"Conséquences actuelles et prévisibles" de l'accréditation

sur le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella"

Malika Gouali CNR des E. coli, Shigella et Salmonella

Unité des Bactéries Pathogènes Entériques

Qu’est-ce qu’un CNR en France ?

• Laboratoire au sein d’un établissement publics ou privé de santé,

d’enseignement ou de recherche. Nommé pour 4 ou 5 ans par le Ministère de

la Santé.

• Leurs principales missions sont :

– L’expertise concernant la microbiologie, la pathologie des agents infectieux et leur sensibilité

aux agents anti-infectieux ;

– La contribution à la surveillance épidémiologique ;

– L’alerte par l’information immédiate des Autorités de Santé de toute constatation pouvant

avoir des répercussions sur l’état sanitaire de la population

– Le conseil des pouvoirs publics, des agences de sécurité sanitaire et des professionnels de

santé.

*

Surveillance microbiologiqueLa partie épidémiologique (investigation, mesures de contrôle,..) est assurée par l’Institut de Veille Sanitaire

(InVS) en étroite collaboration avec les CNR

• Apport d’une expertise microbiologique pour l’ identification, le typage

des souches

• Suivi des tendances évolutives temporelles des différents sérotypes

(grâce à un réseau de laboratoires correspondants)

• Détection précoce des phénomènes épidémiques

• Mise en œuvre de techniques de sous-typage (PFGE, MLST, MLVA,

CRISPOL, NGS …) lors d’investigation d’épidémies

• Suivi de la résistance des Salmonella et des Shigella aux antibiotiques

• Collaborations : réseau européen Enternet, réseaux de surveillance chez

l’animal,...

Missions spécifiques du CNR des Eschericia coli, Shigella et Salmonella

arrêté ministériel du 29 novembre 2004

� Identification du genre Salmonella, des espèces et des sous espèces

� Sérotypage

Détermination des antigènes somatiques O, H1, H2 +/- Vi par

agglutination sur lame à l’aide d’anticorps polyclonaux (19 polyvalents, 168

monovalents dont 33 phases R)

Les activités d’expertise du CNR-ESS (1)

-Accès à des antisérums +++ (faits « maison » ou commercialisés par BioRad, Staten Serum

Institute, …)

-Liste des antisérums à adapter en fonction des capacités et des sérotypes circulants

-Contrôles qualité interne et externe

� Etude de la sensibilité aux antibiotiques

Escherichia coli (missions du CNR et du CNR associé Hôpital Robert Debré)

- Recherche des facteurs de virulence des E. coli entérohémorragiques (EHEC) à partir

de prélèvements de selles ou de souches de E. coli isolées et identifiées

- Sérotypage des souches par agglutination sur lame ou sérotypage moléculaire

- Sérologie (détection d’anticorps anti-LPS des principaux sérogroupes d’EHEC)

Shigella

- Identification/confirmation biochimique

- Sérogroupage et biotypage des souches

- Surveillance de la résistance aux antibiotiques

Les activités d’expertise du CNR-ESS (2)

Réseau de laboratoires correspondants du CNR-ESS (Salmonella)

� Initié après-guerre (Prof Le Minor, fin des années 1940, CNR en 1972)

� De 35 à 90 % de laboratoires à capacité bactériologie (données CNQ):

� En 2003, 1411 (1080 LBM, 331 CH)

� En 2006, 1357 (1028 LBM, 329 CH)

� En 2011, 1392 (1044 LBM, 348 CH)

� En 2013, 1280 (952 LBM, 328 CH)

� Estimation du nombre de souches reçues au CNR en 2008 (enquête

AFSSAPS/CNR/InVS)

� 10 000/15 000 Salmonella confirmées en laboratoire

� Exhaustivité/représentativité métropole + DomTom de 66% en 2008

� Bonne répartition géographique

Statut Nb LABM répondants * (%) Nb LABM ≥ 1 Salm (%) Nb souches (%) Moyenne/LABM Médiane/LABM

Privé Hôpital Autres **

2814 / 2959 (95,5) 389 / 399 (97,5)

14 / 17 (82,4)

1933 (84,7) 339 (14,9)

10 (0,4)

9467 (60,4) 6138 (39,2)

60 (0,4)

3,4 15,9

4,3

2 14 2,5

Total 3217 / 3375 (95,3) 2282 (100) 15665 (100) 5,3 2

Nombre de salmonel les isolées par les LABM répondants selon leu r statut (privé ou hospi tal ier ).

Sérotypage des Salmonelles Statut effectif OUI (%) NON (%) Partiel (%) pas de réponse (%) Privé 2814 44 (1,6) 1871 (66,5) 859 (30,5) 40 (1,4) Hôpital 389 64 (16,5) 70 (18) 251 (64,5) 4 (1) Autres 14 2 (14,3) 44 (1,6) 6 (42,9) 0 Total 3217 110 (3,4) 1947 (60,5) 1116 (34,7) 44 (1,4)

� Exhaustivité/ représentativité des souches de Salmonella reçues au CNR Salmonella (souches, fiches et total) selon le statut des laboratoires.

2013: 10867 enregistrements (9131 souches et 1736 fiches d’information)

France métropolitaine et des DOM-TOM

Répartition des enregistrements au CNR Salmonella entre 2000 et 2013

� Augmentation des souches non-pré agglutinées reçues au CNR

� vitesse de détection d’épidémies : délai de rendu de résultat +1j en 2013

� Augmentation cas épidémiques

Jones et al, Euro Surv 2014 :

Délai de sérotypage Salm moyen du CNR = 6j

� Surcoût achat/fabrication immun-sérum : données BioRad en attente

� Temps technicien dédié au sérotypage > innovation technologique

Quelles conséquences sur une de nos missions principales ?

Qu’en est-il de l’activité E. coli et Shigella ?

� Janvier 2009 : Révision des cahiers des charges du CNR des

E.coli/Shigella activité recentrée sur la recherche des E. coli

entéro-hémorragiques (EHEC)

� La recherche des pathovars des E.coli (ETEC, EIEC, EAEC, DAEC,

EPEC) réalisée après entente préalable avec le CNR ou son CNR

associé (Hôpital Robert Debré)

� Résultats d’analyses des prélèvements de selles et des souches

de E. coli sur la période 2011 et 2014 au CNR

- Selles positives pour les Shigatoxines : 7 à 11%

- Souches EHEC confirmées au CNR : 10 à 12%

- Souches non EHEC confirmées EPEC : 10 à 15%

Qu’en est-il de l’activité E. coli et Shigella ? (2)

� Conditions pré-analytiques insuffisamment prises en compte : absence de « revue de contrat » ?

� Absence de « recommandations clairement formalisées » sur la pertinence de rechercher des EPEC dans les selles ?

� Capacités de détection des EHEC/EPEC et de sérotypage des souches insuffisantes ?

� Méconnaissance des différents pathovars de E. coli intestinaux et de leurs spécificités (pouvoir pathogène, symptômes, facteurs de virulence…) ?

CNR = laboratoire sous traitant !

Formalisation de la demande d’analyse

Conditions de transport et délai d’acheminement des prélèvements

Conditions pré-analytiques du CNR non respectées

Qu’en est-il de l’activité E. coli et Shigella ?

Octobre 2013 : Organisation par l’ANSM d’un contrôle qualité national (CNQ),

�Faire un état des lieux des pratiques des laboratoires de biologie médicale concernant le diagnostic des infections entériques à E. coli�Evaluer le nombre de laboratoires capables d’isoler et d’identifier les EHEC et/ou EPEC�Evaluer les méthodes utilisées par les laboratoires dans le diagnostic des EPEC et/ou EHEC�Identifier les laboratoires réalisant la recherche des facteurs de virulence des EHEC par PCR (pouvant être sollicités en cas d’épidémie)

Résultats : - 1314 laboratoires inscrits- 97 bordereaux vierges (7,4%)- 77(6.3%) n’ont pas répondu au questionnaire- 1140 : ayant répondu à au moins une question :Taux de participation 93,7% (1140/1217)

Techniques utilisées par les LBM pour la recherche des pathovars entériques (CNQ 2013)

Méthodes Labo hospitaliers

N = 349 (%)

Labo de ville

N = 791(%)

Total

N = 1140(%)

Milieu chromogène 71 (20) 72 (9,1) 143(12,5)

Sérogroupage 167 374 541 (48,2)

- complet

- partiel

- partiel + E. coli O157

- E. Coli O157

63 (37,7)

23 (13,8)

19 (11,4)

62 (37,1)

86 (23)

220 (58,9)

33 (8,8)

35 (9,3)

149 (27,6)

243 (44,9)

52 (9,6)

97 (17,9)

Techniques immunologiques 47 (13,5) 24 (3) 71 (6,1)

PCR détection des shiga-

toxines stx1 et stx2

25 (7,2) - 25 (2,2)

Les méthodes d’identification du genre Shigella reposent sur :

� méthodes biochimiques (galeries API, BBL crystal BD…)

� méthodes automatisées (Vitek 2, Phenix Becton Dickinson, Microscan

Siemens…)

� spectrophotométrie de masse (Maldi-Tof MS)

Activités Shigella

- Pas d’identification d’espèce

- Les E.coli atypiques ou déficients sont identifiés comme des Shigella

- En 2014 : 18,2 % des souches identifiées comme Shigella par les

LBM et envoyées au CNR n’en sont pas !

- 13% de ces souches sont des E.coli déficients ou atypiques

Exemple de fiche Shigella reçue au CNR

� Nombre de laboratoires participants : 3012/3375 (89,2%)

� Détection d’une Shigella dans 98% des cas

� Identification de l’espèce dans :

16,2% des cas pour S. dysenteriae 2

20,9% des cas pour S. flexneri 2a

� Capacités de sérogroupage en baisse depuis 2004 (55% en 1984, 32% en 1995, 20,9%

en 2009, <15% en 2014)

Capacités des LBM pour identifier une souche de Shigella (CNQ 2009)

� Institut Pasteur : 19 CNR, accréditation multi-site (LREMS)

� Projet géré par le service qualité aidé d’un cabinet de consultants.

� Les services supports de l’IP sont impliqués dans ce projet

� Répartition des CNR en trois groupes selon leur degré d’avancement

� Portée d’accréditation envisagée en audit intial :

Détection PCR des Shiga-toxines à partir de prélèvements de selles et ou de

souches isolées de E. coli (en portée B)

Projet d’accréditation du CNR-ESS : ou en est-on ?

Projet d’accréditation du CNR-ESS : ou en est-on ?

� Matériel

- suivi métrologique (budget de 5000 euros par an pour l’activité E.coli/Shigella)

� Matières (réactifs non CE, sérums, milieux de culture…)

� Milieu (ex : pièces PCR dédiées)

� Méthodes (qualitatives développées au CNR)

� Main d’œuvre

� Management

Salmonella

� Switch technologique difficile pour Salmonella : 80 ans d’existence du

sérotypage avec > 2600 sérotypes différents

Séquençage du génome = sérotypes + sous-types, aujourd’hui impossible en

terme de délai et de coût financier pour 10 000 souches/an – Demain ?

� Revenir à imposer la pré-agglutination avant envoi au CNR

� Conserver l’activité de sérotypage comme outil de SP = surveillance, ne pas

imposer 100% d’activité à accréditer pour les LB

� Créer une liste d’actes de BM non soumis à l’accréditation

Quelles solutions ?

Quelles solutions ?

E. Coli et Shigella

� Appliquer à la lettre les exigences normatives des conditions pré-analytiques

� Référentiel « méthodes » en bactériologie médicale à l’usage des LBM

� Liste des pathogènes à rechercher systématiquement par type de

prélèvement ou à rechercher dans des contextes particuliers (E. coli, Vibrio,

Plesiomonas…) ou actualiser cette liste si elle existe.

� Ne pas imposer 100% des activités accréditées pour les LBM

� Différencier les actes de BM des activités d’expertise utiles en santé publique

en créant une liste d’analyses non soumise à l’accréditation mais rentrant

dans le cahier des charges des LBM (exigence réglementaire ?)

Merci pour votre attention !