Beta struktūras
description
Transcript of Beta struktūras
Beta struktūrasDaudz mucu...
• Funkcionāli, ļoti dažādi proteīni (antivielas, enzīmi, transportproteīni, utt)
• Otra lielākā proteīnu domēnu grupa (pēc )
Kopīgās īpašības
• Veidoti no 4 līdz 10+ virknēm• virknes pārsvarā ir novietotas antiparalēli
(izņemot beta spirāli)• Parasti sastāv no 2 beta plāksnēm, kuras ir
novietotas viena pret otru, veidojot -mucu vai “saspiestu” -mucu (“sendviču”)
• Cilpu vietā var būt -spirāles
• Visvienkāršākā topoloģija
Augšup-lejup mucas
Topoloģija – veids, kā blakus esoši otrējās struktūras elementi ir viens ar otru savienoti:
Augšup-lejup mucas piemērs: retinola piesaistīšanas proteīns (RBP)
RBP retinola piesaistīšanās centrs
• Hidrofobā daļa piesaistās hidrofobā kabatā
• Hidroksilgrupa ir eksponēta pret solventu
OH
Oscilējoša struktūra RBP aminoskābju sekvencē
• Katra otrā aminoskābe ir hidrofoba• Hidrofobās aminoskābes ir novietotas pret kodolu• Polārās, lādētās un dažas nelielas hidrobobas aminoskābes ir
eksponētas uz virsmas
Augšup-lejup mucas var saturēt vairāk kā 8 -virknes
• Membrānu proteīna porīna monomērs no Rhodobacter satur 14 virknes
-kristalīns • Atrodas acu lēcās• Katrs domēns
sastāv no 2 grieķu atslēgas motīviem
• Abi motīvi ir savienoti ar vienu savienojumu
Gēnu duplikācija -kristalīna evolūcijā
• Diviem domēniem ir aptuveni 40% sekvences identitāte
• Diviem viena domēna motīviem ir 20-30% identitāte
1.2.
x 2 x 2
Ruletes (“Jelly roll”) -muca
• Ruletes -muca veidojas, satinoties 8 virkņu antiparalēlai beta plāksnei
Divas grieķu atslēgas ruletes -mucā
Ruletes muca vīrusos• Ļoti bieži sastopams domēns sfēriskajos vīrusos• Vīrusos muca ir saplacināta un ar spirālēm dažu cilpu vietā• Piemērs: rinovīruss (t.i. iesnu vīruss))
Visu klasisko 8 virkņu -mucu salīdzinājums
Augšup-lejup -kristalīna veida ruletes
Vēl viena -muca – himotripsīna folds
• Veido divus līdzīgus domēnus himotripsīnā, tripsīnā un visās pārējās serīna proteāzēs
• Dažiem ne-proteāžu proteīniem arī ir tāds pats folds
• Viens griķu atslēgas motīvs un viena -matadata (kopā sešas -virknes) veido mucu
• Aktīvais centrs atrodas starp abām mucām
Himotripsīna struktūra
1. domēns
2. Domēns
Zaļās fluorescences proteīns
• - muca sastāv no 11 virknēm, topoloģija atšķiras no visām iepriekš apskatītajām
Propellera piemērs neiraminidāzē• 6 augšup-lejup plāksnes
veido propelleram līdzīgu struktūru
• Neiraminidāze: Influenzas vīrusa proteīns, iesaistīts viriona izkļūšanā no šūnas
• Tetramērisks proteīns, katrs monomērs satur vienu propelleri
Neiraminidāzes tetramērs
Aktīvais centrs -propellera proteīnos
• Propellera augšpusē ir garas cilpas• Cilpas veido aktīvo centru
spirāle• Divi dažādi veidi – divu un trīs plākšņu spirāles• Abi varianti ir novirzes no idealizētas vienas
virknes spirāles • Nejaukt ar spirāli, kura ir daudz šaurāka
Idealizēta -spirāle (realitātē neeksistē)
-spirāle
Divu plākšņu spirāle
Divu plākšņu spirāles sekvences struktūra
X7
U8
X9X7
U8
X9
Gly-Gly-X-Gly-X-Asp-X-U-X
X=jebkura aminoskābe
U=bieži Leu
Starp cilpām ir Ca2+ joni
Trīs plākšņu spirāle
Atšķirībā no divu plākšņu spirāles, nav novērota īpaša sekvences struktūra
Pektāta liāzes struktūra