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CHIMIE ORGANIQUE(Stage de pré-rentrée UE1)
Stéréochimiedes molécules organiques
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• Révision ou découverte des différents moyens de représenterles molécules.
• Définir la notion d’isomérie, et comprendre comment deuxmolécules de même formule brute peuvent finalement êtredifférentes.
• Vous faire faire un peu de gymnastique mentale ! Lastéréochimie nécessitant une bonne vision dans l’espace, quipeut s’entrainer.
Objectifs
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I – Représentations
1.1 - Formules brute, semi-développée, développée
1.2 - Formule topologique
1.3 - Représentation de Cram
1.4 - Représentation de Fischer
1.5 - Représentation de Newman
II – Isomérie
2.1 – Isomérie plane
2.2 - Stéréoisomérie
Ce petit bonhomme sexy
sera « vous » pendant
toute la durée de l’exposé.
Plan:
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1. Formule bruteTrès peu informative, elle indique le nombre et lanature des atomes constituants la molécule.
C3H8
CH3 CH2 CH3
C C C
H
H
H H
H
H
H
H
2. Semi-développéePrécise comment les atomes sont agencés entre eux.Elle ne donne AUCUNE information concernant leuragencement dans l’espace !
3. Développée
Fait apparaitre les atomes d’hydrogène. Finalementassez peu utilisée puisqu’elle peut amener assezrapidement à des écritures très lourdes.
I- Représentations
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• Les atomes d’hydrogènes ne sont pas représentés, les carbones étant supposés tétravalents.
• Les atomes de carbone ne sont représentés que par des points et les liaisons par des lignes brisées entre ces points.
• Les fonctions chimiques (COOH, OH…) sont explicitées.
4. Formule topologique
CH3 CH2 CH3
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
CH3 CH C CH2
CH3OHOH
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5. Représentation de Cram
Simple trait : Dans le plan
Triangle rempli : en avant, « vers vous »
Triangle haché : en arrière du plan
R représente un groupement quelconque R
4
R3
R2
R1
Cette représentation tientcompte de la stéréoisomériedes molécules !
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6. Représentation de FischerA partir de la représentation de Cram.
On se place entre R3 et R4
Et on regarde le carbone du centre.
R4
R3
R2
R1
On voit ceci :
On projette dans leplan intermédiaire
R3
R2
R1
R4
R3
R2
R1
R4
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Avec 2 carbones :
R3
R2
R5R
6
R1
R4
R1
R4
R2
R3
R6
R5
Si on est un peu poète…
Cette image pour que vous n’oubliez jamais que les substituants latéraux sont en avant du plan !
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A l’origine, cette représentation était prévue pour l’écriture de séries particulières, la série des oses et la série des acide α-aminés.
Par convention, on représentera le carbone le plus oxygéné en haut.
• Un exemple d’ose: l’érythrose
• Un exemple d’acide α-aminé: la L-alanine
H
CH2OH
O
H OH
H OH
HOH2C CHO
OHH H
OH
COOH
NH2 H
CH3
COOH
H
NH2 CH3
NB: Pour les acides aminés, H et NH2 seront toujours les substituants latéraux (en avant)
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Sur Fischer il est possible de :
-Permuter les substituants 2 à 2
-Permutation circulaire de 3 substituants
R2
R1
R3
R4
R3
R4
R2
R1
R1
R4
R3
R2
R2
R1
R3
R4
=
=
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Application: Jusqu’à présent nous vous avons représenté les molécules « toutes propres », prêtes à être projetées selon les conventions de Fischer !
• Prenons cette fois un autre acide α-aminé, la D-Valine
Représentation de Fischer?
NH2
H
HOOC
CH3
CH3
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7. Représentation de Newman
R3
R2
R5R
6
R1
R4
R1
R2
R3
R4
R6
R5
Le carbone en avant est représenté par un point. Le deuxième carbone est représenté par un cercle.
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Encore un petit exercice ! Comment représenteriez-vous la molécule suivante selon les conventions de Newman?
(2 possibilités)
OH
H
CH3CH3
C2H5
H
OH
H
CH3CH3
C2H5
H
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Diastéréoisomérie
1. « Plane » 2. Stéréoisomérie
Tautomérie
Fonction
Position
Conformation ConfigurationComposés identiques(non dédoublables)
Composés différents(dédoublables)
Composés ayant même formule brute mais des formules semi-dev. différentes
Composés ayant même formule brute et même formule semi-dev.
Enantiomérie
Enantiomérie et diastéréoisomérie impliquent souvent des « carbones asymétriques » (Stéréoisomérie R/S, D/L…). La diastéréoisomérie interesse également la configuration de doubles liaisons (Z/E…)
II- Isomérie
Constitution
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1.Isomérie Plane
• Isomérie de constitution-de position : ex. C3H8O
Propan-2-ol Propan-1-ol = Propanol
-de fonction : ex. C3H6O3
Acide lactique Aldéhyde glycérique
CH3 CH CH3
OH
CH3 CH2 CH2
OH
CH3 CH COOH
OH
CH2 CH CHO
OHOH
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• Tautomérie
Exemple d’équilibre tautomérique: la céto-énolisation (Ou aldo-énolisation)
Il y a une perte d’un atome d’hydrogène et mouvement de la double
liaison: on passe d’un énol (alcool + double liaison) à une cétone ou un aldéhyde.
Sauf cas particulier, cet équilibre est en faveur de la forme cétone ou aldéhyde.
CH3 C CH3
O
CH3 C CH2
OH
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Mécanisme: C’est le moment de réutiliser ce que nous avons vu tout à l’heure concernant les effets électroniques !
• Les hydrogènes en position α d’un groupement carbonyle sont dits « labiles »
• Labilité = Fragilité particulière de la liaison C-H, ces carbones en α sont plus acides.
• Une base faible (qu’on notera B-) parfois arracher un proton à l’un de ces carbones: réaction acido-basique, que nous étudierons la prochaine fois.
CH3 C CH2
O
H
B-
CH3 C CH2
-
O
BH
Formation d’un carbanion
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CH3 C CH2
O
H
B-
CH3 C CH2
-
O
CH3 C CH2
O-
Ecriture + correcte de ce qu’on a vu précédemment.Flèche = déplacement de 2 e- On peut écrire deux formes limites de résonnance:
Ion énolate
Cette fois: BH joue le rôle de l’acide, et l’ion énolate le rôle de la base.
CH3 C CH2
O-
B H
CH3 C CH2
OH
Remarque : la base B- est régénérée etcorrespond à la définition d’uncatalyseur -> accélère la réaction sansrentrer en compte dans le bilan final.
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2.Stéréoisomérie• Isomérie conformationnelle
Même molécule (non dédoublable).
Passage d’un conformère à un autre par simple rotation autour d’une liaison σ. Demande peu d’énergie.
Conformation Eclipsée Conformation décalée
La conformation décalé est plus stable car il y a moins d’interactions entre les substituants. (phénomène de décompression stérique)
R3
R5R
6R
2
R1
R4
R3
R5
R6
R2
R1
R4
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- Conformation éclipsée
- Conformation décalée
R3
R5R
6R
2
R1
R4
R4
R1
R5
R3
R6R
2
R3
R5
R6
R2
R1
R4
R1
R6
R3
R4
R2
R5
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• Cas du Cyclohexane
Conformère Chaise Conformère bateau Conformère chaise
Intermédiaire
Conformère chaise plus stable que bateau car moins d’interactions entre les
substituants. (décompression stérique)
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
HH
H H
H H HH
H HH H
H
HH
H
H
H
H
H
H
H
H
H
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• Le cyclohexane correspond à un enchaînement cyclique de 6 atomes sp3. Conséquence: Ils adoptent tous une géométrie tétraèdrique.
• Représentation spatiale d’un conformère chaise:
• Changement de conformère chaise: - tout ce qui est vers le bas reste vers le bas, tout ce qui est vers le haut reste vers le haut (Conservation de config absolue)
- tout ce qui est eq passe ax, et inversement
Liaison axiale vers le haut
Liaison axiale vers le haut
Liaison équatoriale vers le haut
Liaison équatoriale vers le haut
Liaison équatoriale vers le bas
Liaison équatoriale vers le bas
Liaison axiale vers le bas
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H
H
H
H
H
HH
H
CH3
H
H
H
H
H
H
H
H
H H
H
CH3
H
H
H
Le « bec bleu » passe en bas
Conformère chaise 1 Méthyle axial vers le haut
Méthyle équatorial vers le haut
H
H
H
H
H
HH
H
CH3
H
H
H
Le conformère pour lequel lessubstituants volumineux sont placés enéquatorial est favorisé. (Ici leconformère 2, dans une faible mesure)
Conformère chaise 2
Le « bec rouge » passe en haut
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• Isomérie configurationnelleCe sont 2 composés différents (dédoublables)
2 types :
a) Enantiomérie
b) Diastéréoisomérie
Ces deux notions reposent assez largement sur le concept de « carboneasymétrique C* »: carbone ayant ses 4 substituants différents.
Dans un premier temps nous étudierons les règles de nomenclatureassociées à ces carbones asymétriques.
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- Nomenclature D/LElle détermine la configuration absolue
d’un C* particulier
Toujours à partir de la projection de Fischer.
Défini par référence au glycéraldéhyde
En Fischer: - l’énantiomère D du glycéraldéhyde a son groupement OH à droite
- l’énantiomère L a son groupement OH à gauche
Attention ! Aucune relation entre D/L et le pouvoir rotatoire (d/l)
Un composé D peut dévier la lumière polarisée: A droite, il est dextrogyre (+)A gauche, il est lévogyre (-)
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Cette nomenclature ne s’applique que pour les
oses et acides aminés.
Pour les oses, en représentation de fischer.
Ex : Glucose CH2OH-CHOH-CHOH-CHOH-CHOH-CHO
La fonction la plus oxygénée en haut (CHO)
On détermine un ose de la série D
si son dernier OH est à droite
La plupart des Oses naturels sont D D-Glucose L-Glucose (image de D)
CHO
CH2OH
H OH
OH H
H OH
H OH
CHO
CH2OH
OH H
H OH
OH H
OH H
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Pour les Acides aminés : même principe
D-alanine L-alanine
N’oubliez pas de bien représenter COOH en haut et CH3 en bas. (Erreur fréquente)
COOH
CH3
NH2 H
COOH
CH3
H NH2
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Exercice : Déterminez la série des oses suivants
CH2OH
OH H
H OH
H OH
O
CH2OH
CHO
CH2OH
H OH
OH H
OH H
H OH
CHO
CH2OH
HOH
OHH
OHH
HOH
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-Nomenclature R/S
On détermine la configuration absolue d’un C* à partir d’un classement de ses substituants.
Classement basé sur les numéros atomiques (Z) des atomes liés au C*
(Convention de Cahn, Ingold et Prelog)
ZO = 8 > ZN = 7 > Zc = 6 > ZH = 1
NB: Dans le cas d’isotopes (de l’hydrogène souvent: deutérium D…), on classe par masse atomique décroissante.
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Pour commencer, on détermine l’ordre des constituants (analyse séquentielle),on « éclate » les groupements.
• Analyse séquentielle de 1er ordre:
Le Z le plus fort est celui de O (Z=8), il est classé n°1.
Le Z le plus faible est celui de H (Z=1), il est classé n°4.
À partir du premier atome lié au C*, on ne peut rien dire concernant l’ordre de priorité de CH3 et de C2H5 : passage à l’analyse séquentielle de 2ème ordre.
C2H5
HOH
CH3
H
C
HO
C
CH3
H
H
HH
H
H
C
HO
C
CH3
H
H
HH
H
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Maintenant, il faut déterminer qui de CH3 ou de C2H5 est prioritaire.
• Analyse séquentielle de 2ème ordre:
Il y a 3H contre 1C et 2H
Le Z de C est plus fort que celui de H
C2H5
HOH
CH3
H
C
HO
C
CH3
H
H
HH
H
C2H5 est classé 2, CH3 est classé 3
1 4
3
2
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Ensuite, on regarde du coté opposé au 4
On trace un cercle partant du 1, allant vers le 2 puis vers le 3
Si dans le sens des aiguilles d’une montre = R (Rectus)
Si dans le sens inverse des aiguilles d’une montre = S (Sinister)
S
C2H5
HOH
CH31 4
3
21
3
2
Règle d’Or : Le substituant 4 doit TOUJOURS être en arrière
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On peut aussi passer en Fischer (selon les goûts) :
Exercice: déterminez la série (D/L) et la configuration absolue de cet acide aminé.
1
43
2
1
23
4
Ne pas tenir
compte du 4 lors
de la rotation
R
COOH
HCH2OH
NH2
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!!! Attention !!!
Si en Fischer, le 4 est sur l’horizontale on lit R
mais le C* est S (et inversément)
Cette erreur vient du fait qu’en Fischer les substituant
latéraux vont vers l’avant (souvenez-vous!), alors que le
groupement 4 doit toujours aller vers l’arrière !
Mais on sait qu’on fait une erreur, et donc on répond l’inverse de ce qu’on trouve !
1
2
3
4
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Pour l’anecdote…Les propriétés chimiques de deux stéréoisomères ne sont pas toujours les mêmes !
En biochimie: Affinité des enzymes et des récepteurs différente +++ selon les stéréoisomères.Ainsi, au niveau de la muqueuse nasale, le limonène peut avoir…
Une odeur de citronUne odeur d’orange
Ces deux molécules sont reconnues par deux récepteurs différents dits stéréospécifiques, dont les voies de signalisation sont associées à une perception différente au niveau du SNC.
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a) Enantiomérie
-Isomérie optique, spécifique des molécules chirales
Une molécules chirale n’a ni plan, ni centre de symétrie, elle n’est passuperposable à son image dans un miroir (ex de la main droite et de la maingauche). Sinon, on parle de molécule achirale.
Une molécule chirale possède au moins 1 carbone asymétrique (noté C*).
Attention néanmoins: Si la molécule contient + d’un carbone asymétrique,alors il faut rechercher un éventuel plan de symétrie.
Si plan de symétrie → molécule achirale !
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Une molécule chirale dévie le plan de la lumière polarisé. On parle de pouvoir rotatoire.
Déviation vers la Droite, la molécule est Dextrogyre (d+)
Déviation vers la gauche , la molécule est lévogyre(l-)
Si une molécule Chirale dévie la lumière polarisé d’un angle +a (dextrogyre), son image la déviera d’un angle -a (levogyre). Détermination toujours expérimentale.
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Une molécule chirale n’est pas superposable à son image dans le miroir
Molécule 1 chirale Molécule 2 chirale (Image de 1)
Ces 2 molécules sont dites énantiomères. (Un carbone R contre un carbone S).
Pour une molécule à 3 atomes de carbone asymétriques (R S S)
L’énantiomère sera (S R R).
Br
Cl
H
CH3
Br
Cl
H
CH3
S R
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b) Diastéréoisomérie
Tout couple de stéréoisomères n’étant pas liés par une relation d’énantiomèriesont des diastéréoisomères.
Si on reprend notre exemple de la molécule à 3 carbones asymétriques:
Si les configurations absolues de ses C* sont: R S S
S R R sera le seul énantiomère, tout le reste (S S S ou S S R ou R R S…) seradiastéréoisomère.
Pour une molécule sans double liaison et sauf exception: n2 stéréoisomères.
n étant égal au nombre de carbones asymétriques.
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Exercice récapitulatifSoit le tétrose suivant:
1) Proposer une représentation de Fischer correcte pour cet ose.
2) En déduire sa série dans la nomenclature D/L.
3) Donner la configuration absolue R/S de ses deux carbones asymétriques C2 et C3. Combien existe-t-il de stéréoisomère possibles pour cette molécule?
4) Connaissant le pouvoir rotatoire spécifique de son stéréoisomère [2S; 3R], est-il possible de déduire son pouvoir rotatoire?
5) La réduction de la fonction aldéhyde en fonction alcool (CHO → CH2OH) mène à l’érythritol. A votre avis, est-il dextrogyre, lévogyre ou sans activité optique? Justifier.
OHC
H
OH HOH
CH2OH
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-Nomenclature CIS/TRANS (en biochimie +++)
Pour les doubles liaison disubstitueés. (Avec 2 hydrogènes donc)
Remarque: Elle peut être utilisée également dans le cas de cycles (isomérie cyclanique)
OH CH3
OH
CH3
Groupements en cis
(même face moléculaire)Groupements en trans (face
moléculaire opposée)
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-Nomenclature Z/E (en chimie organique +++)
On commence par déterminer la priorité des substituants d’après le n°
atomique de l’élément lié au C de la double liaison. (comme pour R/S)
Si les substituants de même priorité sont du meme côté = Z (Zusammen)
Si les substituants de même priorité sont du coté opposé = E (Entgegen)
R1
R3
R4
R2
Nb: Zusammen et Entgegen = « Ensemble » et « Séparé » respectivement en allemand
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Exemple :
Les deux 1 sont du même coté de la double liaison. Ce composé est Z.
CH3
C
H
C
CH2OH
CH2 CH3
CH
H
O
1
2C
H
H
C
1
2