•Contribuir al avance de la ciencia en España:

• Dotando de alta capacidad de cálculo a la comunidad científica, pública y privada.

• Mediante programas propios de investigación en áreas relacionadas con la supercomputación

Objetivos

Structure

Pro

fesi

ona

les

Director/a

Departamento

Ciencias de la

Vida

Director/a

Departamento

Ciencias de la

Tierra

Director/a Departamento

Física e Ingeniería

Director/a Departamento

Química y Ciencia de los

Materiales

Director/a Departamento

Gestión del Super-

ordenador

CONSEJO RECTOR

Presidencia

Comisión Ejecutiva PATRONATO

Director/a Asociado/aDirector/a

I+D en I.T.e-CienciaGestión

Jefe/a Equipo

Genómica

Jefe/a Equipo Bioinformática

Jefe/a Equipo Modelización

Molecular

Jefe/a Equipo Medio

Ambiente

Jefe/a Equipo Administración

del Sistema

Prof. Senior

Profesionales

Operadores

Jefe/a Equipo

Soporte a Usuarios

Jefe/a Equipo

Desarrollo de

Negocio

Jefe/a Equipo Administración

y Finanzas

Director/a Departamento Computación

Intensiva

Jefe/a Equipo

Métodos Numéricos

Jefe/a Equipo Grids y Clusters

Jefe/a Equipo Programación

Paralela

Jefe/a Equipo Herramientas

de Rendimiento

Jefe/a Equipo

Plataformas e-Business

Jefe/a Equipo

Bases de Datos

Jefe/a Equipo Arquitectura

de Computadores

de Altas Prestaciones

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inve

stig

ado

res/

as

Labo

rale

s

Jefe/a Equipo Arquitectura

de Computadores

Multi-procesadores

Jefe/a Equipo Arquitectura

de Computadores Procesadores

Multimedia

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Inv. Senior

Investigadores/as

Inv. Junior

Prof. Senior

Profesionales

Prof. Senior

Profesionales

Prof. Senior

Profesionales

Secretarios/as

Comité de Acceso

Director/aAsociado

Departamento Computación

Intensiva

Comisión Científica Asesora

MMB

Programa de Modelización Molecular y Bioinformática

• Análisis genómicos.

• Mineria de datos.

• Biología de sistemas.

• Modelización Molecular.

• Predicción de plegamiento

• Estudios de interacciones biomoleculares

• Análisis de reactividad enzimática

3 grupos finales 2005 10 grupos en 5 años

• Análisis genómico

• Predicción de estructura

• Diseño y modelización molecular

• Biología de sistemas

• Mineria de datos

• Estudio interacción y reactividad biomolecular

• Análisis de la reactividad enzimática

MareNostrum

• 4564 Procesadores PowerPC 970 FX

• Total de 9 TB memoria central.

• 233 TB disco.

• 3 redes comunicación:

• Myrinet.

• Gigabit.

• 10/100 Ethernet.

• SO Lynux.

TOP5 Supercomputer Sites

• El BSC aloja a uno de los nodos verticales del INB

• El INB subvenciona personal técnico par dar soporte a proyectos genéricos de bioinformática

• El BSC provee soporte computacional especial al INB:

• Gestión y mantenimiento de bases de datos

• Optimización de códigos

• Soporte a cálculo de altas prestaciones hasta un 20% de MN en projectos de del INB

Acuerdo estratégico BSC-INB

Más de 900 entradas PDB Simulaciones de 10 ns. Completo análsis dinámico

Esfuerzo CPU equivalente:

>10 millones de horas P-IV

ANALISIS DE SECUENCIA

AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTA

AGCGCGCATTTAGCGCTGTGCATGAAATCCGCGCGGTAGCGTTTGAAGGTCAGCTATCAGGTAGCGTTATGAAGGTGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTGGGTACCGTTTGGGTAGCTTTTCAAGGTAAGCTTGCGATCGATTGACCCATGGCTATTAAGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTGGTAGCGTTTGAAGGTTACAGTTAGCGCGACAAAGCATGGGGTAGCGTTTGAAGGTTTTCAAGAAAAATCCGCTGCTGATGGGATATTTTA

• Buscar secuencias homólogas• Determinar pautas comunes

• Operaciones sencillas realizadas muchas veces• Manejo de grandes bases de datos

•Localizar 1 proteína en genomas:•15 especies 10 minutos

•Localizar todo proteoma humano:• 100 especies > 1 año

Simulaciones de dinámica molecular

123898 atoms: 33284 H2O, 14 Mn+, 94 Cl- and 210 Na+

Simulaciones de “docking”

1 minutos x proteina x ligandoC90-PDB x librería 105 compuestos

62500 dias CPU PIV

100 ns MD = 1500 dias CPU PIV