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De Onde Viemos... Para Onde Vamos: Usando o R para Entender Evolução
Mauricio O. MouraDepartamento de ZoologiaUFPR
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Evolução
• Nas ciências tem um definição bem mais pragmática
• Sem juízo de valor - “melhor"
• Descreve a mudança
• O que causou essa mudança
• Descritores quantitativos
• Evoluímos com o aumento do poder computacional e o conhecimento dos métodos numéricos
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Descrever a mudança
Kivell, 2009. Nature, vol 575
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Descrever a mudança
Stringer & Galway-Witham, 2017. Nature, 546, 212–214
430.000 anos 60,000–40,000 anos 350,000–280,000 anos 20,000 anos
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Análises Morfométricas
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Análises Morfométricas
Neaux, 2016.American Journal of Physical Anthropology
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Análises Morfométricas
Baab et al 2012. Evolutionary Anthropology
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Análises Morfométricas
Geometria Ciência da Computação Estatística multivariada
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Em 2013 a salvação… Tudo em um único lugar
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Outros problemas para resolver…
Gavin et al, 2013. BioScience
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Usamos…
• Ajustes de modelos de evolução (movimento browniano, OU e outros)
• Busca de regiões com taxas diferentes de evolução ( N métodos…)
• ML
• Bayeisiana
• Cadeias de Markov (HIdden Markov também)
• Multivariada clássica
• Busca de dados em bases de dados
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Nossa sorte
• A maioria dos pesquisadores (estudantes incluídos, claro) é R maníaca e extremamente “quantitativa”em Biologia evolutiva.
• Novos métodos são rapidamente incorporados a pacotes
• Mas, alguns mais antigos, precisam de força bruta no código
• Bases de dados e scripts são disponibilizados (métodos recentes quase 100%)
• Sempre tem quem não disponibilize
• Livros direcionados ao R (disponibilizados e não)
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Limitações/contribuições
• Acesso as bases de dados para estudos em grandes escala de espaço e tempo
• Métodos para construir filogenias com genomas completos (Big Data)
• Feitos em outras linguagens (Python, C, C++, Java)
• CIPRES Science Gateway (phylo.org) - PISE XML
• Linux & pacotes do R
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Resistências
• Cursos de ecologia e de biologia evolutiva bem pequena (o universo amostral é meio enviesado…)
• Fisiologia tem resistência - projetos essencialmente experimentais
• Vários pacotes com análises de dose-resposta (ecotoxicologia)