repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view...

16
KERAGAMAN GENETIK GENERASI 1 SELFING JAGUNG LOKAL TANA TORAJA SULAWESI SELATAN DAN KAROTENOID SYN 3 ASAL CIMMYT BERDASARKAN MARKA MOLEKULER SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) Juhriah 1 , A. Masniawati 1 , Mir Alam 2 1 .Jurusan Biologi FMIPA Universitas Hasanuddin 2 .Fakultas Pertanian Universitas Indonesia Timur Makassar [email protected] [email protected] [email protected] ABSTRAK Kekurangan vitamin A merupakan masalah kesehatan masyarakat di lebih dari setengah dari semua negara, dan sebagian besar negara yang terkena berada di Afrika atau Asia Tenggara. Diperkirakan 250 juta anak-anak prasekolah di dunia memiliki kekurangan vitamin A, dan 250 000-500 000 anak-anak tersebut buta setiap tahun. Salah satu karakter spesifik penting dari jagung berhubungan dengan tingginya kandungan karotenoid. Karotenoid dalam biji jagung bermanfaat dalam meningkatkan kandungan gizi dan dapat dikonversi menjadi vitamin A. Penelitian bertujuan menganalis keragaman genetik generasi 1 selfing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid Syn 3 asal CIMMYT berdasarkan marka molekuler Simple Sequence Repeat (SSR). Sebanyak 28 sampel tanaman jagung yang bersal 3 sumber benih asal Tana Toraja dan CIMMY, dianalisis dengan menggunakan 5 primer Simple Sequence Repeats (SSR) yang dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Penelitian Tanaman Serealia Maros Sulawesi Selatan. Metode ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR) dan elektroforesis mengikuti panduan AMBIONET. Analisis data, kesamaan genetik dan pengelompokan menggunakan program NTSYST. Koefisien kesamaan dihitung menggunakan metode Simple Matching Coefficient (SMC) dan clustering dengan Unweighted Pair Group Aritmathic Analysis (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa koefisien kesamaan genetik berkisar 0,3 sampai 1,0. Lokal Kandora dengan Karotenoid Syn 3 sampel 7 memiliki nilai kesaaan genetik paling kecil sedangkan 5 sampel jagung lokal asal Tana Toraja yaitu Lokal Toraja (LT4 dengan LT7 dan LK1, LT5 dan LT6) memiliki kesamaan genetik yang terbesar. Matriks korelasi bernilai r = 0.72434. Dendrogram menunjukkan bahwa pada derajat kesamaan genetik 0,70 maka 28 sampel jagung tersebut membentuk 4 kelompok 1

Transcript of repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view...

Page 1: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

KERAGAMAN GENETIK GENERASI 1 SELFING JAGUNG LOKAL TANA TORAJA SULAWESI SELATAN DAN KAROTENOID SYN 3

ASAL CIMMYT BERDASARKAN MARKA MOLEKULER SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR)

Juhriah1, A. Masniawati1, Mir Alam2

1.Jurusan Biologi FMIPA Universitas Hasanuddin2.Fakultas Pertanian Universitas Indonesia Timur Makassar

[email protected]@yahoo.com

[email protected]

ABSTRAK

Kekurangan vitamin A merupakan masalah kesehatan masyarakat di lebih dari setengah dari semua negara, dan sebagian besar negara yang terkena berada di Afrika atau Asia Tenggara. Diperkirakan 250 juta anak-anak prasekolah di dunia memiliki kekurangan vitamin A, dan 250 000-500 000 anak-anak tersebut buta setiap tahun. Salah satu karakter spesifik penting dari jagung berhubungan dengan tingginya kandungan karotenoid. Karotenoid dalam biji jagung bermanfaat dalam meningkatkan kandungan gizi dan dapat dikonversi menjadi vitamin A.Penelitian bertujuan menganalis keragaman genetik generasi 1 selfing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid Syn 3 asal CIMMYT berdasarkan marka molekuler Simple Sequence Repeat (SSR). Sebanyak 28 sampel tanaman jagung yang bersal 3 sumber benih asal Tana Toraja dan CIMMY, dianalisis dengan menggunakan 5 primer Simple Sequence Repeats (SSR) yang dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Penelitian Tanaman Serealia Maros Sulawesi Selatan. Metode ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR) dan elektroforesis mengikuti panduan AMBIONET. Analisis data, kesamaan genetik dan pengelompokan menggunakan program NTSYST. Koefisien kesamaan dihitung menggunakan metode Simple Matching Coefficient (SMC) dan clustering dengan Unweighted Pair Group Aritmathic Analysis (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa koefisien kesamaan genetik berkisar 0,3 sampai 1,0. Lokal Kandora dengan Karotenoid Syn 3 sampel 7 memiliki nilai kesaaan genetik paling kecil sedangkan 5 sampel jagung lokal asal Tana Toraja yaitu Lokal Toraja (LT4 dengan LT7 dan LK1, LT5 dan LT6) memiliki kesamaan genetik yang terbesar. Matriks korelasi bernilai r = 0.72434. Dendrogram menunjukkan bahwa pada derajat kesamaan genetik 0,70 maka 28 sampel jagung tersebut membentuk 4 kelompok berdasarkan kesamaan genetiknya yaitu kelompok 1 berisi 18 sampel, kelompok 2 beisi 6 sampel , dan lainnya 2 sampel. Beberapa sampel jagung lokal Tana Toraja dapat digalurkan atau disilangkan dengan jagung CIMMYT untuk membentuk galur jagung provitamin A

Kata kunci ; keragaman genetik, jagung, Tana Toraja Sulawesi Selatan, CIMMYT, Simple Sequence Repeats

1

Page 2: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

GENETIC DIVERSITY OF 1ST GENERATION SELFING LOCAL CORN TANA TORAJA SOUTH SULAWESI AND KAROTENOID SYN 3

FROM CIMMYT BASED ON SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) MOLEKULER MARKER

Juhriah1, A. Masniawati1, Mir Alam2

1.Biologi Departement, FMIPA Hasanuddin University, Makassar2.Agronomy Faculty, Indonesia Timur University Makassar

[email protected]@yahoo.com

[email protected]

ABSTRACTVitamin A deficiency is a public health concern in more than half of all countries, and most of the countries affected are in Africa or south-eastern Asia. An estimated 250 million preschool children in the world have vitamin A deficiency, and 250 000 to 500 000 of such children go blind every year. Of the children who go blind, half die within one year of losing their eyesight. One of the important characters of corn that is associated with specific high content of carotenoids. Carotenoids in corn seed were beneficial in raising community nourishing that can be converted into vitamin A. The research aims to analysis genetic diversity of 1st generation of selfing local corn from Tana Toraja South Sulawesi and Karotenoid Syn 3rd from CIMMYT based on Simple Sequence Repeats markers was carried out. There are 28 th samples from 3 rd seed sources Tana Toraja and CIMMYT were analysis with 5th Simple Sequence Repeats (SSR) primers, at Molecular Laboratory the Indonesian Cereals Research Institute (ICERI) in Maros South Sulawesi. Procedure for DNA extraction, Polymerase Chain Reaction (PCR) and Electrophoresis followed the instruction of AMBIONET. Analysis of data, genetics Similarity and clustering using NTSYST program. The coefficient of similarity with the Simple Matching Coefficient (SMC), and clustering by Unweighted Pair Group Aritmathic Analysis (UPGMA). The results of the research showed genetics coefficient similarity value from 0,3 until 1,0. Lokal Kandora and Karotenoid Syn 3 rd had similarity coefficient value lowers and 5 th individu from Tana Toraja have similarity coeffiecient highest than other. (LT4 with LT7 and LK1, LT5 with LT6). Correlation matriks value r = 0.72434. Dendrogram showed that for distance genetics similarity value 0,7 local corn from Tana Toraja and CIMMYT distributed to 4 group. First group contains 18 samples, second group contains 6 sampels and the other 2 samples. Some local corn samples from Tana Toraja can developing to strain or crossed with CIMMYT corn to form strains provitamin A of corn.

Key word: genetic diversity, corn, Tana Toraja South Sulawesi, CIMMYT, Simple Sequence Repeats

2

Page 3: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

PENDAHULUAN

Sulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk dikembangkan,

salah satunya adalah plasma nutfah jagung lokal dari kabupaten Tana Toraja . Balitsereal Maros

menyimpan 3 nomor aksesi (koleksi) plasma nutfah jagung lokal dari kabupaten tersebut yang

mengandung karetenoid yang tinggi dan memiliki gen Phytoene synthase (PSY 1) seperti yang

terdapat pada jagung asal CYMMYT (Juhriah dkk, 2012a, 2012b). Phytoene synthase (PSy), sebagai

enzim mengendalikan karotenoid endosperm ( Gallagher, Matthews, Li, dan Wurtzel, 2004;. Wong,

Lambert, Wurtzel, Rocheford, 2004;. Pozniak, Knox, Clarke, dan Clarkel, 2007; Li, Vallabhaneni, dan

Wurtzel 2008a, 2008b). PSy1 berperan dalam karotenoid endosperm biji jagung. (Gallagher et al,

2004). Hal ini berarti plasma nutfah jagung dari kabupaten Tana Toraja Sulawesi Selatan berpotensi

untuk dikembangkan menjadi sumber genetik untuk perakitan kultivar/varietas jagung provit A.

Karakter genetik merupakan informasi yang penting untuk diketahui sebelum melakukan persilangan

individu yang akan dijadikan tetua.

Indonesi melalui Balitsereal Maros Sulawesi Selatan sejak tahun 2008 bekerjasama dengan

CIMMYT untuk uji multilokasi, sebelum dirilis sebagai varietas jagung provitamin A (provit A).

Salah satu diantaranya adalah jagung calon varietas Karotenoid syn 3 (Yasin dkk, 2008). Berdasarkan

hasil penelitian Juhriah, dkk. (2012), jagung lokal Sulawesi Selatan memiliki gen yang berperan dalam

pembentukan karotenoid sama seperti yang dimiliki jagung yang benihnya berasal dari CIMMYT.

Gen yang dimaksud adalah Phytoene Synthase 1 (PSY 1) pada level sekitar 300 base pair (pasang

basa). Kandungan karoten total yang dimiliki juga secara statistik tidak berbeda nyata dengan jagung

asal CIMMYT, meskipun kandungan β karoten pada Karotenoid Syn 3 paling tinggi dibanding jagung

lainnya.

Plasma nutfah jagung lokal Sulawesi Selatan sudah beradaftasi dengan baik dengan kondisi

lingkungan di Sulawesi Selatan yang berarti waktu untuk adaftasi lokasi lebih cepat dibanding benih

introduksi.

Untuk menciptakan calon varietas jagung Provit A yang berasal dari material genetik jagung

lokal Sulawesi Selatan ini maka langkah awal telah dilakukan yaitu mengkarakterisasi keragaman

fenotipik jagung lokal asal Sulawesi Selatan termasuk diantaranya dari Kabupaten Tana Toraja , 2

varietas jagung Nasional yaitu Srikandi Kuning 1 dan Lamuru serta 2 calon varietas provit A asal

CIMMY, menganalisis hubungan kekerabatan berdasarkan kesamaan fenotipiknya, mendeteksi gen

karotenoidnya (PSY 1), dan menganalisis kandungan karoten pada biji. Hasilnya adalah plasma nutfah

jagung lokal Sulawesi Selatan berpotensi besar untuk dikembangkan jadi varietas jagung Provit A.

Berdasarkan hal tersebut maka akan dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengetahui

karakter genetik dan hubungan kekerabatan genetik plasma nutfah jagung lokal dari Kabupaten 3

Page 4: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

tana Toraja Sulawesi Selatan dengan menggunakan marka molekuler Simple Sequence Repeats

(SSRs). Penelitian ini bermanfaat untuk pemuliaan dan pengembangan potensi plasma nutfah

jagung kuning lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan sebagai jagung provitamin (provit) A.

Berdasarkan hal tersebut maka akan dilakukan penelitian dengan rumusan masalah sebagai

berikut:

1. Bagaimana keragaman genetik Generasi 1 hasil selfing jagung lokal Tana Toraja

Sulawesi Selatan berdasarkan marka molekuler Simple Sequence Repeats (SSRs)

2. Bagaimana hubungan kekerabatan genetik Generasi 1 hasil selfing jagung lokal tana

Toraja Sulawesi Selatan berdasarkan marka molekuler Simple Sequence Repeats (SSRs)

dengan Karotenoid syn 3 sebagai calon varietas jagung provit A asal CIMMYT

Tujuan Penelitian yaitu:

1. Diperoleh informasi keragaman genetik dan hubungan kekerabatan berdasarkan karakter

genetik antar plasma nutfah jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dengan

Karotenois syn 3 (calon varietas jagung provit A asal CIMMYT).

2. Mendapatkan individu calon induk untuk disilangkan guna pembentukan galur jagung

provit A.

Manfaat Penelitian

1. mempercepat waktu pembentukan varietas jagung provitamin A

2. Mengungkap potensi plasma nutfah jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan sebagai

jagung provitamin A

3. Bermanfaat dalam pemuliaan tanaman jagung khusus provitamin A.

BAHAN DAN METODE

Penelitian dilakukan di laboratorium Biologi Molekuler Balitsereal Maros. Tiga sumber benih

Generasi 1 selfing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan calon varietas jagung provitamin A

Karotenoid Syn 3 asal CIMMYT (tabel 1) yang telah dianalisis kandungan karoten dan deteksi gen

Phytoene Synthase 1 (PSY1) pada penelitian sebelumnya, ditanam di lahan dan setelah berumur 14

hari, sebanyak 7 individu tanaman untuk masing-masing entri dilakukan pemanenan daun untuk

analisis di laboratorium. Metode Ekstraksi DNA, proses Polimerase Chain Reactin (PCR) dan

Elektroforesis mengikuti panduan AMBIONET (2004).

4

Page 5: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Tabel 1. Daftar nama generasi 1 Selfing jagung lokal asal Kabupaten Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid Syn 3 (CIMMYT)

_____________________________________________________________________________

NO ENTRI NAMA ENTRI KODE ASAL

1 Lokal Toraja (narrang) (LT) Narrang Tator Sulawesi Selatan2 Lokal Kandora (LK) Tator Sulawesi Selatan3 Lokal Bebo (LB) Sangalla Tator Sulawesi Selatan4 Karotenoid syn 3 (KS) CIMMYT

____________________________________________________________________________

Tabel 2. Lokus dan Sequence Primer Simple Sequence Repeat (SSR)_________________________________________________________________

No Lokus SSR Bin no Repeat type Primer Sequence1 phi109275 (F) 1.03 AGCT CGGTTCATGCTAGCTCTGC

phi109275 (R) GTTGTGGCTGTGGTGGTG2 umc1196 (F) 10.07 CACACG CGTGCTACTACTGCTACAAAGCGA

umc1196 (R) AGTCGTTCGTGTCTTCCGAAACT 3 phi423796 (F) 6.01 AGATG CACTACTCGATCTGAACCACCA

phi423796 (R) CGCTCTGTGAATTTGCTAGCTC4 Umc1403 (F) 1.03 GCA GTACAACGGAGGCATTCTCAAGTT

Umc1403 (R) TGTACATGGTGGTCTTGTTGAGGT5 Umc1792 (F ) 5.08 CGG CATGGGACAGCAAGAGACACAG

Umc1792 (R) ACCTTCATCACCTGCAACTACGAC

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Tabel 3. Komposisi PCR Mix

No Bahan Volume per reaksi (µl)

12345

Air ultrapure sterilPrimer Mix (F dan R)Go Green Taq Master MixDNAVolume reaksi total

2,250,56.251,010

Tabel 4. Kondisi PCR

Step Reaksi Kondisi

1234567

Denaturasi awalDenaturasiAnnealingPemanjanganPengulangan siklusPemanjangan akhirPenyimpanan

940C selama 2 menit940C selama 30 detik540C selama 1 menit720C selama 1 menitkembali ke step 2, 29 kali720C selama 5 menit40C tidak terhingga

5

Page 6: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Derajat kemiripan genetik antar sampel tanaman jagung dari Kabupaten Tana Toraja

Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dari CIMMYT berdasarkan karakter genetiknya (DNA)

dilakukan analisis berdasarkan koefisien kemiripan (similarity coefficient) dengan menggunakan

metode Simple Matching Coefficient (SMC) dan pengelompokan dengan UPGMA yang terintegrasi

dalam program Numerical Taxonomy and Analysis System versi 2.10 (NTSYS) (Rohlf, 1993).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Penampilan pita DNA dengan menggunakan 5 primer Simple Sequence Repeat (SSR) pada 28 sampel

jagung yang berasal dari 4 entri (sumber benih) menunjukkan adanya variasi baik jumlah maupun

posisi pita DNA yang terbentuk (gambar 1 sampai 5). Gambar 1 menunjukkan dengan primer SSR Phi

423796. Ada 2 sampel dari Lokal Kandora (no 13 dan 14) tidak memiliki pita DNA demikian juga

sampel no 26 salah satu sampel jagung Karotenoid Syn 3 asal CIMMIT. Dua puluh lima sampel

jagung lainnya memiliki 1 sampai 3 pita DNA. Hal ini berarti ada 25 dari 28 sampel tersebut yang

memiliki DNA pada kromosom dengan kode Bin no. 6.01.

Gambar 1: Penampilan pita DNA Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dengan Primer SSR Phi 423796. No 1-7 = jagung lokal Toraja Narrang (LT), no. 8-14 = jagung lokal Kandora, no. 15-21= jagung lokal Bebo, no 22-28= Karotenoid Syn 3 (KS)

Gambar 2 menunjukkan dengan primer SSR Phi 109275 maka muncul 1 sampai 4 pita DNA,

kecuali pada sampel no 26 asal CIMMYT, hal ini berarti hanya sampel 26 tersebut yang tidak

memiliki pita pada kromosom dengan kode Bin no 1.03. Jumlah pita DNA yang muncul dominan

berjumlah 3 atau 4.

6

Page 7: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Gambar 2: Penampilan pita DNA Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dengan Primer SSR Phi 109275. No 1-7 = jagung lokal Toraja Narrang (LT), no. 8-14 = jagung lokal Kandora, no. 15-21= jagung lokal Bebo, no 22-28= Karotenoid Syn 3 (KS)

Gambar 3 menunjukkan bahwa dengan Primer SSR UMC 1196 ada 9 sampel tidak muncul

pita DNA yaitu : 1 sampel Lokal Toraja Narrang (no 2), 5 sampel Lokal Kandora (no 9,10,12 s/d 14),

1 sampel lokal Bebo (no 16), dan 2 sampel Karotenoid syn 3 (no 24 dan 25). Hal ini berarti bahwa 9

sampel tersebut tidak memiliki pita DNA pada kromosom dengan kode Bin no. 10,07. Sembilan belas

sampel lainnya memiliki 1 sampai 3 pita DNA. Tiga sampel tersebut juga tidak ada pita DNA dengan

primer SSR Phi 423796 seperti terlihat pada gambar 1.

Gambar 3: Penampilan pita DNA Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dengan Primer SSR Umc 1196. No 1-7 = jagung lokal Toraja Narrang (LT), no. 8-14 = jagung lokal Kandora, no. 15-21= jagung lokal Bebo, no 22-28= Karotenoid Syn 3 (KS)

7

Page 8: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Gambar 4. Penampilan pita DNA Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dengan Primer SSR Umc 1792. No 1-7 = jagung lokal Toraja Narrang (LT), no. 8-14 = jagung lokal Kandora, no. 15-21= jagung lokal Bebo, no 22-28= Karotenoid Syn 3 (KS)

Gambar 4 menunjukkan bahw dengan primer SSR Umc 1972, ada 3 sampel yaitu no 13 dan

14 (lokal Kandora) dan 1 sampel karotenoid syn 3 (no 26) tidak menunjukkan adanya pita DNA. Hal

ini berarti bahwa ketiga sampel tersebut tidak memiliki DNA pada kromosom dengan kode Bin no

5.08, sedangkan 25 sampel lainnya memiliki 1 sampai 4 pita DNA. Gambar 5 menunjukkan bahwa

dengan primer SSR Umc 1403, maka ada 4 sampel yang tidak memiliki pita DNA yaitu 3 sampel lokal

Kandora (no 10, 12 dan 14) dan satu sampel Karotenoid Syn 3 (no 2 6). Hal ini berarti bahwa keempat

sampel tersebut tidak memiliki pita DNA pada kromosom dengan kode Bin no 1.03.

Gambar 5: Penampilan pita DNA Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja Sulawesi Selatan dan Karotenoid syn 3 dengan Primer SSR Umc 1403 No 1-7 = jagung lokal Toraja Narrang (LT), no. 8-14 = jagung lokal Kandora, no. 15-21= jagung lokal Bebo, no 22-28= Karotenoid Syn 3 (KS)

8

Page 9: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Berdasarkan letak dan jumlah pita DNA, diperoleh matriks kesamaan genetik 28 sampel

jagung tersebut. Hasilnya ditunjukkan pada tabel 4. Tabel 4 menunjukkan bahwa kesamaan gentrik

terkecil adalah 0,3 (dan terbesar 1,0. Lokal Kandora sampel 7 dengan Karotenoid Syn 3 sampel 7

memiliki nilai kesamaan genetik paling kecil sedangkan 5 sampel jagung lokal asal Tana Toraja yaitu

Lokal Toraja (LT4 dengan LT7 dan LK1, LT5 dan LT6) memiliki kesamaan genetik yang terbesar

(1.0) Hal ini berarti bahwa kelima sampel tersebut dengan 5 primer SSR yang digunakan

menunjukkan kesaan pita DNA . Matriks korelasi bernilai r = 0.72434.

Berdasarkan matriks kesamaan tersebut setelah dilakukan pengelompokan diperoleh gambar

tampilan 2 dimensi seperti pada gambar 6 dan dendrogram seperti ditunjukkan pada gambar 7.

Gambar 6 menunjukkan bahwa hampir seluruh sampel asal CIMMYT (karotenoid syn 3)sudah

mengumpul. Dendrogram tersebut menunjukkan bahwa pada derajat kesamaan genetik 0,70 maka 28

sampel jagung tersebut membentuk 4 kelompok berdasarkan kesamaan genetiknya yaitu kelompok 1

berisi 18 sampel, kelompok 2 beisi 6 sampel , dan lainnya 2 sampel.

Gambar 6. Penampilan 2 dimensi keragaman genetik 28 sampel jagung Tana Toraja (Sulawesi Selatan) dan Karotenoid Syn 3 (CIMMYT) berdasarkan 5 primer SSR.

9

Page 10: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

Gambar 7: Dendrogram pengelompokan 28 sampel Generasi 1 sefing jagung lokal Tana Toraja (Sulawesi Selatan) dan Karotenoid syn 3 (CIMMYT) berdasarkan keragaman genetik dengan 5 primer SSR.

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan:

Berdasarkan 5 primer SSR diperoleh kesimpulan bahwa jagung lokal Tana Toraja dan CIMMYT menunjukkan kesamaan genetik berkisar 0,3 sampai 1.0. Diantara jagung Lokal Toraja ada yang memiliki kesaan genetik 1,0 (100 % sama) dengan jagung Karotenoid Syn 3 asal CIMMYT.

Beberapa sampel jagung lokal Tana Toraja dapat digalurkan atau disilangkan dengan jagung CIMMYT untuk membentuk galur jagung provitamin A

Saran

Hendaknya dilakukan penelitian tentang kandungan karoten total dan beta karoten untuk memilih calon induk galur jagung provitamin A.

10

IV

III

II

I

Page 11: repository.unhas.ac.id › bitstream › handle › 123456789 › 11435... · Web view repository.unhas.ac.idSulawesi Selatan memiliki keanekaragaman hayati yang berpotensi untuk

DAFTAR PUSTAKA

AMBIONET (2004). Buku Panduan Laboratorium. Protokol untuk karakterisasi Jagung secara Genotipik Menggunakan Marka SSR serta Analisis Data. AMBIONET service Laboratory. Internationale Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT).c/o IRRI DAPO Box 7777, Metro Manila Philippines. www.cimmyt.org/ambionet

Gallagher CE, Matthews PD, Li F, Wurtzel ET (2004). Gene duplication in the carotenoid biosynthetic pathway preceded evolution of the grasses (Poaceae). Plant Physiol 135: 1776–1783

Juhriah, Baharuddin, Musa, Y., Pabendon, M.B., dan Masniawati (2012a). Deteksi gen Phytoene Synthase 1 (PSY 1) dan karoten plasma nutfah jagung lokal Sulawesi Selatan untuk seleksi jagung khusus provitamin A. J. Agrivigor: Vol 11 (2), Fakultas Pertanian Universitas Hasanuddin, Makassar.

Juhriah, Baharuddin, Y. Musa, M.B.Pabendon, (2012b). Keragaman Fenotipik, Kandungan Karoten dan Deteksi Gen Phytoene Synthase 1 (PSY1) Plasma Nutfah Jagung Lokal Sulawesi untuk Seleksi Jagung Provit A. Disertasi. Pascasarjana Universitas Hasanuddin, Makassar.

Li F, Vallabhaneni R, Yu J, Rocheford T, Wurtzel ET (2008b) The maize phytoene synthase gene family: overlapping roles for carotenogenesis in endosperm, photomorphogenesis, and thermal stress-tolerance. Plant Physiol 147: 1334–1346

Li F, Vallabhaneni R, Wurtzel ET (2008a) PSY3, a new member of the phytoene synthase gene family conserved in the Poaceae and regulator of abiotic-stress-induced root carotenogenesis. Plant Physiol 146: 1333–1345

Pozniak CJ, Knox RE, Clarke FR, Clarke JM (2007) Identification of QTL and association of a phytoene synthase gene with endosperm colour in durum wheat. Theor Appl Genet 114: 525–537

Rohlf, F.J. 1992. NTSYS-pc. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Version 2.02. Applied Biostatistic Inc., New York.

Wong JC, Lambert RJ, Wurtzel ET, Rocheford TR (2004) QTL and candidate genes phytoene synthase and zetacarotene desaturase associated with the accumulation of carotenoids in maize. Theor Appl Genet 108: 349–359

Yasin, H.G., 2008. Pembentukan dan Pemurnian Jagung Khusus Provit-A. Laporan Akhir RPTP 2008. Balai penelitian Tanaman Serealia (BALITSEREAL) Maros.

11