analize genetice.pdf
-
Upload
aurelian-alexandru -
Category
Documents
-
view
273 -
download
0
Transcript of analize genetice.pdf
-
ANALIZE GENETICEMOARTE SUBIT:
Proces-precis, rapid,o dat n via
-
Sindromul morii subite
-
Sindromul morii subite (The Sudden Death Syndrome) - SDS
Const ntr-un set de cauze diferite de apariie a stopuluicardiac care se produce ntr-un interval de o or de laprimul simptom, la persoanele care anterior au avut osntate normal.
Aceste evenimente sunt definite ca netraumatice,neviolente i neateptate.
-
SDS - Epidemiologie
Anual, n lume, s-au nregistrat mai mult de 3 milioane de decese*Mortalitatea este mai mare dect n cazurile de SIDA sau de cancer la plmni i sn.
Incidena pentru vrste 35 ani este de aproximativ 1/1.000 pe an.
Incidena pentru varste
-
SDS - Principalele cauze ale stopului cardiac
A fost demonstrat baza genetic n urmtoarele sindromuri i patologii, iar genele implicate sunt cunoscute.
Anormaliti structurale cardiace
Anormalitai
arteriale
Cardiomiopatia hipertrofic
Cardiomiopatia dilatativ
Aritmie ventricular
Sindroame
aritmogenice
Sindromul Brugada
Sindromul QT lung
Sindromul QT scurt
Anevrism aortic toracic
Defecte
serotonergice Moarte subit la copii- (SIDS)
Alte sindroame
asociate
Sindrom Marfan
Sndrom Fabry
Sindrom Wolf-Parkinson-White
Aritmia sinusurilor cardiace
Tahicardia ventricular polimorf
Ventricul stng non- compact
-
Sindromul Morii Subite (SDS)& Genetic
-
SDS - Genetica
Incidena apariiei bolilor cardiovasculare este de 2,2 ori mai mare la indivizii la care mama sau tatl au avut evenimente cardiovasculare.
Incidena apariiei bolilor cardiovasculare este de 9 ori mai mare cnd ambele ramuri ale familiei au avut episoade cardiovasculare.
X. Jouven, M. Desnos, C. Guerot, P. Ducimetire. Predicting sudden death in the population: the Paris Prospective Study I. Circulation 1999.
-
SDS Consens n testare genetic(Asociaia American a Sntii)- AHA
(Heart Rhythm 2011; 8:1308 1339)
-
Ghidurile AHA (Ameican Health Association)
Testarea genetic poate completa n mod unic evaluarea clinic standard.
Genetica poate oferi:
un diagnostic de extrem precizie (testarea genetic)
identificarea preclinic a membrilor din familiile cu risc (testareapredictiv)
La testarea n scopul diagnosticului, identificarea unei mutaii esteputernic legat de apariia bolii la un individ i confirm diagnosticulclinic; de asemenea, ajut la definirea substratului genetic al familiei.
-
Boala Panelul Genetic Pacieni Membri de familie
Long QT Syndrome (LQTS) KCNQ1, KCNH2, SCN5A Este recomandat Este recomandat
Catecholaminergic
Polymorphic Ventricular
Tachycardia (CPVT)
RYR2, CASQ2 Este recomandat
Este recomandat
Brugada Syndrome (BrS) SCN5A Poate fi utilEste recomandat
Short QT Syndrome (SQTS) KCNH2, KCNQ1, KCNJ2 Poate fi luat in considerare Este recomandat
Hypertrophic Cardiomyopathy
(HCM)
MYH7, MYBPC3,TNNT2, TNNI3,
TPM1Este recomandat Este recomandat
Arrythmogenic right
ventricular cardiomyopathy
(ARVC)
DSC2, DSG2, DSP, PKP2,
TMEM43, JUPPoate fi util
Este recomandat
Dilated cardiomyopathy (DCM) LMNA, SCN5AEste recomandat
Este recomandat
Left Ventricular
noncompactation (LVnC)
MYH7, ACTC1, TNNT2, MYBPC3,
LBD3Poate fi util
Este recomandat
Restrictive cardiomyopathy
(RCM)
MYH7, ACTC1, TNNT2, TNNI3, Poate fi luat in considerare
Este recomandat
Sudden Death Survival Clinically guided Este recomandat
Este recomandat
Forensic Analysis in a Sudden
Death CaseRYR2, KCNQ1, KCNH2, SCN5A Este recomandat
Este recomandat
Declaraia de consens a experilor
-
SDS Utilitatea diagnosticului genetic
1. Confirm diagnosticul clinic
2. Confirm prognosticul sau riscul
3. Msuri terapeutice/ Preventive
4. Consiliere genetic a familiei
Identificarea purttorilor asimptomatici
Identificarea membrilor de familie fr mutaii
-
SudD inCode Definiii
Call Rate: procentajul de baze azotate din componencorect citit la o acoperire dat (coverage)
Coverage: numrul de citiri pentru o baz azotatfacut de masina de secveniere (10x, 20x, 30x ...)
Call: citiri care dau acelai rezultat (A-T-C-G): 29 sau 30 la 30 de citiri.
No Call: citire a bazelor care dau acelai rezultat de 28 de ori sau mai putin la 30 de citiri
-
Secventiere Next Generation (Next Generation Sequencing) - NGS
Capacitatea de a analiza toate mutaiile genetice de interes ntr-un singur proces
Metoda Sanger (Gold Standard) analizeaz gencu gen
Mai rapid i mai ieftin dect tehnica Sanger
nalt specificitate i sensibilitate
-
Serviciul de analiz genetic InCode
Call rate: 100% = [NGS 99,8% (30X) + Sanger (2X)]
100% specificitate i sensibilitate
Analizeaz secvenierea genelor n proporie de 100%
Mutaiile constatate sunt confirmate prin Sanger
-
SudD inCode - Paneluri
SudD inCode este oferit ca un panel NGS global sau ca 4 paneluri diferite, n acord cu datele clinice:
-
SudD inCode Selecia genelor
Sunt selectate 55 gene:
Genele recomandate n ghiduri i n consens
(35 gene)
Gene mai putin frecvente, dar a cror cauzalitate a fost demonstrat
Gene care determin apariia unor subtipuri fenotipale
(Alte 20 gene)
ntotdeauna validarea este fcut de echipa de experi InCode, printr-un proces complex i complet.
-
Suspiciune clinic : Soluia SudD inCode recomandatDiagnostic nedefinit
Sincope inexplicabile
Moarte subit inexplicabil
Suspiciune de moarte subit mostenit
Fibrilaie Ventricular Idiopatic (IVF)
Stop cardiac indus medicamentos
SudD Global (55 gene)
Boli aritmogenice
(Daca avei dubii n diagnostic,este recomandat panelul SudD Arrhythmogenic)
Sindrom QT Lung(LQTS) Recomandat:
SudD Arrhythmogenic (25 gene)
Sindrom Brugada (BrS)
Recomandat:
SudD Arrhythmogenic (25 gene)
Alternativ:
SCN5A
Sindrom QT scurt (SQTS) KCNH2, KCNQ1, KCNJ2
Sick Sinus Syndrome
Bradicardie inexplicabila HCN4
Tahicardie polimorfic ventricular catecolaminergic (CPVT)
Aritmii n timpul exerciiilor fizice
Recommended:
SudD Arrhythmogenic (25 gene)
Alternative:
RYR2, CASQ2
Progressive Cardiac Conduction Defect SCN5A, LMNA
SudD Global (55 genes; ACTC1, ACTN2, ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FBN1, GLA, GPD1L, HCN4, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PKP2, PLN, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TGFBR2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)
SudD Arrhythmogenic (25 genes; ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, DES, DSC2, DSG2, DSP, GPD1L, HCN4, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LMNA, PKP2, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, TGFB3, TTN)
-
Suspiciune clinic: Solutia SudD inCode recomandatBoli structurale
Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy (ARVC) Recomandat
SudD Global (55 gene)
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)
Unexplained Cardiac Hypertrophy (UCH)
Recomandat:
SudD Global (55 gene)
Alternativ:
SudD Structural (42 gene)
SudD HCM (25 gene)
Dilated cardiomyopathy (DCM)
Non-compacted cardiomyopathy (adult and neonatal)
Restrictive Cardiomyopathy
Recommended:
SudD Global (55 genes)
Alternative:
SudD Structural (42 genes)
SudD DCM (35 genes)
Alte sindroame asociate:
Marfan Syndrome (MS) FBN1, TGFBR1, TGFBR2 Fabrys Disease (FD) GLA Familial Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections (TAAD) ACTA2, FBN1, TGFBR1, TGFBR2, MYH11 Amyloidosis TTR Glycogen storage disease LAMP2, PRKAG2 Wolff-Parkinson White Syndrome PRKAG2
SudD Global (55 genes; ACTC1, ACTN2, ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FBN1, GLA, GPD1L, HCN4, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PKP2, PLN, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TGFBR2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)
SudD Structural (42 genes; ACTC1, ACTN2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, GLA, JPH2, JUP, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PLN, PKP2, PRKAG2, RYR2, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)
SudD HCM (25 genes; ACTC1, ACTN2, CAV3, CSRP3, GLA, JPH2, LAMP2, LDB3, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PLN, PRKAG2, RYR2, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)
SudD DCM (35 genes; ACTC1, ACTN2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, PKP2, PLN, SCN5A, SGCD, TAZ, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)
-
SudDinCode De unde se ncepe?
30% dintre pacieni au cel puin 2-3 mutaii
Se explic gradele diferite ale patologiilor
Pentru cazurile de probe cu Sanger negativ
Oportunitatea de a demonstra superioritatea NGSO
Patologiile aritmogenice
Mai dificil de identificat prin metodele clinice
-
SudD inCode Specificaii tehnice
Serviciul NGS secveniere de pn la 55 gene implicate n Sindromul morii subite.
Metoda de top, prin citirea de cel puin 30 de ori a fiecarei baze azotate.
Rezultatele patologice sunt de doua ori verificate ulterior prin metoda Sanger (FDA gold standard).
Acoperirea - 100% a ratei de inserie i deleie.
-
SudD inCode Specificaii tehnice
Parametrii Valori (%)
Call rate (coverage 30x) 99,8%
Sensibilitatea diagnosticului (n comparaie cu gold standard, la mai mult de 50 de mutaii prezente)) 100%
Specificitatea(la mai mult de 30.000 de pozitii comparate)) 100%
Repetabilitatea(5 probe per duplicat)) 99,83%
Reproductibilitatea(10 comparaii diferite) 99,80%
Sensibilitatea diagnosticului (>50 mutaii)
100%100% ins./del.
-
Valoarea adaugat de SudD inCode NGS
Detecia mutaiilor rare, a mutaiilor multiple, a inseriilor i deleiilor.
Utilizarea unui algoritm bioinformatic simplu, puternic i eficient.
Orientarea clinic a rezultatelor este dezvoltat de Institutul Brugada.
-
Comitetul tiinific &
Raportarea rezultatelor
-
Comitetul tiinific
Pedro Brugada, MD, PhD Josep Brugada, MD, PhD Ramon Brugada, MD, PhDHeart Rhythm Management Centre of the UZ Brussels, Belgium Medical Director, Hospital Clnic de Barcelona
Clinician, Clnica el Pilar Sant Jordi, Barcelona
Dean of the Medical school, Universitat de Girona
Director Centro de Genetica cardiovascular IDIBGI
Raportul clinic i genetic este scris de cardiologi celebri de la Institutul Brugada, ceea ce face ca acest serviciu s se diferenieze i este o dovad a calitii lui.
-
Raportul: Informaia genetic
-
Raportul: Evaluare & Recomandri
-
Raportul: Evaluarea familial & Recomandri
-
SudD inCode: Cel mai bun serviciu n diagnosticarea Morii subite
Call rate:
100% = [NGS 99,82% (20X) + Sanger (2X)].
Analizeaza 100% din secvena genic
Detecia variantelor rare, a mutaiilor multiple i a inseriilor i a deleiilor.
-
Noile teste genetice pentru Moarte Subit
1. Studiul la nivel genetic al bolilor cardiovasculare va furniza o ntelegere mai bun a nevoilor de design i optimizare a tratamentului personalizat.
2. Capacitatea tehnicilor de secveniere bazate pe metoda Sanger este limitat comparativ cu noua abordare, care este i ea n continu dezvoltare, i care permite o masiv secveniere paralelsau Secventierea Next Generation (NGS).
3. Datorit cantitii i complexitii datelor genetice rezultate ca urmare a ultrasecvenierii, care necesit analize meticuloase de identificare pentru fiecare ramur a medicinei, va fi necesarcrearea centrelor specializate care pot dezvolta activiti de cercetare pentru diferite boli, i care s administreze la scar largdatele obinute i s furnizeze consiliere genetic familiilor.