GMDS 2013 - Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit von...
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Institut für Medizinische Informatik
Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit
von Forschungsdaten in elektronischen Laborbüchern
Bartlomiej Marzec, Philipp Weil, Sara Y. Nussbeck
GMDS 2013, Lübeck, 3. September 2013
Hintergrund
• Electronic Laboratory Notebooks (ELN) ermöglichen die bessere Nachnutzung von Forschungsdaten durch gezielte Annotation mit Metadaten.
• Für die Erfassung der Daten müssen Formulare im ELN entwickelt werden.
• Verwendete Software ermöglicht freie Konfiguration und Strukturierung der Formulare.
03.09.2013 Bartlomiej Marzec – [email protected] 2
Ziele der Formularentwicklung
• Zusammenführung von existierenden Standards mit wichtigen Metadaten der Nutzer für optimale Nachnutzung der Daten.
• Klare Strukturierung der Formulare für spätere Durchsuchbarkeit.
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1. Erstellung eines reduzierten DMP-Fragenkataloges
• Als Grundlage dienten DCC und WissGrid Checklisten zum Datenmanagementplan (DMP).
• Relevante Fragen für die Interviews mit Wissenschaftlern wurden übernommen.
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2. Interviews und Workflowanalyse mit Wissenschaftlern
• Beantwortung der Fragen.
• Besprechung der bisherigen Aufzeichnungen und dem Laborworkflow.
• Analyse der Abhängigkeiten zwischen einzelnen Daten.
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(Laborworkflow) (Datenobjekte und Relationen)
(Notizen des Wissenschaftlers)
3. Literaturrecherche zur Ermittlung der Metadatenstandards
• Pubmed
• MIBBI
• Biosharing
• Europhenome
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4. Abgleich der Interviews mit MD-Standards
• Strukturierung der Daten des Wissenschaftlers unter der Verwendung von Standards.
• Definition der Messdaten (Bezeichner, Datentyp, Eingabeformat).
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Stand
ards
Wissen
schaftler
5. Strukturieren der Datenerfassungsformulare
• Implementierung der Formulare mit den Messfeldern.
• Optimierung der Benutzbarkeit (z.B. über Default-Werte).
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Zusammenfassung
• Erfassung einzelner Experimente ist für eine strukturierte Annotation in ELNs nicht ausreichend im Hinblick auf eine Durchsuchbarkeit und Nachnutzung der Forschungsdaten.
• Bei der Annotation müssen die Metadatenschemata an Standards angepasst werden.
• Resultat ist ein generischer Workflow für die Entwicklung von Datenerfassungsformularen für ELNs.
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Kontakt
Bartlomiej Marzec, Philipp Weil und Sara Y. Nussbeck
Universitätsmedizin Göttingen
Institut für Medizinische Informatik
Robert-Koch-Str. 40
37075 Göttingen
Tel.: +49 551 39-22472
Web: http://www.mi.med.uni-goettingen.de/
E-mail: [email protected]@med.uni-goettingen.de, [email protected]
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