Cytoscape/BiNGOインストール法

Cytoscapeのインストール（1）Javaのインストール（1）

http://www.java.com/ja/にアクセスし、ここをクリック

Javaの64bitをあらか

じめインストールする必要があります。ここではWindowsを例に説明します。

Cytoscapeのインストール（2）Javaのインストール（2）

ここをクリック

Cytoscapeのインストール（3）Javaのインストール（3）

64ビットのここをクリック

Cytoscapeのインストール（4）Javaのインストール（4）

インストールをクリック

終了したら“閉じる”をクリック

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（1）

再度Internet Explorerを起動し、Cytoscapeのトップページhttp://www.cytoscape.org/へ。

Downloadをクリック

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（2）

名前、所属、

メールアドレスを記入して

“I accept・・・”にチェック（必須）

Downloadへ。

チェックしてもしなくてもよい

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（3）

“Windows 64bit”を選択

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（4）

“実行”を選択

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（5）

“Next”をクリック “I accept・・”にチェック

“Next”をクリック “Next”をクリック

Cytoscapeのインストール（5）‐ Cytoscapeのインストール（6）

“Next”をクリック“Finish”をクリック。これでCytoscapeのインストールが完了

BiNGOのインストール（1）

BiNGO(http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Home.html)は、Cytoscapeのプラグインである。ある遺伝子セット中に、ある特定の機能を持った遺伝子の割合がバックグラウンドに比べて有意に高まっているかを、超幾何検定によって判別（いわゆるgene functional enrichment analysis）できる。

トップページはこんな感じ

BiNGOのインストール（2）

Cytoscapeの”Ａｐｐｓ”からも入手できる

BiNGOのインストール（3）

”BiNGO”をクリック

BiNGOのインストール（4）

開いたウィンドウをクリック

BiNGOのインストール（5）

”Dowinload”をクリック

BiNGOのインストール（6）

”保存”をクリック

BiNGOのインストール（7）

“フォルダを開く“をクリック

BiNGOのインストール（8）

ダウンロードに保存されたので、正しい場所に移動するため、“切り取り”をクリック

BiNGOのインストール（9）

C¥Program Files¥Cytoscape_v2.8.3¥pluginsの中に貼りつける

BiNGOのインストール（10）

正しい場所に

保存されているか必ず確認

BiNGOのインストール（11）

動作を確認する

スタートメニューの“すべてのプログラム”の中から”Cytoscape”をクリック

BiNGOのインストール（12）

Cytoscapeを起動した際に警告が出たら、“アクセスを許可する”をクリック

BiNGOのインストール（13）

Cytoscapeが開いたら、”Plugins”をクリック

” Start BiNGO 2.44”をクリック

BiNGOのインストール（14）

BiNGOが開いたら正しく動作している