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JUAN CARLOS RODRIGUEZ DIAZ S. MICROBIOLOGIA
HOSPITAL GENERAL UNIVERSITARIO DE ELCHE
FUNDAMENTOS BASICOS DE MICROBIOLOGIA
MOLECULAR
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FUNDAMENTOS TEORICOS
Las técnicas llamadas de microbiología molecular tratan de estudiar el genoma mediante varias metodologías: PCR convencional PCR a tiempo real (real time PCR) Secuenciación Análisis de fragmentos genómicos
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FUNDAMENTOS TEORICOS
La secuencia de bases (adenina, guanina, citosina y timina) codifican la información genética
Cuando el gen se expresa, se sintetiza RNA y a partir de él se sintetizan las proteínas
Todos los organismos secuenciados están recogidos en una base de datos de acceso público llamada GenBank (pubmed)
El programa que está instalado en esa base de datos tiene instalada diversas aplicaciones que son muy interesantes en este tipo de estudios.
Otros programas interesantes son: Chromas: analiza secuencias Primer express: Diseña sistemas de PCR a tiempo real Primer 3: Diseña sistemas de PCR convencional
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EXTRACCION DE DNA
OBJETIVO Romper la bacteria y separar el DNA del resto de sus componentes En función de la cantidad de DNA que dispongamos se utilizan
diferentes métodos
METODOS Mucha cantidad de DNA (cultivo bacteriano):
Chelex Poca cantidad de DNA (muestra clínica):
Columnas (Quiagen) TNAI (Roche)
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PCR convencional
REACTIVOS Buffer Cloruro de magnesio: Entre 1,5 y 3 mM dNTP: A, G, C, T Cebadores o primers Taq polimerasa Agua DNA diana
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PCR convencional
PARAMETROS DEL TERMOCICLADOR Apertura de las hebras de DNA: 94ºC Hibridación de los cebadores: Temperatura variable Elongación de las cadenas: 72ºC Número de ciclos: Entre 30 y 40
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PCR convencional
DETECCION DE LA AMPLIFICACION Preparación del gel de agarosa Electroforesis a 100 V Visualización con bromuro de etidio ¡¡¡¡ojo, es cancerígeno!!!!
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PCR a tiempo real
REACTIVOS Master mix Cebadores o primers Sonda Agua DNA diana
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PCR a tiempo real
PARAMETROS DEL TERMOCICLADOR Previamente programado Número de ciclos: 50 ciclos
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PCR a tiempo real
DETECCION DE LA AMPLIFICACION Análisis de los datos suministrados por la máquina en un archivo
excel
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SECUENCIACION
REACTIVOS 1ª REACCION Taq gold Cebadores o primers Agua DNA diana
DETECCION DE LA AMPLIFICACION Preparación del gel de agarosa Electroforesis a 100 V Visualización con bromuro de etidio ¡¡¡¡ojo, es cancerígeno!!!!
ELIMINACION DE CEBADORES Y OTROS FRAGMENTOS PEQUEÑOS DE DNA Tratamiento con enzima específico
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SECUENCIACION
REACTIVOS 2ª REACCION Mezcla de secuenciación Un solo cebador diluido Agua Amplificado de la primera amplificación
DETECCION DE LA SECUENCIACION Preparación de la muestra Envío a la UMH
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