2009.11.22

diagramパッケージを使い倒す使ってみる

Tsukuba.R #6

id:yag_ays

2009年11月22日日曜日

自己紹介

✤ id:yag_ays

✤ @yag_ays

✤ ’87生まれ / B4 / 生態学

✤ Rで卒論データいじり

✤ MacOSX + Emacs + ESS2009年11月22日日曜日

library(diagram) + Graph

2009年11月22日日曜日

Rのdiagramというパッケージ

✤ グラフやネットワーク，フローチャートなどを描くためのRの外部パッケージ

✤ このパッケージの作者はオランダの生物学者のため，食物連鎖や物質循環のデータが入っている．

R package diagram : visualising simple graphs, flowcharts, and webs

2009年11月22日日曜日

準備

> install.packages("diagram")> library(diagram)

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機能

✤大まかにわけて3つ

✤ plotmat

✤ plotweb

✤ Flowchart(node + edge)

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demo

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plotmat()の基本的な書式

> plotmat(matrix, pos=position, name=names)

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ノードとエッジの関係：matrix

> example [,1] [,2] [,3] [,4][1,] 0 1 0 0[2,] 1 0 0 1[3,] 0 0 0 0[4,] 0 1 0 0

✤ いわゆる隣接行列

✤ 値や文字列を代入できる

✤ 簡単なTeX表記も可能

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※ 注意...!?

✤隣接行列の形式が通常と逆...?

✤ t()で転置行列

✤

> M <- matrix(nrow=4, ncol=4, byrow=T, data=0)> M[1,2] <- "12"> plotmat(M, name=1:4, pos=c(1,2,1))

2009年11月22日日曜日

pos=...について

✤ ノードのポジション(pos)を設定する．

✤ 各行のノードの個数をベクトルで指定．

このようにしたい

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pos=c(3,2,1)

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例えば...

✤ この場合は...

plotmat(matrix, pos=6)

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name=...について

✤ ベクトルで指定

✤ c(“hoge”,”fuga”,”hehehe”)

✤ 日本語もOK(ただしRの描写の日本語化をしておく必要有)

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その他：細かなパラメータ

✤ 例) ノードの形

✤ とにかく指定できるパラメータが多い...

✤

plotmat(A, pos=NULL, curve=NULL, name=NULL, absent=0, relsize=1, lwd=2, lcol="black" , box.size=0.1, box.type="circle", box.prop=1,box.col="white", box.lcol=lcol, box.lwd=lwd, shadow.size=0.01, shadow.col="grey", dr=0.01, dtext=0.3, self.lwd=1, self.cex=1, self.shiftx=box.size, self.shifty=NULL, self.arrpos=NULL, arr.lwd=lwd, arr.lcol=lcol, arr.col="black", arr.type="curved",arr.pos=0.5, arr.length=0.4, arr.width=arr.length/2, endhead=FALSE, mx=0.0, my=0.0, box.cex=1, txt.col="black", prefix="", cex.txt=1, add=FALSE, main="", ...)

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エッジのパラメータ

✤ matrixに重さを入れておいてarr.lwd=matrixとすると，　エッジの重みを太さで表現できる

✤ エッジを直線にするにはcurve=0とする．

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こんなことも出来ます

http://blog.livedoor.jp/zanten/archives/cat_27571.html

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plotweb()

✤ 基本的にはplotmatと同じ

✤ ノードの配置が円形

✤

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plotweb()の描き方

> plotweb(Takapotoweb,main="Takapoto atoll planktonic food web",leg.title="mgC/m2/day",lab.size=1)

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例えば...

✤ Twitter検索(yats)で調べたReplyの飛ばし合い具合

✤ syou先生ごめんなさい＞＜

> plotweb(t.mat,name=t.name,legend=F)

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flowchart(node + edge)

✤ openplotmat()関数で描写範囲を作成．

✤ coordinates()関数でノードの個数と位置を指定して ”アタリ”をつける．

✤ ノードのx座標，y座標に従って，ノード・エッジを書き加えていく．

特徴：ノード，エッジを個別に描く

いわゆる低水準関数的なアレ2009年11月22日日曜日

flowchartの描き方

>openplotmat()

> elpos<-coordinates (c(1,1,2,4))

>fromto <- matrix(ncol=2,byrow=TRUE,data=c(1,2,2,3,2,4,4,7,4,8))

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> elpos [,1] [,2][1,] 0.500 0.875[2,] 0.500 0.625[3,] 0.250 0.375[4,] 0.750 0.375[5,] 0.125 0.125[6,] 0.375 0.125[7,] 0.625 0.125[8,] 0.875 0.125> fromto [,1] [,2][1,] 1 2[2,] 2 3[3,] 2 4[4,] 4 7[5,] 4 8

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> textellipse(elpos[1,],0.1,lab="start")> textrect (elpos[2,],0.15,0.05,lab="found term?")> textrect (elpos[4,],0.15,0.05,lab="related?")> textellipse(elpos[3,],0.1,0.1,lab=c("other","term"))> textellipse(elpos[7,],0.1,0.1,lab=c("make","a link"))> textellipse(elpos[8,],0.1,0.1,lab=c("new","article"))

案外原始的...2009年11月22日日曜日

2009年11月22日日曜日

mar <- par(mar=c(1,1,1,1))elpos<-coordinates (c(1,1,1,1,1,1,1,1),mx=-0.1)segmentarrow(elpos[7,],elpos[2,],arr.pos=0.15,dd=0.3,arr.side=3,endhead=TRUE)segmentarrow(elpos[7,],elpos[3,],arr.pos=0.15,dd=0.3,arr.side=3,endhead=TRUE)segmentarrow(elpos[7,],elpos[4,],arr.pos=0.15,dd=0.3,arr.side=3,endhead=TRUE)pin <- par ("pin") # size of plotting region, inchesxx <- 0.2yy <- xx*pin[1]/pin[2]*0.15 sx <- rep(xx,8)sx[7] <- 0.05sy <- rep(yy,8)sy[6] <-yy*1.5sy[7] <- sx[7]*pin[1]/pin[2]for (i in c(1:7)) straightarrow (to=elpos[i+1,],from=elpos[i,],lwd=2,arr.pos=0.6,endhead=TRUE)lab <- c("Problem","Conceptual model","Mathematical model","Parameterisation", "Mathematical solution","","OK?","Prediction, Analysis")for (i in c(1:5,8)) textround(elpos[i,],sx[i],sy[i],lab=lab[i])textround(elpos[6,],xx,yy*1.5,lab=c("Calibration,sensitivity","Verification,validation"))textdiamond(elpos[7,],sx[7],sy[7],lab=lab[7])textplain(c(0.7,elpos[2,2]),yy*2,lab=c("main components","relationships"),font=3,adj=c(0,0.5))textplain(c(0.7,elpos[3,2]),yy ,"general theory",adj=c(0,0.5),font=3)textplain(c(0.7,elpos[4,2]),yy*2,lab=c("literature","measurements"),font=3,adj=c(0,0.5))textplain(c(0.7,elpos[6,2]),yy*2,lab=c("field data","lab measurements"),font=3,adj=c(0,0.5))

2009年11月22日日曜日

いったい何をしているのか...

✤ それぞれのノードとエッジを，サイズや位置を細かく指定して書いている．

✤ これは大変...

✤ 書式さえ作っておけば後は埋めるだけ...ではない．テキストに合わせて図形の大きさなどを調整する必要がある．

2009年11月22日日曜日

結論

✤ diagramパッケージを使うと綺麗なグラフが書けるよ！

✤ 隣接行列の形式には気をつけてね！

✤ あまり大規模なグラフの描写には向かないよ！

✤ RならigraphやRgraphvizを使ってね！

2009年11月22日日曜日

補足説明

✤ Rでグラフを扱うならigraph，Rgraphvizなどのパッケージが便利．

✤ あとは，RじゃないけどCytoscapeとか．

✤

2009年11月22日日曜日

ありがとうございました

2009年11月22日日曜日