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生命领域开放资源以及PubMed使用培训

王萍图书信息中心

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1. 生命科学领域开放资源简介

2. NIH、NCBI与PubMed的关系

3. 医学主题词表（MeSH）及其检索策略

4. PubMed的基本检索

5. PubMed的高级检索

6. PubMed检索结果利用

目录

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目录

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1. 生命科学领域开放资源简介• ClinicalTrials.gov——临床试验

资源地址：https://clinicaltrials.gov/

ClinicalTrials.gov是由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM）维护和提供的临床医学数据库，旨在为患者、病人家属、医护人员、研究人员和公众提供关于各种疾病和病症的临床研究信息。ClinicalTrials.gov上的数据由私人、公共赞助商或临床研究者提供和更新。数据通常在开始时提交给网站（即注册），并在整个研究过程中不断更新网站信息；在某些情况下，研究结果在研究结束后提交。ClinicalTrials.gov目前收录的临床研究数据涵盖美国50个州、世界201个国家，数据达56000多条，数据支持免费下载、无需注册。该平台还提供精选原文推送、RSS订阅、趋势图表或地图查看、分析内容下载等服务。


https://clinicaltrials.gov/

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• The Cancer ImagingArchive ——癌症影像存储库

资源地址：http://www.cancerimagingarchive.net/

癌症影像存储库(TCIA)，是由美国国家癌症研究所资助的支持癌症研究的医学影像开放数据库，其中的数据可以按照常见疾病类型、图像形态(MRI,CT 等)或研究重点进行组织、显示。

TCIA 支持数字对象标识符 DOI，允许用户共享、下载相关数据。TCIA 中的数据包括 CT、MRI、核医学(如 PET)图像等，并以 DICOM 格式存储，部分数据也会提供支撑性信息，如患者结果、治疗细节、基因组学、病理学和专家分析等。上

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http://www.cancerimagingarchive.net/

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• DrugBank——药物银行

资源地址：https://www.drugbank.ca/

该数据库总共包含 9591 个药物实体，其中美国食品和药物管理局(FDA)批准的小分子药物 2037个、FDA 批准的生物制品(蛋白质/多肽)241 个、营养食品 96 个以及实验药物 6000 多个。除此以外，该数据库将 4661 条非冗余蛋白(如药物靶点、酶、转运子、载体)序列与这些药物实体相连接。每条药物记录(DrugCard)涵盖 200 多个数据字段，其中一半用于记录药物数据、化学数据，另一半则用于记录药物靶点数据或蛋白数据。

药物银行(DrugBank)是由阿尔伯塔大学生物科学与计算机科学系David Wishart博士和他的研究组创建的最大、最完整的药物和药物靶点数据库。

DrugBank 属“生物信息学+化学信息学”类资源，既涵盖了详细的药物数据(如化学数据、药理数据、药物数据)，也包括了综合的药物靶点信息(如序列、结构和作用途径)。


https://www.drugbank.ca/

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• PharmGKB——药物遗传学和药物基因组学知识库


资源地址：ttps://www.pharmgkb.org/

药物遗传学和药物基因组学知识库(PharmGKB)是美国国立卫生研究院(NIH)资助斯坦福大学开发的、便于研究者探究遗传变异如何影响药物反应的一个综合资源。

PharmGKB 网站提供文献、通路表征、实验方案信息整合的基因型、分子和临床原始数据和外部资源的链接。用户可基于基因、药物、疾病和通路搜索并浏览该知识库。用户免费下载原始数据，以辅助未来的药物遗传学和药物基因组学研究的设计，但需要遵守数据库隐私协议。上

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https://www.pharmgkb.org/

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• HealthData.gov——健康数据网


资源地址：https://www.healthdata.gov/

HealthData.gov数据来自美国医疗保险和医疗补助服务中心(The Centers for Medicare & Medicaid Services,CMS)、疾病控制中心(Centers for Disease Control,CDC)、食品和药物管理局(FDA)和国立卫生研究院(NIH)等机构或平台，涉及临床护理机构质量、全国医疗服务机构目录、最新医学科学数据库、消费者产品数据、社区健康绩效、政府支出数据等主题，支持csv/xml/text/json等多种文件格式免费下载。

HealthData.gov是一个关注医疗数据的美国联邦政府网站，由美国卫生与公众服务部(Health & Human Services,HHS)负责管理，致力于帮助企业家、研究人员、决策者更易获取更高价值的医疗数据，促进全球医疗事业的发展。HHS也通过该平台开放医疗数据，其在第一届年度医疗数据倡议论坛上展示的开放医疗数据服务即获得一致好评。


https://www.healthdata.gov/

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• Global Alzheimer'sAssociation InteractiveNetwork——全球阿尔茨海默症协会互动网络


资源地址：http://www.gaain.org/

全球阿尔茨海默症协会互动网络（GAAIN）是全球首个开放获取的阿尔茨海默症疾病集成数据发现平台，由南加州大学神经影像实验室（LONI）支持、并由阿茨海默症协会资助的一项合作计划支持。通过与合作伙伴的多元化、分散的数据联合，试图促进全球在该领域数据共享、调查和发现的合作，推动对阿尔茨海默病和其他神经退行性疾病的起因、预防和治疗的研究。该平台为研究人员提供来自大量独立研究所收集的临床、遗传、影像和其它类型的数据，并建立与GAAIN的数据合作伙伴关系，从而满足研究人员数据共享和建立新的合作关系的需求。上

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http://www.gaain.org/







目录

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NIH（美国国立卫生研究所）

NLM（国立医学图书馆）

MEDLINE：综合生物医学信息书目数据库

MEDLINE收录1966年以来世界70多个国家和地区出版的5600余种生物医学期刊的文献，近960万条记录。目前每年递增30-35万条记录，以题录和文摘形式进行报道。


• 文摘数据库，但提供全文链接

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Citation 题录：期刊信息、文章标题、作者姓名、作者地址

Abstract 摘要


文献类型

控制词检索：MeSH词表

• MEDLINE收录文献

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• PubMed简介


MEDLINE：综合生物医学信息书目数据库

MEDLINE收录1946年以来世界70多个国家和地区出版的3400余种生物医学期刊的文献，近2300万条记录。目前每年递增30-35万条记录，以题录和文摘形式进行报道。

PubMed

NCBI：美国国立生物技术信息中心

GenBank遗传序列数据库，BLAST序列相似搜索程序，Entrez数据库检索系统，PubMed Central……

NIH（美国国立卫生研究所）

NLM（国立医学图书馆）

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PubMed Central (PMC) 是期刊文章全文的电子档案，NIH的智库，提供其内容的免费检索和免费全文下载。PMC高级检索具有与PubMed相同的文献检索功能，且检索出的文章直接链接到免费全文。

• PubMed Central (PMC)

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• PubMed是一个免费的搜索引擎，于2000年4月开发的，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要，不包含全文，只提供全文链接（原文网站、OA、PMC）。

• 它的数据库来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等。

• 数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据库链接。• 其核心主题为医学，同时也提供生物化学与细胞生物学及其他生物医学相关的资讯。

• PubMed是什么？

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MeSH是Medical Subject Headings的缩写，即医学主题词。用规范化术语来描述生物医学概念。

高血压通俗表达：High blood pressure MeSH: Hypertension

3.医学主题词表（MeSH）及其检索策略

PubMed：给文献做标引，贴内容标签。用户：高效、准确地找到需要的文献。

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• 在检索结果页面，加*号的MeSH词就是主要主题词。

• 主题词是该篇文章在讲什么，主要主题词是该篇文章主要在讲什么。


利用MeSH词表的几种检索策略

（1）hypertension[MeSH]检索PubMed的Medline数据库中主题词标引为高血压（包括高血压的副主题词）的所有文章。

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扩展结果

入口词：输入Entry Terms都能得到此MeSH词表。入口词=主题词的别名

上位词

下位词

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副主题词

√√

可搭配使用

Click

( "Hypertension/drug therapy"[Mesh] OR "Hypertension/effects"[Mesh] )

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• 论述文献中心的主题词称主要主题词

• 论述主题某一方面内容的词称为副主题词


（2）hypertension[Major MeSH]检索PubMed的Medline数据库中主要主题词标引为高血压的所有文章。

√22



√

Click

（3）hypertension[mesh:noexp]：不进行扩展检索。

即只知检索标引为高血压的，不检索标引为其下位词恶性高血压、妊娠性高血压的。

上位词

下位词

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4. PubMed基本检索数据库和检索界面选择区Advanced：高级检索

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数据库和检索界面选择区Advanced：高级检索

4. PubMed基本检索

PubMed使用指南PubMed工具单篇引文匹配器多篇引文匹配器……

更多资源MeSH数据库NCBI收录期刊…… 26


已知期刊信息：Cell, 18 June 2015, Vol.161(7), pp.1539-1552


单篇引文匹配器

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已知期刊信息：Cell, 18 June 2015, Vol.161(7), pp.1539-1552


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• 实义词/词组：stem cell，hypertension

• 长句：a nonrandomized cohort and randomized study

of local control of large hepatocarcinoma by targeting

• 无需标点符号（例如，“”）

• 无需另加AND组配

• 无需加字段标签

做减法，Less is more!

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检索语句的翻译，真实的检索命令。如果违背了原意，则需调整检索语句。

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Automatic Term Mapping（ATM）如果在检索框中没有用到引号、标签、星号，PubMed就会开启ATM模式，为您依次检索：1. 主题（MeSH，Medical Subject Headings）2. 期刊3. 作者

*一旦PubMed在MeSH找到匹配项了，就不再继续检索下一个字段了。例如，Cell直接在检索框输入<cell>PubMed会默认先在MeSH词表中检索cell相关条目，找到有匹配的，就不会再去检索<cell>期刊和<cell>作者。• 如果要找<cell>这本期刊，得用其他的检索方式。

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智能匹配虽然查得比较全，但有时也会查出一些相关度较低甚至根本不相关的文献。

例：检索“single nucleotide”（单核苷酸）

输入的词组没有相应的MeSH词匹配，这时PubMed会将词组拆开，对每个单词进行自动匹配，所以Single就匹配到“single person”这个MeSH词了

当输入的检索词含有截词符*，精确匹配符””，连字符-，或者字段限定符[ ]，智能匹配就会自动关闭

Automatic Term Mapping（ATM）

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按需求排序

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无按被引次数的排序


4. PubMed基本检索Similar Articles

评判标准：基于词频比重算法比较文献的Title, Abstract以及标引的MeSH主题词，列出相似文献。

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过滤器

• 文献类型

• 可获取文本

• PubMed评论

• 发表年限

• 种类

• 语言

• 性别

• 年龄

• 自定义

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词组检索：在初次检索得不到满意结果后，可尝试。

1. 在词根后加上星号 (*) 表示任何字符。如：flavor*，可以变形为flavored, flavorful, flavoring, etc.• PubMed会检索前600个截词搜索。如果超过600个，会提示用户增加词根以便查找所有可能的后缀。

• 使用截词检索，就不能定位到MeSH词表及MeSH扩展（ATM失效）。

2. 支持精确检索( ””)如：”Single cell” 可检索 single cell, single-cell的文献。

3. 加上字段标签进行检索如：cell [journal]

5. PubMed高级检索

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布尔逻辑运算符

A AND B A OR B A NOT B

1. 在PubMed中，布尔运算符必须大写。2. AND是默认运算符。3. 在PubMed中，运算顺序从左到右进行。→4. 括号优先。 39


salmonella AND hamburger OR eggs


布尔逻辑运算符

salmonella AND (hamburger OR eggs)

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发表在《Nature》上有关高血压的文章

(1) 在检索框中输入：high blood pressure AND “Nature” [Journal]

Detail: ("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields] OR ("high"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "pressure"[All Fields]) OR "high blood pressure"[All Fields]) AND "Nature"[Journal]


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(2) 利用MeSH词表在检索框中输入：high blood pressure，并选择MeSH数据库


√

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在检索框中输入 hypertension [MeSH] AND “Nature” [Journal]

Detail: "hypertension"[MeSH Terms] AND "Nature"[Journal]


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#5 NOT #6

哪些区别：1. 地址栏: Division of Nephrology and Hypertension, Christian-Albrechts-

University, Kiel 24105, Germany.2. pulmonary hypertension 肺动脉高压3. 仅提到hypertension而已（such as hypertension）4. 也有可能漏掉最新发表的一些文章

Detail: ("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields] OR ("high"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "pressure"[All Fields]) OR "high blood pressure"[All Fields]) AND "Nature"[Journal]


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目录

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6. 检索结果分析

邮件推送

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RSS推送

复制链接，添加到RSS阅读器即可

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在检索框输入同样的检索式：hypertension [MeSH] AND “Nature” [Journal]

http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/


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http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/


49


√

有效筛选文章，提高查询效率，掌握最新的研究动态


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希望大家能够巧用适合的工具，提高科研效率！

谢谢！

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