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MEGAYOLANDA GARCIA CASTILLO
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¿QUÉ ES MEGA?
• Mega (Análisis de Genética Molecular) es un softwarepara realizar análisis estadísticos de la evoluciónmolecular y para construir árboles filogenéticos.
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CARACTERÍSTICAS DE MEGA
• Alineamiento de secuencias
• Visualización de secuencias
• Métodos de estimación de distancias
• Métodos de creación y visualización de árboles ...
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INSTALACIÓN
• Descargar: http://www.megasoftware.net/
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INSTALACIÓN
• Usuarios Windows: Descargar versión 7 para Windows.
• Usuarios Mac:• Descargar Wine.
• Descargar versión 7 para Windows e instalar con Wine.
• Descarga Wine: http://www.caseitproject.org/download-form/> Rellenar formulario y descargar Wine…zip.
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CÁLCULO DE DISTANCIAS POR PARES
• Métodos disponibles:• Número de diferencias
• P- distancia
• Modelo Jukes-Cantor
• Kimura (2 y 3 param.)
• Tajima-Nei
• Tamura-Nei
• Máxima verosimilitud
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CÁLCULO DE DISTANCIAS POR PARES
• File > Open A File/Session…
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CÁLCULO DE DISTANCIAS POR PARES
• Distance > Compute Pairwise Distances…
• Selección de opciones:
• Subtitions Type: Nucleotide
• Model/Method: p-distance
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CÁLCULO DE DISTANCIAS POR PARES
• Resultado:
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MÉTODOS DE CONSTRUCCIÓN DE ÁRBOLES
• Máxima verosimilitud
• Neighbor-Joining (NJ)
• Método de evolución mínima
• Unweighted Pair-Group Method (UPGMA)
• Máxima persimonia (MP)
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NEIGHBOR-JOINING (NJ)
• Phylogeny > Construct Neighbor-Joining Tree…
• Opciones:
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NEIGHBOR-JOINING (NJ)
• Resultado:
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NEIGHBOR-JOINING (NJ)
• File > Export Current Tree (Newick) > Export
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UPGMA
• Phylogeny > Construct UPGMA Tree…
• Opciones:
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UPGMA
• Resultado:
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MÁXIMA PERSIMONIA (MP)
• Phylogeny > Construct Maximum Persimony Tree…
• Opciones:
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MÁXIMA PERSIMONIA (MP)
• Resultado:
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REFERENCIAS
• https://en.wikipedia.org/wiki/MEGA,_Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis
• https://www.megasoftware.net/web_help_7/helpfile.htm#hc_first_time_user.htm
• https://www.megasoftware.net/examples