番号価格Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, S-scale, non-Human

300反応 1,500反応

4332077 ¥58,600

Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, M-scale, non-Human

1,000反応5,000反応

4332075 ¥111,100

Custom TaqMan® SNP Genotyping Assays, L-scale, non-Human

2,400反応 12,000反応

4332076 ¥222,200


Custom TaqMan® SNP Genotyping AssaysCustom TaqMan® SNP Genotyping Assaysは、いかなる生物種の

SNPにも対応可能なカスタムメイドのSNPタイピング試薬です。目的の

SNP近傍配列から最適なSNPタイピング試薬をデザイン・合成いたします。SNPの他にも、挿入欠失（6塩基まで）や複数塩基の置換（MNP）にも対応可能です。ヒトSNPの場合にはゲノムサンプルを用いた機能テストを行います。

SNPジェノタイピング用試薬

SNPタイピングのゴールドスタンダード

TaqMan® Genotyping Master MixTaqMan® Genotyping Master Mixは、リアルタイムPCRを利用したジェノタイピング専用のマスターミックスです。GCやAT含量の高いテンプレートにおいても高いパフォーマンスが得られます。またTaqMan® Universal

Master Mixのプロトコールをそのまま使用することができます。

・高い再現性とタイトなクラスタリング

・ GCやAT含量の高いターゲットに対する高いパフォーマンス

・試薬分注後、72時間室温で安定

TaqMan® Genotyping Master Mix製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Genotyping Master Mix, 1mL

80反応400反応

4371353 ¥14,000

TaqMan® Genotyping Master Mix,10mL

800反応4,000反応

4371355 ¥115,000

TaqMan® Genotyping Master Mix, 10mL × 2

1,600反応8,000反応

4381656 ¥220,000

TaqMan® Genotyping Master Mix, 50mL

4,000反応20,000反応

4371357 ¥500,000

TaqMan® Genotyping Master Mix, 50mL × 2

8,000反応40,000反応

4381657 ¥970,000

TaqMan® Genotyping Master Mix プロトコール

1冊 4371131 無償

TaqMan® Genotyping Master Mix クイックリファレンスカード

1冊 4371130 無償


TaqMan® Genotyping Master Mixを用いたGC-rich領域における一貫性と信頼性の高いジェノタイピングTaqMan® Genotyping Master Mixを使用した94サンプル（gDNA）での実験例。TaqMan® SNP Assay ：C__12050942_10を用いて、PCRはGeneAmp® PCR

System 9700で、プレートリードは7900HTリアルタイム PCRシステムを使用しました。ターゲットはGC-richであるCatjespin D遺伝子のrs12214（dbSNP）です。

Fastモードでの高速 SNPタイピングには

TaqMan® GTXpress™ Master Mix

TaqMan® GTXpress™ Master MixはFast PCR対応のSNPジェノタイピング専用マスターミックスです｡ SNP解析に至適化された TaqMan® マスターミックスです｡

・ PCR反応が50分以内でも、データの信頼性はスタンダードPCRと同等

・最大50サイクルまで再増幅可能

・室温での温度安定性が向上

・ “Tracking Dye”の採用により、マスターミックス溶液が青色なので確実に分注可能

・スタンダードモードにも対応可能

システム別 PCR反応条件

TaqMan® GTXpress™ Master Mix製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 1mL 80反応

200反応400反応

4403311 ¥14,000

TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 10mL 800反応2,000反応4,000反応

4401892 ¥115,000

TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 50mL 4,000反応10,000反応20,000反応

4401890 ¥500,000

TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 100mL（2 × 50mL）

8,000反応20,000反応40,000反応

4401857 ¥970,000

*PCR反応容量上段 96ウェル（Standard Block,0.2µL）：25µL

中断 96ウェル（Fast Block,0.1µL）：10µL

下段 384ウェル：5µL

TaqMan®

アッセイ

20

サンプルからSNPタイピングまでをワークフロー化

TaqMan® Sample-to-SNP™ KitTaqMan® Sample-to-SNP™ Kitは、サンプルからのゲノム DNA抽出、TaqMan® アッセイを用いたSNPジェノタイピング解析までを、1

つの製品で行えるキットです。キットはゲノム DNA抽出試薬と、Fast

PCR対応のジェノタイピング専用マスターミックスである“TaqMan®

GTXpress™ Master Mix”で構成されています。このキットを使うと、サンプルからのゲノムDNA抽出に5分、PCR反応は50分以内で終了するので、サンプルからSNPジェノタイピング解析までが1時間以内で完了します。

・全血 / FTAカード塗布血液 / 細胞 / 組織 / Buccal swab / Rat・Mouse tail / Leaf punch / 種子 / FFPE組織切片など、あらゆるサンプルに対応

・ゲノムDNA抽出は室温または95℃で3分インキュベートするだけで、DNA定量不要で規定量をPCR反応するだけの簡単操作

・ Fast PCR対応のTaqMan® GTXpress™ Master Mixを採用しているので、ジェノタイピングPCR反応を50分以内に短縮可能

A. Buccal swab, B. Mouse tail, C. Corn leaf, D. FFPE組織切片

TaqMan® Sample-to-SNP™ KitのSNP ジェノタイピング例

製品名サイズ製品番号価格TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit 5mL sample prep, 1mL PCR

DNA調製： 100反応 PCR反応： 80反応

4403313 ¥34,000

TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit 20mL sample prep, 10mL PCR

DNA調製： 400反応 PCR反応： 800反応

4403083 ¥180,000


DNA調製： 400反応 PCR反応：4,000反応

4403087 ¥550,000


DNA調製：4,000反応PCR反応：　800反応

4403081 ¥560,000

* PCR反応容量：25µL

TaqMan® Sample-to-SNP™ Kitのワークフロー

詳細は、www.lifetechnologies.com/taqmanのSNP解析用試薬 /

キットをご覧ください。

TaqMan®

アッセイ

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TaqMan®

アッセイ

変異解析

わずかな変異も検出

TaqMan® Mutation Detection AssaysTaqMan® Mutation Detection Assays は、Competitive Allele-Specific

TaqMan® PCR （castPCR）テクノロジーをベースにデザインされています。アレル特異性の高いMGBブロッカーオリゴにより、ターゲット外の非特異的な反応を抑制することに成功し、わずかな変異でも検出が可能になりました。

• 高感度検出　0.1から1％までの変異アレルを検出可能

• 高い特異性　ワイルドタイプを抑制し、特異的に変異を検出可能

• 幅広いダイナミックレンジ　対数７ケタにおよぶ広範囲な検出が可能

• 迅速でシンプルなワークフロー　シンプルで使い易く、約3時間で結果を入手

• 1アッセイ毎に購入可能　必要な遺伝子・変異のみ購入可能

TaqMan® Mutation Detection Assayのタイプ

アッセイのタイプ

説明模式図

Mutant Allele Assay

特定の変異型アレルを検出します。（EGFR_exlqdels_mu*は19種類の変異を検出）アレル特異的プライマーが変異型アレルを検出します。 MGBブロッカーオリゴスクレオチドが野生型アレルを抑えます。

ASP = 対立遺伝子特異的プライマーASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB）LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブLSP = 遺伝子特異的プライマー

Wild type Allele Assay

野生型アレルを検出します。アレル特異的プライマーが野生型アレルを検出します。 MGBブロッカーオリゴヌクレオチドが変異型アレルを抑えます。 ASP = 対立遺伝子特異的プライマー

ASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB）LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブLSP = 遺伝子特異的プライマー

Gene Reference Assay

変異を含む遺伝子を検出します。遺伝子特異的なプライマーペアで遺伝子内の変異のない領域を増幅します。 FP = フォワードプライマー

RP = リバースプライマーLST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ

MGB: マイナーグルーブバインダーASB: アレル特異的ブロッカー（MGB）FP: フォワードプライマー　RP: リバースプライマー

ASP: アレル特異的プライマーLST: 遺伝子座特異TaqMan® プローブLSP: 遺伝子座特異的プライマー　

変異があるかどうかを見たい（定性）

変異がどれくらいあるのかを見たい（定量）

EGFR exon19のいずれかのdeletion変異があるかどうかを見たい（定性）

見たい遺伝子のReference Assayと、見たい変異の数のMutant Assay

見たい変異のWild type AssayとMutant Assay

EGFR のReference Assay と、EGFR のExon19 Deletion Assay

アッセイ組み合わせ

Mutation Detectorソフトウェア（無償）TaqMan® Mutation Detection Assayで得られたデータを専用のソフトウェアを用いて解析します。

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Mutation Detection Assays （46遺伝子778アッセイから選択）** 150µL 75反応 4465804 ¥80,800TaqMan® EGFR Exon 19 Deletions Assay 1遺伝子（EGFR）19変異のパッケージ（1）** 150µL 75反応 4465805 ¥80,800TaqMan® Mutation Detection Reference Assays 46遺伝子から選択 ** 150µL 75反応 4465807 ¥50,000

TaqMan® Mutation Detection IPC Reagent Kit 1 kit 500反応 4467538 ¥28,300

*20µLの反応系として計算　　 **ウェブオーダー

遺伝子数、アッセイ数は2012年11月現在の情報です。随時リストは更新されておりますので、

最新のアッセイ一覧は、www.lifetechnologies.com/taqman のTaqMan® Mutation Detection Assays 製品ページをご覧ください。

22

TaqMan®

アッセイ

コピー数多型解析

TaqMan® Copy Number Assaysゲノム構造変化に起因して起こるコピー数多型（Copy Number

Variations, CNVs）は、近年疾患との関連性や薬剤応答性との関連が指摘されつつあります。これを受けてゲノムワイドにCNVsを探索する手法が開発され、世界中の研究者の努力の成果としてデータベースが構築され、日々情報が更新されています。しかし一方で、誰もが定量的に多くの検体のターゲットCNVsをバリデーションできる技術は、これまでそれほど多く存在しませんでした。TaqMan® Copy Number Assaysは、

CNVsバリデーションに適した製品で、ヒト用にデザインされた160万種以上のTaqMan® プローブとプライマーのセットです。ターゲットCNVs用の

TaqMan® Copy Number Assaysと、内部コントロールとなるTaqMan®

Copy Number Reference Assaysを用いて、リアルタイム PCR装置にてコピー数を3～ 4時間で決定することができます。

• リアルタイムPCRシステムを使用したシンプルなワークフローで、ゲノムDNAから3～ 4時間でコピー数を決定

• ヒト用160万種以上の遺伝子を含むゲノム領域のコピー数を決定するための、デザイン済みCopy Numberバリデーション用プローブとプライマーセットをご用意

• 高い特異性と再現性を持ち、4コピー以上のコピー数が決定可能

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Copy Number Assays, Small

360 assays 720 assays

4400291 ¥45,000

TaqMan® Copy Number Assays, Medium

750 assays 1,500 assays

4400292 ¥85,900

TaqMan® Copy Number Assays, Large

2,900 assays5,800 assays

4400293 ¥161,600

*上段20µL反応、96ウェルプレート、下段10µL反応、384ウェルプレートで計算

CopyCaller™ ソフトウェアTaqMan® Copy Number Assays専用解析ソフトウェアです。使いやすいインターフェースで、数秒で解析結果を視覚化します。CopyCallerTM

ソフトウェアは、弊社ホームページより無償ダウンロードできます。www.lifetechnologies.com/CopyCaller

Custom TaqMan® Copy Number AssaysCustom TaqMan® Copy Number Assaysは、ライフテクノロジーズ独自のアルゴリズムを用いて、ヒト用デザイン済みTaqMan®Copy Number

Assays以外のゲノム領域や、ヒト以外の生物種のCNVsアッセイを行うためのプローブとプライマーのカスタム合成サービスです。GeneAssist™

Copy Number Assay Toolに目的の塩基配列を入力するだけの簡単な操作で、高い特異性と再現性を持つCNVsアッセイをご利用いただけます。

製品名サイズ* 製品番号価格Custom TaqMan® Copy Number Assays, Small

360 assays720 assays

4400294 ¥50,000

Custom TaqMan® Copy Number Assays, Medium

750 assays1,500 assays

4400295 ¥98,000

Custom TaqMan® Copy Number Assays, Large


4400296 ¥181,800


TaqMan® Copy Number Reference Assays TaqMan® Copy Number Reference Assaysは、TaqMan®Copy

Number AssaysまたはCustom TaqMan® Copy Number Assaysのヒト用コントロールで、反応時に反応溶液中に混合して使用します。第一選択としてはRNase Pを推奨しており、Ribonuclease P RNA

component H1 （H1RNA）gene （RPPH1） on chromosome 14,

cytoband 14q11.2をターゲットにデザインされています。TERTは

RNase Pの代替的な位置付けの製品で、telomerase reverse

transriptase （TERT） gene located on chromosome 5, cytoband

5p15.33をターゲットにデザインされています。

Human

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Copy Number Reference Assay, RNase P


4403326 ¥18,200


4403328 ¥51,500

TaqMan® Copy Number Reference Assay, TERT


4403316 ¥18,200


4403315 ¥51,500

Mouse

製品名サイズ* 製品番号価格TaqMan® Copy Number Reference Assay, TFRC


4458366 ¥18,200


4458367 ¥51,500

TaqMan® Copy Number Reference Assay, TERT


4458368 ¥18,200


4458369 ¥51,500

*上段20µL反応、 96ウェルプレート、下段10µL反応、384ウェルプレートで計算

Custom Plus TaqMan® Copy Number AssaysCustom Plus TaqMan® Copy Number Assaysは、ヒトおよびマウスにのみ対応した製品で、Custom TaqMan® Copy Number Assays

では行わない、公共ゲノム情報を参照することで、デザイン上避けるべき

SNPおよび繰返し配列を除外した配列からTaqMan® アッセイをデザインするサービスが付加されており、プレデザイン TaqMan® Copy Number

Assaysが準備されていない領域でも、同等品質のアッセイをデザインできます。

製品名サイズ* 製品番号価格Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays, Small

360assays720assays

4442487 ¥50,000

Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays, Medium

750assays1,500assays

4442520 ¥98,000

Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays, Large

2,900assays5,800assays

4442488 ¥181,800


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記載の価格は2014年4月現在の価格です。消費税は含まれておりません。価格、仕様は予告なしに変更する場合がありますので予めご了承ください。最新の価格および在庫数は、弊社ホームページ右上の“製品価格と在庫の検索”でご確認いただけます。

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