Análise de expressão gênica em café e cana empregando macroarrays de cDNA Marcelo Menossi -...
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Análise de expressão gênica em café e cana empregando macroarrays de cDNA
Marcelo Menossi - [email protected]
Laboratório de Genoma FuncionalCentro de Biologia Molecular e Engenharia Genética
UNICAMPhttp://ipe.cbmeg.unicamp.br
- Identificar genes com potencial biotecnológico em cana, café e milho
- Plantas submetidas a estresses abióticos (frio, alumínio, deficiência de fósforo); bióticos (ataque patógenos) e acumulação açúcar
- Determinação do perfil das alterações do transcritoma (DNA arrays e bibliotecas de subtração)
- Plantas transgênicas para comprovar aplicação biotecnológica
Foco e estratégia do grupo
resistente x suscetívelao bicho mineiro
café Instituto Agronômico de CampinasMary Sogayar – IQ -USP
alto x baixo teor de sacarosecana
CopersucarBCCC
milhoresistente x sensível
ao alumínioEMBRAPA Sete Lagoas
7 grupos no exterior
Material biológico
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Sonda células controle Sonda células tratadas
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Hibridação
Macroarray A1 Macroarray A2
Detecção do sinal
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Análise do transcritoma com macroarrays
768 ESTs duplicata12 x 8,5 cm
pSPORT1
A BpSPORT1
Expressão gênica em resposta ao frio em cana
Controle 4 oC
Modelo de expressão em resposta ao frio
Próximo passo: membranas Q-bot e chips
verde: raizvermelho: colmo
amarelo: ambosnegro: nenhum
Arranjo com 1500 genes envolvidos natransdução de sinais
6 x 12 cm3072 a 9216 ESTs em duplicata
placas de 96 EST
placas SCUG 384 clones
longest clones
rearranjos sob
demanda
macro e microarrays
Bioinformática: esquema etapas
hibridações
banco de armazenagem e análise dos dados
Bioinformática:
- Ferramentas (scripts) para:
-rearranjo dos clones da cana armazenados no BCCC
-produção de arranjos (Qbot e Molecular Dynamics)
-mapas dos arranjos (macro e micro arrays)
- buscas, etc
-Implementação de banco de dados para armazenar e gerenciar dados de seqüência e de expressão de cana e de outros organismos
• Rearranjo de clones em placas de 96 e 384 wells;
• Seqüências, full lengths, Clustering, BLAST, domínios;
• Interligação com os bancos de expressão gênica;
• No caso, interligação com o site do SUCEST;
Banco de dados de rearranjo de clones
96 wells 384 wells
4x
Banco de dados de rearranjo de clones (longest)
Banco de dados de expressão - BASE
Saal et al., (2002) BioArray Software Environment (BASE): a platform for comprehensive management and analysis of microarray data. Genome Biology 2002 3(8):software0003.1-0003.6
Banco de dados de expressão - BASE
Análise de Dados – Estatística e clusterização
• Modelos estatísticos mais adequados para analisar os dados de arranjos:
– Modelos baseados em análise de variância (ANOVA)
– Modelos baseados em permutações dos dados
• Vantagens:
– Identificam genes cuja expressão é estatisticamente diferenciada entre
tratamentos, sem utilizar critérios arbitrários de seleção (p.e. 2x induzidos)
– Mais robustos para lidar com as flutuações inerentes aos dados de arranjos
– Maior controle sobre falsos positivos/negativos
CBMEG - Unicamphttp://cafe.cbmeg.unicamp.br
Juliana de Maria Felix (Dr.)Rodrigo Drummond (Dr.) Fábio Nogueira (Dr.)Vicente de Rosa Jr. (Dr.)Sandra R. Camargo (Dr.)Jorge Mondego (Dr.)Renato Vicentini (estagiário)Pedro C. Rodrigues Filho (estagiário)Cristiane Rocha (estagiário)
Dr. Paulo ArrudaDr. Marcelo Menossi
BCCC Unesp – Jaboticabal
Dra. Sonia M.Z. di MauroDra. Maria Inês Ferro
Depto de Bioquímica - IQ - USP
Dra. Glaucia M. Souza
Copersucar
Participantes
Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica – Unicamp
Dr. Aluiso S. Pinheiro
Dr. Eugênio C. UlianDr. Willian L. BurnquistDra. Sabrina M. Chabregas
Fim