BCM316 Počítačové modelování...
Transcript of BCM316 Počítačové modelování...
![Page 1: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/1.jpg)
BCM316 Počítačové modelování biomolekulIvan Barvík (Fyzikální Ústav, MFF UK)
![Page 2: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/2.jpg)
Nukleové kyseliny – Proteiny – Buněčné membrány
![Page 3: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/3.jpg)
Nukleové kyseliny
![Page 4: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/4.jpg)
![Page 5: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/5.jpg)
![Page 6: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/6.jpg)
Cavendishova laboratoř (William Lawrence Bragg 1915 za fyziku + W.H.Bragg)Linus Pauling – trojšroubovice / Petr Pauling
James D. Watson 1962Francis Crick za medicínu a fyziologii
1962 Max Perutzza chemii John Kendrew
King‘s College v Londýně
Rosalinda Franklinová 1962 Maurice Wilkins za medicínu a fyziologii
![Page 7: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/9.jpg)
Electric detection of individual DNA molecules with a nanopore
![Page 10: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/10.jpg)
![Page 11: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/11.jpg)
Hairpin loops - Vlásenky
![Page 12: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/12.jpg)
TAR.TAR* kissing komplex
![Page 13: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/13.jpg)
![Page 14: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/15.jpg)
Struktura proteinů
![Page 16: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/16.jpg)
![Page 17: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/17.jpg)
![Page 18: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/18.jpg)
Molecular basis of hearing
![Page 19: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/19.jpg)
Molecular basis of hearing
![Page 20: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/20.jpg)
Cadherin: The Stiff Spring
![Page 21: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/21.jpg)
Ankyrin: The Soft Spring
![Page 22: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/22.jpg)
Ankyrin: The Soft Spring
![Page 23: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/23.jpg)
Ankyrin: The Soft Spring
![Page 24: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/24.jpg)
Ankyrin: The Soft Spring
![Page 25: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/25.jpg)
Ankyrin: The Soft Spring
![Page 26: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/26.jpg)
The Titin/Telethonin Complex
![Page 27: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/27.jpg)
![Page 28: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/29.jpg)
![Page 30: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/32.jpg)
Fibronectin and integrin
![Page 33: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/34.jpg)
Fibronectin
![Page 35: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/35.jpg)
Linus Pauling 1901-1994
1954 za chemii
1962 za mír
Guggenheim FellowshipGerman physicist Arnold Sommerfeld in Munich, Danish physicist Niels Bohr in Copenhagen, Austrian physicist Erwin Schrödinger in Zürich.
α − helix
![Page 36: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/36.jpg)
Cavendishova laboratoř (William Lawrence Bragg 1915 za fyziku + W.H.Bragg)Linus Pauling – trojšroubovice / Petr Pauling
James D. Watson 1962Francis Crick za medicínu a fyziologii
1962 Max Perutzza chemii John Kendrew
King‘s College v Londýně
Rosalinda Franklinová 1962 Maurice Wilkins za medicínu a fyziologii
![Page 40: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/40.jpg)
Protein …Arg-Lys-His-Trp-Tyr-Glu-Asp…DNA…
A-TG-CC-GT-AT-AG-C
... 3D?
?X-rayNMR30.000 pr.1.000 hum.
![Page 41: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/41.jpg)
![Page 42: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/42.jpg)
Homologní modelování
![Page 43: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/43.jpg)
![Page 44: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/44.jpg)
HIV proteáza
![Page 45: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/45.jpg)
Buněčné membrány
![Page 46: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/46.jpg)
![Page 47: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/47.jpg)
![Page 48: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/48.jpg)
Hemolysin
![Page 49: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/49.jpg)
![Page 50: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/50.jpg)
Počítačové modelování biomolekul
![Page 51: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/51.jpg)
![Page 52: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/52.jpg)
Arieh Warshel Martin Karplus Peter Kollman Klaus Schulten(Sneior Lifson) (Linus Pauling)
CFF (1967) CHARMM AMBER (1981) NAMDConsistent Force Field
Michael Levitt(John Kendrew)
Bruce Gellin
WEIZAC GOLEM
Andy McCammon
BPTI (1977)
![Page 53: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/53.jpg)
MD - numerické řešení Newtonových pohybových rovnic
s použitím empirických silových polí
Leap-frog algoritmus
![Page 54: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/54.jpg)
![Page 55: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/55.jpg)
A. Piccard, E. Henriot, P. Ehrenfest, , Th. De Donder, E. Schrödinger, J.E. Verschaffelt, W. Pauli, W. Heisenberg, R.H. Fowler, L. Brillouin,P. Debye, M. Knudsen, W.L. Bragg, H.A. Kramers, P.A.M. Dirac, A.H. Compton, L. de Broglie, M. Born, N. Bohr,I. Langmuir, M. Planck, Mme. Curie, H.A. Lorentz, A. Einstein, P. Langevin, , C.T.R. Wilson, O.W. Richardson
![Page 56: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/56.jpg)
John A. Pople Walter Kohn1998 za chemii
Gaussian 70 DFT
![Page 57: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/57.jpg)
Ab initio výpočty – parametrizace silových polí pro MD
![Page 58: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/58.jpg)
Ab initio výpočty – parametrizace silových polí pro MD
![Page 59: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/59.jpg)
Ab initio výpočty – parametrizace silových polí pro MD
![Page 60: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/60.jpg)
![Page 61: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/61.jpg)
![Page 62: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/62.jpg)
![Page 63: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/63.jpg)
TRUNCATION: the interactions are simply set to zero for interatomic distances greater than the cutoff distance. This method can lead to large fluctuations in the energy. This method is not often used.
The SHIFT cutoff method: this method modifies the entire potential energy surface such that at the cutoff distance the interaction potential is zero. The drawback of this method is that equilibrium distances are slightly decreased.
The SWITCH cutoff method: This method tapers the interaction potential over a predefined range of distances. The potential takes its usual value up to the first cutoff and is then switched to zero between the first and last cutoff. This model suffers from strong forces in the switching region which can slightly perturb the equilibrium structure. The SWITCH function is not recommended when using short cutoff regions.
![Page 64: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/64.jpg)
![Page 65: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/65.jpg)
![Page 66: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/66.jpg)
![Page 67: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/67.jpg)
![Page 68: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/68.jpg)
![Page 69: BCM316 Počítačové modelování biomolekulfu.mff.cuni.cz/biomolecules/media/files/courses/Seminar_MD1.pdf · BCM316 Počítačové modelování biomolekul. Ivan Barvík (Fyzikální](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022022805/5cb907b888c993a5518bbdcf/html5/thumbnails/69.jpg)