SCOP - Structural Classification Of Proteins

• Организована в соответствии со структурными семействами белков.

• Иерархическая система.

NCBI - Entrez

• Entrez - поисковая машина для баз NCBI.

• Поиск начинается с выбора адекватной области для поикса (Nucleotide, белки).

• Можно использовать определители полей, логические операторы, условия и т.д.

NCBI - Entrez

Ограничения:

SRS (Sequence Retrieval System).

• Исталлирована на множестве серверов.

• Имеет связи со многими базами данных.

• Предоставляет множество инструментов и служб для анализа.

• Позволяет сохранить результаты работы и анализа и продолжить работу локально.

SRSРабочая среда

Выбор базы данных

Заполнение формы запроса

Страница результатов

Текстовый поиск

Общие принципы:

1. Все главные базы предоставляют удобные средства для тектового поиска.

2. Поиск по ключевым словам или полям.

3. Одновременный поиск в нескольких базах.

4. Дополнительные условия (дата, длина и т.д.).

Эффективность поискаЭффективность: время и адекватные результаты!

Проект ENCODEhttp://genome.ucsc.edu/