Initiation à la Bibliothèque et à la recherche dans la base de données Medline/PubMed Sciences...
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Initiation à la Bibliothèque et à la recherche dans la base de données Medline/PubMed Sciences biomédicales
Marie-Claude LaferrièreConseillère en documentationen sciences de la santé
Janvier 2012
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Conseillère en documentation
Conseillère en sciences biomédicales
Vous trouverez mes coordonnées sur le portail thématique en médecine dentaireMarie-Claude LaferrièreBibliothèque scientifiquePavillon Alexandre-VachonBureau 1018-C (au 1er étage, au fond du petit corridor)Téléphone: 418-656-2131 poste 7948Courriel: [email protected]
Voici mes principales activités Formations individuelles et de groupe (étudiants et professeurs); mise au point de guides de recherche; création et mise à jour de pages web disciplinaires; achat et traitement des ressources liées à mes disciplines.
Pour chaque discipline, la Bibliothèque désigne un conseiller ou une conseillère à la documentation (bibliothécaire).
Bibliothèque de l'Université Laval 2
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Objectifs d’apprentissagede la formation
Objectif de la formation• Connaitre les services offerts à la Bibliothèque et savoir chercher et
repérer de la documentation scientifique de façon autonome.
Au terme de la formation, vous serez en mesure de :• Utiliser le catalogue Ariane 2,0 et Ariane 2,0 – Recherche d’articles• Comprendre un moteur de recherche complet et complexe
(Medline/PubMed)• Connaître les différentes fonctionnalités de PubMed, des modes d’interrogation jusqu’à
l’obtention du document• Exploiter le vocabulaire contrôlé MeSH
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Plan de la présentation
Visiter et connaître les
services offerts à la Bibliothèque
Utiliser
Ariane 2,0 et Ariane 2,0 –Recherches
d’articles
Connaître le site web de la
Bibliothèque et le portail des sciences
biomédicales
Utiliser efficacement les
opérateurs booléens
Interroger une base de données
- mots-clés
- descripteurs
Interroger
Medline/Pubmed
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La Bibliothèque en quelques chiffres!• Budget d'acquisition: plus de 11 millions de dollars et 50% de
cette somme est consacrés aux ressources électroniques • Plus de 5 millions de documents dans presque tous les
domaines du savoir dont 1 200 759 livres électroniques incluant les thèses et mémoires
• Abonnements à plus de 62 200 journaux et revues, dont 54 000 revues électroniques accessibles hors campus
• + de 1000 bases de données accessibles par le Web et un accès aux catalogues des bibliothèques universitaires du monde entier
• Plus de 32 000 films, vidéos et DVD
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Accès hors campus avec EZProxyPour accéder aux ressources électroniques à partir de la maison :
Il suffit de cliquer sur la ressource électronique désirée pendant la recherche documentaire. Une page d’authentification apparaîtra. L’usager devra fournir qu’une seule fois son identifiant de l’Université Laval (IDUL) et son mot de passe (NIP) pour toute la durée de la session de recherche. Simple et rapide !
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Site web de la Bibliothèque
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ARIANE 2.0
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Ariane 2.0 c’est quoi ?
• Ariane 2.0 contient la liste descriptive de tous les documents que la Bibliothèque possède.
• Un catalogue de bibliothèque permet de :• vérifier la disponibilité des documents;• repérer des documents par auteur, titre,
sujet, etc.;• indiquer leur statut et leur disponibilité.
Source : http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7e/Schlagwortkatalog.jpg
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Contenu d’Ariane 2.0
• Ce que l’on trouve avec Ariane 2.0• Livres• Titres de périodiques• Publications gouvernementales • Documents audiovisuels• Mémoires et thèses• Etc.
• Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane 2.0• Articles de périodiques• Articles de journaux
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Caractéristiques d’Ariane 2.0Quelques caractéristiques :
• interface développée par la Bibliothèque;• interface de recherche à facettes qui permet de raffiner la
recherche; • suggestions automatiques d’auteurs, de titres, de titres de
périodiques et de sujets.
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Exercices: Ariane 2.0
• Trouver un livre publié par l’auteur « Charles Darwin »
• Trouver le journal « Science »
• Trouver un livre électronique sur la « microbiologie médicale»
• Trouver un livre sur les « diagnostics microbiologiques»
Utilisez la facette: livres électroniques
Cochez: Recherche exacte
Zone auteur: Nom de famille
en premier
Utilisez: la suggestion ou l’onglet « Sujets »
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ARIANE 2.0 – RECHERCHE D’ARTICLES
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L’autre Ariane
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Ariane 2.0 - Recherche d’articles
Nouvelle interface de recherche (version bêta) totalement indépendante d’Ariane 2.0 classique
• Ce que l’on trouve avec Ariane – Recherche d’articles:• Des articles scientifiques de format électroniques uniquement.
• Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane – Recherche d’articles:
• Le contenu d’Ariane 2.0.• Les articles de journaux (Soleil, Le Journal de Québec, La Presse, etc.)
• La totalité des articles que possède la bibliothèque.
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Ariane 2.0 - Recherche d’articles
• Objectif: trouver rapidement quelques articles sur un sujet.
• Contrairement à , Ariane 2.0 - Recherche d’articles garantie l’accès au plein texte de votre article.
• Comme nous recherchons des articles; l’interrogation se fait en anglais.
• L’accès se fait via :
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Ariane 2.0 - Recherche d’articles
• Seule la recherche simple est disponible.• Trois champs seulement sont disponibles pour la
recherche:
• Titre, auteur: quand nous connaissons les auteurs ou le titre de l’article.
• Toutes les zones: recherche dans le plein texte de l’article.
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Exercices: Ariane 2.0 – Recherche d’articles
Question 1
• Trouver cet article que votre professeur vous suggère de lire:• Virgin, H. W., & Todd, J. A. (2011). Metagenomics
and personalized medicine. Cell, 147(1), 44.
Question 2
• Votre professeur vous demande de trouver un article au sujet de la « métagénomique » qui a été publié dans la revue « Science ».
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PORTAIL THÉMATIQUE EN MÉDECINE
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Les portails thématiques en santé
• Il existe 6 portails thématiques en sciences de la santé• Médecine• Médecine dentaire• Médecine sociale et préventive• Réadaptation• Sciences biomédicales• Sciences infirmières
• Ce que contient chaque portail ? • Une tonne de ressources propres à la discipline telle que les
bases de données, périodiques électroniques, dictionnaires et encyclopédies, des associations et beaucoup plus !
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Pause-café• De retour dans 15-20 minutes
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OPÉRATEURS BOOLÉENS
22Bibliothèque de l'Université Laval
ETOU
SAUF
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Opérateurs booléens
• Les opérateurs booléens définissent les relations entre des mots ou des groupes de mots.
• L’utilisation des opérateurs booléens en recherche documentaire est très utile afin de raffiner une requête. On peut ainsi inclure ou exclure des éléments précis de la recherche.
• Les opérateurs le plus couramment utilisés sont : ET (AND), OU (OR), SAUF (NOT).
ET OU
SAUF
Bibliothèque de l'Université Laval
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ET (AND
)
OU (OR)
SAUF(NOT
)
AdulteCancer
AIDS
VIH SIDA
Cancer
Holistique
Douleur
Les opérateurs booléens
Utilisé pour relier différents concepts entre eux. Diminue le nombre de références en précisant la recherche.
Recherche les termes équivalents (synonymes) d’un même concept.
Utilisé pour élargir la recherche et augmenter le nombre de références.
Utilisé pour exclure un ensemble de références qui « noient » la bonne information.
Bibliothèque de l'Université Laval 24
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LA RECHERCHE MOTS CLÉS VS THÉSAURUS
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Interroger une base de données
La recherche peut s’effectuer de deux différentes façons:
• par mots-clés • par descripteurs
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Recherche…
Par mots-clés :
La recherche s’effectue dans tous les mots ou expressions de la notice (titre, résumé, etc.)
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Recherche …
Par descripteurs :
• La recherche s’effectue uniquement dans les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet de la notice.
• Les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet sont habituellement choisis dans une liste préétablie de termes. On parle alors de vocabulaire contrôlé.
Bibliothèque de l'Université Laval 28
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Recherche par descripteurs
Vocabulaire contrôlé
• Liste de mots appelés descripteurs, Subject Headings ou Thésaurus.
• Les descripteurs permettent l’indexation des documents: • À chaque référence sont assignés plusieurs descripteurs.• L’indexation est uniforme, peu importe les mots de l’auteur.
Bibliothèque de l'Université Laval 29
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Différents thésaurus
• La plupart des bases de données publient un thésaurus. Celui-ci est souvent intégré au logiciel de la base.
Exemples• CINAHL = Descripteurs CINAHL• Medline = MeSH (Medical Subject Headings) • Embase = EMTREE• Cochrane = MeSH (même que Medline)• PsycINFO = Thésaurus (sous l’onglet « Term finder »)
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MEDLINE VIA PUBMED
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32
Présentation générale de Medline
• Descriptions:• Medline est une base de données bibliographiques gratuite.• Elle dépouille et indexe plus de 5 500 revues biomédicales provenant
d’environ 70 pays.
• Période couverte : 1946 à aujourd’hui
• Organisme responsable :• Langues des documents:
• Principalement en anglais. Certains articles sont en français. Les titres, les résumés et les descripteurs sont toujours en anglais.
• L’interrogation doit se faire uniquement en ANGLAIS.
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33
Traduction des termes de rechercheMedline ne traduit pas automatiquement les mots-clés. Les termes, ou de préférence les descripteurs du MeSH (Medical Subject Headings), doivent donc être écrits en anglais.
• Pour traduire un terme, il est possible d’utiliser un des dictionnaires en ligne sous la rubrique « Les indispensables » du site de la Bibliothèque (ex.: Grand Dictionnaire terminologique)
• Les sites suivants sont aussi recommandés :• Le Portail terminologique de Santé du répertoire CiSMeF (
http://www.chu-rouen.fr/cismef/)
• Le MeSH bilingue français-anglais de l’Inserm (http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html)
Bibliothèque de l'Université Laval
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Domaines couverts
• Anatomie• Biochimie • Bio ingénierie• Ergothérapie• Génétique• Gériatrie• Immunologie• Médecine clinique
• Médecine dentaire• Médecine
expérimentale• Médecine
fondamentale• Médecine
vétérinaire• Microbiologie• Nutrition
• Pharmacologie
• Physiologie• Psychiatrie et
psychologie • Santé publique• Soins infirmiers• Système de santé• Toxicologie
34Bibliothèque de l'Université Laval
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35
Accès à la base de données Medline
• Medline est disponible sur plusieurs interfaces de recherche:
• PubMed (interface gratuite)
• EBSCO Host
• Web of Knowledge
• Embase
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Différence entre Medline et PubMed
• Medline• Articles provenant de revues indexées sans toutefois
couvrir un sujet en santé (ex. : astrophysique)• Articles en prépublication qui ne sont pas encore
indexés ou publiés (PubMed in-process) • Articles datant d’avant l’acceptation du périodique
dans Medline (As supplied by publisher) • Articles provenant de revues faisant partie de
PubMedCentral, mais sans être inclus dans Medline
Bibliothèque de l'Université Laval 36
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37
Modes d’interrogation de PubMed
1. Recherche simple « PubMed »• Recherche par mots ou expressions dans toute la
notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats).
2. Recherche avancée « Advanced Seach »• Recherche par auteur, journal, date de publication,
etc.
3. Recherche avec le « MeSH Database »• Recherche à partir des descripteurs du MeSH
assignés à chaque article.
Bibliothèque de l'Université Laval
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38
Modes d’interrogation de PubMed
1. Recherche simple « PubMed »• Recherche par mots ou expressions dans toute la
notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats).
2. Recherche avancée « Advanced Seach »• Recherche par auteur, journal, date de publication,
etc.
3. Recherche avec le « MeSH Database »• Recherche à partir des descripteurs du MeSH
assignés à chaque article.
Bibliothèque de l'Université Laval
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Recherche simple « PubMed »
Règles d’écriture de PubMed
• Par défaut, l’outil de recherche retire les accentuations. Si vous utilisez plus d’un mot, il utilise entre chacun de ceux-ci l’opérateur « AND ».
• Vous pouvez aussi utiliser les opérateurs booléens « OR » pour rechercher des alternatives ou « NOT » pour exclure des termes (les inscrire en majuscules).
• On peut donc rechercher une expression en l’encadrant de guillemets « ».
• Utilisez le symbole « * » pour tronquer les mots et ainsi repêcher l’ensemble des variantes d’un mot.• Exemple : arter* permettra de rechercher l’ensemble des mots ayant une racine commune :
artery, arteries, arterial, arteritis, arteriole, etc.
Bibliothèque de l'Université Laval
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Raffiner votre recherche
• Vous pouvez utiliser « limits » pour raffiner les résultats de votre recherche.
• Date de publication• Type d’articles (Clinical Trial, Editiorial, Meta-Analysis,
Practical Guidlines, Review, etc. )• Langage (French, English, Spanish, etc.)• Subsets : Journal Group (Dental journals, Core clinical
journals ou nursing journals) • Groupes d’âge (Child, Adolescent, Adult, Aged, etc. )• Etc.
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41
Exemple #1
• Recherchons des articles sur l’effet des changements climatiques sur les maladies infectieuses?
Mode de recherche utilisé:Recherche simple (mot-clé) PubMed
Bibliothèque de l'Université Laval
Réponse:Dans la recherche simple, écrire climate change infectious diseases et cliquer sur la limite « French ».Attention ! Regardez en bas à droite la boîte « Search Details »
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Exercices: recherche simple + limites
Question A
• Combien trouvez-vous de revues de littérature (Review) sur Obésité morbide?
42Bibliothèque de l'Université Laval
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43
Modes d’interrogation de PubMed
1. Recherche simple « PubMed »• Recherche par mots ou expressions dans toute la
notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats).
2. Recherche avancée « Advanced Seach »• Recherche par auteur, journal, date de publication,
etc.
3. Recherche avec le « MeSH Database »• Recherche à partir des descripteurs du MeSH
assignés à chaque article.
Bibliothèque de l'Université Laval
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Exemple #2
• Recherchons des articles écris par Y. Nomura publiés dans The Journal of biological chemistry.
Mode de recherche utilisé:Search Builder dans Advanced Search
Réponse:Dans la recherche avancée, sélectionnez le champ « Author » et écrivez « Nomura Y » puis sélectionnez le champ « Journal » et écrivez « Journal of biological chemistry ». Ensuite, cliquez sur « Search ».
Bibliothèque de l'Université Laval
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Exercices: Recherche avancée
Question A
• Combien trouvez-vous d’articles sur le Syndrome de Down dans la revue Jama?
45Bibliothèque de l'Université Laval
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Modes d’interrogation de PubMed
1. Recherche simple « PubMed »• Recherche par mots ou expressions dans toute la
notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats).
2. Recherche avancée « Advanced Seach »• Recherche par auteur, journal, date de publication,
etc.
3. Recherche avec le « MeSH Database »• Recherche à partir des descripteurs du MeSH
assignés à chaque article.
Bibliothèque de l'Université Laval
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47
La recherche MeSH
• MeSH (Medical Subject Headings) est le vocabulaire contrôlé utilisé par la National Library of Medicine (NLM) pour indexer les articles dans Medline.
• La recherche MeSH est recommandée, car:• elle utilise les termes acceptés par la base de données.
• elle offre des suggestions de termes, une brève description et une structure arborescente.
• elle permet d’utiliser un ou plusieurs aspects particuliers ou qualificatifs (subheadings) pour préciser le terme choisi.
• elle permet de restreindre la recherche au sujet le plus important : Major Topic Headings (descripteurs avec un *).
Bibliothèque de l'Université Laval
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48
La recherche MeSHDescripteur recherché Définition
Permets de préciser la recherche en choisissant une ou plusieurs subdivisions du descripteur recherché.
Recherche uniquement les références dont le descripteur est considéré comme sujet principal du document.
Recherche uniquement le descripteur sélectionné, plutôt que tous les termes spécifiques qui apparaissent sous l’arborescence du descripteur recherché (mode de recherche par défaut).
Bibliothèque de l'Université Laval
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49
La recherche MeSHTermes équivalents recherchés (synonymes)
Suggestions de termes à rechercher
Termes + généraux
Termes + spécifiques
Bibliothèque de l'Université Laval
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Exemple # 3
Recherche d’un sujet• Recherchons des articles en français sur le diagnostic du cancer du
sein à l’adolescence?
Concepts:• Cancer du sein• Diagnostic
Limites:• Adolescence• Article en français
Mode de recherche utilisé:
MeSH DatabaseRéponse: "Breast Neoplasms/diagnosis"[Mesh]
Limits: French, Adolescent: 13-18 years
50Bibliothèque de l'Université Laval
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Exemple # 4
Recherche d’un sujet• Recherchons des articles dont le sujet principal est l’utilisation de
l’hormonothérapie lors de la ménopause précoce?
Concepts:• Hormonothérapie• Ménopause précoce
Mode de recherche utilisé:MeSH Database Restrict Search to Major Topic headings only.
Réponse: "Menopause, Premature"[Majr] AND "Hormone Replacement Therapy"[Majr]
51Bibliothèque de l'Université Laval
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Exercices: Recherche MeSH
Questions C •Combien trouvez-vous d’articles en français sur le métabolisme du cancer du cerveau ?
Questions D •Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur est les complications de l’asthme chez les enfants préscolaires?
Questions E •Combien trouvez-vous d’articles sur l’utilisation d’antipsychotiques pour les personnes âgées atteintes d’Alzheimer?
52Bibliothèque de l'Université Laval
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Obtenir le texte de l’article
• Le bouton permet de vérifier si un document est disponible à l’Université Laval.
• Ce dernier est visible avec le « Display Settings: Abstract » ou si vous cliquez sur le titre de la notice.
• Si la Bibliothèque n’est pas abonnée à la revue recherchée, on peut alors faire une recherche avec Google Scholar pour voir si l’article est disponible gratuitement sur le web.
• Sinon, il faudra le commander au service de Prêt entre bibliothèques (PEB) au coût de 5$.
Bibliothèque de l'Université Laval
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Sauvegarde vos stratégies de recherche• Avec Détails : possibilité d’enregistrer vos requêtes
ou stratégies de recherche sous forme d’URL (adresse internet) et les mettre en bookmark (signets)
• Avec My NCBI : service de veille de Pubmed• Permets de sauvegarder nos stratégies de recherche• Permets d’obtenir des alertes par courriel • Permets de les gérer (enlever, ajouter…)• Service simple et gratuit, mais nécessité de s’inscrire et de définir des
codes d’accès
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Pour plus d’information!Guide développé par la Bibliothèque
• Capsule en format flash : http://www.bibl.ulaval.ca/capsule/Medline/player.htm
• Guide d’utilisation - Medline http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_medline
• Guide d’utilisation - Medline MeSH http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_mesh
Guide développé par PubMed
• Pubmed help – Guide exhaustif de la NLM http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html
• Tutorial Pubmed - Excellent tutoriel de la NLM • Anglais http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html
• Français: http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/
• The Basics of Medical Subject Headings (MeSH®) in MEDLINE®/PubMed®
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/mesh/
55Bibliothèque de l'Université Laval
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Nous sommes là pour vous aider !
• Aide à la recherche • Bibliothèque scientifique, Pavillon Alexandre-Vachon • Tél.: 418 656-3967
• Lundi au vendredi : 8h30 à 18h30 / Samedi: 10h00 à 17h00
• Conseillère à la documentation• Marie-Claude Laferrière• Tél. : 418-656-2131 #7948 • Courriel : [email protected]
• Lundi au vendredi : 8h30 à 16h30• Il est préférable de prendre un rendez-vous pour vérifier ma disponibilité.
Bibliothèque de l'Université Laval 56
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2e formation
• Formation au logiciel de gestion de références EndNote Web
• Date : Demain le 10 janvier à 13h30• Où : ici au local 0022 de la Bibliothèque scientifique
57Bibliothèque de l'Université Laval