利用CiteSpace进行课题背 景及发展态势分析€¦ · PubMed are displayed, CiteSpace...
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利用CiteSpace进行课题背景及发展态势分析
上科大图信中心 常江
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拿到课题不知所措?
• 对课题一无所知,如何快速了解课题(学科)背景和发展历程?
• 有什么方法在短时间内阅读大量文献吗?
• 怎么找到领域内时下研究的热点?
例:TS=(“stem cell” OR “stem cells” AND PY= ( 1990 to current ) = 302,903 篇
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010203040506070
USA
ENG
LAN
D
GER
MA
NY
JAP
AN
CA
NA
DA
FRA
NC
E
PEO
PLE
S R
…
NET
HER
LAN
DS
ITA
LY
SPA
IN
SWIT
ZER
LAN
D
AU
STR
ALI
A
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EN
SCO
TLA
ND
ISR
AEL
SIN
GA
PO
RE
BEL
GIU
M
AU
STR
IA
SOU
TH K
OR
EA
干细胞研究领域各国发文量百分比
0
500
1000
1500
2000
2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
干细胞研究2006-2015年间发文量趋势图
• Web of Science自带的
分析功能基本都是基
于数据统计的分析。
• 如何进行引文的网络
分析?
• 如何深度挖掘/提取领
域关键词/方向/特征
词
• 有没有可视化的图谱?
做到一目了然。
Web of Science 不是有数据分析功能吗?
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绘制科学知识图谱
• 通过数据挖掘、信息处理、分析计量和图形绘制,把复杂的信息
直观地在图形上展现出来。
• 分析方法:引文分析、聚类分析、网络分析、多维度分析等。
• 软件:CiteSpace、Pajek、Ucinet、Gephi、Vosviewer等。
Vosviewer
TDAUcinet CiteSpace
• 学科:热点、前沿领域,
新兴子领域,学科交叉;• 水平:国家、机构、作者
(领军人物);• 文献:高被引论文、期刊;上
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What is CiteSpace for?
CiteSpace是一款基于Java语言编写
的可视化文献分析软件,能够分析和
显示一个主题或一个学科在一定时期
发展的趋势与动向,形成若干研究前
沿领域的演进历程。
CiteSpace is a freely available computer
program written in Java for visualizing and
analyzing the literature of a knowledge domain.
A knowledge domain is broadly defined to
capture the notion of a logically and cohesively
organized body of knowledge.
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CiteSpace的下载安装
CiteSpace是一个免费软件
下载地址:
http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace
系统要求:需要安装Java 8 JRE。
下载解压缩文件包,运行StartCiteSpace.bat即可。
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主要内容 Contents
如何发现领域内的核心论文?
如何发现领域内不同时期的研究热点?
如何发掘出子领域或学科间的交叉关系?
如何发掘发文国家或机构间的合作关系?上科大图信中心
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Data Collection 数据源的确定
Although only Web of Science and
PubMed are displayed, CiteSpace
allows you to analyze data set from a
variety of sources.
• Data input was initially based on the format of Web of Science, while
CiteSpace is now able to converting the data format of PubMed, Scopus,
ADS, arXiv, Derwent, etc.
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How to prepare your dataset?
1. 在Web of Science中进行
指定课题的检索,并精
炼所需检索结果;
Make a general search in
Web of Science;
2. 将检索结果中的所有记
录添加到标记结果列
表;
Mark all search results;
Web of Science
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How to prepare your dataset?
Web of Science
3. 导出相应记录的字段(一定要有参考文献字段!!!)保存为纯文本(txt)格式;
Save the records, including
Cited References, in field
tagged format.
4. 将文件均重命名为download*.txt,并保存至同一文件夹中。
Name your files as
download*.txt.上科大图信中心
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Web of Science data format
[AU]:Zheng, CX; Yang, Q; Xu, CL; Shou, PS; Cao, JC; Jiang, MH; Chen, Q;Cao, G; Han, YY; Li, FY; Cao, W; Zhang, LY; Zhang, L; Shi, YF; Wang, Y[TI]:CD11b regulates obesity-induced insulin resistance via limitingalternative activation and proliferation of adipose tissue macrophages[SO]:PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THEUNITED STATES OF AMERICA[DE]:integrin CD11b; macrophage proliferation; alternative activation;obesity; insulin resistance[C1]:[Zheng, Chunxing; Yang, Qian; Xu, Chunliang; Shou, Peishun; Cao,Jianchang; Jiang, Menghui; Chen, Qing; Cao, Gang; Han, Yanyan; Li,Fengying; Cao, Wei; Shi, Yufang; Wang, Ying] Shanghai Jiao Tong Univ,Sch Med, Chinese Acad Sci, Key Lab Stem Cell Biol,Inst HlthSci,Shanghai In, Shanghai 200031, Peoples R China; [Zhang, Liying; Shi,Yufang] Soochow Univ, Inst Translat Med, Affiliated Hosp 1, Suzhou215006, Peoples R China; [Zhang, Li] Univ Maryland, Sch Med, DeptPhysiol, Ctr Vasc & Inflammatory Dis, Baltimore, MD 21201 USA; [Shi,Yufang] Rutgers Robert Wood Johnson Med Sch, Child Hlth Inst NewJersey, New Brunswick, NJ 08901 USA
c
作者
标题
期刊
关键词
地址
Web of Science全记录信息解读
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CiteSpace window display —界面介绍
指令窗口(双击“StartCiteSpace.bat”)
主窗口 可视化窗口上科大图信中心
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CiteSpace window display —界面介绍
项目设置
时间设置
节点类型
取词来源
阙值选择
进度框
连线类型
菜单栏
数据模块
分析角
度设置
参数设
置区域
可视化设置上科大图信中心
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
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0
5
10
15
20
25
30
35
各国发文量对比
例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
00.5
11.5
22.5
33.5
44.5
各机构发文量对比
16.5
17
17.5
18
18.5
19
19.5
20
20.5
21
21.5
2011 2012 2013 2014 2015
年发文量百分比
20%
17%
11%6%6%
5%5%
5%
5%4%
4%3%
3%3%3%
出版物分布
PEST MANAGEMENT SCIENCE
JOURNAL OF ECONOMIC ENTOMOLOGY
PESTICIDE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY
ENTOMOLOGIA EXPERIMENTALIS ET APPLICATA
BIOLOGICAL CONTROL
ENVIRONMENTAL ENTOMOLOGY
JOURNAL OF MEDICAL ENTOMOLOGY
JOURNAL OF INSECT PHYSIOLOGY
INSECT BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
JOURNAL OF INSECT SCIENCE
FLORIDA ENTOMOLOGIST
JOURNAL OF APPLIED ENTOMOLOGY
BIOCONTROL SCIENCE AND TECHNOLOGY
EXPERIMENTAL AND APPLIED ACAROLOGY
ARTHROPOD PLANT INTERACTIONS
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
CiteSpace的设置及使用
1. 打开CiteSpace,新建Project命名为
Pesticide Resistance。
2. 设置Project Home及Data Directory的路
径,其中Data Directory的路径地址为
下载保存Web of Science检索结果(txt)
的文件夹。
3. 其余参数均保留为默认设置即可,Look
Back Years可根据实际需要更改。
4. 一键式“GO!”按钮开启数据读取和分
析,并反馈统计结果。
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
在可视化窗口中,可查找聚类并提取聚类关键词(反映一类研究的主题),发现研究热点,新
兴点。也能一目了然高被引论文,以及引文间的相互关系,被引频率高低等。
CiteSpace的设置及使用
节点信息列表
图谱展示窗口
参数调节窗口
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CiteSpace可视化窗口工具栏
开始布局
停止布局
背景颜色
查找聚类
查找聚类(SQL)
摘要选取
关键词选取
标题选取
节点大小、颜色等调节
聚类标签内容
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Time Slicing
1. 在一组数据集中,时间切片可以是数据
集整体,也可以是任意时间子集。
2. 时间切片默认按照每一年进行切片,也
可按照N年切片。
Term Source
• CiteSpace设置了四个取词来源,Title,
Abstract,Keywords以及Keywords Plus,
建议全部勾选。
Term Type
• 如果只分析共
引关系,此步
骤可省略。
**Node Types 四种运算方法:
1. Co-author 共作关系
2. Co-citation 共引关系
3. Co-occurring 共现关系
4. Bibliography coupling 参考文献耦合上科大图信中心
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Selection Criteria:
1. G-index (k=5)
G index is the largest number that
equals the average number of
citations of the most highly cited g
publications.
2. Top N = 50
Top N is 50 most cited or occurred
items from each slice.
√
√
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-citation
共引关系
Node Type:
Cited Reference
Selection Criteria:
G-index (k=5)
Look back Years = 8
Link Retaining Factor = 2
**
**
**
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-citation
共引关系
Node Type:
Cited Reference
Selection Criteria:
G-index (k=5)
Look back Years = 8
Link Retaining Factor = 2
Betweennesscentrality
Citation tree-rings
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
基本概念
Betweenness Centrality 中
介中心性是CiteSpace测度节点
在网络中重要性的一个指标, 并
用紫色圈对该类文献(或作者、
期刊以及机构等)进行重点进
行标注。
Citation tree-rings 引文年
环代表着某篇文章的引文历史。
引文年轮的颜色代表相应的引
文时间,一个年轮厚度和与相
应时间分区内引文数量成正比。上科大图信中心
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
基本概念
Burst 检测 突发主题(或文献、作者以及期刊引证信息等)。CiteSpace中使用Kleinberg在2012
年提出的算法进行检测。
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Citation Burst
Dinsdale A, 2010, ANN ENTOMOL SOC AM
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
• Find Clusters
• Label Clusters
• 节点、连线、
字体等在右侧
控制面板调节
1 2
Clusters View
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
隐藏较小的聚类
• 使用Filter out Small Clusters功能,
隐藏小聚类,方便阅读分析结果。
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领域内主要的研究方向和热点
例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
• 0# pesticide resistance
• 1# ddt resistance
• 2# biochemical
characterization
• 3# culex-pipiens diptera,
acetylcholinesterase gene
• 4# haematobia irritan,
xenopus oocyte expression
system
• 5# leptinotarsa decemlineata,
carbamoyl phosphate
• 6# life history characteristics,
pancreatic lipase
氨甲酰磷酸
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
领域内近期的新兴主题(可能是未来的热点)
对照Citation Burst使用
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领域内主要的研究方向和热点(按年份切片)
例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
2011-2012 2013-2014 2015
溴氰菊酯
生态毒性
甲氧虫酰肼
解毒作用
苏云金芽孢杆菌
缩合丹宁
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-occurring terms
共现关系
1. Create POS Tags
2. Choose Node Type
Induced resistance
maize
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-occurring terms
共现关系
Node Type:
Keyword
Selection Criteria:
Top N (50)
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-occurring terms
共现关系
Node Type:
Keyword
Selection Criteria:
Top N (50)
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-occurring terms
共现关系
Node Type: Keyword
氰戊菊酯 瓢甲科
鞘翅目
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Co-occurring terms
共现关系
Node Type:
Term
Selection Criteria:
Top N (50)
例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-author
Node Type:
Country
Selection Criteria:
Top N (50)
发现国家间的合作关系
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-author
Node Type:
Country
Selection Criteria:
Top N (50)
发现国家间的合作关系:点
击单个节点可高亮显示具体
合作关系
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Co-author
Node Type:
Institution
Selection Criteria:
Top N (50)
发现机构间的合作关系
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不同参数设置下的图谱对比
调节参数
• G-index
• Top N
• Link
Retaining
Factor
• Look Back
Years
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Timeline View
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Timezone View
真菌分类学学科态势发展(1996-2015)上科大图信中心
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Geographical Overlays
Authors’ geographic locations in their publication records can be mapped to a
geospatial map in KML. You can use Google Earth as the interface to explore the
authors’ locations and links to their collaborators.
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
• 可以查看全面的合作网络,也可以查看单个地区的合作情况;
• 移动到红点的位置,可以查看该文献记录并直接打开。
Geographical Overlays
位置:可在复选框中勾选单个、多个或全部
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例1 害虫抗药性领域发展态势(2011-2015)
Dual-Map Overlays
• This function
allows you to
add overlays
(maximum 12
layers) on
JCR Journal
Maps.
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例2 干细胞领域近5年发展态势
Co-occurring
共现关系
Node Type:
Keyword
Selection Criteria:
G-index (k=5)
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例2 干细胞领域近5年发展态势
Co-occurring
共现关系
Node Type:
Keyword
Selection Criteria:
G-index (k=5)
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例3 真菌分类学领域发展态势(1996-2015)
Co-citation
共引关系
Node Type:
Cited Reference
Selection Criteria:
G-index (k=5)
Look back Years = 8
Link Retaining Factor = 2
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CiteSpace可以分析中文文献吗?
• CNKI和CSSCI的数据可以导入CiteSpace进行分析,但导入之前需要进行数
据格式的转换,具体方法是:
*CNKI输出格式选择Refworks格式
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用CiteSpace分析CNKI中文文献
• 中文文献分析使用4.2.R3之前的版本!使用4.2.R3之前的版本!使用4.2.R3
之前的版本!重要的事情说三遍!!!
共现关系
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数据的导入:
• WoS直接导入
• PubMed在线检索
• 多种数据库格式转换
四种运算方法:
• 共引关系
• 共现关系
小结:巧用CiteSpace快速解读课题信息
时刻注意节点的选择!
• 导致聚类的意义不一样!
巧用工具栏参数设置调节图谱
适时选用Timeline和Timezone视图
CiteSpace帮你理清学科发展,找出精品文章来阅读。
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CiteSpace官网
http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace
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