生命科学分野の横断検索サービスとメタデータの活用

医薬基盤研究所　伊藤真和吏

Sagace

創薬・疾患研究のための生命科学分野の データベースの横断検索サービス

http://sagace.nibio.go.jp/

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h"p://integbio.jp/ja/

NIBIO

MEDALS

JCGGDB  

NBDC  /  DBCLS

AgriTogo  

Collaborate by using P2P

architecture

Search System

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悪性リンパ腫での検索結果 Google 対 Sagace

広告

一般的な説明やブログが  

ヒット

悪性リンパ腫での検索結果

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同義語展開

研究関連の信頼  出来るデータベース

からの情報

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ファセット分類を  使った効率的な絞り込み

例：生物資源で動物のデータを調べたい場合

メタデータの活用

•  メタデータ：データの情報を示したデータ。

疾患：アルツハイマー病 生物種：ヒト 最終更新日:2012-10-24 文献:PubMed ID 23110816 関連するエントリ：OMIM 134400

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検索結果への反映

•  ユーザーが何に関するデータなのかを見つけやすくなり，データベースへのアクセスがされやすくなる。

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メタデータを活用した検索結果例

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メタデータを活用した検索結果例

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横断検索サービスはDBとの 出会いを支援するサービス

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•  ユーザー – 検索結果を見てそのエントリーが自分が探してい

るものか否かを瞬時に判断可能に。  

•  データベース管理者 – より多くの人にデータベースを発見してもらいや

すくなる。アクセス増加に繋がる。  

•  横断検索サービス – クローラーが１つで良い。  

どうメタデータを入れるのか？

•  htmlタグにメタデータを追記するだけ

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http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry/dateModified

ウェブページ 2013-1-24

<div  itemscope=“”  itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>  <span  itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>  </div>  

どうメタデータを入れるのか？

•  htmlタグにメタデータを追記するだけ

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<div  itemscope=“”  itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>  <span  itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>  </div>  

８つのDBが採用

•  DoBISCUIT(Database Of BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated)

•  JCRB細胞バンク •  Functional Glycomics with KO mice database •  Glyco-Disease Genes Database •  JCGGDB Report •  MEDALS •  Integbio データベースカタログ •  LSDBアーカイブ

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これまでのBioHackathonにて

•  Biological Database (Entry)に特化したSchema.org 用の語彙を策定，宣伝 –  Proposal  :  h"p://www.w3.org/wiki/WebSchemas/BioDatabases  

–  独自のプロパティを策定  •  entryID,  isEntryOf,  taxon,  seeAlso,  reference  

•  Schema.org –  大手検索エンジン（Google,Yahoo!,Bingなど）が共通で使

用することを宣言している横断検索用の語彙体系  •  Microdata

–  htmlにメタデータを付与するための方法。Schema.orgの語彙を使用してマークアップをする。

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HTMLをマークアップするための方法

•  Microdata – 書き方がシンプル。大手検索エンジンの採用。  

•  RDFa – マークアップ方法が複雑。書き方がひと通りでは

ない。  

•  Microformats – 書き方はシンプルだが，マークアップ定義が曖昧

で機械的処理がしにくい。  

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現状の問題点

•  提案した語彙をSchema.orgに追加させるには，より多くのDBの協力が必要。(by Schema.org オーガナイザー）

•  Microdataだと（原則）Schema.orgの語彙しか使えない。

•  MicrodataはW3C Working GroupでありRecommendationではない。

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RDFa Lite

•  Schema.orgやMicrodataの普及にともない，W3CがRDFaをかなり単純化させて制定した形式 – W3C  recommenda\on  

•  schema.orgの語彙体系を基本としながら，外部のRDFの語彙も柔軟に適用可能。

•  マークアップが簡単

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RDFa Liteのマークアップ方法

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<div  vocab=“h"p://schema.org/”  typeof=“BiologicalDatabaseEntry”>  <span  property=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>  </div>  

RDFの語彙を使う場合 （検索結果はイメージ）

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<div prefix="PDBo : http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#"> <span property="PDBo:exptl.method">X-RAY DIFFRACTION</span> </div>

Sagaceが検索結果に 反映するプロパティ

•  image 　（画像） •  isEntryOf 　（どのデータベース由来か） •  entryID （エントリーID） •  taxon（生物種） •  disease （疾患名） •  seeAlso　（他の参考となるデータベースのエントリ） •  dateModified （最終更新日） •  reference　（文献）

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•  現在対応しているマークアップ方法について詳しくはこちら –  h"p://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/    

•  外部のRDF用の語彙も検索結果への反映を予定 •  複数の語彙でのマークアップにおいて混乱がないよ

うに，検索結果に反映させる語彙とプロパティはSagaceのページに掲載予定。

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大募集

•  皆さんのデータベースにもぜひマークアップを！ •  ライフサイエンス系のDBであれば，検索結果に

マークアップされたプロパティを反映 – NBDC横断検索，MEDALS横断検索の検索結果にも

反映予定  •  RDFa Liteの活用方法についても相談したいで

す！

•  マークアップされたデータベースが増えれば，大手の検索エンジンにも反映されるかも...

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