DBCLS Galaxyではじめるゲノムスケールデータの共同研究
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2010-08-09 ライフサイエンス・データベース講習会 in 名大
DBCLS Galaxyではじめるゲノムスケールデータの共同研究
山口 敦子中尾 光輝
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10年9月3日金曜日
2010-08-09 ライフサイエンス・データベース講習会 in 名大
DBCLS Galaxyではじめるゲノムスケールデータの共同研究
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共同研究で大切な事
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コミュニケーション
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データ共有
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300MBのデータファイルの受け渡し
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最新のデータファイルはどれか?
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このデータセット、どのように解析されたのか?
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1000万個のSNPsはExcelでは扱えない
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データの共有
解析履歴の共有
再現性の確保
ゲノムスケール共同研究の課題
サイバーインフラストラクチャの問題
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DBCLS Galaxyではじめるゲノムスケールデータの共同研究
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Galaxyとは• ウェブアプリケーション
• ゲノムデータ解析環境:座標比較、多重整列、ゲノムアノテーション比較、メタゲノムサンプルプロファイリングなどなど
• データ交換/公開/共有
• http://galaxyproject.org
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Galaxy でできること
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CHiP-seq実験で同定されたTAF1結合サイトを含むプロモーターを見つける
http://screencast.g2.bx.psu.edu/galaxy/flash/TAF1.html
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CHiP-seq法とは、クロマチン免疫沈降法とシーケンシング法を組み合わせて、転写調整因子のゲノム上の結合部位を網羅的に同定する方法。
TAF1結合サイトとは、DNA結合タンパク質かつ転写制御因子、TAF1タンパク質(基本転写因子TFIIDサブユニット1)が結合するゲノム領域。
プロモーターとは、遺伝子の転写制御にかかわるシス因子ゲノム領域。
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デモ
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データセット、解析履歴(ヒストリー)を共有する
http://screencast.g2.bx.psu.edu/galaxy/flash/Sharing.html
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デモ
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さらにくわしくは
スクリーンキャスト http://galaxycast.org
統合TV http://togotv.dbcls.jp/20090310.html
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Galaxy.DBCLS.jp
各種ツールをプリインストール
DBCLSツール入ってる
すぐに使える状態(OpenID があれば)
日本語メニュー表示
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お持ち帰りGalaxy
ftp://ftp.dbcls.jp/galaxy/
Galaxy.DBCLS.jpのVMWareブートイメージ
各種ツールインストール済み
ラボ内用に立ち上げるのに便利
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ゲノムスケール共同研究のシナリオ
データと解析の共有はGalaxyで解決
あたらしいデータやツールのプラットフォーム(サイバーインフラストラクチャ)としてGalaxyが有用
論文作成サポートはつぎのトークで
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