続)UNIXの基礎の理解/ 導入kadota/bioinfo_ngs_sokushu_2014/...2014/09/02 ·...
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1-3 UNIX
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
仲里 猛留
Research Organization of Information and Systems (ROIS)Database Center for Life Science (DBCLS),
NAKAZATO, Takeru
2014/9/2
@chalkless
バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース
続)UNIXの基礎の理解/Linux導入
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ls
いよいよ最初のコマンド
ターミナルを立ち上げて
ls (list):ファイルのリストを表示する
えるえす
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次のことをそれぞれやってみましょう
ls igvls -l
ls -la igvls -la
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admin1409@BioLinux1409[admin1409] ls -la igv
ユーザー名 マシン名 いまいるところ (カレントディレクトリ)
プロンプト (prompt)
↓
$ と略す 例: $ ls -la igv※ $ は入力しない
スーパーユーザー (root) のときは # と略す例: # reboot
※ 自分流に設定可能
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$ ls -la igvコマンド
オプション
(対象)
実際の命令
実行条件 引数 (argument)ひきすう
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$ fastqc -o rnaseq -f fastq 1K_SRR518891_1.fastq
例:
(対象)(意)フォーマットはfastq
$ fastqc -f fastq 1K_SRR518891_1.fastq -o rnaseq
引数はカタマリごとなら入れかえてもよい
$ fastqc --format fastq …
長いオプションもあります
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ディレクトリ構造/bin
tmpvar
usrlocal
lib
home
スラ、ルート (root)
ビン(binary)
ユーザー(user)
テンプ(temporary)
bin
バー(variable files)
ユーザー・ローカル・ビンユーザー・ローカルリブ(library)
ホームnakazato
←おおもと←基礎的なプログラムなど←各ユーザーレベルのもの
↑ 各ユーザーが入れたプログラム
←各ユーザーのデータ置き場
←一時ファイル置き場←ログなど置き場
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admin1409@BioLinux1409[admin1409] ls -la igv
いまいるところ (カレントディレクトリ)
homeadmin1409
igv
R
/
← イマココ。(カレントディレクトリ)
カレントディレクトリの移動
$ pwd/home/admin1409$ cd igv$ pwd/home/admin1409/igv
$ cd 移動先(change directory)
← カレントディレクトリ表示 (positioning working directory)
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ディレクトリの指定あれこれ
homeadmin1409
/
← 自分用のデータ置き場 =ホームディレクトリ
$ cd → ホームディレクトリに戻ります。つまり
※ ~ (ちるだ)で略します
$ cd ~
ディレクトリの区切りには / を用います。例: $ cd ~/igv/genomes
カレントディレクトリは . ひとつ上のディレクトリは .. 例: $ cd ..
→ 1つ上のディレクトリへ
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/usrlocal
home
bin
admin1409
絶対パスと相対パス
igvgenomes
← イマココ。
※ pass でなくて path です
$ cd igv/genomes
$ cd /usr/local/bin↑ / から始まる
↑ / から始まらない
絶対パス
相対パス
ルートからの指定
カレントディレクトリからの指定
← 絶対パスはここから
↓相対パスは ここから
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•ls, cd, pwd
•mv, cp, rm
•mkdir
•cat, more/less, head/tail
基本コマンド・その1
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権限 (Permission)
• ユーザー、グループ、その他で3組!
• Read, Write, eXecute で3文字 !
• chmod:権限変更、chown:所有者変更!
• su:root になる、sudo:一時的にrootになる
$ ls -l igv drwxrwxr-x 2 admin1409 admin1409 4096 Jul 16 16:50 bam-rw-rw-r-- 1 admin1409 admin1409 7058 Jul 30 14:26 igv.log
↑ 頭が d だとディレクトリ
↑ 頭が r, w, x の3文字 3つ組
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$ chmod 755 tekitou.pl
プログラムを書いても実行権限をつけないと動かないのです
※ 自分に chmod する権限がないときは $ sudo chmod 755 tekitou.pl
各数字は...read = 4
write = 2 execute = 1
として足し算する
× ユーザー/グループ/その他 で3つ組
この例だと rwxr-xr-x になる※ ユーザーは読み書き実行、グループと一般は読みと実行で書けない
※ $ sudo chmod +x tekitou.pl という書き方もある
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基本コマンド・その2
• grep!
• sort/uniq!
• シンボリックリンク ln
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リダイレクト、パイプ$ bowtie2 -x hg19. -U SRR1294107.fastq@SQSN:ILN:230218@SQSN:II LN:813184...
画面に出力されちゃっ
た。
$ bowtie2 -x hg19. -U SRR1294107.fastq > SRR1294107.sam
ファイルに出力 ↑
$ sort result.txt | uniq
↑ プログラム処理結果を次のプログラムに渡す
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ソフトのインストールなどダウンロードする
きちんとダウンロードできたか確認
解凍
インストール
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ダウンロード$ wget ファイルのありか
$ curl ファイルのありか
どちらか一方でよいが、どちらかしかない機能も
$ wget http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz
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ダウンロードの確認チェックサム (check sum)
$ md5sum bowtie2-2.2.3-source.zip 143236f646abd9c3ccdf02ecf3ad7e81 bowtie2-2.2.3-source.zip
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ファイルの解凍$ gunzip hoge.gz
$ tar xvzf hoge.tar.gz
$ unzip hoge.zip
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プログラムのインストール
$ wget ファイル名$ md5sum $ tar xvzf $ cd hoge$ ./configure$ ./make$ sudo ./make install
通称:ソースから入れるまずはドキュメント(INSTALL等)を見るべし!
← えてして --help つけると 設定可能内容を表示
↓ これは一般例で例外も多々あります
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パッケージのインストールconfigure | make | make install はメンドい。 依存関係もややこしい。
↓ パッケージとしてまとめてくれていたり。
# apt-get install tekitou (今回は =Ubuntu)
※ ディストリビューションにより apt-get でなく yum, port, zypper など
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それは パス (path) です
プログラムがないと言われる
将来、一度は出会います
$ bwazsh: command not found: bwa
$ bwaProgram: bwa (alignment ...Version: 0.6.1-r104
新しいバージョンを入れたのに 古いのが実行される
プログラム等をさがす場所と順番$ ./amelieff/ngs/bwa-0.7.10/bwaProgram: bwa (alignment ...Version: 0.7.10-r789
場所も指定して実行
PATH=“~/amelieff/ngs/bwa-0.7.10:$PATH” 設定ファイルに 書いておく
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設定ファイル
ls で -l オプションをつけると表示される
. から始まるファイルzsh だと.zshrc などbash だと.bashrc など
$ export すると現在の設定が確認できる
PATH="/usr/local/src/ngsplot/bin:$PATH"すでにある設定↑
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エディター (editor)
emacs
vi
gedit
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基本コマンド・その3
• fg, bg!
• top, ps, kill, jobs
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他のマシンにログインして作業
計算はここで 表示だけ
$ ssh ユーザー名@マシン名
$ scp コピー先 ユーザー名@マシン名:コピー先
$ exit
ログイン
ファイルコピー
ログアウト
ログイン
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screen コマンド×
以後の計算はウヤムヤに...
×
続きの作業ができる
接続 切れちゃった
接続 切れちゃった
$ screen
$ ssh …$ screen -r
$ screen -d で おまかせ可能
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困ったときは$ man コマンド名
(manual)
$ コマンド名 —help とかなんとか
ググれ。
(今日 紹介したような Linuxのコマンドの場合)
(自分でインストールした プログラムの場合)