1414

החלבון הוא קופולימר של חומצות אמיניות

RR

NHNH33- C - COO- C - COO

H H

RR משתנה ולכן קיימים מגוון של חומצות אמינו משתנה ולכן קיימים מגוון של חומצות אמינו

..2020 מספר סוגי חומצות אמינו בטבע הוא מספר סוגי חומצות אמינו בטבע הוא

1515

שווי משקל בסיס - חומצה

HAHA(aq)(aq) + H + H22OO(l)(l) <--> H <--> H33O+O+(aq)(aq)+ A+ A--(aq)(aq)

KKa a ==[H[H33OO(aq)(aq)++ ] [A] [A--

(aq)(aq)]]

[HA[HA(aq)(aq)]]

pKpKaa = -log K = -log Kaa

--AAיוני הידרוניום יוני הידרוניום שווה לריכוז שווה לריכוז KKaaכאשר כאשר (aq)(aq)] = [HA] = [HA(aq(aq)])][[

1616

HAHA(aq)(aq) + H + H22OO(l)(l) <--> H <--> H33O+O+(aq)(aq)+ A+ A--(aq)(aq)

HAHA(aq)(aq) רוב החלקיקים במערכת הם רוב החלקיקים במערכת הם חומצי חומצי pHpHב- ב-

))aqaq(( ׂ ׂ רוב החלקיקים במערכת הם רוב החלקיקים במערכת הםבסיסי בסיסי pHpHב- ב- --AA

--HAHA(aq)(aq)] = [] = [AA גם [ גם [ pH= pKpH= pKaaכאשר כאשר (aq)(aq) [ [

1717

שווי משקל חומצה - בסיס

BB(aq)(aq) + H + H22OO(l)(l) <--> BH <--> BH++ (aq) (aq) + OH+ OH--(aq)(aq)

KKb =b =[BH+[BH+(aq)(aq)] [OH-] [OH-(aq)(aq)]]

[B[B(aq)(aq)]]

pKpKb b = - log K= - log Kbb

++BHBH שווה לריכוז יוני ההידרוכסיד גם [ שווה לריכוז יוני ההידרוכסיד גם [KKbbכאשר כאשר (aq)(aq) = [ = [

]]BB(aq(aq [[1818

BHBH++(aq) (aq) + H+ H22OO(l)(l) <--> B <--> B(aq)(aq) + H + H33OO

++BHBH נמוך רוב החלקיקים במערכת הם בצורה נמוך רוב החלקיקים במערכת הם בצורה pHpHב- ב- (aq)(aq)

BB(aq)(aq) גבוה רוב החלקיקים במערכת הם בצורה גבוה רוב החלקיקים במערכת הם בצורה pHpHב- ב-

++BHBHגם [גם [ pH=pKpH=pKaaכאשר כאשר (aq)(aq)]= []= [BB[[

1/21/2המטען הממוצע יהיה +המטען הממוצע יהיה +

1919

+NH3-CHR-COO-(s) + OH- NH2 -CHR-COO-

(aq)+ H2O(l)

הומצה אמיניתהומצה אמינית בסביבה חומצית היא יון חיוביבסביבה חומצית היא יון חיובי

בסביבה בסיסית היא יון שליליבסביבה בסיסית היא יון שלילי

+NH3-CHR-COO-(s) + H3O+ +NH3-CHR-COOH(aq)+ H2O(l)(

2020

השתנות המטען של הקבוצות השונות pHעם שנוי ה-

pH>pK pH=pK pH<pK

-1 -0 .5 0 -COOH

0 +0 .5 +1 NH3+

2121

השתנות המטען נטו של החומצה pHהאמינית עם שנוי

pH>pI pH=pI pH<pI pH

שלילי חיובי 0 מטעןנטו

2222

pIהנקודה האיזואלקטרית pIהנקודה האיזואלקטרית

של התמיסה שבו המטען הנטו של החומצה האמינית pHזה ה- שווה לאפס.

pI -אמצע הדרך” בין ה“ pH לבין 0.5 שבו המטען נטו היא +

-0.5 שבו המטען נטו הוא pHה-

2323

מיון חומצות אמיניות על פי קבוצת R

פחמימנית שאינה R. חומצות אמיניות עם קבוצה צדדית 1נושאת מטען חשמלי

Ala Ile Leu Met Phe Pro Val Cys Tyr Trp

. חומצות אמיניות עם קבוצה צדדית קוטבית שאינה 2נושאת מטען חשמלי אך יכולה ליצור קשרי עם מים.

Asn Gln Ser Thr His Tyr

2424

. חומצות אמיניות עם קבוצה צדדית שיכולה לשאת מטען3

א. חיובי ב. שלילי

Asp Glu Cys Tyr Lys Arg Hys

2525

מיון חומצות אמיניות ע”פ הקוטביות Rשל

. חומצות אמיניות בסיסיות (טעונות חיובית בתמיסה 1מימית )

Lys Arg His

חומצות אמיניות חומציות (טעונות שלילית בתמיסה מימית . 2.( Asp Glu Cys

חומצות אמיניות קוטביות (אינן טעונות בתמיסה . 3מימית )

Asn Gln Tyr Ser His Thr

2626

. חומצות אמיניות הידרופוביות4

Ile Ala Gly Val Trp Leu Met

Cys Phe Pro Tyr

2727

חישוב מטען נטו של פפטיד

. קביעת המטען-נטו לכל קבוצה שנושאת מטען1

. סכום מטען נטו של כל הקבוצות הנושאות מטען שמרכיבות 2את הפפטיד

הנחות

של הקבוצה הפעילה (הנושאת מטען) בשרשרת pKa. ה-א של אותה קבוצה בחומצה האמינית pKaהצדדית שווה ל-

.הבודדת 3.5 בערך C בקצה COOH של קבוצת -pKaה- ב.

8 בערך Nבקצה NH3 של קבוצת pKaה-

2828

דוגמא לחישוב מטען-נטו של פפטידAsp-His-Arg-Glu-Asp

8 4.25 12.5 6.5 3.9 3.5 pKa

Asp- His - Arg - Glu -Ala

CN

2929

200+1+10+1+3

4-1-1+1-10+1+1

6-1-1+1+1-1+10

7-1-10+1-1+1-1

8-1-10+1-1+1/2-1.5

10-1-10+1-10-2

12-1-10+1-10-2

pHpHמטען נטומטען נטו

חישוב מטען - נטו

Ala - Glu - Arg - His - Asp

3030

פפטיד מטען אופיני התלוי : פפטיד מטען אופיני התלוי :לכללכל

א. בהרכבו (הרכב החומצות האמיניות בו )א. בהרכבו (הרכב החומצות האמיניות בו )

של התמיסה בה מצוי הפפטיד של התמיסה בה מצוי הפפטידpHpHב. ב-ב. ב-

pHpH התמיסה בה מצוי הפפטיד משפיע על מסיסות התמיסה בה מצוי הפפטיד משפיע על מסיסות הפפטידהפפטיד

המסיסות היא הנמוכה ביותר המסיסות היא הנמוכה ביותרpIpIב- ב-

3131

אלקטרופורזהאלקטרופורזהשיטה להפרדה בין מולקולות נושאות מטען על פי קצב נדידה שווה שיטה להפרדה בין מולקולות נושאות מטען על פי קצב נדידה שווה

בשדה חשמליבשדה חשמלי

ניתן להפריד בין :ניתן להפריד בין :

חומצות אמיניות שונותחומצות אמיניות שונות

חלבונים שונים חלבונים שונים

3232

הפרדה ע”י אלקטרופורזההפרדה ע”י אלקטרופורזה

++ --

1414 00

pHpH

האלקטרופורזה מתבצעת על ניר או על ג’ל כאשר נתון.pHהנוזל המריץ הוא תמיסת בופר בעל

מרחק הנדידה תלוי בגודל המטעןמרחק הנדידה תלוי בגודל המטען3333