BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Isolasi dan Identifikasi ...repository.ump.ac.id/7482/3/Titin...
Transcript of BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Isolasi dan Identifikasi ...repository.ump.ac.id/7482/3/Titin...
5
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Isolasi dan Identifikasi Bakteri
2.1.1. Isolasi Bakteri
Mikroorganisme pada suatu lingkungan alami merupakan populasi
campuran dari berbagai jenis mikroorganisme pada tanah, air, udara, makanan,
maupun yang terdapat pada tubuh hewan dan tumbuhan. Pemisahan
mikroorganisme diperlukan untuk mengetahui jenis, mempelajari kultural,
morfologi, fisiologi, dan karakteristik mikroorganisme tersebut. Teknik
pemisahan tersebut disebut isolasi yang disertai dengan pemurnian (Irianto, 2006).
Isolasi merupakan serangkaian proses pemisahan mikroorganisme supaya
didapatkan kultur murni (isolat). Isolat-isolat tersebut kemudian ditumbuhkan
pada medium terpisah supaya dapat tumbuh dengan baik. Medium pertumbuhan
bakteri harus diperbarui setiap 6 bulan supaya sumber nutrisi bagi bakteri tetap
terpenuhi sehingga bakteri tidak mengalami kematian. Pemindahan bakteri dari
satu tempat ketempat yang lain harus menggunakan prosedur kerja aseptik.
Aseptik berarti berada dalam kondisi yang bebas dari mikroorganisme lain yang
tidak dikehendaki. Teknik aseptik sangat penting jika bekerja di Laboratorium
Mikrobiologi, selain melindungi laboran juga menghindari kontaminasi
mikroorganisme lain (Singlenton & Sainsbury, 2006).
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
6
Teknik kultur untuk mendapatkan biakan murni terbagi menjadi tiga macam
teknik, yaitu (Pelczar & Chan, 2008):
1) Cara Penuangan (Pour Plate)
Cara penuangan merupakan metode inokulasi mikroba yang dilakukan
dengan cara menuangkan suspensi mikroba sebanyak 1 ml kedalam cawan petri
steril kosong. Cawan petri tersebut selanjutnya dituangi medium agar dengan suhu
40oC-45
oC (hangat kuku) dan diratakan dengan cara cawan petri digerak-gerakan
membentuk angka 8. Medium selanjutnya diinkubasi selama 1-2 hari dan diamati
ada tidaknya pertumbuhan mikroba.
2) Cara Penyebaran (Spread Plate)
Cara penyebaran merupakan metode inokulasi mikroba yang dilakukan
dengan cara menuangkan suspensi mikroba sebanyak 0,1 ml diatas medium agar
cawan yang telah memadat. Suspensi tersebut kemudian diratakan dengan
menggunakan batang L secara pelan-pelan supaya tidak merusak permukaan
medium agar cawan. Medium cawan selanjutnya diinkubasi selam 1-2 hari dan
diamati ada tidaknya pertumbuhan mikroba.
3) Cara Penggoresan (Streak Culture)
Cara penggoresan merupakan cara yang ditujukan untuk memurnikan
mikroba dari populasi mikroba atau dapat juga untuk subkultur isolat murni dari
medium lama ke medium baru. Teknik tersebut hanya bisa dilakukan dari medium
cair ke medium agar atau dari medium agar ke medium agar lainnya dan
dilakukan dengan cara mengoreskan ujung jarum ose yang telah mengandung
mikroba ke permukaan medium agar lain. Menurut Maryanto & Kurniawan
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
7
(2015), proses mengores mikroba pada medium, dapat dilakukan dengan
mengikuti pola tertentu seperti bentuk kuadran, segitiga, huruf T, atau berkreasi
sendiri sesuai dengan keinginan. Hal yang diperhatikan dalam cara pengoresan
adalah setiap goresan yang satu harus bersambung dengan goresan berikutnya
sehingga pada goresan terakhir diharapkan mikroba tumbuh membentuk satu
koloni yang berasal dari satu sel dan terpisah dari koloni lainnya.
2.1.2. Identifikasi Bakteri
Identifikasi merupakan cara untuk mengetahui nama ilmiah suatu makhluk
hidup dalam suatu kelompok tertentu berdasarkan karakteristik persamaan dan
perbedaan yang dimiliki oleh masing-masing makhluk hidup. Identifikasi suatu
isolat bakteri yang diperoleh dari hasil isolasi dapat dilakukan melalui
pengamatan morfologi, dan pengujian fisiologi isolat bakteri yang dilanjutkan
dengan membandingkan hasil pengamatannya dengan ciri-ciri mikroorganisme
yang sudah dikenal. Identifikasi mikroorganisme yang baru diisolasi memerlukan
perincian, deskripsi dan perbandingan dengan deskripsi mikroorganisme tertentu
yang telah dipublikasikan untuk jasad-jasad renik lain yang serupa (Pelczar &
Chan, 2008).
Pengamatan morfologi dapat dilakukan secara makroskopis dan
mikroskopis, sedangkan pengujian fisiologi bakteri dapat dilakukan dengan uji
biokimia. Menurut Dwidjoseputro (1998), pengamatan secara makroskopis yang
dapat diamati meliputi bentuk koloni yaitu berbentuk titik, bulat, tidak teratur
seperti akar dan berfilamen atau berbenang serta kumparan. Tepi koloni dapat
berbentuk utuh, berombak, berbelah, bergerigi, berbenang dan keriting. Warna
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
8
koloni terdiri dari keputihan, kekuningan, kemerahan, coklat, jingga, pink, hijau,
dan ungu. Elevasi koloni meliputi rata, timbul mendatar, timbul melengkung, dan
timbul mencembung, timbul membukit, timbul berkawah. Struktur koloninya
halus mengkilat, kasar, berkerut, atau kering seperti bubuk. Menurut Cappuccino
& Sherman (1987), pengamatan morfologi bakteri secara mikroskopis dapat
dilakukan dengan mengamati bentuk sel bakteri, ukuran bakteri, pewarnaan gram
dan pewarnaan endospora.
Beberapa uji biokimia yang biasa digunakan untuk pengatamatan fisiologi
diantaranya pengujian fermentasi karbohidrat, methyl red, vogest proskauer,
indol, H2S, sitrat, dan katalase. Uji biokimia tersebut dilakukan untuk mengetahui
karakteristik dan spesifik dari bakteri dengan melihat aktifitas enzimatisnya serta
untuk memperkuat data-data yang diperoleh sehingga isolat bakteri mudah
diidentifikasi (Cappuccino & Sherman, 1987).
2.2. Tanaman Strawberry
2.2.1. Klasifikasi Tanaman Strawberry
Tanaman strawberry diklasifikasikan sebagai berikut:
Divisio : Magnoliophyta
Classis : Magnoliopsida
Sub classis : Rosidae
Ordo : Rosales
Familia : Rosaceae
Genus : Fragaria
Species : Fragaria x ananassa Duch. (Cronquist, 1981)
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
9
2.2.2. Deskripsi Tanaman Strawberry
Tanaman strawberry (Fragaria x ananassa) (Gambar 2.1.) merupakan
tanaman herba parennial (tahunan). Tanaman strawberry telah dikenal sejak
zaman Romawi, tetapi bukan jenis yang dikenal saat ini. Strawberry yang
dibudidayakan sekarang disebut sebagai strawberry modern (komersial) dengan
nama ilmiah Fragaria x ananassa. Strawberry tersebut adalah hasil persilangan
antara Fragaria virginiana dari Amerika Utara dengan Fragaria chiloensis dari
Chili, Amerika Selatan (Rukmana, 1998).
Secara morfologi, struktur akar tanaman strawberry terdiri atas pangkal akar
(collum), batang akar (corpus), ujung akar (apex), bulu akar (pilus radicalis), serta
tudung akar (caliptra). Tanaman stroberi berakar tunggang (radix primaria) yang
terus tumbuh dan berukuran besar (Rukmana, 1998). Akar muncul dari batang
yang pendek dan tebal berbentuk rumpun, dari rumpun tersebut dapat muncul
tunas yang akan menjadi crown baru, stolon dan bunga. Secara botani stolon
merupakan batang samping yang tumbuh keluar dari ketiak daun pada dasar
rumpun dan menjalar sepanjang permukaan tanah. Stolon dapat digunakan
sebagai alat untuk menghasilkan tanaman baru (Cahyono, 2011).
Batang tanaman strawberry beruas-ruas pendek, dan mengandung banyak
air. Batang tertutup oleh pelepah daun sehingga tampak seperti rumpun tanpa
batang. Cabang merayap (stolon) merupakan cabang kecil yang tumbuh mendatar
atau menjalar diatas permukaan tanah. Stolon yang tumbuh mandiri dapat
dipotong atau dipisah dari induk dan digunakan sebagai bibit. Daun tanaman
strawberry merupakan daun majemuk yang tersusun pada tangkai daun yang
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
10
berukuran agak panjang. Tangkai daun berbentuk bulat serta permukaannya
ditumbuhi oleh bulu-bulu halus. Helaian daun bersusun tiga (trifoliata), bagian
tepi daun bergerigi, berwarna hijau dan berstruktur tipis (Rukmana, 1998).
Tanaman strawberry berbunga sempurna, tersusun dalam malai (panicula)
yang berukuran panjang dan terletak pada ujung tanaman. Bunga strawberry
memiliki 10 sepal (kelopak bunga), 5 petal (daun mahkota), 20-35 stamen
(benang sari), dan ratusan pistillum (putik), yang menempel pada receptacle
(dasar bunga) dengan pola melingkar (Cahyono, 2011). Umumnya buah
strawberry berbentuk kerucut hingga bulat. Buah yang tampak secara visual
merupakan buah semu berganda yang berasal dari dasar bunga (receptaculum)
dan bakal buah, kemudian berubah bentuk menjadi gumpalan daging buah. Biji
strawberry berukuran kecil terletak diantara daging buah. Setiap buah strawberry
menghasilkan antara 200-300 butir biji yang merupakan alat perbanyakan
tanaman secara generatif (Rukmana, 1998).
(a) (b) (c)
Gambar 2.1. Morfologi Daun, Akar dan Buah Tanaman Strawberry
Keterangan: (a) Daun Strawberry (Rahmawati, 2017), (b) akar
strawberry (Dok. Pribadi) dan (c) Buah Strawberry (Rahmawati,
2017)
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
11
2.2.3. Manfaat dan Kandungan Kimia dalam Tanaman Strawberry
Buah strawberry dimanfaatkan sebagai makanan dalam keadaan segar
ataupun diolah menjadi berbagai produk misalnya, sirup, jus dan selai strawberry.
Hal tersebut karena kandungan dalam buah strawberry yang bermanfaat bagi
kesehatan. Strawberry merupakan sumber penting fitokimia yang mempunyai
banyak manfaat bagi kesehatan manusia (Selvia dkk., 2014). Strawberry
mengandung asam askorbat, hydrolyzable tannins (ellagitannins, gallotannins dan
asam ellagic), turunan asam hidroksisinamat berserta esternya, saponin dan
senyawa fenolik yang terdiri dari asam fenolat, anthosianin, protosianidin dan
flavonoid (Selvia dkk., 2014; Rahmawati, 2017). Efek dari senyawa-senyawa
tersebut antara lain berperan sebagai perlindungan terhadap sel kanker,
pencegahan penyakit jantung ischemic, anti-mutagenic hingga mempunyai fungsi
sebagai antimikroba (Selvia dkk., 2014).
2.3. Bakteri Endofit
Bakteri endofit merupakan bakteri yang terdapat didalam sistem jaringan
tumbuhan seperti akar, batang, daun, ataupun bunga dan buah (Damayanti, 2010).
Menurut Sunarmi (2010) dan Suriaman (2010), endofit merupakan
mikroorganisme yang sebagian atau seluruh hidupnya berada didalam jaringan
tanaman inang tanpa menyebabkan gejala penyakit pada tanaman inang tersebut.
Keberadaan bakteri endofit terjadi secara alami dan dapat berasosiasi dengan
tanaman dalam jangka waktu yang lama (Damayanti, 2010). Bakteri endofit
awalnya berasal dari lingkungan eksternal dan masuk kedalam tanaman melalui
stomata, lentisel, luka (seperti adanya trichomes yang rusak), melalui akar lateral
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
12
dan akar yang berkecambah (Suriaman, 2010). Menurut Nursanty& Suhartono
(2012) bahwa bakteri endofit hidup didalam jaringan vaskular tumbuhan,
sehingga kemungkinan keberadaanya banyak ditemukan pada bagian akar dan
batang. Hal tersebut karena akar merupakan jalan alternatif lain yang diduga
sebagai jalur masuknya bakteri,yaitu melalui penyerapan unsur hara tanaman,
sedangkan jaringanvaskuler pada batang merupakan jalur penyebaran unsur hara
kebagian tubuh tanaman (Pranoto dkk., 2014).
Bakteri endofit yang berada di dalam jaringan tanaman merupakan
mikroorganisme yang masih belum tereksplorasi keberadaannya. Beberapa bakteri
endofit mempunyai pengaruh yang menguntungkan bagi tanaman inang, seperti
memacu pertumbuhan tanaman, meningkatkan fiksasi N bagi tanaman,
memudahkan dalam penyerapan nutrisi, mensistesis hormon tanaman, atau
meningkatkan resistensi tanaman dari patogen. Pengaruh bakteri endofit terhadap
resistensi tanaman terjadi karena beberapa bakteri endofit dapat menghasilkan
senyawa bioaktif sebagai metabolit sekunder yang memiliki daya antimikroba
(Elviasaridkk.,2016)
Umumnya pada tanaman tingkat tinggi mengandung beberapa mikroba
endofit yang mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder.
Kemampuan mikroba endofit dalam memproduksi metabolite sekunder sesuai
dengan tanaman inangnya merupakan salah satu peluang yang sangat besar untuk
memproduksi metabolite sekunder dari mikroba endofit yang diisolasi dari
tanaman inangnya (Radji, 2005). Salah satu faktor mikroba endofit mampu
menghasilkan metabolit sekunder yang sama dengan tanaman inang karena
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
13
diduga sebagai akibat transfer genetik dari tanaman inang ke dalam mikroba
endofit (Tan & Zou, 2001).
Sunarmi (2010), menyatakan bahwa mikroorganisme endofit akan
mengeluarkan suatu metabolit sekunder yang merupakan senyawa antibiotik itu
sendiri. Metabolit sekunder merupakan senyawa yang disintesis oleh suatu
mikroba, tidak untuk memenuhi kebutuhan primernya (tumbuh dan berkembang)
tetapi untuk mempertahankan eksistensinya dalam berinteraksi dengan
lingkungannnya. Metabolit sekunder yang dihasilkan oleh mikrooraganisme
endofit merupakan senyawa antibiotik yang mampu melindungi tanaman dari
serangan mikroba patogen, atau hewan pemangsa sehingga dapat dimanfaatkan
sebagai agen biokontrol.
Koloni mikroorganisme endofit hidupnya bersifat mikrohabitat dan
merupakan sumber metabolite sekunder yang berguna dalam bioteknologi,
pertanian dan farmasi. Beberapa endofit memproduksi senyawa antibiotik dalam
kultur yang aktif berpengaruh terhadap bakteri patogen pada manusia, hewan dan
tanaman (Sunarmi, 2010). Pemanfaatan mikroba endofit dalam memproduksi
senyawa aktif memiliki beberapa kelebihan antara lain, dapat diproduksi dalam
skala besar dan kemungkinan diperoleh komponen bioaktif yang berbeda (Tanaka,
1999).
2.4. Agen Antimikroba
Antimikroba adalah senyawa yang dapat membunuh atau menghambat
pertumbuhan mikroba. Menurut Handayani (2015), zat antimikroba dapat bersifat
membunuh bakteri (bakterisidal), menghambat pertumbuhan bakteri
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
14
(bakteristatik), fungisidal, fungistatik, ataupun menghambat germinasi spora
bakteri. Umumnya antimikroba adalah bahan penghambat pertumbuhan
mikroorganisme yang digunakan dalam menghambat organisme khusus sehingga
sering disebut dengan istilah antibakterial atau antifungal (Hidayahti, 2010). Zat
antimikroba yang dihasilkan oleh organisme tertentu dikenal sebagai antibiotik.
Menurut Pelczar & Chan (1988), antibiotik didefinisikan sebagai produk
metabolit yang dihasilkan oleh organisme tertentu yang dalam konsentrasi rendah
bersifat merusak atau menghambat mikroorganisme lain namun toksisitasnya bagi
manusia relatif kecil. Antibiotik memiliki spektrum aktivitas yang beragam. Hal
tersebut dipengarui oleh kerja zat antimikroba yang dihasilkan oleh
mikroorganisme.
Menurut Hidayahti (2010), faktor yang mempengaruhi kerja zat antimikroba
antara lain:
a. Konsentrasi atau intensitas bahan antimikroba, semakin tinggi konsentrasi
maka semakin tinggi pula daya penghambatan atau daya bunuhnya.
b. Sifat antimikroba, ada golongan atau bahan dengan kemampuan bekerjanya
relatif cepat dalam menghambat atau mematikan mikroorganisme dan ada yang
memiliki aktivitas rekatif sangat lambat, sehingga tergantung sifat antimikroba.
c. Jumlah, macam, umur dan kondisi mikroorganisme atau jasad yang dikenal,
menghambat atau mematikan mikroorganisme dalam jumlah besar lebih sukar
daripada mikroorganisme dalam jumlah kecil.
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
15
d. Keasaman dan kebasahan (pH), mikroorganisme pada kondisi asam dapat
dibasmi dalam waktu yang lebih singkat dibandingkan dengan mikroorganisme
yang sama dalam kondisi basa.
e. Suhu dan waktu, kenaikan suhu yang sedang secara besar dapat mematikan
keefektifan suatu bahan antimikroba. Setiap kenaikan 10oC dapat
menyebabkan penggandaan angka kematian. Mikroorganisme yang ada dalam
bahan antimikroba dalam waktu yang lama akan terhambat pertumbuhannya
atau dapat mati. Hal tersebut karena, waktu memberikan kontribusi dalam
peresapan bahan antimikroba kedalam sel mikroorganisme.
Menurut Handayani (2015), antimikroba berdasarakan struktur kimia dan
mekanisme kerjanya dikelompokan menjadi lima diantaranya, a) agen yang
menghambat sistesis dinding sel mikroorganisme. b) Agen yang bekerja secara
langsung pada membran sel mikroorganisme untuk merusak permeabilitas
membran sel dengan cara meningkatkan permeabilitas membran dan
menyebabkan kebocoran senyawa intraselular. c) Agen yang menganggu fungsi
ribosom subunit 30S atau 50S secara reversible menghambat sistesis protein. d)
agen yang mempengaruhi metabolisme asam nukleat mikroorganisme.
penghambatannya pada sistesis asam nukleat berupa penghambatan terhadap
transkripsi dan replikasi mikroorganisme. e) Antimetabolit, yaitu substansi yang
secra kompetitif menghambat metabolit mikroorganisme, karena memiliki
struktur yang mirip dengan substrat normal bagi enzim metabolisme.
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
16
2.5. Kapang Fusarium oxysprorum
2.5.1. Klasifikasi Kapang Fusarium oxysporum
Menurut Semangun (2001), Fusarium oxysprorum diklasifikasikan sebagai
berikut:
Divisio : Amastigomycota
Classis : Deuteromycetes
Ordo : Moniliales
Familia : Tuberculariaceae
Genus : Fusarium
Species : Fusarium oxysprorum
2.5.2. Deskripsi Kapang Fusarium oxysprorum
Fusarium oxysprorum merupakan kapang yang tersebar luas pada tanaman
maupun dalam tanah (Sunarmi, 2010). F.oxysprorum diidentifikasi sebagai
penyebab penyakit layu fusarium pada tanaman. Menurut Semangun (2001)
penyakit layu fusarium merupakan penyakit sistemik yang menyerang tanaman
mulai dari titik perakaran sampai titik tumbuh. Penyakit layu fusarium terspesifik
disebabkan oleh Fusarium oxysporum.
Ciri-ciri dari kapang Fusarium oxysporum secara makroskopis (in vitro)
yaitu dalam 4 hari pertumbuhan dapat mencapai diameter 3-5,5 cm. Area
miselium berwarna putih atau peach, warna sebalik koloni kekuningan atau
keunguan dan beberapa strain mungkin sporodochia berwarna oranye (Frisvad &
Filtenborg, 1995). Ciri-ciri dari F.oxysporum secara mikroskopis yaitu memiliki 3
spora tak kawin, yaitu mikrokonidia, makrokonidia dan klamidospora. Konidiofor
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
17
bercabang atau tak bercabang. Makrokonidia mempunyai 3-5 septa, bentuknya
memanjang dengan bagian ujung yang meruncing seperti bentuk sabit.
Mikrokonidia merupakan konidia bersel 1 atau 2, berjumlah banyak, elips-
silindris, lurus-lonjong, pendek dan sederhana dan terbentuk secara tunggal atau
berangkai-rangkai (Frisvad & Filtenborg, 1995). Konidia dari kapang Fusarium
oxysporum mengalami penebalan pada kondisi yang tidak sesuai atau disebut
dengan klamidospora (fase istirahat) (Samosir, 2007). Klamidospora didalam hifa
atau didalam konidia, hialin, halus atau kasar, (sub) globose, dan memiliki
diameter 5-15 μm. Klamidospora dihasilkan diujung maupun ditengah miselium
bisa berpasangan maupun tunggal (Frisvad & Filtenborg, 1995).
2.5.3. Gejala Serangan Fusarium oxysprorum
Gejala awal terbentuknya penyakit tanaman yang disebabkan oleh Fusarium
oxysprorum adalah perubahan warna daun yang paling tua atau daun yang dekat
dengan tanah. Gejala serangan terdapat bercak berwarna coklat kemerahan dan
pada gejala berat daun menjadi berwarna kuning, bentuk bercak tidak teratur dan
tidak memiliki pusat bercak. Gejala tersebut juga sering dijumpai pada tepi daun
(Samosir, 2007). Daun yang terinfeksi akan layu dan mengering, tetapi tetap
menempel pada tanaman. Kelayuan berlanjut kebagian daun yang muda dan
tanaman akan segera mati. Gejala yang paling khas adalah gejala pada bagian
dalam berupa garis-garis berwarna coklat kehitaman dari pangkal batang menuju
kesemua arah melalui jaringan pembuluh (Semangun, 2001).
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
18
2.6. Pengujian Aktivitas Bahan Antimikroba
Menurut Hidayahti (2010), pengujian aktivitas bahan antimikroba yang
dilakukan secara in vitro ada dua cara yaitu:
1) Metode Dilusi
Metode dilusi digunakan untuk menentukan Kadar Hambat Minimum
(KHM) dan Kadar Bunuh Minimum (KBM) dari bahan antimikroba. Prinsip
metode tersebut yaitu menggunakan satu seri tabung reaksi yang diisi medium
cair dan sejumlah tertentu sel mikroba yang diuji. Masing-masing tabung reaksi
yang telah diisi dengan bahan antimikroba yang telah diencerkan secara serial,
kemudian diinkubasi pada suhu 37oC selama 18-24 jam. Pengamatan dilakukan
dengan mengamati kekeruhan konsentrassi terendah bahan antimikroba pada
tabung yang ditunjukan dengan hasil biakan yang tampak jernih dan tanpa adanya
pertumbuhan mikroba uji, ditetapkan sebagai Kadar Hambat Minimum (Pratiwi,
2008). Biakan masing tabung yang jernih ditumbuhkan pada medium agar padat,
dan diinkubasi selama 24 jam serta diamati ada tidaknya koloni yang tumbuh.
Hasil inkubasi dari seri konsentrasi terendah yang menunjukan tidak adanya
koloni ditetapkan sebagai Kadar Bunuh Minimum (Pratiwi, 2008).
2) Metode Difusi Cakram (Uji Kirby-Bauer)
Prinsip metode difusi cakram yaitu menempatkan kertas cakram yang
mengandung bahan antimikroba tertentu pada cawan petri berisi medium padat
yang telah dicampur dengan mikroba yang akan diuji. Medium tersebut kemudian
diinkubasi pada suhu 37oC selama 18-24 jam kemudian dilakukan pengamatan
terkait zona bening yang terbentuk disekitar kertas cakram. Daerah bening yang
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
19
terbentuk menunjukan tidak adanya pertumbuhan mikroba. Mikroba yang sensitif
terhadap bahan antimikroba akan ditandai dengan adanya daerah hambatan
disekitar cakram, dan mikroba yang resisten tetap menunjukan pertumbuhan pada
tepi kertas cakram.
2.7. Penelitian Relevan
Beberapa penelitian yang berkaitan dengan permasalahan yang akan diteliti
dan dapat dijadikan sebagai rujukan penelitian, yaitu:
a. Diniyah (2010) melakukan penelitian tentang potensi bakteri endofit pada akar
tanaman kentang sebagai penghambat bakteri Ralstonia solanacearum dan
kapangFusarium sp. serta kapang Phytopthora inverans penyebab penyakit layu
pada tanaman. Hasil penelitian menunjukan bahwa bakteri endofit yang diisolasi
dari akar tanaman kentang (Pseudomonas pseudomallei, Bacillus mycoides dan
Klebsiella ozaenae) memiliki kemampuan dalam menghambat pertumbuhan
bakteri dan kapang penyebab penyakit layu pada tanaman.
b. Melliawati, dkk (2006) dalam penelitian tentang pengkajian bakteri endofit
penghasil senyawa bioaktif untuk proteksi tanaman, menyatakan bahwa sekitar
seratus bakteri endofit dari berbagai tanaman hutan Indonesia yang berguna
memproteksi serangan mikrobia patogen tanaman (Xanthomonas campestris,
Pseudomonas solanacearum, Colletroticum gleosporioides dan Fusarium
oxysporum).
c. Selvia, dkk (2014) dalam penelitian tentang uji efek antimikroba ekstrak etanol
stroberi (Fragaria vesca L.) terhadap Staphylococcus epidermidis, menyatakan
bahwa ekstrak ethanol strawberry mampu menghambat pertumbuhan bakteri
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018
20
Staphylococcus epidermidis karena kandungan senyawa fenolat pada jaringan
tanaman dan buah.
d. Leiwakabessy & Latupeirissa (2013) dalam penelitian tentang eksplorasi
bakteri endofit sebagai agen pengendali hayati pada tanaman Kersen (Muntingia
calabura L.), menyatakan bahwa umumnya bakteri endofit yang ditemukan pada
berbagai tanaman berasal dari genus Pseudomonas, Bacillus, Enterobacter,
Agrobacterium, dan beberapa bakteri endofit yang dibudidayakan yaitu Pantoea,
Enterobacter, Methylobacterium, Agrobacterium, dan Bacillus.
e. Fairuzah, dkk (2013) dalam penelitian tentang efektivitas bakteri antagonis
untuk pengendalian penyakit cabang jamur upas (Corticium salmonicolor),
menyatakan bahwa umumnya bakteri endofit yang ada pada tanaman yaitu,
Actinobacter, Agrobacterium, Alcaligenes, Bacillus, Clavibacter, Enterobacter,
Erwinia, Klebsiella, Phyllobacterium, Pseudomonas dan Serratia.
f. Suriaman (2010) melakukan penelitian tentang bakteri endofit pada akar
tanaman kentang (Solanum tuberrosum) yang berpotensi memfiksasi nitrogen
diudara dan menghasilkan hormon IAA. Hasil penelitian menunjukan bahwa
ditemukan bakteri endofit dari genus Pseudomonas, Bacillus dan Klebsiella pada
akar tanaman kentang.
g. Fithriyah (2015) menyatakan bahwa 5 bakteri endofit yang berhasil diisolasi
dari rumput kebar (Biophytum sp.), termasuk dalam genus Bacillus (Bacillus
megaterium), Staphylococcus (Staphylococcus saprophyticus), dan Enterobacter
(Enterobacter gergoviae) yang berperan antagonis terhadap bakteri patogen.
Isolasi dan Seleksi Bakteri…, Titin Mutiana, FKIP UMP, 2018