Influenza A vírusok magyarországi...

Influenza A vírusok magyarországi sertésekben

Dán Ádám, Biksi Imre

XXVII. Köves Napok 2018. május 17-18. Balatonfüred 1

1/115/2017. Bacillus anthracis kimutatása real-time PCR módszerrel 2/115/2017. Baromfipestis vírusának kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 3/115/2017. Bőrcsomósodáskór, juh- és kecskehimlő vírusainak kimutatása és elkülönítése real-time PCR módszerrel 4/115/2017. Brucellák azonosítása New Bruce-ladder multiplex PCR módszerrel 5/115/2017. Burkholderia mallei kimutatása PCR módszerrel 6/115/2017. H5, H7 és N1 madárinfluenza vírusok azonosítása real-time RT-PCR módszerrel 7/115/2017. Influenza A vírus kimutatása madarakból és sertésekből real-time RT-PCR módszerrel 8/115/2017. Kis kaptárbogár (Aethina thumida) kimutatása real-time PCR módszerrel 9/115/2017. Koi Herpes vírusának kimutatása real-time PCR-módszerrel 10/115/2017. Mycobacterium tuberculosis komplex elkülönítése reverz hibridizációs módszerrel 11/115/2017. Nyugat-Nílusi láz vírusának kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 12/115/2017. Nyulak vérzéses betegsége vírusának kimutatása RT-PCR módszerrel 13/115/2017. Schmallenberg vírus kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 14/115/2017. Trichinella spiralis kimutatása PCR módszerrel 15/115/2017. Tritrichomonas foetus kimutatása PCR módszerrel •Több mint 150 egyéb PCR, RT-PCR vagy valós „real-time” PCR rendszer

Nemzeti referencia laboratórium

NRL

Molekuláris Biológia


Madárinfluenza Vírus


•Madárinfluenza (AIV). A madárinfluenza vírus laboratóriumi kimutatását kizárólag a NÉBIH Állategészségügyi Diagnosztikai Igazgatóság budapesti akkreditált laboratóriumai végezhetik.

•az AIV NRL egy az európai szabványoknak megfelelően működő, értékelt és akkreditált laboratórium

•a molekuláris biológiai laboratóriumban: real-time RT PCR, RT-PCR, hagyományos Sanger szekvenálás (szerződés; eredmények 6 órán belül), szekvencia alapon történő tipizálás, filogenetikai vizsgálatok

•Sürgős minták esetében : az RNS kivonás, szűrés, differenciálás, szekvenálás, szekvencia elemzés 24 órán belül

•Teljes genom szekvenálás (szerződés) 61 teljes AIV genom a 2016-2017-es HPAIV járvány


•az összes diagnosztikai teszt kivitelezése a 2006/437/EC EU bizottsági határozat alapján jóváhagyott Madárinfluenza Diagnosztikai Kézikönyv által biztosított protokollok alapján történik; a protokollokat az EU CRL AIV referencia laboratórium biztosítja

•validált pozitív és negatív kontrollok használata

•2006 óta, sikeres részvétel az évente EU AIV CRL által megszervezett körvizsgálatokon

•a laboratórium dolgozói célzott hazai és nemzetközi képzéseken vesznek részt

•részvétel az évente az EU AIV CRL által szervezet „workshop”-okon

•részvétel az EU által alapított OIE és vagy FAO projektekben


A diagnosztikai munka minőség

folyamatosságának biztosítása



Tudomány és fejlesztés

Részvétel új módszerek validálásában és

optimalizálásában

Nagy, A., Vostinakova, V., Pirchanova, Z., Cernikova, L., Dirbakova, Z., Mojzis, M., Jirincova, H., Havlickova, M., Dán, A., Ursu, K., Vilcek, S. & Hornickova, J. (2010). Development and evaluation of a one-step real-time RT-PCR assay for universal detection of influenza A viruses from avian and mammal species. Archives of Virology, 155, 665-673.

Az RT-PCR rendszert az EU referencia laboratóriuma validálta és jelenleg már egy elfogadott alternatívája a jelenleg EU által javasolt AIV de SIV kimutatásra szolgáló PCR-nek. Nagy , A., Černíková, L., Vitásková, E., Křivda, V., Dán, Á., Dirbáková, Z., Jiřincová, H., Procházka, B., Sedlák, K. & Havlíčková, M. (2016). MeltMan: optimization, evaluation, and universal application of a qPCR system integrating the TaqMan qPCR and melting analysis into a single assay. PLOS ONE. Published: March 31, 2016. Kiss, I., Germán, P., Sámi, L., Antal Márta, Farkas, T., Kardos, G. Kecskeméti, S., Dán, Á. & Belák, S. (2006). Application of real-time rt-pcr utilising lux (light upon extension) fluorogenic primer for the rapid detection of avian influenza viruses. Acta Veterinaria Hungarica, 54, 525-533.


•FP6-2005-SSP-5B-INFLUENZA. Project title: Development and enhancement of laboratory networks for avian influenza (Flu Lab Net). •International Atomic Energy Agency Technical Cooperation Project, Joint FAO/IAEA Programme. Supporting Early Warning and Surveillance of Avian Influenza Infection in Wild and Domestic Birds and Assessing Genetic Markers for Bird Resistance •Regional training course on „ Animal health in molecular diagnosis, genotyping and phylogenetic analyses of avian influenza (bird flu) and other mammalian influenza A subtypes”. Supported by the TC-Europe project "RER/5/015 - Supporting Early Warning and Surveillance of Avian Influenza Infection in Wild and Domestic Birds and Assessing Genetic Markers for Bird Resistance" and the tripartite WHO/FAO/OIE Identify project, funded by the USAID


Tudomány és fejlesztés

Projektek: EU, FAO, WHO, OIE, IAEA


Tapasztalatok, projektek és eddigi

munkáink a sertésinfluenza vírus

kutatás és diagnosztikájában

XXVII. Köves Napok 2018. május 17-18. Balatonfüred

•FP7-INFLUENZA-2010. Project title: ESNIP3-European Surveillance Network for Influenza in Pigs 3. (három éves projekt).

Watson, S., Langat, P., Reid, S., Lam, T., Cotten, M,. Kelly, M., Van Reeth, K., Qiu, K., Simon, G., Bonin, E., Foni, E., Chiapponi, C., Larsen, L., Hjulsager, C., Markowska-Daniel, I., Urbaniak, K., Dürrwald, R., Schlegel, M., Huovilainen, A., Davidson, I., Dán, Á., Loeffen, W. L., Edwards, S., Bublot, M., Vila, T. Maldonado, J., Valls, L., NFN ESNIP3 Consortium, Brown, I., Pybus, O., & Kellam, P. (2015). Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and 2013. Journal of Virology, 89, 9920-9931. Simon, G., Lars E. Larsen, L.E., Dürrwald, R., Foni, E., Harder, T., VanReeth, K., Markowska-Daniel, I., Reid, S.M., Dán, Á., Maldonado, J., Huovilainen, A., Billinis, C., Davidson, I., Agüero, M., Vila, T., Hervé, S., Breum, S. Ø., Chiapponi, C., Urbaniak, K., Constantinos S., Kyriakis, K.C., ESNIP3 consortium, Brown, I. H. & Loeffen, W. (2014). European surveillance network for influenza in pigs: surveillance programs, diagnostic tools and swine influenza virus subtypes identified in 14 European countries from 2010 to 2013. PLOS ONE DOI:10.1371/journal.pone.0115815 published online,December 26, 2014.

7

Tapasztalatok, projektek és eddigi

munkáink a sertésinfluenza vírus

kutatás és diagnosztikájában

Humán A (H1N1) pdm09

Sertés Influenza vírusok (H1N1sw, H1N1

reasszortáns pdm09, H3N2, stb.)

Bálint, Á., Kiss, I., Bányai, K., Biksi, Szentpáli-Gavallér, K., Magyar, T., Jankovics, I., Rózsa, M., Szalai, B., Takács, M., Tóth, Gy.Á. & Dán, Á. (2012). Emergence and characterization of pandemic H1N1 influenza viruses in Hungarian swine herds. Acta Veterinaria Hungarica, 61, 125-134. Bányai, K., Kovács, E., Tóth, Á., Gy., Biksi, I., Szentpáli-Gavallér K., Bálint, Á., Dencső, L. & Dán, Á. (2012). Genome sequence of a monoreassortant H1N1 swine influenza virus isolated from a pig in Hungary. Journal of Virology, 86, 13133.


Állat-egészségügy- Humán

Együttműködés


SIV kimutatására külön real-time PCR protokollok (EU referencia labor, saját fejlesztés) Ezért a kimutatására végig fel voltunk készülve, és a 2009-es H1N1pdm pandemiás járvány sem ért felkészületlenül. OEK együttműködés: 2010-ben személyesen megkerestem dr. Jankovits Istvánt, az OEK munkatársát és elkértem az addigi humán H1N1pdm törzseket tőle, annak céljából, hogy összehasonlítsam a sertésben talált H1N1 vírusokkal. Jankovits dr. nagyon kedvezően fogadta az együttműködési javaslatomat, ennek eredményeképp le is tudtunk közölni egy cikket, amelyben elsők között bizonyítjuk egy lehetséges emberről sertésre terjedő H1N1 fertőződési utat. Bálint, Á., Kiss, I., Bányai, K., Biksi, Szentpáli-Gavallér, K., Magyar, T., Jankovics, I., Rózsa, M., Szalai, B., Takács, M., Tóth, Gy.Á. & Dán, Á. (2012). Emergence and characterization of pandemic H1N1 influenza viruses in Hungarian swine herds. Acta Veterinaria Hungarica, 61, 125-134.


NRL

Diagnosztika

Molekuláris Biológiai laboratórium

Eszközök

Automatizált rendszerek

Tissue Lyser (Qiagen) 48 minta 5 perc

Minta homogenizálás DNA/RNA kivonó robot

DNA/RNA kivonó robot

Magnapure 96 (Roche) 96 minta, 90 perc 2 db KingFisher Flex

96 minta, 90 perc


Automata PCR mix pipettázó robot Automata PCR mix pipettázó robot

Qiagen 96 minta, 35 perc

Corbett 96 minta, 35 perc



NRL

Diagnosztika


Eszközök

Automatizált rendszerek

8 real-time és 6 konvencionális PCR készülék



NRL

Diagnosztika


Eszközök

Hagyományos és Real-time PCR készülékek


NRL

Diagnosztika


H5N8 járvány miatti átszervezés, fejlesztés

Next Generation PCR

35 ciklusos 3 lépéses PCR, 2-7 perc alatt (1 óra 30 perc helyett)


Influenza vírus A

Gazdaspektrum


Az influenza A vírus természetes rezervoárjai a vad vízi vadmadarak.

4. kép. Képaláírás: Az Influenza A gazdafajai. Az influenza A vírusnak a természetes gazdafajai a vad vízimadarak. Forrás: Yasuo Suzuki. Recent research on influenza virus receptor and the mechanism of its host range mutation. http://www.glycoforum.gr.jp/science/glycomicrobiology/GM10/GM10E.html

http://www.glycoforum.gr.jp/science/glycomicrobiology/GM10/GM10E.html

Influenza vírus A

Szerkezet


•Orthomyxoviridae vírus család

•Helikális szimmetriájú kapszid •Nyolc negatív egyszálú RNS szegmensből áll

•Lipid tartalmú burok veszi körül

•Hemagglutinin (HA) és Neuraminidáz (NA) felszíni fehérjék alapján az Influenza vírusok altípusba sorolása

•A HA 1-16, NA 1-9 változat (pl. H5N1, H1N1, H3N8, H6N2, stb)

•HA 17 és 18 denevérek (2012 és 2013)

Influenza vírus A

Szerkezet


5. kép. Képaláírás: Az Influenza A vírus szerkezete és a felszíni fehérjék sematikus ábrázolása. Forrás: Lofano és mtsai, 2015. http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fimmu.2015.00336/full, Front. Immunol., 30 June 2015 | http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2015.00336

•PB1, PB2, PA: replikációban szerepet játszó vírus polimerázok •HA: felszíni glikoprotein fehérje: receptor felismerés, kapcsolódás (sejtfelszíni glikoproteinek sziálsav részéhez), bejutás •NP: szegmensek stabilitásáért felelős nukleoproteinek •NA: felszíni glikoprotein fehérje: vírus replikáció után receptor megsemmisítése, sziálsav eltávolításával, újabb sejtek fertőződnek •M1: vírus összeszerelésében szerepet játszó fehérje; M2:vírus replikációért felelős proton ioncsatorna, amely a sejtmembránba kötödik •NS1: gátolja a gazdasejt védekezését és elősegíti a vírusgének transzkripcióját; NS2 (NEP) a nukleáris fehérje komplex exportjában játszik szerepet

http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fimmu.2015.00336/full

http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2015.00336

Influenza vírus A

Változékonyság

Pont mutáció Reasszortáció


Új patogén változatok: •Kisebb mértékű változás: pont mutáció, aminosav változás „antigen drift”.

•Drasztikus változás: két egyszerre fertőző vírus, a 8 RNS szegmens közül egy vagy többet kicserél egymással (reasszortáció vagy „antigenic shift”). Új felépítésű vírus jön létre.

6. kép. Forrás: http://afludiary.blogspot.hu/2010/01/mixing-vessels-for-influenza.html

http://afludiary.blogspot.hu/2010/01/mixing-vessels-for-influenza.html

Influenza vírus A

Nevezéktan


Az influenzavírusoknak egy általánosan elfogadott nevezéktanuk van, amely magába foglalja: • a vírus típusát (A, B, C vagy D)

•faját (kivéve ember)

•földrajzi eredetet

•egy egyedi azonosító számot

•izolálás vagy kimutatás évét

•HA és NA számát

•Pl.: A/Swine/Hungary/362/2011/H1N1.

Sertésinfluenza vírus

Fontos általánosságok

•Az A influenza vírus a sertések egyik legjelentősebb légzőszervi kórokozója

•Gazdasági károkat okoz: morbiditás, másodlagos fertőzések

•Emberre is veszélyt jelenthet; zoonotikus potenciál

•Emberben nem vagy enyhe tüneteket okoz. DE okozhat illetve hozzájárulhat pandémiás vírus változatok kialakulásához (lásd H1N1, 2009)

• Számos reasszortáns, nagyon szerteágazó genetikai rokonság, könnyen változik. „Keverő tégely”

•Az EU kötelezően nem írja elő, így a legtöbb országban nincs felmérő vizsgálat

•Nem kell bejelenteni az Állategészségügyi Hatóságoknak.



A, B, C, D


Influenza vírus A (IVA): sertés: H1N1, H2N1, H3N2, H1N1 pdm 09, stb. (légzőszervi megbetegedések ) Influenza vírus B (IVB): fogékony rá de nem okoz betegséget (kísérlet, felmérő vizsgálatokkal: több mint 30% vizsgált sertés pozitív ellenanyag) 8 RNS szegmens IVA és IVB: két felületi fehérje, HA, NA; hasonló genomszerveződés Influenza vírus C (IVC): nincs enyhe légzőszervi vagy jellegtelen klinikai tünetek Influenza vírus D (IVD): okozhat betegséget (szarvasmarha is [légzőszervi betegség komplex ], oda vissza fertőződnek, Olaszország felmérő vizsgálat) 7 RNS szegmens IVC és IVD hasonló genomszerveződés: 1 felületi fehérje, hemagglutinin-esterase (HE) fuziós fehérje: egyesíti a HA és NA szerepét (felismerés, receptor kapcsolódás és gazdasejt receptor megsemmisítés)


Két receptor


A madárinfluenza vírusok a hemagglutinin segítségével madarak a légúti hámsejtjeiben megtalálható úgynevezett -2,3-sziálsav-receptoraihoz (N-acetylneuraminic acid-α2,3-galactose) képesek kötődni Humán influenzavírusok ember: humán légutakban megtalálható -2,6-sziálsav-receptoraihoz (N-acetylneuraminic acid-α2,6-galactose) kötődnek Sertés: „keverő tégely” mindkét receptor megtalálható, ezért mindkét vírus fertőzheti (reasszortáció)


Reasszortáció


•Drasztikus változás: két egyszerre fertőző vírus, a 8 RNS szegmens közül egy vagy többet kicserél egymással (reasszortáció vagy „antigenic shift”). Új felépítésű vírus jön létre.

6. kép. Forrás: http://afludiary.blogspot.hu/2010/01/mixing-vessels-for-influenza.html

Vírus A: Lehet humán Vírus B: lehet madár

http://afludiary.blogspot.hu/2010/01/mixing-vessels-for-influenza.html


Történelem

USA


Első dokumentált sertésinfluenza vírus eset pandemikus H1N1 vírus 1918, Észak Amerika, madárról emberre, valamikor nem sokkal 1918 előtt, pandémia alatt át/bejutott a sertésekbe/re klasszikus H1N1 sertésinfluenza Észak Amerika, classical H1N1 swine influenza (CS) (1930-ban izolálták először)

rH3N2 vírusok 1997-1998, Észak Amerika, klasszikus H1N1 sertésinfluenza (NP, M, NS), az akkori szezonális humán H3N2 (HA, NA, PB1), dupla reasszortáns (Észak Karolina), valamint az előző és egy madárinfluenza vírus (PB2, PA) tripla reasszortáns (Minnesota, Iowa, Texas) A dupla nem, de a tripla reasszortáns vírus 2000-ig elterjedt, reasszortálodott a klasszikus H1N1 SIV-el, számos vírusváltozatot eredményezett: több H3N2 változat, H1N2, rH1N1. 2005 óta USA-ban humán eredetű HA és NA tartalmazó H1N1 és H1N2 vírusok; különböznek az addigi H1 sertésvírusoktól

H3N2 1991 Canada, humán H3N2/1975 nem terjedt el

2009 A (H1N1) pdm09 pandémikus vírus



Történelem

USA

reasszortációk: összes eddigi bemutatott USA-ban elterjedt vírusváltozat egymással: Egyik legjelentősebb: H3N2v 2011 július, Amerikai Egyesült Államok, A (H1N1) pdm09-rH3N2 vírus reasszortáció [M gén A (H1N1) pdm09 vírusból] 2011. augusztus -2017-ig 426 emberi megbetegedés.


Történelem

EU


H1N1 1976 Olaszország import ÉA-ból (1976-1979 EU), classical H1N1 swine influenza (CS).

H1N1 1979 Belgium és Németország; madár eredet Eurázsiai madár eredetű H1N1, (EA avian like swine H1N1; EA H1avN1) stabil vonal, EU-ban ez terjedt el; genetikailag más, mint az ÉA-i H1N1 CS, amit ki is szorított. Kínában 2005-ben.

H3N2 1984 Gent; madár és humán eredet human reasszortáns (European H3N2 sw/Gent/1/84 like lineage;Gent/84), HA és NA humán H3N2-ből belső gének klasszikus EA avian like swine

Ez a változat a későbbi években reasszortálodott a humán szezonális influenzavírusokkal,

H1N2 1994 Egyesült Királyság, humán eredet, human like H1N2 (sw/Scotland/410440/94 like H1huN2 lineage; Scott/94), HA a humán H1N1 (1980-hoz hasonló), NA humán (1980 előtti ), belső gének klasszikus EA avian like swine Vietnam, 2016


A (H1N1) pdm09


A (H1N1) pdm09 pandémikus vírus Április 2009, Mexico,Egyesült Államok sertés eredet: Az eurázsiai madár eredetű sertésvírus átjutott Amerikába és reasszortálodott a tripla reasszortáns sertés rH3N2 vírussal (madár, humán, és klasszikus sertés gének)

GJD Smith et al. Nature 459, 1122-1125 (2009) doi:10.1038/nature08182


Monitoring Európában

ESNIP 3

„European surveillance network for influenza in pigs

3”


FP7-INFLUENZA-2010. Project title: ESNIP3-European Surveillance Network for Influenza in Pigs 3. (három éves projekt). EU finanszírozta a nagyarányú EU SIV monitoring hálózatot Konzorcium célja volt többek között: az EU különböző SIV vírusainak (információk) gyűjtése, tárolása adatbázisok kialakítása mintagyűjtés és monitoring módszerek standardizálása harmonizálása SIV genetikai változékonyságának feltérképezése széleskörű filogenetikai vizsgálatok elvégzése



ESNIP 3

„European surveillance network for influenza in pigs

3”


Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and 2013. Journal of Virology, 2015 Simon J. Watson, Pinky Langat, Scott M. Reid, Tommy Tsan-Yuk Lam, Matthew Cotten, Michael Kelly, Kristien Van Reeth, Yu Qiu, Gaëlle Simon, Emilie Bonin, Emanuela Foni, Chiara Chiapponi, Lars Larsen, Charlotte Hjulsager, Iwona Markowska-Daniel, Kinga Urbaniak, Ralf Dürrwald, Michael Schlegel, Anita Huovilainen, Irit Davidson, Ádám Dán, Willie Loeffen, tephanie Edwards, Michel Bublot,Thais Vila, Jaime Maldonado, Laura Valls, ESNIP3 Consortium, Ian H. Brown, Oliver G. Pybus, Paul Kellama Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, United Kingdoma; Animal and Plant Health Agency, Addlestone, Surrey, United Kingdomb; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdomc; Laboratory of Virology, Ghent University, Merelbeke, Belgiumd; Anses, Ploufragan-Plouzané Laboratory, Swine Virology Immunology Unit, Ploufragan, Francee; Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell’Emilia Romagna, Parma, Italyf; Department of Veterinary Diagnostics and Research, Technical University of Denmark, Copenhagen, Denmarkg; Department of Swine Diseases, Panstwowy Instytut Weterynaryjny, Pulawy, Polandh; IDT Biologika GmbH, Dessau-Roßlau, Germanyi; Finnish Food Safety Authority EVIRA, Helsinki, Finlandj; Division of Avian Diseases, Kimron Veterinary Institute, Bet Dagan, Israelk; National Food Chain Safety Office, Budapest, Hungary; Central Veterinary Institute, Wageningen UR, Lelystad, The Netherlandsm; Virology Department, Discovery Research, Merial, Lyon, Francen; Veterinary Diagnostic Services DIAGNOS, Laboratorios HIPRA SA, Gerona, Spaino; Division of Infection & Immunity, University College London, London, United Kingdomp



ESNIP 3 néhány eredmény a

cikkből


Ez volt az első nagyléptékű EU sertésinfluenza monitoring (azóta is az egyetlen) Kb. 30%-a sertéspopulációknak fertőzött SIV-el Európában 14 európai országból 2009 és 2013 között gyűjtött 290 sertésinfluenza vírus teljes körű genetikai jellemzése A vírusok genetikai diverzitása főleg a 4 fő európai SIV különböző reasszortációinak köszönhető (EA H1avN1, H1huN2 Scott/94, H3N2 Gent/84, A(H1N1)pdm09 valamint, egy ötödik vírusnak,amelyet Olaszországban írtak le

Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and 2013. Watson et al., 2015. Journal of Virology

H1N2 2000 Olaszország, humán eredet, H1huN2hu reasszortáns, belső gének EA, HA a H1huN2 (Scot/94), NA humán eredet, A/swine/Italy/4675/2003 “human- like” N2 lineage. HA1 régióban dupla deléció

23 különböző SIV genotípus jelenlétének felderítése (A-W jelzett a következő ábrán) az esetek 82%-ban 7 gyakori genotípus fordult elő (A, B, C, D, P, Q, R)


Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and 2013. Watson et al., 2015. Journal of Virology



ESNIP 3 néhány eredmény a

cikkből



Magyarországi adatok

10 év sertésinfluenza víruskutatás

44 részleges humán influenzavírus HA A(H1N1) pdm09 2 teljes humán influenzavírus A (H1N1) pdm09 vírus genom

szubtípus genotípus vírustörzs neve Ország Megye év hónap H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/1/2008 Hungary Tolna 2008 12 2008

H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/2/2008 Hungary Jász-Nagykun-Szolnok 2008 12

H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/3/2009 Hungary Bács Kiskun 2009 02 2009

H1N2 hu-like reassortant swine H1N2 A/swine/Hungary/4/2009 Hungary Komárom Esztergom 2009 03

H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/5/2010 Hungary Jász-Nagykun-Szolnok 2010 01 2010

H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/6/2010 Hungary Jász-Nagykun-Szolnok 2010 01

H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/7/2010 Hungary Tolna 2010 03 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/8/2010 Hungary Békés 2010 03 rH1N1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/9/2011 Hungary Tolna 2011 06 2011 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/10/2011 Hungary 2011 11 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/11/2011 Hungary 2011 11

H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/12/2011 Hungary Komárom Esztergom 2011 12

H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/13/2011 Hungary 2011 11 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/14/2012 Hungary Tolna 2012 10 2012


H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/16/2012 Hungary Baranya 2012 05 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/17/2012 Hungary Fejér 2012 08


rH1N1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/19/2013 Hungary 2013 01 2013


H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/21/2013 Hungary Veszprém 2013 03 rH1N1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/22/2013 Hungary Hajdú Bihar 2013 03 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/23/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 03 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/24/2013 Hungary Veszprém 2013 03 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/25/2013 Hungary Tolna 2013 03 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/26/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 03



H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/29/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 04 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/30/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 05 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/31/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 05 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/32/2013 Hungary Pest 2013 05 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/33/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 05 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/34/2013 Hungary Hajdú Bihar 2013 06 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/35/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 06 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/36/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 07 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/37/2013 Hungary Bács Kiskun 2013 08 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/38/2013 Hungary Veszprém 2013 08 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/39/2013 Hungary Pest 2013 10 H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/40/2013 Hungary Fejér 2013 10

H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/41/2014 Hungary Komárom Esztergom 2014 01 2014

H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/42/2014 Hungary Baranya 2014 04 H1N1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/43/2014 Hungary Bács Kiskun 2014 05 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/44/2015 Hungary Bács Kiskun 2015 05 2015 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/45/2015 Hungary Hajdú Bihar 2015 09 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/46/2017 Hungary Fejér 2017 03 2017 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/47/2017 Hungary Hajdú Bihar 2017 12 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/48/2017 Hungary Baranya 2017 12 H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/49/2017 Hungary Bács Kiskun 2017 02 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/50/2018 Hungary Tolna 2018 12 2018 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/51/2018 Hungary Baranya 2018 12 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/52/2018 Hungary Tolna 2018 12 H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/53/2018 Hungary Somogy 2018 12


rH1N2 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/55/2018 Croatia Kneževo 2018 12

11 megye 119 állomány 304 beküldés 534 Intézeti +734 Pályázathoz állatorvosok által beküldött minták 1268 45 pozitív állomány (2013 után a mintaküldés célzott volt („csak”) pozitív állományból, ezért a 35% nem a feltüntetett adatok alapján lett kiszámolva

kb. 35 % pozitivitás

55 tipizálva 20 teljes SIV genom

20 teljes SIV genom


vírus PB2 PB1 PA NP MP NS HA NA Genotípus Deléció HA-ban

A/swine/Hungary/25/2011 EA EA EA EA EA EA EA EA A





A/swine/Hungary/5/2010 EA EA EA EA EA EA Gent84 Gent84 B



A/swine/Hungary/8/2010 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P






A/swine/Hungary/17/2011 EA EA EA EA EA EA Scott/94 EA H 1AA deléció Franciország 2 eset

A/swine/Croatia/55/2018 EA EA EA EA EA EA Scott/95 Gent84 E Németország 7, Hollandia 3 eset

A/swine/Hungary/53/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA S 1 AA deléció Anglia 2 eset

A/swine/Hungary/9/2011 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA S

A/swine/Hungary/22/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA EA U Spanyolország 2 eset

A/swine/Hungary/43/2014 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA EA U




Anderson TK, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016, 1(6): e00275-16. PMID: 27981236

szúbtípus vírus szám genotípus filogenetikai alapú nevezéktan

EA avian-like swine H1avN1 26 A genotípus 1C.2.1*

hu-like reassortant swine H3N2 Gent/84 5 B genotípus ez nem H1

hu-like reassortant swine H1huN2 Scot/94 2 C genotípus 1B.1.2.1

pdm-like swine A (H1N1) pdm09 16 P genotípus 1A.3.3.2

EA avian-like recombinant swine rH1avN1 1 H genotípus 1B.1.2.1

avian-like reassortant swine H1N2 1 E genotípus 1B.1.2.1

reassortant pdm-like swine H1N1 2 S genotípus 1A.3.3.2

reassortant pdm-like swine H1N1 2 U genotípus 1A.3.3.2

PROTOCOL FOR INFLUENZA A VIRUS GLOBAL SWINE H1 CLADE CLASSIFICATION. January 23, 2017 Background Swine H1 viruses have diversified into three major genetic lineages over time. Recently, Anderson et al. (2016) proposed a global classification scheme for swine H1 influenza A virus based on the phylogenetic relationships of the H1 HA segment sequences. This new global swine H1 clade classification scheme extends the previous US swine H1 classification scheme implemented in the Influenza Research Database (IRD, 2015) by incorporating additional swine sequences from outside North America, in particular Europe and Asia.



55 tipizált SIV vírus


aktív monitoring

„önszorgalom” kutatási

együttműködés alapon


20 különböző farm vizsgálata Időtartam: 6 hónap Átlagos életkor: 3 hét Több beküldés Klinikai tünetek és korbonctani elváltozások jegyzőkönyvezése PRRS, M. Hyopneumonieae vizsgálata gyanú esetén Bakteriológia vizsgálatok

Dr. Biksi Imre, Állatorvostudományi Egyetem, Nagyállat klinika

Dr. Dán Ádám, NÉBIH ÁDI Molekuláris Biológia

A minták vizsgálata SIV real-time PCR-el Pozitív minták szekvenálása Szekvenciák elemzése Filogenetikai vizsgálatok, adatefeldolgozás


S214-Herd33-2010-NETHERLAND S157-Herd14-2013-NGS-CAO-in prog

S737-Herd32-2011 29498-Herd21-2012 2836-Herd21-2012

S123-Herd21-2012 33609-Herd21-2011

Herd 21

S116-Herd10-2008 S087-Herd3-2013 S052-Herd3-2013

S252-Herd3-2013-NGS-CAO-in progHerd 3

S55-Herd4-2013-NGS-CAO S168-Herd4-2013

Herd 4

S379-Herd31-2008 11944-Herd22-2012

Commercial connection

S651-Herd28-2007 S375-Herd28-2008

Herd 28

20 km from Herd 2 6324-Herd11-2009 S068-Herd2-2013-NGS-CAO

S103-Herd2-2009 S104-Herd2-2009

Herd 2

avian-like sw

S136-Herd11-2013-NGS-CAO-in prog S229-Herd11-2013 S069-Herd11-2013

Herd 11

S212-Herd10-2013 S064-Herd10-2013-NGS-CAO

S178-Herd10-2013 S164-Herd10-2013 S149-Herd10-2013 S137-Herd10-2013

Herd 10

S015-Herd26-2013-NGS-CAO-in prog S023-Herd20-2010

S012-Herd25-2010 S362-Herd23-2011 S165-Herd23-2011

7093-Herd23-2012Herd 23

S745-Herd30-2011-ROMANIA

pdm-like sw

S499-Herd27-2012-NGS-CAO-in prog S566-Herd29-2011

S098-Herd24-H1N2-2013 10299-H1N2-Herd21-2009

H1N2

32994-H1N1-avian70

92100

100

72

99

88

75

99

53

100

100

100

100

87

6189

96

92

90

70

80

100

0.05


aktív monitoring

részleges HA szekvencia

illesztések alapján készült

fa járványtani összefüggések

kiderítésére



aktív monitoring

Eredmények és tanulságok

3 év rutin diagnosztika során beküldött minták során: 7 detektált vírus 6 H1avN1 1 H3N2 3 év kérésemre állatorvos által beküldött mintákból: 13 detektált vírus 5 H1avN1 4 A(H1N1)pdm09 1 H1huN2 2 H3N2 1 A(H1N1)pdm09 reasszortáns 6 hónap célzott aktív és szervezett monitoring: 18 detektált vírus 7 H1avN1 9 A(H1N1)pdm09 1 H3N2 1 A(H1N1)pdm09 reasszortáns


Köszönöm a figyelmüket!

Influenza A vírusok magyarországi...

Documents

Transcript of Influenza A vírusok magyarországi...