2019-09-23 - SLU.SE

Postadress: Box 7070, 750 07 UPPSALA Tel: 018-67 10 00 (vx) Besöksadress: Almas allé 8 Mobilnr: 072-2327574 Org nr: 202100-2817 www.slu.se

[email protected]

Ledningskansliet Maria Lindfors

REKTORS BESLUT (REB) BESLUTSLISTA §§ 162-165

2019-09-23

Närvarande: Maria Knutson Wedel Rektor Martin Melkersson Universitetsdirektör Maria Lindfors Sekreterare

§162/19

Intyg om SLU:s värdskap för programmet Mistra Future Food Rektor beslutar att fastställa stödbrev till ansökan, i första steget, om mistraprogrammet Future Food, med intygan om SLU:s åtagande som programvärd Föredragande: Ulf Westerlund

SLU ua 2019.4.1-3586

§163/19

Utförande och finansiering av uppdrag om landsbygdsutveckling enligt ändring av regleringsbrev N2019/02587/SMF Rektor beslutar att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att ansvara för genomförandet av det ettåriga uppdraget från regeringen om landsbygdsforskning enligt ändring av regleringsbrev den 5 september 2019 (N2019/02587/SMF), att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att tillsätta en referensgrupp för uppdragets genomförande, med ledamöter från NJ-, LTV, respektive S-fakulteterna och där LTV- respektive S-fakultetens dekan vardera föreslår 1-2 ledamöter, att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att till ledningsrådet senast den 14 oktober 2019 rapportera fakultetens plan för genomförandet i relation till regeringens uppdrag, samt

SLU ua 2019.1.1.1-3644

2/2

att 4 mnkr överförs från statsanslaget efter förbrukning till NJ-fakulteten (kst 8940000, prj 6800) för detta ändamål. Föredragande: Pär Aronsson

§164/19

Uppdrag att utvärdera Nationellt Centrum för Djurvälfärd och det Vetenskapliga rådet för djurskydd Rektor beslutar att uppdra till länsveterinär Torsten Jakobsson att genomföra en utvärdering av Nationellt Centrum för Djurvälfärd (2008-2019) och dess verksamhet för att stärka djurskydd och djurvälfärd och det Vetenskapliga rådet för djurskydd (2017-2019) och dess genomförda verksamheter att uppdra åt professor Kristina Dahlborn, tidigare dekan vid VH-fakulteten, att vara sekreterare i detta utvärderingsarbete att uppdraget ska slutföras och redovisas skriftligt till rektor och dekan för VH fakulteten senast den 15 januari 2020 att uppdragets omfattning motsvarar en månads arbetstid för utredaren, samt att arvoden och övriga kostnader under utvärderingen belastar VH-fakulteten Föredragande: Magnus Rosenquist

SLU ua 2019.1.1.2-3659

§165/19

Konsortialavtal för den nationella forskningsinfrastrukturen NBIS, Nationell Bioinformatikinfrastruktur, version 2.0 Rektor beslutar att underteckna ny version av avtalet. Föredragande: Boel Åström Beslut fattat av rektor den 19 september 2019.

SLU ua 2019.2.6-4050

Postadress: Postadress Tel: 018-67 10 00 (vx) Besöksadress: Besöksadress Mobilnr: XXX-XXX Org nr: 202100-2817 [email protected] www.slu.se

Rektor

BESLUT SLU ID: SLU.ua.2019.4.1-3586

2019-09-23

Intyg om SLU:s värdskap för programmet Mistra Future Food

Beslut Rektor beslutar att fastställa stödbrev till ansökan, i första steget, om mistraprogrammet Future Food, med intygan om SLU:s åtagande som programvärd.

Redogörelse för ärendet SLU koordinerar en ansökan som svarar mot Mistras utlysning ”Livsmedelsförsörjning och hållbara livsmedelssystem”. Arbetet leds av Professor Helena Hansson, Institutionen för ekonomi samt Professor Per-Anders Hansson, Institutionen för energi och teknik. Övriga akademiska partners är Stockholms universitet genom Stockholm Resilience Centre (SRC) samt Research Institutes of Sweden (RISE). Till programmet har även Folkhälsomyndigheten, Jordbruksverket, Livsmedelsverket samt ett antal företag inom livsmedelssektorn knutits. Mistra finansierar 80% av programmets budget (64 Mkr), övriga 16 Mkr (4 Mkr/år) finansieras av programmets deltagare. Enligt bilagda intyg från SRC och RISE är deras sammanlagda medfinansiering 7 Mkr fördelat över 4 år. Till detta kommer medfinansiering från företag och myndigheter, vår uppskattning är att den summan kommer motsvara 4 Mkr. Ansökan gäller för 4 år, därefter sker en utvärdering från Mistra och en förlängning på ytterligare 4 år är möjlig.

Motiv till beslutet SLUs ledning har tidigare kommit fram till att SLU ska koordinera en ansökan som svarar mot Mistras utlysning ” Livsmedelsförsörjning och hållbara livsmedelssystem” och därmed agera programvärd för ett eventuellt framtida program, här kallat Mistra Future Food. Utlysningens inriktning och programförslagets innehåll svarar väl mot SLUs verksamhetsinriktning.

Intyg om SLU:s värdskap för programmet Mistra Future Food

2/2

Beslutets innebörd och bedömda konsekvenser Om programmet beviljas så är bedömningen att SLU behöver medfinansiera det med ungefär 4,36 – 4,75 Mkr per år under programmets första fas, enligt SLUs riktlinjer för medfinansiering. Den slutgiltiga medfinansieringen är beroende av den slutgiltiga programbudgeten och medfinansiering från företag/myndigheter, vilket fastställs i ansökans eventuella steg 2.

Beslut i detta ärende har fattats av rektor Maria Knutson Wedel efter föredragning av forskningskoordinator Ulf Westerlund och i närvaro av universitetsdirektör Martin Melkersson. I beredningen av ärendet har även forskningssekreterare Niklas Nordquist deltagit.

Maria Knutson Wedel

Ulf Westerlund

Sändlista Professor Helena Hansson, Institutionen för ekonomi Professor Per-Anders Hansson, Institutionen för energi och teknik Carl Johan Lagerkvist, Prefekt vid institutionen för ekonomi Björn Vinnerås, Prefekt vid institutionen för energi och teknik Ann-Sofie Wahlström, programchef för SLU Framtidens mat Håkan Schroeder, dekan vid fakulteten för landskapsarkitektur, trädgårds- och växtproduktionsvetenskap Torleif Härd, dekan vid fakulteten för naturresurser och jordbruksvetenskap Göran Ståhl, dekan vid fakulteten för skogsvetenskap Rauni Niskanen, dekan vid fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap Erik Fahlbeck, vicerektor samverkan Niklas Nordquist, forskningssekreterare vid planeringsavdelningen

Kopia för kännedom Forskningssekreterare vid fakulteten för landskapsarkitektur, trädgårds- och växtproduktionsvetenskap Forskningssekreterare vid fakulteten för skogsvetenskap Forskningssekreterare vid fakulteten för naturresurser och jordbruksvetenskap Forskningssekreterare vid fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap

Postadress: Box 7070 Besöksadress: Almas allé 8 Org nr: 202100-2817 www.slu.se

Rektor BESLUT SLU ID: SLU.ua 2019.1.1.1-3644

2019-09-23 Sändlista

Utförande och finansiering av uppdrag om landsbygdsutveckling enligt ändring av regleringsbrev N2019/02587/SMF

Beslut Rektor beslutar att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att ansvara för genomförandet av det ettåriga uppdraget från regeringen om landsbygdsforskning enligt ändring av regleringsbrev den 5 september 2019 (N2019/02587/SMF),

att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att tillsätta en referensgrupp för uppdragets genomförande, med ledamöter från NJ-, LTV, respektive S-fakulteterna och där LTV- respektive S-fakultetens dekan vardera föreslår 1-2 ledamöter,

att uppdra åt NJ-fakultetens dekan att till ledningsrådet senast den 14 oktober 2019 rapportera fakultetens plan för genomförandet i relation till regeringens uppdrag, samt

att 4 mnkr överförs från statsanslaget efter förbrukning till NJ-fakulteten (kst 8940000, prj 6800) för detta ändamål.

Redogörelse för ärendet Regeringen har den 5 september utfört en ändring av regleringsbrevet (N2019/02587/SMF, ID SLU.ua 2019.1.1.1-3644), där ett nytt mål lagts in. Gällande forskningen inom landsbygdsutveckling och regional utveckling ska SLU redovisa hur samverkan och samordning med universitet, högskolor och andra aktörer skett. SLU ska även redovisa vad den samverkan och samordningen har lett till. I villkoren 1:23 anges att 4 mnkr för 2019 ska användas för att stärka forskningen kring landsbygderna genom förbättrad samordning och samverkan mellan de aktörer som bedriver forskning inom landsbygdsutveckling och regional utveckling.

Utförande och finansiering av uppdrag om landsbygdsutveckling enligt ändring av regleringsbrev N2019/02587/SMF

2/2

Beslut i detta ärende har fattats av rektor Maria Knutson Wedel efter föredragning av Pär Aronsson och i närvaro av universitetsdirektör Martin Melkersson. I beredningen av ärendet har vicerektor Erik Fahlbeck och samverkanskoordinator Mariette Manktelow deltagit.

Sändlista Vicerektor för samverkan Dekanerna Fakultetsdirektörer Samverkanskoordinator

Kopia för kännedom Vicerektor för samverkan Universitetsdirektören Utbildningsnämnden Internrevisionen Chefen för planeringsavdelningen Ekonomichefen Redovisningsenheten

Maria Knutson Wedel

Pär Aronsson

Postadress: Box 7087 Tel: 018-67 10 00 (vx) Besöksadress: Almas allé 8 Org nr: 202100-2817 www.slu.se

Rektor

BESLUT SLU ID: SLU ua 2019.1.1.2-3659

2019-09-23 Exp:

Sändlista

Uppdrag att utvärdera Nationellt Centrum för Djurvälfärd och det Vetenskapliga rådet för djurskydd.

Beslut Rektor beslutar att uppdra till länsveterinär Torsten Jakobsson att genomföra en utvärdering av Nationellt Centrum för Djurvälfärd (2008-2019) och dess verksamhet för att stärka djurskydd och djurvälfärd och det Vetenskapliga rådet för djurskydd (2017-2019) och dess genomförda verksamheter

att uppdra åt professor Kristina Dahlborn, tidigare dekan vid VH-fakulteten, att vara sekreterare i detta utvärderingsarbete

att uppdraget ska slutföras och redovisas skriftligt till rektor och dekan för VH fakulteten senast den 15 januari 2020

att uppdragets omfattning motsvarar en månads arbetstid för utredaren, samt

att arvoden och övriga kostnader under utvärderingen belastar VH-fakulteten.

Ärendet Nationellt Centrum för Djurvälfärd (SCAW) verkar för att stärka djurskydd och djurvälfärd för produktionsdjur, försöksdjur och i förekommande fall även andra djur som omfattas av djurskyddslagen (1988:534, 2018:1192). Det Vetenskapliga Rådet för Djurskydd (VRD) har i uppdrag att vara en riskvärderande instans gällande djurskydd för i första hand produktionsdjur.

Tidigare fanns Djurskyddsmyndigheten som var en svensk statlig myndighet (2004-2007) med uppdrag att vara central behörig myndighet för djurskyddet, ett ansvar som vid nedläggningen övergick till Jordbruksverket. Vidare hade myndigheten haft i uppgift att vägleda lokala och regionala tillsynsmyndigheter i deras arbete, stödja forskning och informera allmänhet, media och andra myndigheter om djurskydd.

I regleringsbrevet till SLU 2008 anges för första gången att minst 5 000 000 kronor av SLUs anslag ska användas för projekt avseende djurskyddsforskning. I nuvarande regleringsbrev är lydelsen: ”Av anslaget ska minst 5 000 000 kr avsättas för arbete med djurskyddsfrågor nationellt, inom EU och internationellt”.

https://sv.wikipedia.org/wiki/Sverige

https://sv.wikipedia.org/wiki/Myndighet

https://sv.wikipedia.org/wiki/Djurskydd

https://sv.wikipedia.org/wiki/Jordbruksverket


2/3

SLU startade upp SCAW 2008 med följande tre ansvarsområden:

• SCAW arrangerar fortbildning och kurser inom djurskydd och djurvälfärd • SCAW främjar forskning inom djurskydd och djurvälfärd • SCAW fyller en expertfunktion inom djurskydd och djurvälfärd

Enligt EU:s förordning om djurskydd vid slakt och annan avlivning ska samtliga medlemsstater utse en så kallad ”nationell kontaktpunkt” som ska fungera som ett oberoende vetenskapligt stöd och ett expertnätverk, kring frågor om djurskydd på slakterier och vid andra former av avlivning. Regeringen har beslutat att Nationellt Centrum för Djurvälfärd (SCAW) vid SLU ska vara Sveriges kontaktpunkt för slakt och annan avlivning.

Nationellt centrum för djurvälfärd (SCAW), är av regeringen utsedd att vara nationella kontaktpunkten för PARERE (Preliminary Assessment of REgulatory RElevance) i enlighet med Direktiv 2010/63/EU från den 22 september 2010.

Vid generalförsamlingen i Paris den 31 maj 2019, antog OIE (World Organisation for Animal Health), världsorganisationen för djurhälsa, Sveriges och Italiens ansökan om att få bilda ett gemensamt OIE-samverkande centrum för djurskydd och djurvälfärd. Nationellt centrum för djurvälfärd (SCAW) bildar tillsammans med Italiens motsvarighet, IZSAM, ett gemensamt OIE samverkande centrum för djurskydd/djurvälfärd.

I regeringsbeslut (N2017/02366/SUN) fick SLU uppdraget att inrätta ett Vetenskapligt råd för djurskydd (VRD). Medel tillfördes SLU (totalt 4 miljoner kronor) under en treårsperiod (2017-2019) för att initialt bygga upp ett långsiktigt hållbart vetenskapligt råd. Det vetenskapliga rådet ska ha till huvudsaklig uppgift att vara ett stöd i föreskriftsarbetet på djurskyddsområdet. Vetenskapliga rådet ska utgöra en riskvärderande instans vad gäller djurskydd och identifiera, sammanställa och utvärdera vetenskaplig forskning om djurskydd och därtill angränsande frågor, som produktionsekonomi och arbetsmiljö, på uppdrag av t.ex. Jordbruksverket. Även andra myndigheter ska vid behov kunna anlita det vetenskapliga rådet. Rådet består av en ordförande och ett antal fasta ledamöter. Detta uppdrag ska slutrapporteras till regeringen senast 28 februari 2020.

Det finns idag delvis överlapp gällande VRD:s uppdrag och SCAW:s uppdrag att utgöra en expertfunktion inom djurskydd och djurvälfärd, även om inriktningarna och uppdragen är tydligt åtskilda.

Mål med utvärderingen:

• Utvärdera SCAW:s 10-åriga verksamhet beträffande uppfyllande av uppdrag (inkl. PARERE, NCP slakt) och VRD:s treåriga verksamhet gentemot avnämare.

• Ge förslag på vilka verksamheter som bör behållas, utvecklas, eller eventuellt avvecklas inom SCAW.

• Utvärdera VRD så att rapporten kan utgöra underlag för återrapportering till regeringen.

• Utvärdera behov av personal och resurser för att bibehålla och utveckla verksamheten inom SCAW och VRD, i relation till befintlig finansiering.


3/3

• Utvärdera om verksamheterna bör samordnas i en ny organisationsform inom gällande ramar för tilldelade medel för dessa två uppdrag och vilka möjligheter som finns till effektivisering.

• Utreda om utförda uppdrag i en större utsträckning bör vara finansierade av beställande myndigheter och organisationer.

• Uppdraget bör genomföras genom att granska årsredovisningar, rapporter, genomförda utbildningar och seminarier, levererade yttranden samt genom intervjuer av nuvarande och tidigare styrgruppsmedlemmar, medarbetare och avnämare (myndigheter, branschorganisationer och relevanta djurskyddsföreningar).

Utvärderare Torsten Jakobsson (1955) är veterinär, som tidigare har varit chef på JV (bl.a. för 3R-centret) och ställföreträdande generaldirektör för Djurskyddsmyndigheten. Han är idag länsveterinär i Östergötland. Han har stor insikt i myndigheternas djurskyddsarbete på olika nivåer.

Beslut i detta ärende har fattats av rektor Maria Knutson Wedel i närvaro av universitetsdirektör Martin Melkerson efter föredragning av fakultetsdirektör Magnus Rosenquist.

Maria Knutson Wedel

Magnus Rosenquist

Sändlista Torsten Jakobsson Kristina Dahlborn SCAW:s föreståndare Ordförande i Vetenskapligt råd för djurskydd (VRD)

Kopia för kännedom Dekanerna Universitetsdirektören SLU:s koordinator för försöksdjursfrågor Prefekter vid VH:s institutioner VH-kansliet

https://blogg.slu.se/rektor/author/prorektorkh/

Konsortialavtal

för den nationella forskningsinfrastrukturen NBIS Nationell Bioinformatikinfrastruktur Sverige

National Bioinformatics Infrastructure Sweden

2019-09-05 version 2.0 1. Parter ................................................................................................................................. 2

2. Bakgrund ........................................................................................................................... 2

3. Medverkan i internationella infrastrukturer eller organisationer ...................................... 3

4. Organisation ...................................................................................................................... 3

5. Styrdokument .................................................................................................................... 7

6. Verksamhet ....................................................................................................................... 8

7. Personal ............................................................................................................................. 9

8. Finansiering ...................................................................................................................... 9

9. Användaravgifter ............................................................................................................ 10

10. Publikationer ................................................................................................................... 10

11. Ansvar ............................................................................................................................. 10

12. Personuppgiftsbiträdes- och personuppgiftsunderbiträdesavtal ..................................... 11

13. Rättigheter till bakgrundsinformation, Samverkansresultat och Forskningsresultat ...... 11

14. Avtalstid .......................................................................................................................... 12

15. Ändringar och tillägg ...................................................................................................... 12

16. Ytterligare Parter ............................................................................................................. 13

17. Avtalets innehåll ............................................................................................................. 13

18. Tvist ................................................................................................................................ 13

2019-09-05 Konsortialavtal för NBIS version 2.0 2

1. Parter Detta konsortialavtal ingås mellan följande parter

1. Uppsala universitet, org.nr. 202100-2932 (UU) som är värdorganisation för Nationell Bioinformatikinfrastruktur Sverige (NBIS)

och

2. Chalmers tekniska högskola AB, org.nr. 556479-5598 (Chalmers), Göteborg 3. Göteborgs universitet, org.nr. 202100-3153 (GU), Göteborg 4. Karolinska Institutet, org.nr. 202100-2973 (KI), Stockholm 5. Kungliga tekniska högskolan, org.nr. 202100-3054 (KTH), Stockholm 6. Linköpings universitet, org.nr. 202100-3096 (LiU), Linköping 7. Lunds universitet, org.nr. 202100-3211 (LU), Lund 8. Naturhistoriska riksmuseet, org.nr. 202100-1124 (NRM), Stockholm 9. Stockholms universitet, org.nr. 202100-3062 (SU), Stockholm 10. Sveriges lantbruksuniversitet, org.nr. 202100-2817 (SLU), Uppsala 11. Umeå universitet, org.nr. 202100-2874 (UmU), Umeå

Parterna benämns nedan var för sig “Part” eller gemensamt “Parterna”.

2. Bakgrund 2.1 Parterna är överens om att samverka kring NBIS, som en distribuerad nationell

forskningsinfrastruktur uppbyggd av ett antal noder vid flertalet eller alla Parter.

2.2 Den nationella forskningsinfrastrukturen NBIS ska tillhandahålla avancerat användarstöd inom bioinformatik för forskare. NBIS utgör Bioinformatikplattformen vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

Infrastrukturen ska vara öppet tillgänglig för akademiska användare där tillgång till infrastrukturen beviljas genom en transparent process baserad på vetenskaplig excellens, samt att användarna ska erhålla adekvat stöd för att nyttja infrastrukturen.

Kommersiella användare eller uppdragsforskning som nyttjar infrastrukturen kan göra så i mån av plats och i så fall till full kostnadstäckning.

2.3 Vetenskapsrådet är en viktig finansiär av NBIS och de vid var tid gällande villkor som Vetenskapsrådet och Uppsala universitet har träffat överenskommelse kring är vid undertecknandet av detta avtal:

• ”Generella villkor för bidrag till forskning eller forskningsstödjande verksamhet från Vetenskapsrådet 2018”, Bilaga 1.

• ”Särskilda villkor för bidrag till infrastruktur av nationellt intresse avseende – Nationell Bioinformatik Infrastruktur Sverige (NBIS), Bilaga 2.

samt


• Ansökan om ”Nationell BioinformatikInfrastruktur Sverige (NBIS) och svensk nod i Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information)” som Uppsala universitet i samråd med övriga Parter tagit fram under våren 2017 och som sänts in till Vetenskapsrådet som underlag för rådets beslut om tilldelning av medel för NBIS under perioden 2018–2020, Bilaga 3.

• Parternas medfinansiering av NBIS, beslutad årligen av Stämman, Bilaga 4.

3. Medverkan i internationella infrastrukturer eller organisationer

3.1 NBIS utgör den svenska noden i Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information). Såsom Värdorganisation för NBIS har Uppsala universitet mandat att representera konsortiet och teckna avtal med Elixir inom ramen för Strategisk plan, Verksamhetsplan och av Stämman beslutad medfinansiering. Elixir collaboration agreement template, Bilaga 5.

3.2 NBIS utgör den svenska noden i ISBE (Infrastructure for Systems Biology in Europe). Såsom Värdorganisation för NBIS har Uppsala universitet mandat att representera konsortiet och teckna avtal med ISBE inom ramen för Strategisk plan, Verksamhetsplan och av Stämman beslutad medfinansiering.

4. Organisation 4.1 NBISs stämma

För NBIS ska det finnas en Stämma. Stämman är NBISs högsta beslutande organ. Stämman utgörs av en representant från respektive Part, totalt elva (11) ledamöter. Part åtar sig att närvara vid Stämman genom behörig representant eller ombud, genom delegation eller fullmakt från rektor, myndighetschef eller motsvarande. Som Stämmodeltagare bör Part utse annan än styrgruppsledamot. Stämmans ordförande är Värdorganisationens representant. Ordförande i Styrgruppen och Föreståndaren är adjungerade vid Stämman.

Stämman har till uppgift att:

a) till Värdorganisationen lämna förslag på ledamöter till Styrgruppen (Riktlinjer för tillsättning av Styrgrupp) samt, vid behov, förslag till Värdorganisationen om avsättning av ledamot

b) utse medlemmar i Referensgruppen (Riktlinjer för tillsättning av Referensgrupp) c) årligen besluta om NBISs Strategiska plan d) årligen fastställa NBISs Verksamhetsberättelse, inkluderande verksamhetens

ekonomiska utfall e) besluta om budgetram för Parternas enligt 8.2 beslutade medfinansiering av NBIS

för kommande kalenderår. Fördelningen mellan Parternas kontantbidrag bifogas Konsortialavtalet som Bilaga 4


f) besluta om annat ärende som har upptagits i föredragningslistan eller framställts av Styrgruppen eller Part

g) besluta om tillträde för ny Part till NBIS h) besluta om uteslutning av Part i) besluta om upphörande av NBIS.

Stämman ska ha minst ett ordinarie möte per år. Vid behov, eller om Part eller Styrgrupp begär, kan Värdorganisationen kalla till extra stämma.

Stämman är beslutsför när minst två tredjedelar av ledamöterna är närvarande. Ledamöter kan närvara fysiskt i Stämman eller via video eller telefon. Beslut vid Stämman tas normalt i konsensus. Beslut enligt punkterna a)– g) fattas med kvalificerad majoritet (två tredjedelar) bland alla ledamöterna. Beslut enligt punkt h) fattas i enighet bland alla ledamöter förutom berörd Parts ledamot. Beslut enligt punkt i) fattas i enighet bland alla ledamöter. Enligt förvaltningslag (2017:900) 17 § får ledamot som är jävig inte delta i handläggning av ärende och inte heller närvara när ärendet avgörs.

Kallelse till Stämmans möten inklusive föredragningslista där beslutsärenden identifierats samt mötesunderlag fastställs av ordförande för Stämman i samarbete med Värdorganisationen och delges Parterna minst tre (3) veckor före respektive möte. Vid möten ska protokoll föras i nummerföljd och förvaras i enlighet med arkivlagen (1990:782) vid Värdorganisationen. Justerade protokoll ska delges Parterna.

Föreståndaren är föredragande vid Stämman.

4.2 NBISs styrgrupp

För NBIS ska det finnas en Styrgrupp. Styrgruppen består av åtta (8) ledamöter varav en (1) ordförande som utses av Värdorganisationen efter förslag från Stämman. Föreståndaren, Teknisk Verksamhetsansvarig, SciLifeLab Infrastructure Director (eller motsvarande) och Referensgruppens ordförande är adjungerade till Styrgruppen.

Styrgruppen har i uppgift att, oberoende av Parterna, verka för en optimal utveckling, drift och förvaltning av NBIS som en nationell infrastruktur och forskningsresurs inom ramen för denna överenskommelse och Bidragsvillkoren (Bilaga 1 och 2).

Styrgruppen ska övervaka den löpande verksamheten och följa upp ekonomin inom NBIS. Styrgruppen ska tillse att målsättningarna med NBIS enligt ”Nationell BioinformatikInfrastruktur Sverige (NBIS) och svensk nod i Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information)” (Bilaga 3), Strategisk Plan och Verksamhetsplan förverkligas och fatta nödvändiga beslut för detta ändamål inom de ramar detta avtal ger.

Styrgruppen beslutar i frågor rörande verksamheten inom NBIS, men har inget mandat därutöver. Styrgruppen får inte fatta beslut som innebär myndighetsutövning.

Styrgruppen har till uppgift att:


a) till Värdorganisationen lämna förslag på Föreståndare (i enlighet med hanteringsordning) samt, vid behov, förslag till Värdorganisationen om avsättning av Föreståndare

b) årligen besluta om NBISs Budget inom givna ramar från Stämman (punkt 4.1) och andra finansiärer (avsnitt 8).

c) årligen besluta om NBISs Verksamhetsplan d) årligen föreslå Verksamhetsberättelse, inkluderande verksamhetens ekonomiska

utfall för Stämman e) årligen föreslå NBISs Strategiska plan för Stämman f) utse ett Internationellt Rådgivande Organ (Riktlinjer för tillsättning av

Internationellt Rådgivande Organ) g) besluta om NBISs riktlinjer för prioritering av tillgång till infrastrukturen h) besluta om NBISs riktlinjer för tillgängliggörande av forskningsdata och mjukvara

som tas fram vid/med hjälp av infrastrukturen i) besluta om NBISs riktlinjer kommersiell användning av resultat som tagits fram vid

infrastrukturen j) besluta om Avvecklingsplan efter förslag från Värdorganisationen.

Styrgruppen ska sammanträda 3–4 gånger per år på kallelse av ordförande.

Styrgruppen är beslutsför när minst fem (5) ledamöter är närvarande. Beslut i Styrgruppen fattas med enkel majoritet och vid lika röstetal har ordförande utslagsröst. Enligt förvaltningslag (2017:900) 17 § får ledamot som är jävig inte delta i handläggning av ärende och inte heller närvara när ärendet avgörs.

Styrgruppen rapporterar till rektor vid Värdorganisationen, Vetenskapsrådet och övriga finansiärer samt Parterna.

Kallelse till Styrgruppens möten inklusive preliminär föredragningslista där beslutsärenden identifierats ska delges ledamöterna minst två (2) veckor före respektive möte. Mötesunderlag delges ledamöterna minst en (1) vecka före respektive möte. Vid möten ska protokoll föras i nummerföljd och förvaras i enlighet med arkivlagen (1990:782) vid Värdorganisationen. Justerade protokoll ska delges Styrgruppens ledamöter samt Parterna.

Föreståndaren är föredragande i Styrgruppen.

4.3 NBISs Referensgrupp

För NBIS ska det finnas en Referensgrupp. Referensgruppen ska bestå av representanter från varje Part för att garantera kommunikation mellan Styrgrupp och Parter samt föreslå Styrgruppen nya supportinriktningar. Referensgruppen kan tillfrågas även i andra frågor.

Referensgruppen ska ha möte minst två gånger per år på kallelse av dess ordförande.


4.4 NBISs Ledningsgrupp

För NBIS ska det finnas en ledningsgrupp. Ledningsgruppen består av Föreståndare, Teknisk Verksamhetsansvarig och övriga Verksamhetsansvariga som följer upp verksamheten, diskuterar aktuella frågor samt prioriterar systemutvecklingsaktiviteter.

4.5 NBISs Internationellt Rådgivande Organ

För NBIS ska det finnas ett Internationellt Rådgivande Organ och har som uppgift att ge råd om infrastrukturens vetenskapliga och internationella utveckling. Ledamöterna ska vara oberoende från NBIS och ha relevant internationell erfarenhet.

Det Internationella Rådgivande Organet sammanträder vid behov på kallelse av Styrgruppen. Sammanträdet kan ske i form av videokonferens eller telefonmöte.

4.6 Operativ ledning

4.6.1 Föreståndaren Vid NBIS ska det finnas en Föreståndare. Föreståndaren utses av och är anställd, eller anställs, vid Värdorganisationen efter samråd med Styrgruppen. Föreståndaren leder NBISs dagliga verksamhet med stöd av NBIS-kansliet.

Föreståndaren har till uppgift att:

a) förbereda förslag till NBISs Budget, Verksamhetsplan och Strategisk Plan b) expediera Styrgruppens beslut c) implementera NBISs Verksamhetsplan inom Budget beslutad av Styrgruppen d) ta fram årlig Verksamhetsberättelse, inkluderande verksamhetens ekonomiska

utfall, åt Styrgruppen att föreslå för beslut av Stämman e) arbetsleda vid NBIS-kansliet f) ansvara för den dagliga verksamheten och fatta de beslut som åligger

Föreståndaren enligt gällande styrdokument g) vid beslut om avveckling implementera NBISs Avvecklingsplan.

Föreståndaruppdraget bör utgöra minst 50 % av en heltidstjänst. Föreståndaren bör vara professor i bioinformatik eller näraliggande relevant område.

4.6.2 Teknisk Verksamhetsansvarig Vid NBIS ska det finnas en Teknisk Verksamhetsansvarig på 100 % av en heltidstjänst. Den Teknisk Verksamhetsansvariga/e utses av Föreståndaren och är anställd, eller anställs, vid Värdorganisationen eller Part efter samråd med berörd prefekt. Den Teknisk Verksamhetsansvariga/e leder och koordinerar infrastrukturen på den tekniska nivån.

4.6.3 Verksamhetsansvariga Vid NBIS kan det finnas ytterligare Verksamhetsansvariga. De Verksamhetsansvariga utses av Föreståndaren och är anställda, eller anställs, vid respektive Part efter samråd med Föreståndaren. De Verksamhetsansvariga har ansvar för olika områden samt personalledningsansvar.


4.7 Värdorganisationen ansvarar för den ekonomiska och förvaltningsmässiga administrationen av NBIS. NBIS ska utgöra ett separat kostnadsställe vid Värdorganisationen.

5. Styrdokument Utöver vad som beskrivs i detta avsnitt 5 kan Styrgruppen efter beredning av Föreståndaren upprätta kompletterande styrdokument.

5.1 Strategisk Plan NBIS ska ha en långsiktig Strategisk Plan för verksamhetens utveckling och verksamhet. Den strategiska planen ska ha ett femårsperspektiv men utvärderas och omarbetas vid behov och fastställs årligen av Stämman.

5.2 Verksamhetsplan NBIS ska ha en Verksamhetsplan som årsvis fastställer verksamhetens mål i relation till NBISs uppdrag. Verksamhetsplanen fastställs av Styrgruppen.

5.3 Riktlinjer för tillsättning av Styrgrupp

Värdorganisationen ska utse NBISs Styrgrupp efter förslag från Stämman. Styrgruppen ska vara brett nationellt förankrad samt ha en jämn könsfördelning. Ledamöterna bör representera för infrastrukturen viktiga kompetensområden, vara lämpliga för att ta ansvara för infrastrukturens utveckling som nationell resurs samt ha kompetens att styra en nationell forskningsinfrastruktur. Några ledamöter kan med fördel vara från andra länder. Mandatperioden är normalt tre år med möjlighet till förlängning två perioder.

Inför Stämma där ledamöter till Styrgruppen ska utses ska Styrgruppens ordförande, eller Värdorganisationen om sådan inte finns, skicka en förfrågan till samtliga Parter om nomineringar. Sådant utskick ska ske per e-brev senast 45 dagar före Stämman. Varje Part har rätt att nominera en ledamot. Nomineringar ska inkomma skriftligen eller per e-brev till Styrgruppens ordförande, eller Värdorganisationen om sådan inte finns, senast 30 dagar innan Stämman. Till Stämmans kallelse ska en sammanställning av inkomna nomineringar bifogas.

5.4 Riktlinjer för tillsättning av Referensgrupp

Stämman ska utse NBISs Referensgrupp efter förslag från respektive Part. Referensgruppen utser sin egen ordförande, som inte får vara ledamot av Styrgruppen eller person från Värdorganisationen.

Inför Stämma där representanter till Referensgruppen ska utses ska Styrgruppens ordförande, eller Värdorganisationen om sådan inte finns, skicka en förfrågan till samtliga Parter om nomineringar. Sådant utskick ska ske per e-brev senast 45 dagar före Stämman. NBIS ser gärna att varje Part nominerar två personer av olika kön. Nomineringar ska inkomma skriftligen eller per e-brev till Värdorganisationen senast 30 dagar innan Stämman. Till Stämmans kallelse ska en sammanställning av inkomna nomineringar bifogas.


5.5 Riktlinjer för tillsättning av Internationellt Rådgivande Organ

Styrgruppen ska utse ett Internationellt Rådgivande Organ (International Advisory Board; IAB) efter förslag från Parterna, Styrgruppen och Föreståndaren. Mandatperioden är normalt tre år med möjlighet till förlängning två perioder.

5.6 Riktlinjer för prioritering av tillgång till infrastrukturen

Styrgruppen tar fram och fastställer dessa riktlinjer.

5.7 Riktlinjer för tillgängliggörande av forskningsdata och mjukvara som tas fram vid/med hjälp av infrastrukturen


5.8 Riktlinjer för kommersiell användning av samverkansresultat som tagits fram vid infrastrukturen


6. Verksamhet Den nationella forskningsinfrastrukturen NBIS ska tillhandahålla avancerat användarstöd inom bioinformatik för forskare inom alla områden av biologi, medicin och andra livsvetenskaper.

Parterna är överens om att NBISs ska tillhandahålla och verka för följande:

6.1 Avancerad bioinformatiksupport genom direkt stöd i olika projekt, tillhandahållande av verktyg, databaser och liknande samt anordnande av avancerade kurser. Ytterligare typer av support kan tillkomma.

6.2 Analysverktyg, metodbeskrivningar och liknande som beskrivs på NBISs websida.

6.3 Utbildningar relaterad till användningen av infrastrukturen. Kurser ska erbjudas på nationell nivå.

6.4 Fortlöpande informera potentiella användare om infrastrukturens möjligheter. NBIS bör presentera sin verksamhet vid varje ort där Part finns minst en gång per år.

6.5 Årliga öppna användarmöten.

6.6 Utforma internt lämpliga kommunikationskanaler för sin personal. Det kan vara videokonferenser, webbaserade diskussionsfora, ämnesspecifika möten, “All Hands”-möten o.s.v.

6.7 Interagera med andra nationella infrastrukturer när så är lämpligt för verksamheten, t.ex. SNIC och SUNET i beräknings- och lagringsfrågor.

6.8 Ge akademiska forskare tillgång till infrastrukturen oavsett akademisk institution. Akademisk forskning ska prioriteras framför kommersiell verksamhet.


7. Personal All personal finansierad av NBIS är anställd vid någon av i detta avtal ingående Parter.

7.1 Den Part som personal är anställd vid har personalansvar, är ansvarig för utvecklings- och lönesamtal samt alla andra arbetsrättsliga frågor. Inför lönesamtal ska information om personals arbete inhämtas från personens närmaste Verksamhetsansvarig i NBIS.

7.2 Personal verksam i NBIS har för arbetsledning en Verksamhetsansvarig, som vederbörande rapporterar till. Utvecklingssamtal ska hållas minst årligen med Verksamhetsansvarig.

7.3 För att personal verksam i NBIS ska kunna hålla sig i den vetenskapliga frontlinjen avseende sitt expertämne ges möjlighet att använda upp till 20 % av sin NBIS-anställning för egen förkovran och utveckling, vanligtvis för att sätta sig in i nya metoder. Personal bör vara placerad i kreativa forskningsmiljöer och så långt som möjligt placeras tillsammans så att en “kritisk massa” uppnås lokalt hos varje Part.

7.4 Personal verksam i NBIS ska veckovis rapportera spenderad tid enligt rutiner fastställda av NBIS. Vidare ska all personal vara behjälplig i samband med rapportering till finansiärer.

7.5 Anställning av NBIS-finansierad personal sker i samråd mellan Part och NBIS. Om NBIS-finansiering ska upphöra ska Part få skäligt rådrum att hantera situationen under vilken tid NBIS-finansiering fortsätter.

Antal anställningar i NBIS och deras supportinriktning beslutas av Styrgruppen i samband med årliga beslut om Budget och Verksamhetsplan. Nya supportinriktningar beslutas av Styrgruppen på förslag från Referensgruppen och via öppna utlysningar. Styrgruppen kan besluta om förändringar i anställningar under löpande budgetår om finansiella förutsättningar finns.

8. Finansiering Verksamheten vid NBIS finansieras av de deltagande Parterna, SciLifeLab, Vetenskapsrådet (VR), Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse och användaravgifter. Ytterligare finansiärer kan tillkomma, t.ex. EU, NordForsk, stiftelser, företag. Respektive finansiär kan upprätta villkor som reglerar hur bidraget får användas.

8.1 De generella och särskilda villkor som gäller för Vetenskapsrådets bidrag till NBIS återfinns som bilaga 1 och 2 och är tillämpliga på detta avtal.

8.2 Parterna ska bidra med medfinansiering genom kontantbidrag. Varje Part beslutar enskilt om sin respektive medfinansiering till NBIS. Medfinansieringen baseras på parternas användning av NBIS den senaste treårsperioden; detta underlag tillhandahålls av Föreståndaren. Parternas kontantbidrag fastställs årligen i samband med Stämman (punkt 4.1) och förs in i detta Konsortialavtal som bilaga 4.

8.3 Om stora förändringar i finansiering uppstår, som påverkar NBIS verksamhet och Parternas medfinansiering, ska en extra Stämma tillkallas och en ny budgetram antas.


8.4 Parterna ska bidra med medfinansiering. Från och med 2020 sker medfinansiering till NBIS i form av kontantbidrag till Värdorganisationen och ska rekvireras årligen enligt rutiner fastställda av NBIS.

8.5 Värdorganisationen ansvarar för att överföra medel till den Part som ansvarar för kostnader i form av drift, anställningar eller annan NBIS-aktivitet. Medel rekvireras halvårsvis enligt rutiner fastställda av NBIS. Parts erhållna medel skall användas enligt detta avtal och de bestämmelser som följer av bilagorna till detta avtal samt eventuellt övriga villkor från externa finansiärer.

8.6 För anställningar som finansieras av NBIS är följande kostnader legitima för Partens tilldelning av medel: * lönekostnad + lönebikostnader (LBK) * av Föreståndare/Verksamhetsansvarig godkända kringkostnader såsom personlig dator, relevanta resekostnader, konferenskostnader och liknande * indirekta kostnader (“overhead”) och lokalkostnader med sammantaget upp till 35 % påslag Om ett lärosäte har högre kostnader, får den överstigande delen finansieras lokalt.

8.7 Om personal verksam i NBIS ej fullgjort sina uppdrag i den omfattning som överenskommits mellan NBIS och Parten, kan styrgruppen fatta beslut om att minska utbetalningen så att den motsvarar den support som givits.

9. Användaravgifter För tillhandahållna tjänster kan NBIS ta användaravgifter i enlighet med de principer som beslutas av Styrgruppen.

10. Publikationer 10.1 Parterna äger rätt att fritt publicera egna forskningsresultat som framkommit med hjälp

av NBIS och utföra verbala presentationer av dessa. Personal verksam i NBIS ska vara medförfattare på publikationer om de kriterier som gäller för vetenskapligt medförfattarskap uppfylls. Som främsta internationella standard för publikationsetik gäller de s.k. Vancouver-reglerna för författarskap1.

10.2 Bioinformatiksupport skall tillkännages i publikation i enlighet med instruktioner givna av NBIS och som framgår av Vetenskapsrådets särskilda villkor (Bilaga 2 punkt 2.6).

11. Ansvar 11.1 Parterna har som målsättning att NBISs verksamhet, såsom definieras i detta avtal, ska

utföras med största möjliga noggrannhet. Part ska inte vara ansvarig för skador som beror på force majeure. Part ansvarar inte i förhållande till annan Part för indirekta skador eller följdskador, inklusive egendomsskador, skador genom produktionsbortfall,

1 Recommendations for the Conduct, Reporting, Editing and Publication of Scholarly Work in Medical Journals, utgivna av International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE)

http://www.icmje.org/recommendations/browse/


utebliven vinst, immaterialrättslig förlust eller skada genom intrång i annans rätt, eller annan förmögenhetsskada eller ideell skada, till följd av eller med anledning av detta avtal, annat än om sådan skada har orsakats uppsåtligt eller genom grov vårdslöshet. Parts skadestånd under detta avtal ska vara begränsat till maximalt en (1) gång Partens tilldelade NBIS-medel (enligt punkt 8.4).

11.2 Vardera Part ansvarar för att följa alla relevanta lagar och regler såsom (men ej begränsat till) lagar angående hantering av personuppgifter och offentlighet och sekretess.

11.3 Parterna är överens om att personal verksam i NBIS ska arbeta enligt god forskningssed.

12. Personuppgiftsbiträdes- och personuppgiftsunderbiträdesavtal

12.1 Parterna är överens om att Värdorganisationen är personuppgiftsbiträde vid hantering och behandling av personuppgifter med ändamålet att utföra en tjänst på uppdrag av forskare knuten till någon av Parterna.

12.2 Parterna är överens om att, i de fall den tjänst som avses i 12.1 utförs av personal knuten till NBIS vid annan part än Värdorganisationen, sagda Part utgör underbiträde till Värdorganisationen och ska lyda under samma åtaganden som Värdorganisationen.

12.3 Parterna (personuppgiftsansvarig) är överens om att Värdorganisationen agerar personuppgiftsbiträde för hantering och behandling av personuppgifter med ändamålet att långtidslagra och tillgängliggöra dessa data.

12.4 Parterna (personuppgiftsansvarig) är överens om att Värdorganisationen i utförandet av 12.3 kan anlita underbiträden som ska lyda under samma åtaganden som Värdorganisationen.

För hantering av personuppgifter kommer Parterna att upprätta erforderliga personuppgiftsbiträdesavtal och personuppgiftsunderbiträdesavtal i enlighet med tillämplig dataskyddslagstiftning.

13. Rättigheter till bakgrundsinformation, Samverkansresultat och Forskningsresultat

13.1 Med Bakgrundsinformation avses information som Part (eller dess forskare) innehar eller disponerar med ensamrätt och som tillförs NBIS av deltagande Part och som har utvecklats eller förvärvats innan detta avtal träffades eller som utvecklats eller förvärvats utanför den samverkan som sker enligt detta avtal.

13.2 Med Samverkansresultat avses resultat som är framtaget för att användas inom NBISs verksamhet, såsom infrastruktur, databaser, programvara och övriga resultat och immateriella rättigheter som har betydelse för verksamheten inom NBIS och som genereras genom Parternas deltagande i NBIS.


13.3 Med Forskningsresultat avses resultat som genereras i de forskningsprojekt som erhåller support av NBIS.

13.4 Rättigheter till Forskningsresultat följer de regelverk som finns på området, inklusive “lärarundantaget” enligt lag (1949:345) om rätten till arbetstagares uppfinningar, 1 § 2 stycket eller motsvarande intern reglering hos Part.

Äganderätten till Samverkansresultat skall tillfalla den Part (och/eller dess forskare) som har genererat aktuellt resultat. Om resultatet har genererats av flera Parter skall det ägas av dessa Parter (och/eller deras forskare) gemensamt. Varje Part åtar sig att se till att Samverkansresultat får utnyttjas av samtliga Parter inom NBISs verksamhet utan begränsning i tiden i enlighet med Vetenskapsrådets särskilda villkor (Bilaga 2).

13.5 Vetenskapsrådets allmänna och särskilda villkor (Bilaga 1 och 2) gäller vad avser publicering och tillgängliggörande av forskningsdata samt användning av resultat.

13.6 Part ska ha rätt att utan kostnad använda annan Parts Bakgrundsinformation i den utsträckning som behövs för att fullgöra Partens åtagande inom NBIS. Part har rätt att i skälig omfattning begränsa villkoren för nyttjandet.

13.7 Parterna är överens om att NBIS och personal verksam i NBIS i supportprojekt kan använda metodologisk kunskap och erfarenhet som tillägnats i tidigare supportprojekt.

13.8 Parterna verkar för att metoder, program och data ska vara öppet tillgängliga, med förbehåll för känsliga data som tillgängliggörs i enlighet med gällande lagstiftning och etiska tillstånd.

13.9 Ingen Part ska äga rätt, utan att skriftligt medgivande först inhämtats från samtliga Parter, att kommersialisera ett Samverkansresultat, men Parterna har rätt att använda Samverkansresultat för akademisk forskning och utbildning. Parternas immateriella rättigheter är vardera Parts egen rättighet och detta avtal ska inte tolkas så att en rättighet överförs till annan Part utan att ett skriftligt medgivande från den Part som innehar den berörda rättigheten först har inhämtats.

14. Avtalstid Detta avtal träder i kraft när det har undertecknats av samtliga Parter och gäller under 12 månader. Avtalet förlängs 12 månader i taget, dock längst t.o.m. 2028-12-31. Om någon Part önskar frånträda detta avtal, ska det ske genom skriftlig anmälan till Parterna senast sex (6) månader före varje förlängning av avtalet. Sådant frånträde kan ske under de förutsättningar som framgår av VRs generella och särskilda villkor (Bilaga 1 och 2).

15. Ändringar och tillägg 15.1 Beslut om ändring av eller tillägg till detta avtal ska, för att vara bindande, avfattas

skriftligen och undertecknas av samtliga Parter.

15.2 I det fall Part önskar omförhandla något villkor i avtalet ska Part skriftligen meddela övriga Parter senast tre (3) månader före den innevarande avtalsperiodens slut.


16. Ytterligare Parter Stämman kan vid sitt årliga möte besluta om tillträde till konsortiet av ny Part. Ny Part tillträder genom uppdatering av detta avtal. Vid tillträde av ny Part revideras Parternas respektive medfinansiering genom kontantbidrag som framgår av Bilaga 4.

17. Avtalets innehåll Överenskommelsen består av denna text samt bilagor 1–5. I den mån innehållet i denna text och bidragsvillkor (Bilaga 1 och 2) strider mot varandra har bidragsvillkoren företräde. I den mån innehållet i ”Nationell BioinformatikInfrastruktur Sverige (NBIS) och svensk nod i Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information)” (Bilaga 3), Fördelningen mellan Parternas kontantbidrag (Bilaga 4) eller ”Elixir collaboration agreement template” (Bilaga 5) och innehållet i denna överenskommelse strider mot varandra har innehållet i överenskommelsen företräde.

18. Tvist 18.1 Svensk lag ska vara giltig på detta avtal. Parterna åtar sig att försöka lösa tvister i

anledning av detta Avtal genom förhandlingar. Om en meningsmotsättning uppstår som inte kan lösas inom tjugo (20) arbetsdagar av personer på operativ nivå hos inblandade Parter, får berörd Part hos övriga berörda Parter påkalla att förhandlingar ska inledas mellan personer från de berörda Parternas verkställande ledningar eller motsvarande.

18.2 Om inblandade Parter misslyckas med att finna en förhandlingslösning inom tjugo (20) arbetsdagar (eller inom annan tid som Parterna skriftligen enar sig om) ska tvisten avgöras vid allmän domstol. För tvist mellan Parter som är svenska myndigheter gäller att tvisten slutligt skall avgöras av närmast överordnad myndighet eller eljest av den tillämpliga tvistelösningsmekanism inom svenska staten som står till buds.


Uppsala universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Chalmers tekniska högskola AB

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Göteborgs universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Karolinska institutet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Kungliga tekniska högskolan

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Linköpings universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Lunds universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Naturhistoriska riksmuseet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Stockholms universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Sveriges lantbruksuniversitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________


Umeå universitet

Datum: ______________

Signatur:

________________________________

Namn:

________________________________

Titel:

________________________________

Bilagor

Bilaga 1

Vetenskapsrådets generella villkor för bidrag till forskning eller forskningsstödjande verksamhet Villkoren har fastställts av Vetenskapsrådet den 15 januari 2018. Villkoren gäller för bidrag som beslutats från

och med den 1 januari 2018. Villkoren ska tillämpas om inte annat följer av bidragsbeslutet eller av särskilda

villkor. Vid konflikt mellan de generella villkoren och särskilda villkor som har meddelats för ett beslut har de

särskilda villkoren företräde.

Definitioner I dessa villkor används följande definitioner med nedan angiven betydelse.

Medelsförvaltare En juridisk person som är godkänd av Vetenskapsrådet som mottagare av

forskningsbidraget.

Sökande Den person eller organisation som ansöker om forskningsbidrag hos

Vetenskapsrådet och som ansvarar för att planera och genomföra forskningen

eller den forskningsstödjande verksamheten, exempelvis en projektledare.

Forskning eller Den eller de verksamheter som omfattas av forskningsbidraget.

Forskningsstödjande verksamhet

Villkor Samtliga villkor som gäller för ett beviljat bidrag.

1. Om bidraget

1.1. Bidragsbeslutet

Vetenskapsrådets beslut om bidrag gäller från och med den dag både medelsförvaltaren och sökanden, genom

signering i Vetenskapsrådets ansökningssystem, har accepterat villkoren för bidraget. Villkoren för

bidragsbeslutet gäller till och med den dag då slutliga vetenskapliga och ekonomiska återrapporteringar har

kommit in till Vetenskapsrådet och, i förekommande fall, outnyttjade medel har återbetalats.

Utbetalning av bidrag sker till medelsförvaltaren.

Bidragsbelopp och bidragsperiod som anges i beslutet gäller under förutsättning att Vetenskapsrådet anvisas

statliga medel i den omfattning som beslutet har grundat sig på.

1.2. Bidragsperiod och dispositionsrätt

I beslutet om bidrag framgår under vilken period bidraget kommer att betalas ut (bidragsperioden). Om inte

annat anges i beslutet får bidraget disponeras i ett år efter bidragsperiodens utgång. Om särskilda skäl föreligger

kan, efter ansökan, ytterligare förlängning av rätten att disponera utbetalade medel beviljas. En sådan ansökan

ska innan dispositionstidens utgång, men efter bidragsperiodens utgång, lämnas in av medelsförvaltaren och

sökanden gemensamt i Vetenskapsrådets ansökningssystem. Till ansökan om sådan förlängning ska bifogas en

motivering för att styrka särskilda skäl, uppgift om ännu inte utnyttjade medel samt en översiktlig plan för hur

forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten kommer att slutföras.

Bidraget ska disponeras för att genomföra forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten i huvudsak

på det sätt som har angetts i ansökan om bidrag, dock med de justeringar som kan komma att krävas om

Vetenskapsrådets bidrag understiger sökt belopp. Vidare ska bidraget disponeras i enlighet med villkoren för

bidraget. För mer betydande ändringar av bidragets disposition, krävs en gemensam skriftlig framställning till

Vetenskapsrådet från medelsförvaltaren och sökanden. En sådan framställan ska göras i samband med att behov

av ändring uppstår. Vetenskapsrådet kan efter prövning och inom ramen för beslutet om bidrag medge ändringar.

2. Bidragsmottagarens åtaganden

2.1. Ansvar för att forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten bedrivs i enlighet med i

Sverige gällande rätt

Sökanden och medelsförvaltaren ansvarar för att forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten

bedrivs i enlighet med i Sverige gällande rätt.

2.2. Arbetsgivarförhållande

Den sökande, för forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten, ska vara anställd hos den

medelsförvaltare som anges i ansökan, eller hos ny medelsförvaltare efter byte som godkänts av

Vetenskapsrådet, under hela bidragsperioden och ytterligare dispositionstid. Undantag kan ges för sökande som

är anställd vid ett landsting, eller i annat fall där Vetenskapsrådet efter ansökan medger undantag.

2.3. Utrustning

Med undantag för vad som anges i 4.1.3 är medelsförvaltaren ägare till utrustning och andra inventarier som

anskaffats till forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten med bidrag från Vetenskapsrådet.

Utrustningen ska disponeras för forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten så länge den pågår.

2.4. Rapportering

Medelsförvaltaren och sökanden ska tillhandahålla den information och de uppgifter som Vetenskapsrådet

efterfrågar i samband med uppföljning och utvärdering av forskningen eller den forskningsstödjande

verksamheten, såväl under pågående som efter avslutad bidragsperiod.

Redogörelser och rapporter avseende den forskning eller forskningsstödjande verksamhet som Vetenskapsrådet

finansierar ska lämnas i den ordning som anges i bidragsbeslutet eller när Vetenskapsrådet begär det.

2.5. Publicering av resultat

I det vetenskapliga ansvaret för den forskning som har beviljats bidrag ingår att resultaten av forskningsarbetet

ska publiceras i vetenskapliga tidskrifter och böcker med nationell och internationell räckvidd eller göras

tillgängliga på annat motsvarande sätt.

Avtal med kommersiell aktör eller annan intressent får inte inskränka möjligheten att publicera resultatet av den

forskning som bedrivs med bidrag från Vetenskapsrådet. Ett sådant avtal får inte heller fördröja publiceringen i

mer än två månader. En fördröjning får dock uppgå till högst fyra månader om syftet är att möjliggöra en

ansökan om patent grundat, helt eller delvis, på ovan avsedda forskningsresultat.

Forskningsresultaten ska göras öppet tillgängliga, s.k. open access, inom sex månader efter publicering. I de fall

publiceringen sker som parallellpublicering i öppna institutionella arkiv ska deposition av forskningsresultaten

ske vid publiceringstillfället och göras öppet tillgängliga inom sex månader. För publiceringar inom humaniora

och samhällsvetenskap samt utbildningsvetenskap gäller att forskningsresultat ska ha gjorts öppet tillgängliga

inom 12 månader. Öppet tillgängliggörande gäller för forskningsresultat i vetenskapligt bedömda texter som har

publicerats i tidskrifter och konferensrapporter. Skyldigheten att öppet tillgängliggöra forskningsresultat gäller

inte monografier och bokkapitel.

I de fall den som ska publicera har betalat en avgift för sin open access-publicering ska publiceringen ske med en

cc-by licens.

Forskningsresultat av mer allmänt intresse ska även spridas till mottagare utanför vetenskapssamhället.

2.6. Ange Vetenskapsrådet som finansiär

Vid publicering och annan spridning av forskningsresultat ska det anges att forskningen bedrivits med bidrag

från Vetenskapsrådet. Vid publicering av vetenskapliga originalartiklar ska namnet Vetenskapsrådet samt

diarienumret för forskningsbidraget anges under rubriken Acknowledgements eller motsvarande rubrik.

2.7. Vetenskapsrådets rätt att sprida information från och om forskningen eller den

forskningsstödjande verksamheten

Vetenskapsrådet får mångfaldiga och sprida hela eller delar av rapporter från forskningen eller den

forskningsstödjande verksamheten samt även i övrigt sprida information om det som Vetenskapsrådet

finansierar.

2.8. Tillgång till forskningsmaterialet

Vetenskapsrådet ska, på begäran, beredas tillgång till det fullständiga forskningsmaterialet för vetenskaplig

granskning.

2.9. Skyldighet att informera om andra bidrag

Om bidrag från annan finansiär erbjuds eller erhålls för samma ändamål under den tid som forskningen eller den

forskningsstödjande verksamheten pågår, ska detta snarast anmälas till Vetenskapsrådet. Det ska i redovisningen

till Vetenskapsrådet särskilt framgå i vilken utsträckning annan finansiär kan påverka genomförande, analys,

tolkning och redovisning av resultaten samt vilka finansiella förutsättningar som är aktuella. Dessutom ska det

framgå vem som kommer att förfoga över resultaten. Vetenskapsrådet kan ompröva beslut om bidrag baserat på

ny information om andra bidrag.

2.10. Övriga åtaganden

Medelsförvaltaren ska

ta emot och förvalta de beviljade medlen,

ansvara för att medlen endast används till forskning eller forskningsstödjande verksamhet och enligt de

villkor som gäller för bidraget,

i egenskap av arbetsgivare för sökanden se till att sökanden kan disponera egen och andra anställdas

arbetstid i den utsträckning som krävs för att forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten ska

kunna genomföras i överensstämmelse med den plan som getts in till Vetenskapsrådet, vilket även

inkluderar publicering av resultaten av forskningen,

svara för att sökanden och annan berörd personal får tillgång till lokaler, utrustning och andra resurser som

krävs för forskningen eller den forskningsstödjande verksamhetens genomförande,

ansvara för att den forskning eller forskningsstödjande verksamhet som bedrivs inom den av

Vetenskapsrådet finansierade verksamheten inte har kommersiella bindningar som påverkar dess

objektivitet, oberoende eller öppenhet,

årligen lämna in ekonomisk återrapportering enligt Vetenskapsrådets anvisningar, samt

ansvara för administrationen av bidraget.

Sökanden ska

ha det vetenskapliga ansvaret för forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten så som denna

beskrivits i ansökan till Vetenskapsrådet med avseende på objekt och metod. I ansvaret ingår att planera och

genomföra forskningen i överensstämmelse med den till Vetenskapsrådet ingivna forskningsplanen eller

planen för forskningsstödjande verksamhet, dock med de justeringar som kan krävas om Vetenskapsrådets

bidrag understiger sökt belopp,

ansvara för att de tillstånd och godkännanden som krävs finns innan forskningen påbörjas. Det kan bland

annat vara fråga om tillstånd från Läkemedelsverket eller godkännande från etikprövningsnämnd respektive

djurförsöksetisk nämnd, samt

ansvara för att vetenskaplig återrapportering lämnas in enligt Vetenskapsrådets anvisningar.

3. Om finansieringen

Bidrag till forskning eller forskningsstödjande verksamhet vid universitet och högskolor eller annan godkänd

medelsförvaltare ska omfatta medel för direkta och indirekta kostnader i samma proportioner som beräknats för

forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten i sin helhet. Bidraget ska endast användas för kostnader

för att genomföra den forskning eller den forskningsstödjande verksamhet som ansökan avser.

Bidraget får inte användas till stipendium, om inte annat framgår av beslutet.

3.1. Slutlig ekonomisk återrapportering

Medelsförvaltaren ska lämna slutlig ekonomisk återrapportering senast tre månader efter dispositionstidens slut.

Vetenskapsrådet kan besluta att den ekonomiska återrapporteringen ska lämnas vid annan tidpunkt.

Om forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten avbryts i förtid gäller särskilda bestämmelser (se

avsnitt 4.2 nedan).

3.2. Återbetalning av överskott

Outnyttjade bidrag som redovisas i den slutliga ekonomiska återrapporteringen ska återbetalas till

Vetenskapsrådet inom 30 dagar från det att den slutliga ekonomiska återrapporteringen skickats in via

Vetenskapsrådets ansökningssystem. Ett överskott motsvarande maximalt ett halvt prisbasbelopp får behållas

och användas för forskningsändamål liknande det som bidraget avsåg. Om överskottet överstiger ett halvt

prisbasbelopp ska det återbetalas i sin helhet.

Kostnader för förtida avveckling av forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten regleras i avsnitt 4.

4. Förtida avveckling

4.1. Forskning eller forskningsstödjande verksamhet som avslutas i förtid

4.1.1 Svårigheter att genomföra den forskning eller den forskningsstödjande verksamheten som beviljats

bidrag - allmänt

Om forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten inte kan genomföras enligt plan och avvikelsen inte

är obetydlig ska medelsförvaltaren omgående underrätta Vetenskapsrådet om detta. Detsamma gäller om

utrustning, för vars inköp beviljats medel, inte kan anskaffas. Medelsförvaltaren ska i detta fall även redovisa hur

forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten påverkas av att utrustningen inte kunnat anskaffas.

Vetenskapsrådet och medelsförvaltaren ska, efter samråd med sökanden, komma överens om hur den uppkomna

situationen ska hanteras.

4.1.2. Svårigheter att genomföra forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten på grund av

förändrade förhållanden för den sökande

Om den sökande inte längre kan genomföra forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten ska

medelsförvaltaren omedelbart anmäla detta till Vetenskapsrådet. Vetenskapsrådet kan efter ansökan av

medelsförvaltaren pröva frågan om byte av projektledare.

Beslut om huruvida forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten ska erhålla fortsatt finansiering

eller avslutas fattas av Vetenskapsrådet efter samråd med medelsförvaltaren och, där så är möjligt, med

sökanden.

Om skälet till förändringen är att den sökande kommer att övergå till anställning hos en annan godkänd

medelsförvaltare kan Vetenskapsrådet, efter ansökan, pröva frågan om byte av medelsförvaltare för bidraget och

besluta att forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten drivs vidare hos den nya medelsförvaltaren

med samma sökande. Ansökan om byte av medelsförvaltare ska ske i samråd mellan berörda medelsförvaltare.

4.1.3. Utrustning

Vid förtida avveckling av forskning eller forskningsstödjande verksamhet kan Vetenskapsrådet efter samråd med

berörda medelsförvaltare besluta att utrustning som anskaffats med stöd av Vetenskapsrådets bidrag ska

överlämnas till Vetenskapsrådet eller till annan medelsförvaltare.

4.1.4. Återbetalning av outnyttjade medel

Om forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten avslutas i förtid ska medelsförvaltaren återbetala

outnyttjade medel till Vetenskapsrådet.

4.2. Slutlig ekonomisk återrapportering vid förtida avslutande av forskning eller

forskningsstödjande verksamhet

Om Vetenskapsrådet beslutar att avbryta utbetalning av ett bidrag eller om forskningen eller den

forskningsstödjande verksamheten avbryts i förtid av annat skäl ska slutlig ekonomisk återrapportering ske

senast tre månader efter den dag någon av parterna ensidigt avbrutit forskningen eller den forskningsstödjande

verksamheten eller parterna kommit överens om att forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten ska

upphöra. Vetenskapsrådet ska ställa krav på återbetalning av outnyttjat men utbetalat bidrag till

medelsförvaltaren inom 30 dagar från det att den slutliga ekonomiska återrapporteringen kommit in till

Vetenskapsrådet.

4.3. Kostnader för förtida avveckling av forskning eller forskningsstödjande verksamhet

Om Vetenskapsrådet beslutar att avbryta utbetalning av ett bidrag och detta inte beror på brott mot villkoren

förutsätts Vetenskapsrådet och medelsförvaltaren komma överens om hur skäliga avvecklingskostnader ska

finansieras.

5. Revision En av Vetenskapsrådet utsedd revisor eller motsvarande har rätt att granska den bokföring och redovisning som

avser forskning eller forskningsstödjande verksamhet finansierad av Vetenskapsrådet. Medelsförvaltaren ska för

detta ändamål ge den som ska genomföra revisionen fullständig insyn i forskningen eller den

forskningsstödjande verksamheten, bland annat genom att tillhandahålla kopior av samtliga verifikationer

avseende utgifter och inkomster som hänför sig till forskningen eller den forskningsstödjande verksamheten.

6. Sanktioner m.m. vid brott mot villkoren 6.1. Avbrytande av bidrag

Vetenskapsrådet kan besluta att helt eller delvis avbryta utbetalning av ett beviljat bidrag om

sökanden eller medelsförvaltaren genom att lämna oriktiga uppgifter eller på något annat sätt förorsakat

att bidraget har beviljats felaktigt eller med för högt belopp,

bidraget av något annat skäl har beviljats felaktigt eller med för högt belopp och mottagaren borde ha

insett detta,

villkoren för bidraget inte har uppfyllts,

oredlighet i forskning eller annat oetiskt handlande har förkommit, eller

den sökande genom handlande eller annat agerande har visat sig olämplig att uppbära bidrag från

Vetenskapsrådet.

Ett beslut att avbryta ett bidrag på grund av brott mot villkoren kan förenas med en karens under vilken en

sökande som omfattas av beslutet är förhindrad att under viss tid ansöka om nya bidrag hos Vetenskapsrådet.

6.2. Anmodan att uppfylla villkoren

Om ett brott mot villkoren för bidraget är av sådan art att det enkelt kan avhjälpas kan Vetenskapsrådet anmoda

medelsförvaltaren att se till att villkoren för bidraget uppfylls inom viss tid. Vetenskapsrådet kan i dessa fall

begära att medelsförvaltaren kommer in med en åtgärdsplan till Vetenskapsrådet i vilken det ska framgå vilka

åtgärder som kommer att vidtas för att uppfylla villkoren och när detta kan ske. Vetenskapsrådet prövar om

åtgärdsplanen kan godkännas eller om bidraget istället ska avbrytas.

Bilaga 2

Diarienummer för infrastrukturen: 2017-00656

Särskilda villkor för bidrag till infrastruktur av nationellt intresse

avseende– Nationell Bioinformatik Infrastruktur Sverige (NBIS) För beslut om bidrag från Vetenskapsrådet gäller rådets generella villkor. För infrastrukturer av nationellt intresse gäller, utöver de generella villkoren 2017 (DNR: 2016-07127), även särskilda villkor. De särskilda villkoren har fastställts av Vetenskapsrådets generaldirektör den 2017-12-18. Vid en eventuell konflikt mellan de generella villkoren och de särskilda villkor som har meddelats för ett beslut har de särskilda villkoren för beslutet företräde.

Definitioner I Vetenskapsrådets generella villkor för bidrag till forskning eller forskningsstödjande verksamhet

definieras ett antal ord och begrepp. När de generella villkoren används tillsammans med de

särskilda villkoren för infrastrukturbidrag ska betydelsen av vissa definitioner ändras enligt nedan:

Projektledare Rektor vid medelsförvaltaren.

Sökande Synonymt med medelsförvaltaren.

Projekt Infrastrukturen.

När de generella bidragsvillkoren använder begreppen forskning, forskningsändamål och liknande

avses för infrastrukturbidrag istället infrastrukturen, ändamålet med infrastrukturen osv.

I de särskilda villkoren används även definitionerna med nedan angiven betydelse:

Infrastruktur En infrastruktur möjliggör forskning av hög kvalitet genom att

tillhandahålla utrustning, tjänster, data och liknande, i enlighet med

Vetenskapsrådets villkor. Infrastrukturens verksamhet ska bedrivas som

en organisatoriskt och ekonomiskt avskild enhet vid medelsförvaltaren.

Lärosäte Utöver svenska universitet och högskolor, inkluderas även andra

svenska myndigheter med forskningsuppdrag.

Rektor Utöver rektorer vid svenska lärosäten inkluderas även

myndighetschefer vid svenska myndigheter med forskningsuppdrag.

1. Om bidragsbeslutet Bidraget är beslutat inom ramen för utlysningen Bidrag till infrastruktur av nationellt intresse 2017.

2. Infrastrukturens verksamhet I Vetenskapsrådets generella villkor för bidrag till forskning eller forskningsstödjande verksamhet

gäller inte avsnitten 2.2 och 2.6. I avsnitt 2.10 gäller endast punkt sex och sju, d.v.s. ”årligen lämna in

ekonomisk återrapportering enligt Vetenskapsrådets anvisningar, samt använda bidraget enligt i

beslutet angivna villkor samt svara för administration av verksamheten.”

Infrastrukturens syfte är att tillhandahålla avancerat användarstöd inom bioinformatik för forskare

inom alla områden av biologi, livsvetenskaper och medicin.


2.1 Vetenskapsrådets bidrag Kostnader som täcks av Vetenskapsrådets bidrag ska i lärosätets redovisning vara särskiljbara från

lärosätets övriga transaktioner.

Det av Vetenskapsrådet beslutade bidraget avser kostnader för drift enligt nedan.

2018 2019 2020

Drift 17 000 000 SEK 19 000 000 SEK 21 000 000 SEK

Tabell 2:1.a Vetenskapsrådets bidrag för drift.

(Bidragsperioden, tillika dispositionstiden, för bidraget till drift är 3 år.) Bidragsperioden startar den

20180101 och slutar den 20201231

2.2 Medelsförvaltarens åtaganden Medelsförvaltaren ansvarar för att nödvändiga resurser för att genomföra verksamheten i Bilaga 1

(Infrastrukturens verksamhet) ställs till infrastrukturens förfogande och används i enlighet med

respektive moduls beskrivning i ansökan samt Rådet för Forskningens Infrastrukturs beslut.

Medelsförvaltaren ansvarar vidare för att:

det finns avtal mellan alla medlemmar i konsortiet där deras inbördes åtaganden, villkor och

annat av betydelse för samarbetet regleras. Avtalet ska vara förenligt med Vetenskapsrådets

villkor för bidraget, samt finnas på plats då utbetalning av bidraget påbörjas.

alla medlemmar i konsortiet uppfyller Vetenskapsrådets villkor för bidraget.

infrastrukturens verksamhet bedrivs på ett ändamålsenligt och kostnadseffektivt sätt,

omgående meddela Vetenskapsrådet om verksamheten vid infrastrukturen inte längre kan

bedrivas i enlighet med villkoren.

bidrag till infrastrukturen, från andra än Vetenskapsrådet, inte har villkor eller bindningar

som påverkar infrastrukturens objektivitet, oberoende eller tillgänglighet.

den forskning som stöds av infrastrukturen inte har villkor eller bindningar som påverkar

infrastrukturens objektivitet, oberoende eller tillgänglighet.

att verksamheten bedrivs i enlighet med gällande lagstiftning och förordningar samt att

nödvändiga tillstånd finns.

Att en avvecklingsplan finns. Avvecklingsplanen ska beskriva hur infrastrukturen kommer att

hantera en situation när Vetenskapsrådets stöd avvecklas. Planen ska adressera hur tidigare

gjorda investeringar, insamlade prover och data o.s.v. ska tillvaratas på ett strukturerat och

ändamålsenligt sätt.

2.3 Medlemmar i konsortiet Följande lärosäten eller institutioner med forskningsansvar ingår i konsortiet för Nationell

Bioinformatik Infrastruktur Sverige:

Uppsala universitet (medelsförvaltare)

Chalmers tekniska högskola

Göteborgs universitet Karolinska Institutet

Kungl. tekniska högskolan


Linköpings universitet

Lunds universitet

Naturhistoriska riksmuseet

Stockholms universitet

Sveriges lantbruksuniversitet

Umeå universitet

Om konsortiets sammansättning ändras ska detta meddelas till Vetenskapsrådet, samt ett nytt avtal

mellan medlemmarna upprättas. För förändring av konsortiets sammansättning gäller vad som

stadgas i 4.2 Bidragsperiod och dispositionsrätt.

2.4 Rapportering av verksamhet Rapportering till Vetenskapsrådet sker enligt nedan:

strategisk plan ska inkomma till Vetenskapsrådet senast den 15:e juni 2018

verksamhetsplan ska inkomma till Vetenskapsrådet senast den 30:e april 2018. Därefter

årligen för nästkommande år senast den 15:e november

verksamhetsberättelse för föregående år ska årligen inkomma till Vetenskapsrådet senast

den 15:e april, med start 2019

nyckeltal för föregående år ska rapporteras årligen till Vetenskapsrådet senast den 15:e april.

Nyckeltal rapporteras i mall som tillhandahålls av Vetenskapsrådet

lista över vetenskapliga publikationer som producerats med hjälp av data från

infrastrukturen ska rapporteras årligen till Vetenskapsrådet senast den 15:e april

Med strategisk plan avses ett dokument som ska beskriva infrastrukturens planerade verksamhet och

utveckling, inklusive större investeringar, under minst en femårsperiod framåt i tiden.

Den strategiska planen ska ange mål och en långsiktig handlingsplan för jämställdhet i användning,

styrning och annan verksamhet vid infrastrukturen.

Verksamhetsplanen ska innehålla en plan för att uppnå/bibehålla jämställdhet i användning, styrning

och annan verksamhet vid infrastrukturen.

All återrapportering sker enligt instruktioner från Vetenskapsrådet.

2.5 Utvärdering Vetenskapsrådet kan vid behov genomföra en utvärdering av infrastrukturen under bidragsperioden.

Syfte, tidpunkt och former för utvärderingen fastställs av Vetenskapsrådet och meddelas

medelsförvaltaren senast två månader innan utvärderingen startar.

2.6 Ange Vetenskapsrådet som finansiär Vid information om infrastrukturen ska Vetenskapsrådets stöd nämnas. Vid publicering och annan

spridning av resultat från forskning som möjliggjorts av infrastrukturen ska detta anges genom att

infrastrukturens namn, samt driftsbidragets diarienummer vid Vetenskapsrådets anges. Vid

publicering av vetenskapliga originalartiklar ska detta anges under rubriken Acknowledgements1 eller

1 Exempel på text som kan användas: ”We acknowledge INFRASTRUCTURE for provisioning of facilities and experimental support and we would like to thank x, y and z for assistance. INFRASTRUCTURE receives funding through the Swedish Research Council under the grant no xxxx-yyyyy."

Diarienummer för infrastrukturen: 2017-00656 motsvarande rubrik. Denna skyldighet gäller såväl infrastrukturens personal som forskare som

använder infrastrukturen.

2.7 Tillgång till infrastrukturen Infrastrukturen ska vara öppet tillgänglig, vilket innebär att användarna ska beviljas tillgång till

infrastrukturen genom en transparent process baserad på vetenskaplig excellens, samt att

användarna ska erhålla adekvat stöd för att nyttja infrastrukturen.

2.8 Tillgängliggörande av forskningsdata m.m. Forskningsdata och mjukvara som tas fram vid infrastrukturen ska göras öppet tillgängliga så snart

det är möjligt.

Prover som samlas in vid infrastrukturen ska göras tillgängliga så snart det är möjligt.

2. 9 Medverkan i internationella infrastrukturer eller organisationer Nationell Bioinformatik Infrastruktur Sverige ansvarar för den svenska noden i den internationella –

infrastrukturen Elixir (dnr xxxx).

3. Ledning och styrning Medelsförvaltaren ansvarar för att utse en styrgrupp för infrastrukturen, efter samråd med

Vetenskapsrådet.

3.1 Styrgruppens sammansättning Styrgruppen ska vara brett nationellt förankrad samt ha en jämn könsfördelning.

3.2 Styrgruppens uppdrag Styrgruppen ska:

besluta i strategiska frågor rörande infrastrukturens verksamhet (inklusive vetenskap,

ekonomi och organisation), t.ex. genom att fastställa budget, verksamhetsplan,

verksamhetsberättelse, strategisk plan och avvecklingsplan.

fastställa policyer för infrastrukturens verksamhet, t.ex. för:

o prioritering av tillgång till infrastrukturen,

o tillgängliggörande av forskningsdata och mjukvara som tas fram vid/med hjälp av

infrastrukturen,

o kommersiell användning av resultat som tagits fram vid infrastrukturen.

4. Finansiella bestämmelser Andra stycket under avsnitt 3.1, samt hela avsnitt 3.2 i Vetenskapsrådets generella villkor för bidrag

till forskning eller forskningsstödjande verksamhet ska inte gälla.

4.1 Förvaltning av bidraget Bidraget får endast användas för drift i infrastrukturen samt utveckling och test av funktionalitet ,

vilket ska framgå av Bilagan Infrastrukturens verksamhet. Verksamhet som inte framgår av Bilagan

Infrastrukturens verksamhet kan ingå efter skriftlig överenskommelse med Vetenskapsrådet.

Bidraget får inte användas som finansiering av medverkan i EU-projekt om detta inte särskilt

överenskommits. Bidraget får inte heller användas för doktorandlön, utbildningsbidrag, forskarskola,

konferensbidrag, forskarutbyte, resebidrag för forskare som använder infrastrukturen, eller liknande.


4.2 Dispositionsrätt och bidragsperiod För att betydande ändringar av bidragets disposition ska tillåtas, t.ex. delvis ändrad inriktning av

verksamheten eller organisatoriska förändringar, krävs en skriftlig framställan från medelsförvaltaren

till Vetenskapsrådet. Vetenskapsrådet kan efter prövning och inom ramen för beslutet om bidrag

bevilja ändringar.

4.2.1 Bidrag för drift

Den del av bidraget som avser driftskostnader betalas ut månadsvis och får endast disponeras under

bidragsperioden, tillika dispositionstid (anges under 2.1).

4.3 Förtida avveckling av bidraget Avsnitt 4.1.2 i Vetenskapsrådets generella villkor för bidrag till forskning eller forskningsstödjande

verksamhet ska inte gälla.

Om villkoren för utlysningen enligt utlysningstexten inte längre är uppfyllda kan Vetenskapsrådet

besluta om förtida avveckling av bidraget.

4.3.1 Bidrag för drift

Om kostnader för drift, vid tidpunkten för beslut om förtida avveckling av bidraget, understiger det

av Vetenskapsrådet beviljade bidraget för drift ska outnyttjat bidrag återbetalas till Vetenskapsrådet.

4.4 Redovisning av bidraget

4.4.1 Bidrag till drift

En ekonomisk redovisning av föregående års bidrag till drift ska årligen inkomma till Vetenskapsrådet

senast den 15:e april. Den första redovisningen sker 2019 För detta används den blankett som

Vetenskapsrådet tillhandahåller.

En ekonomisk slutredovisning av driftsbidraget sker senast den 15:e april året efter att

bidragsperioden avslutats.

4.4.3 Revisorsintyg

Om Vetenskapsrådets totala bidrag till infrastrukturens verksamhet under den aktuella

bidragsperioden uppgår till fem miljoner kronor eller mer ska ett revisorsintyg från

auktoriserad/godkänd revisor bifogas till den årliga ekonomiska redovisningen, samt till den

ekonomiska slutredovisningen. Revisorsintyg ska även bifogas från övriga konsortiemedlemmar om

de tar emot minst fem miljoner per år av bidraget. Revisorsintyg från internrevisor accepteras.

I revisorsintyg intygar revisor att redovisade kostnader för projektet hämtats ur lärosätets

redovisning, att kostnaderna har uppkommit under den bidragsperiod som framgår av beslutet, att

kostnaderna är verifierade (styrkta) och att lärosätets redovisningsrutiner är utformade i enlighet

med god redovisningssed.

4.5 Återbetalning av outnyttjat bidrag

4.5.1 Återbetalning av outnyttjat bidrag till drift

Om kostnader för drift, i slutredovisningen, understiger det av Vetenskapsrådet beviljade bidraget

för drift ska outnyttjat bidrag återbetalas till Vetenskapsrådet.


5. Byte av medelsförvaltare Byte av medelsförvaltare kan ske efter beslut av Vetenskapsrådet. Anhållan om att byta

medelsförvaltare ska undertecknas av rektor vid medelsförvaltaren, den tilltänkta medelsförvaltaren,

samt rektorerna vid alla lärosäten som är medlemmar i konsortiet.


Bilaga 1: Infrastrukturens verksamhet

Vetenskapsrådets stöd till infrastrukturen är i enlighet med den verksamhet som finns beskrivet i

ansökan, med undantag för följande som inte ingår i Vetenskapsrådets bidrag:

Modul 7B (International – Swedish ISBE node)


Bilaga 2: Nyckeltal för årlig återrapportering av infrastrukturens

verksamhet. Följande nyckeltal ska återrapporteras till Vetenskapsrådet enligt instruktion. Observera att

formuleringarna nedan är preliminära och att den exakta ordalydelsen kommer bestämmas innan

första återrapporteringsdatumet. Nyckeltal markerade med * ska fördelas inom kategorierna

män/kvinnor, nationella/internationella & interna/externa (med avseende på konsortium eller

motsvarande), .

Antal unika användare av infrastrukturen.* /obligatorisk/

Antal unika användare per ämnesområden (ange SCB-koder på tresiffernivå). /obligatorisk/

Antal anställda vid infrastrukturen fördelat på kvinnor respektive män. (nationella

infrastrukturer)

Antal unika användare som är akademiska forskare respektive övriga. /”Övriga” kan delas

upp ytterligare i industriella/privata användare, landsting eller annan offentlig verksamhet. /

/obligatorisk/

Antal unika användare per funktionalitet i infrastrukturen. /används vid behov om

infrastrukturen tillhandahåller moduler/tjänster med vitt skilda funktioner/

Antal vetenskapliga artiklar och patent som infrastrukturen bidragit till. /om tillämpbart/

Antal dataset som tagits fram vid infrastrukturen och som gjorts öppet tillgängliga (inklusive

lista med unika identifierare för dataseten). /används vid behov/

Antal ansökningar om tillgång till infrastrukturen, samt antal beviljade ansökningar.*

/obligatoriskt/

Antal ansökningar om prover från infrastrukturen, samt antal utlämningar.* /om tillämpbart/

Antal ansökningar om dataleverenser från infrastrukturen, samt antal utlämningar.* /om

tillämpbart/

Bilaga 3

2017-03-07Ansökan

Uppsala universitet

Information om projektledare

Namn: Bengt Persson

Födelsedatum: 19610828

Kön: Man

Dr-examen:

Akademisk titel: Professor

Arbetsgivare: Uppsala univers i tet

Medelsförvaltare: Uppsala univers i tet

Hemvist: Inst för cel l - och molekylärbiologi

Information om ansökan

Utlysningsnamn: Forsknings infrastruktur Infrastruktur av nationel l t intresse 2017

Bidragsform: Forsknings infrastruktur

Sökt inriktning: Infrastruktur av nationel l t intresse

Ämnesområde utlysning: FI

Projekttitel (svenska): Nationel l BioinformatikInfrastruktur Sverige (NBIS) och svensk nod i El ixi r (deneuropeiska infrastrukturen för biologisk information)

Projektstart: 2018-01-01

Sökt beredningsgrupp: FI-BU

Projektslut: 2021-12-31

Klassificeringskod: 10203. Bioinformatik (beräkningsbiologi ) (ti l lämpningar under 10610, 1), 10610.Bioinformatik och systembiologi (metodutveckl ing under 10203)

Nyckelord: Bioinformatics , Systems biology, Genomics , Large-scale analys is

Sökta medel

År:

Belopp:

2018

17 000 000

2019

19 000 000

2020

21 000 000

2021

23 000 000

1 / 187

Medverkande Organsationer*

Uppsala University (UU; host organisation)Chalmers University of TechnologyUniversity of Gothenburg (GU)Karolinska Institutet (KI)Royal Institute of Technology (KTH)Linköping University (LiU)Lund University (LU)Swedish Museum of Natural History (NRM)Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)Stockholm University (SU)Umeå University (UmU)

Infrastrukturens namn (svenska)*

Nationell BioinformatikInfrastruktur Sverige (NBIS) och svensk nod i Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information)

Infrastrukturens namn (engelska)*

National Bioinformatics Infrastucture Sweden (NBIS) and the Swedish node in Elixir (the European infrastructure for biological information)

Abstract (engelska)*

NBIS enables world-class life science by providing expert knowledge, creative data integration, advanced training, efficient data publication and access to high-performance data and analysis methods. NBIS coordinates bioinformatics support within Sweden and makes bioinformatics easily accessible for life science researchers.We provide advanced user support to meet the three major scientific challenges: a) Continuous technical scale-up providing unprecedented amount of heterogeneous omics data, b) Breakthrough of system-level analyses in biomedical research, c) Large-scale omics making a major leap into translational research and diagnostics. Usage of NBIS has increased considerably every year from 2011, reflecting the growing demand for bioinformatics analyses. This at the same time as increasingly more research groups are recruiting and training their own bioinformatics expertise. We meet this growing demand by actions along the three lines: a) increased consultancy to help users, b) increased training activities, c) provision of user friendly tools and databases enabling researchers to perform more bioinformatics analyses on their own.Furthermore, NBIS forms the Swedish contact point to the Elixir, providing life-science researchers access to necessary data and tools, and enabling data storage and handling more cost-efficient. Sweden has contributed to Elixir with the Human Protein Atlas, and through EU-funding further activities are added.

Beskrivande information

2 / 187

Populärvetenskaplig beskrivning (svenska)*

NBIS:s vision är att möjliggöra forskning i världsklass genom att tillhandahålla expertkunskap, dataintegrering, avancerad utbildning, effektiv datapublicering och tillgång till storskaliga analysverktyg och viktiga databaser. NBIS utgör en gemensam kontaktpunkt för alla som behöver bioinformatiksupport och gör därmed bioinformatik lättillgängligt för forskare.Syftet med NBIS är att tillhandahålla avancerad bioinformatiksupport på nationell nivå för alla universitet/motsvarande samt analysverktyg och databaser till svenska forskare som därvid får nödvändiga förutsättningar att bedriva internationellt ledande livsvetenskap. NBIS utgör också den svenska kontaktpunkten till Elixir (den europeiska infrastrukturen för biologisk information) och ISBE (den europeiska infrastrukturen försystembiologi). Organisationen av NBIS skall vara flexibel och anpassas till förändrade supportbehov över tid i takt med att nya tekniker utvecklas och används.NBIS stödjer såväl små och nya forskargrupper med bioinformatikkompetens i olika områden som stora etablerade forskargrupper ofta med egna bioinformatiker med behov av specialexpertis i vissa områden. I takt med att forskarna blir mer och mer förtrogna med bioinformatikanalyser, kommer NBIS att tillhandahålla mer och mer avancerad expertis.NBIS utgör en långsiktig infrastruktur som tillhandahåller bioinformatiksupport inom många centrala områden: genomik, proteomik, metabolomik, systembiologi och dataintegrering. NBIS strävar också till att katalysera användning av dessa storskaliga tekniker för klinisk diagnostik. NBIS tillhandahåller specialexpertis inom genomannotering och genom-assembly-beräkningar, hjälper forskare med datapublicering och ger avancerade kurser för att utbilda användarna i att effektivt utnyttja bioinformatikens möjligheter.En fördel med en nationell infrastrutur som NBIS är att den kan tillhandahålla en mängd olika specialiteter till ett forskningsprojekt som är svårt att organisera för en enskild forskargrupp. Specialisterna i NBIS är också väl insatta i sina respektive expertområden och kan bidra med denna kompetens i en mängd olika forskningsprojekt.De närmaste åren står livsvetenskaperna för flera utmaningar, där NBIS kommer att vara essentiell. Det gäller den pågående utvecklingen inom storskalig DNA-sekvensning där teknikframstegen gjort det möjligt att använda DNA-sekvenser i en mängd nya områden. De sjunkande kostnaderna gör också att projekten blir större och mer data genereras. Dessutom kommer nu flera olika typer av data från olika storskaliga tekniker. NBIS tillhandahåller nödvändig bioinformatikexpertis och nya effektiva analysverktyg.En annan utmaning är det pågående genombrottet för analyser på systemnivå. NBIS kommer att tillgängliggöra systembiologiska metoder och verktyg så att världsledande forskning kan bedrivas.Den tredje utmaningen gäller överföring av bioinformatiska storskaliga analyser till klinisk diagnostik i sjukvården. Internationellt går denna utveckling nu med stormsteg, och NBIS kommer att bidra med specialkompetens så att detta sker även i Sverige genom nära samarbete med SciLifeLabs plattformar i klinsk genomik.Verksamheten inom NBIS kommer successivt att förändras över tid i takt med att användarnas behov skiftar, och NBIS:s styrelse kommer årligen att justera aktiviterna för att på bästa sätt tillgodose användarnas behov. NBIS kommer också att föra en regelbunden dialog med användarna och universiteten för att tillse att aktiviterna utvecklas optimalt.Elixir utgör infrastrukturen för biologisk information i Europa och stöder forskning inom livsvetenskaperna samt dess överföring till medicin, miljö, bioindustri och samhället i övrigt. Sverige har sedan 2013 en Elixir-nod för att dels på europeisk nivå tillgängliggöra data och metoder/verktyg framtagna i Sverige, dels ge svenska forskare tillgång till data, verktyg, beräkningsresurser, datahanteringssystem och kompetens som tillhandahålls via Elixir.Svensk medverkan i Elixir har stor betydelse för forskningen och utveckligen i landet genom att:– Elixir ger tillgång till verktyg, metoder och kompetens för att hantera och analysera data inom livsvetenskaperna– Europeisk samordning gör datahantering billigare än om Sverige gör allt på egen hand– Elixir ger tillgång till ett kompetensnätverk och avancerad utbildning.Medverkan i Elixir ger även ökad exponering för svensk forskning.

3 / 187

Nationell/Internationell infrastruktur*

Medel söks för Internationell infrastrukturMedel söks för Nationell infrastruktur (Sverige)

Område/Infrastruktur*

Område: Infrastruktur inom bioinformatik Infrastrukturer inom detta område: NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden) och ELIXIR (European infrastructure for bioinformatics)

4 / 187

Redogörelse för etiska överväganden*

Cf. Annex A, section 5 and Annex B, sections 2.3 and 2.4.

I projektet ingår hantering av persondata

Ja

I projektet ingår djurförsök

Nej

I projektet ingår humanförsök

Nej

Infrastrukturens mål och verksamhet

Vetenskaplig plan*

Se nästa sida för bilaga.

5 / 187

Annex A – Scientific Plan 1

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) and the Swedish node in Elixir (the European infrastructure for biological information) The National Bioinformatics Infrastructure Sweden was established in 2016, as a continuation of BILS (Bioinformatics Infrastructure for Life Sciences), WABI (Wallenberg Advanced Bioinformatics Infrastructure), SILS (Systems Biology Infrastructure for Life Sciences) and the SciLifeLab Bioinformatics Platform, to in a coordinated manner form a single point of contact for all users needing bioinformatics support. NBIS thus has all types of bioinformatics support within one organisation, facilitating user contacts and enabling more efficient service provision.

1. Short description of the infrastructure 1.1. Aim NBIS provides excellence in bioinformatics support to researchers in Sweden, enabling world-class life science by offering expertise, tools and training. Furthermore, NBIS forms the Swedish contact point to Elixir (the European infrastructure for biological information) and ISBE (Infrastructure for Systems Biology in Europe). The organisational structure allows for changes in support needs over time as new techniques are developed and utilised. NBIS supports both research groups not having their own bioinformatics resources and large established research groups with their own bioinformaticians needing specialised expertise. As life scientists get successively more educated in bioinformatics, the scope of NBIS will be shifted towards a focus on more advanced expertise.

1.2. Meeting the VR1 criteria to be an infrastructure of national interest Be of broad national interest. Life sciences including biology/biochemistry/ biotechnology/medicine – for which bioinformatics is a fundamental necessity – constitute an important part of Swedish research, where achievements contribute new and profound science in areas such as medicine, global environment and biodiversity, and are instrumental to biotechnological innovations and developments. NBIS nodes are established covering several topics and at all large universities. During 2016, NBIS provided support to 264 PIs in over 300 projects.

Provide opportunities for world‐leading research. NBIS provides the necessary competence and tools to allow for simultaneous exploitation of vast amounts of biological data coming from different research fields and derived at different scales, from molecule to organism and population. The infrastructure also enables integration of biological data to information from other disciplines, such as chemical, medical and environmental data. NBIS experts contribute with essential techniques in analysing large-scale omics data. In this way NBIS is a key national infrastructure for research and development in life science by providing state-of-the-art expertise in bioinformatics at a level of competence that single research groups are not able to sustain. By focused efforts in data integration and systems modelling, NBIS also glues together the other data-producing life science facilities in Sweden to open up new and exciting research horizons. Furthermore, by our membership in the European infrastructure Elixir we get access to resources not available within the national infrastructure NBIS.

Beusedbyseveralresearchgroups/userswithhighlyadvancedresearchprojects. Biology is by far the largest research community with over half a million life science researchers in Europe2. Leading Swedish research groups within life sciences are already heavy users of

1 VR=Vetenskapsrådet (Swedish Research Council) 2 EU report ”Enabling science” (2013), http://ec.europa.eu/research/infrastructures/pdf/enabling-science.pdf

6 / 187

Annex A – Scientific Plan 2 available bioinformatics resources, and they express needs for increased integration, availability, and extension of available databases and tools. Since 2010, the predecessors of NBIS have made a big impact in providing advanced support to researchers in 300–400 projects yearly with PIs from all major universities (cf. section 4).

Besoextensivethatindividualgroupscannotmanagethemontheirown. Biological and medical research is in the middle of a major transformation towards large-scale data driven science. This transformation has been ongoing for some years, and is expected to continue over the next decade at least, and includes rapid increase in:

Volumes: A rapid increase in cheap, large-scale data production Heterogeneity: A growing and rapidly changing range of data types

This requires more advanced bioinformatics support to be provided by NBIS having: Breadth: Support provided to several hundred Swedish research groups Depth: Many NBIS experts possess rare, sometimes unique, expertise in specific

areas

A broad range of bioinformatics expert knowledge is fundamental for today’s large-scale analyses of omics data as well as state-of-the-art biophysical experiments in living cells, and no individual lab can meet and explore all these possibilities on its own. To ensure an internationally leading position in the life sciences, NBIS secures a sustainable and adaptable Swedish framework for high-performance data handling, expert bioinformatics know-how, creative data integration, and efficient knowledge transfer. NBIS also ensures health benefits for Swedish patients by catalysing the transition of large-scale omics into clinical applications.

Havealong‐termplanaddressingscientificgoals,financing,anduse.The main goal of NBIS is to provide advanced support at state-of-art level for life science in Sweden. NBIS has a rolling five year strategic plan decided by the board and discussed with relevant stakeholders, so that the infrastructure is providing the support our user communities require. There is long-term financial commitment (cf. budget annex) from the major universities, SciLifeLab and KAW (Knut and Alice Wallenberg Foundation). NBIS serves a large and growing research community, and accessibility to both new and recurrent users is a key aspect of our operation. We will ensure this by: National visibility: NBIS has project support staff permanently located at all major

Swedish universities. NBIS staff should be drivers in regional, national, and international bioinformatics networking and knowledge transfer.

Teaching and outreach: NBIS is already today the main provider of advanced bioinformatics training in Sweden, with NBIS staff being involved in over 40 training activities in 2016. The aim is to even further scale up training activities offered by NBIS during the application period. NBIS also performs regular open user meetings across Sweden, and has recurrent open calls enabling users to suggest priority areas to the board.

Providing tools and infrastructure: NBIS already today strives to provide easily accessible tools and guidelines to the user community as open source, but intensifying these efforts will be a focus area during the next years. NBIS also serves the community as a whole by extensive help to users in making their data publicly available.

Be open and easily accessible for researchers and have a plan for improvingaccessibility (concernsbothuseof the infrastructure,access tocollecteddata,andpresentation of results). NBIS has staff at all large universities providing an easy access point to the infrastructure. All support requests are submitted via a support form for efficient management and to provide transparency regarding ongoing support activities. Access to NBIS is described in more detail in section 3.5. Within bioinformatics, there is since long an open-source philosophy, where tools and databases are provided freely for the scientific community. We have allocated resources for user support and for development of user-friendly interfaces to bioinformatics tools and databases, in order to make these valuable research resources available

7 / 187

Annex A – Scientific Plan 3 to a greater community. NBIS has a data management team helping users to make their data accessible internationally; these activities are coordinated with Elixir on the European level. Software developed is made open source and available for the scientific community.

Other aspects can also be considered in decisions on funding, e.g. the strategicimportanceof the infrastructure for research,or its role inbuildingupexpertise. Genomics and other life science domains are projected to overtake other research domains in sheer data volumes within the coming decade. NBIS is a highly strategic infrastructure for Sweden that should cope with the avalanches of biological data that are now made available with current and future high-throughput techniques. The infrastructure is crucial for being at the front line of research within life sciences. By taking an active part in Elixir we are given the possibility to influence the development of future standards and procedures for biological information, which will benefit the Swedish life science community.

2. Vision and scientific goals 2.1. Vision NBIS enables world-class life science research to maximise scientific and societal impact of publicly and privately funded research by providing expert knowledge, creative data integration, advanced training, efficient data publication and access to high-performance data and analysis methods. NBIS coordinates bioinformatics support within Sweden and makes bioinformatics easily accessible for life science researchers.

2.2. Scientific goals NBIS constitutes a sustainable infrastructure enabling bioinformatics analyses in life science, offering advanced expertise for analyses in genomics, proteomics, metabolomics and systems biology, including provision of user-friendly and efficient tools for large-scale analyses and data integration. NBIS provides support in organising and analysing complex omics data, with a focus on enabling integrative and systems biology approaches. NBIS further aims to catalyse transitions of large-scale omics approaches into clinical use. NBIS provides access to genome annotation and assembly expertise, supports data publication, and engages in advanced bioinformatics training. NBIS coordinates the Swedish Elixir node and engages in Nordic and European collaborations. The majority of the user groups are at academic institutions, but NBIS also interfaces with hospitals and industry for mutual benefits. NBIS provides specialised competence having experts in multiple essential domains of large scale analyses, but also has generalists able to integrate data from different omics areas. One of the strengths with NBIS is the ability to assign several experts from different domains when this is required in a project. This is in line with the VR report3 by Anders Ynnerman “Swedish Science Cases for e-Infrastructure”, recommending: “2. Development of methods, tools and software within core disciplines is necessary to make breakthroughs. 3. Advanced and long-term user support and human infrastructures are keys to e-Science adoption.”

2.3. Support and infrastructure activities From a user perspective, NBIS offers nation-wide support, data, tools and training. For support projects (except WABI), NBIS has user fees. Resources are prioritised, giving high priority to scientific excellence. User access to NBIS is described in more detail in Annex B, section 3. Areas of support: Genomics is NBIS’s largest area of custom-tailored bioinformatics support, and with a continued drop in cost-per-base, further development of long-read technologies and a dramatic improvement of single-cell sequencing, we expect this field to 3 https://publikationer.vr.se/wp-content/uploads/2014/06/VR-1406_webb.pdf

8 / 187

Annex A – Scientific Plan 4 remain in a high demand of advanced support. We will also keep building on our current successful support in proteomics, protein bioinformatics, biostatistics and metabolomics. While all of these areas are of major importance, the clearest trend that we see today is the increased use of combined datasets to answer complex research questions. To meet this demand, we will in the coming years intensify our efforts in providing technical solutions for integrative studies. During the next years, we also anticipate the wealth and diversity of biological data to promote a leap in model-based system-wide research. Within the systems biology unit, building on world-leading Swedish and international research, NBIS aims to be in the forefront of this paradigm shift, to enable ground-breaking Swedish research using both top-down and bottom-up biological modelling. NBIS provides the infrastructure and accompanying knowledge for data management, data publication, systems development and support of bioinformatics tools. We also support compute and storage in these areas if not funded via SNIC (Swedish National Infrastructure for Computing). Finally, we provide advanced training in all these areas mentioned above.

The advantages of an infrastructure like NBIS are: Guarantee for excellence – NBIS can provide a multitude of expertise, which is difficult to

match from a locally employed bioinformatician. Long term stability – NBIS is a sustainable resource in contrast to Ph.D. students or post-

docs who need to move on when the time-limited position is ending. Effective use of resources – The large scope of many projects puts an increased demand on

the ability to analyse the data effectively, using considerable programming/scripting skills, needed to automate much of the analysis. This is outside of the competence of most biological/medical researchers.

Reproducibility – NBIS will establish systematic procedures to ensure that all analyses from supported projects are reproducible and that the related data and source code becomes deposited in public repositories (with human sensitive data subject to controlled access).

Critical mass – it is hard to reach a critical mass of bioinformaticians in an individual research group and therefore not possible to get synergies from the collective learning.

The planned activities are described in more detail in Annex B, section 2.

3. Scientific motivation and Survey of the field 3.1. Three challenging areas the next years A continuous technical scale‐up will provide an unprecedented amount ofheterogeneousomicsdata.Life science research is undergoing a complete transformation by the rapid increase in the amounts and heterogeneity of omics data, opening opportunities to address an ever-growing palette of fundamental research questions in completely new ways. This development is showing no signs of slowing down, and no individual lab can meet and explore all these possibilities on its own. NBIS gives Swedish researchers a great advantage and supports them to perform cutting edge research in many areas of life science. NBIS is also able to provide a national framework for high-performance data handling, expert know-how, creative data integration, and efficient knowledge transfer.

Theongoingbreakthroughofsystem‐levelanalysesinbiomedicalresearch. Just like omics techniques have already transformed biology, systems modelling will in the next few years switch from mainly methodological development into biological applications, with implications to major life science research fields. NBIS builds on world-class Swedish research4 to put Sweden at the international forefront of adapting system-wide approaches to new research

4 e.g. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002518 and science.sciencemag.org/content/347/6220/1260419.long

9 / 187

Annex A – Scientific Plan 5 questions, and to make these accessible and usable for a wide range of biological and medical scientists. NBIS is currently investing in a strategic build-up of systems biology tools and know-how.

Large‐scaleomicsismakingamajorleapintotranslationalresearchanddiagnostics. There is an international explosion of promising medical applications using large-scale omics to improve diagnostics and health care. There are a few brilliant examples of this in Sweden too, but the majority of the Swedish clinics are completely unprepared for this development. NBIS, in close collaboration with data-producing infrastructures, e.g. SciLifeLab Next Generation Diagnostics platform, will provide high-quality clinical method adaptation and expert advice for improved and cost-efficient health care. This is important for future diagnostics and treatment and of direct interest for hospitals and the society in general.

3.2. The necessity of advanced bioinformatics in life science research As stated above, life sciences have undergone an immense transformation during the recent years. Biology and medicine have become information sciences and new areas of comparative biology have opened. Bioinformatics is crucial by providing tools to efficiently utilise these gold mines of data in order to better understand the roles of proteins and genes as well as patterns and processes of biodiversity and natural ecosystems and to generate hypotheses for new experiments. Therefore, bioinformatics has become increasingly important, supporting all branches of life sciences, with emphasis on biology and medicine, and also of industrial importance for development of new drugs, nutrition, agriculture, forestry and aquaculture. Already in 2006, ESFRI (European Strategy Forum for Research Infrastructure) stated “Bioinformatics is today a prerequisite for all experimental and applied biology, including drug discovery, human genetics and epidemiology”. This was the start of Elixir – the European infrastructure for biological information, which has catalysed the development of national infrastructures across Europe, including Sweden. Elixir is now in its permanent phase and was recently awarded a large EU infrastructure grant (Elixir-Excelerate) to start service deployment and provide sustained operations. NBIS is a node in Elixir, enabling Swedish users to better benefit from the progress in Elixir and making Swedish tools visible on the international arena. Sweden has been active since the start of Elixir, and Sweden contributes with the Human Protein Atlas and its integration into the Elixir landscape. With the recent EU funding of the Elixir-Excelerate project 2015–2019, additional contributions will be done from Sweden, particularly in the areas of data management, sensitive data, genome annotation, and data interoperability. NBIS provides Sweden the necessary means to allow for simultaneous exploitation of vast amounts of biological data coming from different research fields and derived at different scales, from the molecule to the organism, and even to the population. It also allows for integration of these data with information from other disciplines, such as chemical, medical and environmental data.

3.3. National bioinformatics infrastructures A national bioinformatics infrastructure enables keeping advanced user support at a level that single research groups cannot reach. We provide specialised expertise in a number of areas, and our staff can simultaneously participate in multiple projects. Thus, the research groups do not need to train their own staff for this specialised expertise that is only needed for part of a research project. National bioinformatics infrastructures have proven to be both necessary and cost-effective organisations to provide essential support for scientists in life sciences and related fields. An independent evaluation (http://www.beagrie.com/static/resource/EBI-impact-summary.pdf) of the return on investment that was conducted for the EMBL-EBI estimated that the impact was equivalent to more than 20 times the direct operational cost. In Europe, Switzerland has

10 / 187

Annex A – Scientific Plan 6 pioneered this area with SIB, Swiss Institute of Bioinformatics, now 19 years old with ~750 staff, of which ~250 are assigned for bioinformatics support (http://www.isb-sib.ch). Similarly, in Norway and the Netherlands national bioinformatics infrastructures have been up and running for more than 10 years. In Sweden, BILS was initiated in 2008 with a pilot grant from VR, and since 2010 BILS has been a distributed national research infrastructure, expanding from 5 staff in 2010 to 54 staff in 2015, in response to increased user requirements and thanks to additional contributions from the universities and SciLifeLab. WABI started in 2013, complementing BILS activities by providing long-term support to scientifically excellent projects. WABI has expanded from 10 staff in 2013 to 22 staff in 2016, thanks to additional funding from KAW and SciLifeLab. SciLifeLab started its bioinformatics platform in 2013, providing support in several areas including advanced user support for compute and storage that complements the hardware expertise of SNIC. In 2016, these complementary and collaborating infrastructures were assembled into one single organisation – NBIS, National Bioinformatics Infrastructure Sweden – that continues the successful activities. The advantage with now having all staff in one organisation is that the steering and management is better coordinated and that NBIS can further optimise support and infrastructure services. In 2015, the SciLifeLab Bioinformatics platform was favourably evaluated by an international panel: “The pre-evaluation report, interviews and assessments have revealed that one area with the greatest demand for infrastructure and services is 'bioinformatics'. Overall, all of these facilities are seen as crucial to the success of SLL and the uptake by the user communities was very good.” In 2012, BILS was favourably evaluated in the VR report “Interim evaluation of 11 national research infrastructures”: [BILS] “is a highly distributed infrastructure which is well organized and managed.”

3.4. Long-term effects of the infrastructure NBIS provides access to professional and usable software tools, enabling efficient analysis of large-scale omics data, interpretation of genomics studies, and integration of data from multiple analysis techniques. Easy-to-use tools and advanced training efforts enable researchers to carry out more of the data analysis themselves and to increase the competence level in analyses of large-scale complex data. NBIS has the ambition that all data and analysis results that are produced as the result of NBIS support activities shall be made publicly available in suitable Open Access repositories or archives. The necessary resources for this are integrated in the NBIS and Elixir infrastructures. NBIS would want this to be set into a policy, but to impose such a policy on the users will require the stated instruction from the funders of NBIS. The means to implement Open Access for data are described in Annex B, section 2.3. This also applies to sensitive personal data, where the metadata will be publicly available when possible and the sensitive data will be stored in a secure environment and only be available after approval from the data access committee and proper authentication and authorisation.

3.5. Access to the infrastructure NBIS has staff at all large universities providing an easy access point to the infrastructure. All support requests are submitted via a support form for efficient management and to provide transparency regarding ongoing support activities. For easy access, we arrange weekly bioinformatics drop-in sessions at all our sites across Sweden, allowing researchers to get feedback and guidance on experimental design, choice of analysis methods, software etc. Based upon the requirements from the user, our managers assign the projects to an expert in NBIS with appropriate competence; in some cases, multiple experts will be involved. Support will usually start within a few weeks from first contact with a client, if data is available.

11 / 187

Annex A – Scientific Plan 7 As the research questions and the way the data have been acquired or combined often shows scientific creativity and originality, more extensive custom-tailored project support is sometimes needed, and the WABI/Bioinformatics Long-term Support team was set up to meet this demand. To ensure scientific quality of these extensively supported projects, an independent Proposals Evaluation Committee with representatives from the major Swedish universities has been set up, ranking all submitted project applications from across Sweden 3 times annually. The support comprise 500 working hours (extensions are possible) by a senior bioinformatician, and is free of charge. As knowledge transfer is a key integral part of the support model, extensive hands-on involvement in the analyses is required from the applicant research lab. To inform users, NBIS has regular presentations at all universities, often combined with the SciLifeLab outreach activities, and at relevant conferences and workshops, e.g. SciLifeLab Day, SocBiN bioinformatics conference, SBW (Swedish Bioinformatics Workshop). NBIS also organises an annual symposium and user meeting.

3.6. New areas increasingly using bioinformatics Medicine. Genomics and other omics techniques are together with bioinformatics

increasingly used in medicine to improve diagnostics and health care. The next few years we expect an explosion in the use of these methods due to the recent advances in sequencing techniques, and the extended sequencing capacity in Sweden. The demand in areas as personalised medicine, rare genetic diseases, cancer genomics and aging disorders keeps increasing. We note that for the development of personalised approaches it implies a growing role of bioinformatics expertise.

Environmental sciences. NGS (Next Generation Sequencing) data are increasingly used in climate change studies. For example, expression of stress response genes or absence/presence of gene variants subject to selection for climate-adaptation are becoming important tools.

Population genomics. Understanding the interplay between demographic history and selection in shaping genetic diversity within species is the central theme of population genetics. For years this field has been hampered by the lack of large enough data sets to allow for proper evaluation of theoretical predictions. With the appearance of NGS technologies most research groups are now, even in non-model species, using full genome or transcriptome sequence data sets to address their questions.

Ecology. In particular for the study of microscopic organisms such as in soil ecology, amplicon-sequencing or full genome assembly is now enabling scientists to study complex networks of interactions in actual environmental samples rather than being limited to study what is possible to culture in the lab.

Evo-devo. Within the field of evolutionary developmental biology (Evo-devo) there has over the last few years been a move from targeted gene studies to explore not only complete transcriptome dynamics during organism development, but in parallel study what role epigenetic modifications, like DNA methylation and histone modifications play in this field. Furthermore, single-cell transcriptomics currently revolutionises this field but the new technique requires extensive data analyses.

Systematics. To infer better supported phylogenies, systematicians are now moving into phylogenomics. Here thousands of phylogenetic markers are sequenced using Next Generation Sequencing, compared to the handful traditionally sequenced.

3.7. Importance NBIS contributes to the interpretation of large scale omics studies in modern life science. Examples of recent high-impact studies are given in Annex B, section 2.2. The effects of the bioinformatics infrastructure are profound in many areas of life sciences. We expect NBIS to be instrumental in improving treatments for diseases, individualised therapy (personalised medicine) and to enable understanding of genetic diseases. Furthermore, we see an increased

12 / 187

Annex A – Scientific Plan 8 number of users in ecology and green biology, where also our support will have industrial applications. Access to NBIS will also increase the competitiveness in EU applications. In addition, NBIS contributes to increased national competence in bioinformatics, predominantly by our extensive training course catalogue, involvement of NBIS staff in the Bioinformatics Advisory mentorship program for PhD students and our active participation in the recently launched PhD research school for medical bioinformatics funded by VR (cf. Annex B, section 2.6). In addition, our users get individual training when we are providing support to them and the possibility to engage NBIS for mentorship/training time exists. NBIS services are available also to the private sector, on a full cost-recovery basis. We are seeing a growing interest for this and expect the utilisation of NBIS by companies and the public health sector to increase. We will therefore intensify outreach activities with the industry, viz. engaging with incubator organisations and presenting NBIS at SME events. Some of these activities are done together with the Elixir Innovation and SME programme.

4. Users NBIS has users from all Swedish major universities and predominantly from the medical, natural sciences, technical, and pharmacological faculties. NBIS is working truly nationally as can be seen from that the support time is distributed among all major Swedish universities (figure to the right showing proportions of support time). In 2016, NBIS handled over 300 projects from 264 PIs (97 female (37%) and 167 male (63%)). The diagram below to the left shows how the projects are distributed in different scientific areas. The user satisfaction is very high, as can be seen from the diagram below to the right, showing results from a recent survey among our users of Bioinformatics support (WABI).

5. Ethical considerations

In general, the ethical considerations are different within each project that we are providing support to. Studies using human data need to have ethical permits for the analyses. Since human DNA sequence data per definition are personal, we have already in 2013 setup a secure computing environment (Mosler) for compute and storage of sensitive data. This system was developed in collaboration between NBIS and SNIC/UPPMAX and is now in production and is utilised in studies of human sequence data while waiting for the SNIC Sens system (Bianca) to be available. The Bianca system builds upon experience from our Mosler system.

Chalmers3%

GU5%

KI31%

KTH2%LiU

6%LU12%

SLU4%

SU8%

UU20%

UmU9%

1 2 3 4 5

Overall rating

Technical quality

Scientific impact

Long‐term value (2 ‐ 3 years)

Knowledge transfer

In favour of SciLifeLab…

Molecular Medicine & Biomarkers

31%

Evolutionary Biology/Genetics

18%Cell and Developmental Biology

18%

Cancer Biology12%

Human Genetics11%

New Technology Development

6%

Biodiversity2%

Other2%

continuing this type of national support

13 / 187

Beskrivning av infrastrukturen och dess verksamhet*


14 / 187

Annex B – Infrastructure Description 1

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) and the Swedish node in Elixir (the European infrastructure for biological information)

1. Organisation, Leadership and Management The National Bioinformatics Infrastructure Sweden was established in 2016, as a continuation of BILS (Bioinformatics Infrastructure for Life Sciences), WABI (Wallenberg Advanced Bioinformatics Infrastructure), SILS (Systems Biology Infrastructure for Life Sciences) and the SciLifeLab Bioinformatics Platform, to in a coordinated manner form a single point of contact for all users needing bioinformatics support. NBIS thus has all types of bioinformatics support within one organisation, facilitating user contacts and enabling more efficient service provision.

1.1. Members of the consortium The National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) consists of a consortium with members from all major universities and other relevant organisations: UU (host organisation), Chalmers, GU, KI, KTH, LiU, LU, NRM, SLU, SU and UmU (hereafter called ’universities’, even if not all are universities). NBIS is a distributed infrastructure with staff placed at all the above sites. This in order to have local presence of the national infrastructure creating access points to NBIS at all sites, facilitating contacts with our users. Nevertheless, all projects are nationally prioritised and allocated to achieve best possible efficiency and transparency. All NBIS staff is placed in excellent scientific environments in order to keep up-to-date with front-line achievements in bioinformatics and to create a critical mass at each site. All members are co-funding NBIS (cf. budget annex) and are represented in the NBIS Reference Group. Since NBIS is not a legal body, our staff is employed at the organisations of the consortium. For each staff member, a contract is signed between NBIS and the respective employing organisation. The different NBIS functions (modules, cf. below) are located at different universities depending on local scientific environments and user needs. Some functions are present at several or all sites, while other functions are only present at one or few sites. Still, all staff members are working at a national level taking care of projects that are nationally prioritised.

1.2. Organisation and Leadership The NBISBoard (styrgrupp) is the strategic and scientific leading organ and has the ultimate responsibility of NBIS. It has an International Advisory Board to its help. The Board decides how the annual budget is distributed on the different support functions. It continuously follows that NBIS functions properly and has the power to suggest changes of support and infrastructure functions. The board appoints the NBIS director. The board meets 3–4 times a year. The director and technical manager participate in these board meetings, but without voting rights. The NBIS Board consists of 8 members that should be visionary and strategic, able to represent different user groups from universities and SciLifeLab and having competence in governing a national research infrastructure. The board is assigned by the host university together with VR (Vetenskapsrådet=Swedish Research Council). The current board members are: Siv Andersson, chair, Uppsala University; Peter James, Lund University; Kerstin Johannesson, University of Gothenburg; Inge Jonassen, University of Bergen; and Anders Krogh, Copenhagen University. Three additional members will be appointed during 2017.

15 / 187


The InternationalAdvisoryBoard had its first meeting with our Board in 2013. It supports the NBIS board in decision making, especially regarding strategic issues. Ideally, the NBIS board should meet with the advisory board at least once a year (either at a physical meeting, presumably in conjunction with the annual symposium, or via teleconference/video-

conference). The Advisory Board consists of international well-renowned experts, currently Amos Bairoch, Switzerland; Jaap Heringa, the Netherlands; Michal Linial, Israel; Kathryn Lilley, United Kingdom; Lars Malmström, Switzerland; and Torben Falck Ørntoft, Denmark. NBIS has a Referencegroup with representatives assigned by the participating universities. This body guarantees influence from all consortium members and will also provide contact points with each participating university. It will also help to anchor decisions as widely as possible. For the coordination and leading the daily management of the infrastructure, an NBISdirector is appointed by the Board. This is a 50% position, typically a professor in bioinformatics or other relevant field. The director has the executive responsibility for running the infrastructure, delegated from the Board. In addition, a technicalmanager (100%) is appointed leading and coordinating the technical management of the infrastructure. The activities of NBIS are divided into organisationalunits(modules), as depicted in the figure above. The managers and heads of node (in the international efforts Elixir and ISBE) together with the director form the management team that meet using video conference system at least monthly to coordinate activities and discuss operational matters. Important questions of policy, strategy and economy are put forward to the Board for decision. When time-wise suitable these meetings will be physical. The modules Training, Swedish Elixir node, and Swedish ISBE node engage staff from all units which are indicated by the horizontal bars. Some activities within the Swedish node for Elixir and ISBE are funded by EU grants. The module Systems development also has a horizontal bar indicating close interactions with the other modules in systems development projects. SciLifeLab is a national resource for large scale analyses in molecular biosciences with focus on health and environmental research. The activities are organised in ten platforms, and the SciLifeLab Bioinformatics Platform is constituted by NBIS.

1.3. Management The management team currently consists of: Bengt Persson, director

Mikael Borg, technical manager

Henrik Lantz, manager bioinformatics support

Magnus Alm Rosenblad, manager bioinformatics supp.

Dag Ahrén, manager bioinformatics support

Fredrik Levander, manager bioinformatics support

Björn Nystedt, manager bioinformatics support (WABI)

Pär Engström, manager bioinformatics support (WABI)

Thomas Svensson, manager systems biology

Ola Spjuth, manager compute and storage

Niclas Jareborg, data manager

Jonas Hagberg, manager systems development

Jessica Lindvall, manager training

Yellow numbers correspond to the ten modules

16 / 187


New support projects are assigned to the appropriate staff member(s) by the managers in the respective area. The managers prioritise the projects according to the principles set by the NBIS Board, and (for longer support projects) in agreement with the ranking by the Proposals Evaluation Committee. The managers continuously follow up that each project proceeds according to plan. The economy administration provides material for budget decisions, monitors the financial status, handles distribution of money from NBIS to the respective university twice per year and distributes invoices regarding user fees. NBIS has a web site (https://nbis.se) and a wiki (https://wiki.nbis.se) for providing up-to-date information both to our users and for internal purposes. NBIS also has a project management system facilitating tracking of projects and allowing for NBIS staff to easily share data and information with their users. Internally, NBIS has weekly text-based chats, started by BILS in 2013, where current activities are discussed in an informal manner. The NBIS chats also provide opportunities for staff members to ask general questions, exchange ideas and socialise. We also organise topical meetings focused on a particular sub-discipline, e.g. NGS, proteomics, large-scale data management, to facilitate knowledge transfer and internal networking. These are often held online to save time and travel. We have two annual retreats for the entire staff to do long-term planning, present activities so that all staff are up-to-date with the expertise in our organisation and to allow for knowledge exchange. In order to assure a continuous competence development of the NBIS staff, they have their basis in a bioinformatics research environment, providing opportunities to keep up with progress at the research frontiers and attending lectures and seminars. Furthermore, they are given time (up to 20%) for education and professional development, e.g. when involving in support tasks needing additional competence. As bioinformatics is a rapidly evolving discipline and new areas emerge, over time NBIS staff might move between different areas, depending on user needs and own interests. In order to increase the national bioinformatics networking, NBIS enables affiliation of locally funded bioinformaticians, e.g. at core facilities. This will give them access to NBIS knowledge exchange meetings, provide valuable contacts with NBIS staff performing similar work and thereby enrich their network.

2. Activities and Description of modules NBIS provides advanced user support to meet the three major scientific challenges described in Annex A: A continuous technical scale-up that will provide an unprecedented amount of heterogeneous

omics data The ongoing breakthrough of system-level analyses in biomedical research Large-scale omics making a major leap into translational research and diagnostics.

NBIS enables the Swedish life science community to be international leaders in their respective fields by providing a national framework for high-performance data handling, expert know-how, creative data integration, and efficient knowledge transfer. During the next years, we will further improve our custom-tailored support, tools, data management, and training. We will build on world-class Swedish research adapting system-wide approaches to new research questions, and to make them accessible and usable for a wider range of biological and medical scientists. Furthermore, NBIS will extend its capabilities to be able to provide expert support in genome analysis and systems development in creating tools needed for clinical genomics analyses. The utilisation of bioinformatics infrastructure as measured by number of projects and number of PIs has increased considerably every year from 2011, reflecting the growing demand for bioinformatics analyses. This at the same time as increasingly more research groups are recruiting

17 / 187


and training their own bioinformatics expertise. We meet this growing demand by actions along the three lines: increased consultancy to help users plan their studies increased training activities to educate users (mainly PhD students and post-docs) provision of more user friendly infrastructure (tools and databases) enabling researchers to

perform more bioinformatics analyses on their own

The activities are divided into 10 modules, further detailed in the following. Modules 7A and 7B are Swedish nodes in European infrastructures. Module 6–Training engages staff from modules 1–5.

Module 1 – Management and Leadership Module 2A – Bioinformatics support Module 2B – Bioinformatics support (WABI) Module 2C – Systems biology support Module 3 – Data management and data publication Module 4 –Systems development, tools & infrastructure

Module 5 – Compute and storage support that is not funded by SNIC Module 6 – Training Module 7A – International – Swedish Elixir node Module 7B – International – Swedish ISBE node

The diagram to the right shows the staffing (FTE per year) of each module during the years 2018–2021. For comparison, current level year 2017 is also shown.

Benefits/StrengthsofNBIS: Guarantee for excellence – Sweden

should be cutting-edge not only in data production, but also in data management and data analysis. NBIS ensures this by letting their experts build up a long experience in a particular technical area, and become an “expert of experts”.

Long term stability – Documented open source solutions is key to advance life science. NBIS staff is allowed time to make tools reusable, which ensures knowledge to be kept and available to researchers when needed.

Effective use of resources – We believe that programming efficacy is a key component in tomorrow’s research. Large omics projects require the data to be analysed in a computationally efficient manner, which is outside of the competence of many biological/medical researchers. NBIS provides tools and knowledge to handle projects efficiently.

Communication – Knowledge transfer is a key component in the rapidly changing field of bioinformatics. NBIS experts are drivers in regional, national and international networking, and also works closely with the data-producing life science infrastructures to ensure an efficient flow of knowledge in the community.

StrategicdevelopmentofNBISNBIS builds and learns from the successful operations from previous years. To create the best foundation for bioinformatics excellence in life science in Sweden, there are a few strategic improvements that we aim to realise during the application period. Improved method implementation

To improve the impact on the general community, we want to get system developers to work even more closely with the project support to provide the community with stable, reusable tools, which can be implemented based on code and experience from the specific projects. This is shown in section 1.2 by the green bar indicating systems developers interacting with other NBIS units.

Additional specialist teams Our customised project support is organised into broad teams of mixed competences to promote

0

20

40

60

80

2017 2018 2019 2020 2021

1 Management 2A Bioinformatics 2B Bioinfo (WABI) 2C Systems biology

3 Data management 4 Systems devel 5 Comp & Storage 6 Training

7A Elixir‐SE 7B ISBE‐SE

18 / 187


knowledge transfer, and to enable continuous adaptation to new types of studies. This is an appreciated model by our users, but needs to be complemented by specialist initiatives in strategic areas, performing support and development with a strong focus on re-usable method implementation. These specialist teams can be temporary over a couple of years or turned into permanent units. This work has begun already by the establishment of the assembly/annotation team (2013; turned into a permanent unit 2016), the Human WGS ToolBox group (2015) and the “BigData/Integrative bioinformatics” initiative (2015).

Increased efforts in study design consultancy The general bioinformatics understanding has clearly improved in Sweden in recent years (partly as a result of NBIS activities). Still, in collaboration with the data-producing infrastructures, we need to better provide our know-how regarding downstream analyses to support the early planning and design of large-scale projects. We have therefore during 2016 intensified our drop-in and consultancy sessions.

The figure to the right indicates the module dependencies. For provision of support (2A,2B, 2C) and training (6) the underpinning modules (3–5) are necessary. Contacts to the large international infrastructures are provided via modules 7A and 7B (top left).

2.1. Management and Leadership Management and leadership (module1) are described above in section 1.3.

2.2 Support Since 2010, NBIS/BILS has provided bioinformatics support in over 1300 projects from over 400 PIs. The users are from all Swedish major universities and predominantly from the medical, natural sciences, technical, and pharmacological faculties. Most projects are in the area of NGS (Next Generation Sequencing), but advanced expertise is also offered in Metagenomics, Genome Annotation, Marine Genomics, Biostatistics, Phylogenomics, Metabolomics, Systems biology, Protein bioinformatics, and Mass-spectrometry proteomics. Statistics for 2016 are given in Annex A, section 4. NBIS provides bioinformatics support in the form of different services, ranging in commitment from short meetings to extensive collaborations. On the lighter end of the spectrum, we arrange bioinformatics drop-in sessions at all sites in Sweden. These informal events allow researchers to get feedback and guidance on experimental design, choice of analysis methods, software etc. They also give the opportunity to learn more about NBIS services and how to apply. During 2016, we arranged more than 230 drop-in sessions, and they have proved to be much appreciated by the community. For one-on-one meetings, NBIS offers bioinformatics consultations, where we discuss research projects with users. This service is provided for free, but the NBIS staff do not perform any work on the users’ data. Many consultations result in a support project later on. In the bioinformatics support service the NBIS staff work actively in the projects. This service is partly funded by user fees, with a subsidised rate for academic researchers. The support service allows research group access to cutting-edge expertise that would otherwise be difficult to obtain. We are seeing an increasing interest from the private sector for this service, and we plan to increase our outreach activities to the SME and public health sectors. The WABI/Long-term Support team was set up to complement the support in meeting this demand of “routinely unique”1 studies and to provide long-term support to a limited number of 1 Chang J. (2015) Nature 520, 151–152

19 / 187


scientifically exciting projects across Sweden. Launched in the beginning of 2013, the team currently holds 22 full-time senior bioinformaticians, and has quickly been established as one of the strongest units for analyses of large-scale genomic data in Sweden. The team has expertise in both medical and evolutionary/ecological genomics and transcriptomics, complemented with know-how in proteomics and metabolomics. The projects are selected after peer review, following 3 annual calls for applications that are open to all research groups in Sweden. Knowledge transfer is a key aspect of the support model, and dedicated researchers working hands-on alongside with the support staff is required. The researchers are also offered to spend time visiting the SciLifeLab nodes working tightly together with the support team for a few days or a week at a time. As can be seen in the figure to the right, the number of publications with NBIS support increases every year. As an example, we enclose eleven publications in the annex Key references, shortly described here. We have assisted in developing IgDiscover, a generic and highly sensitive tool for identification and quantification of immuno-repertoire genes2. In another project, RNAseq was used to develop individualised tumour models in the aim to develop more efficient therapies against melanoma.3 NBIS has contributed with the annotation of Atlantic herring (sill) genome for a population-genomic study of the adaption of the sill in the Atlantic to the strömming of the brackish Baltic Sea.4 We have also provided support when the first marine angiosperm was fully sequenced revealing unique insights into the genomic losses and gains involved in achieving the structural and physiological adaptations required for its marine lifestyle.5 NBIS provided annotation to the bird-species ruff having a remarkable mating system with three morphologically very distinct types of males.6 An RNAseq-intense annotation process was employed by NBIS to annotate the crow genome, which revealed a resistance to gene flow in genes involved in feather colouring and visual perception, partly explaining the remarkable stability in colour phenotype, despite considerable gene flow.7 We have also provided support in a study to demonstrate that differences in the acute transcriptional response to insulin are primarily driven by obesity per se, challenging the notion of healthy obese adipose tissue.8 Furthermore, our support enabled deep targeted sequencing in paediatric acute lymphoblastic leukaemia unveiling distinct mutational patterns between genetic subtypes and novel relapse-associated genes.9 By thorough analysis of zebrafish whole-genome shotgun sequencing data from the recent PacBio long-read technology, together with RNA sequencing data, we assembled the sequence of a gene controlling blood vessel and blood cell development. This important gene had not previously been assembled due to its location in a complex segment near the end of a chromosome.10 We have assisted in complex analyses of allele-specific gene expression in a plant model system (Capsella grandiflora), to further understand the role of gene expression variation in evolution11. Finally, we have provided extensive bioinformatics guidance aiding the development of spatial transcriptomics, a ground-breaking technology for assaying gene expression in tissue sections, resulting in transcriptome-wide expression profiles with spatial resolution12. 2 Corcoran et al. 2016, Nature Communications 7, 13642, http://dx.doi.org/10.1038/ncomms13642; enclosed as PDF 3 Einarsdottir et al., 2014, Oncotarget 2445, http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.2445; enclosed as PDF 4 Martinez et al., 2016, eLife, 5:e12081, http://dx.doi.org/10.7554/eLife.12081; enclosed as PDF 5 Olsen et al., 2016, Nature 530, http://dx.doi.org/10.1038/nature16548; enclosed as PDF 6 Lamichaney et al., 2014, Nature Genetics 48, 84–88, http://dx.doi.org/10.1038/ng.3430; enclosed as PDF 7 Poelstra et al., 2014, Science 344, 1410–1414, http://dx.doi.org/10.1126/science.1253226; enclosed as PDF 8 Rydén et al., 2016, Cell Reports, http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2016.07.070, enclosed as PDF 9 Lindqvist et al., 2016, Oncotarget 11773, http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.11773; enclosed as PDF 10 Reischauer et al., 2016, Nature 535, 294–298, http://dx.doi.org/10.1038/nature18614; enclosed as PDF. 11 Steige et al., 2017, PNAS 114, 1087–1092, http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1612561114; enclosed as PDF 12Ståhl et al., 2016, Science 353, 78–82, http://dx.doi.org/10.1126/science.aaf2403; enclosed as PDF

20 / 187


2.2A. Bioinformatics support The module2A provides advanced user support to Swedish research groups in the areas of NGS (Next Generation Sequencing), Metagenomics, Genome Annotation, Biostatistics, Phylogenomics, Metabolomics, Protein bioinformatics, and Mass-spectrometry proteomics. The majority of the projects deal with NGS data. More sequence data are produced than ever before, and this allows researchers to answer questions that were not possible to answer using older sequencing technologies. However, the software needed to analyse the data is rarely straightforward to use and the ever-changing nature of the field also means that there are few golden standards. There is always something new to consider and a specific piece of software might quickly become outdated. This results in a situation where many researchers want to use NGS data, but few are equipped to handle the analyses themselves, and the need for bioinformatics expertise increases. Biostatistics is central in analysis of genomics data or other system-wide measurements of multiple features at the same time. Challenges in data analysis are posed by relatively small sample sizes in comparison to the number of variables studied and the complexity of the underlying biological systems. The Genome Annotation and Assembly group has been helping Swedish genome projects since spring 2013, providing genome assemblies and annotations of the highest possible standard to Swedish research projects. The work has been used in high profile publications (cf. section 2.2 above) and the service is much demanded. These projects are very complex, time-consuming, and require substantial expertise to finish. For instance, some marine organisms have genomes that are 40 times as heterogeneous as the human genome. To successfully run a genome assembly and/or annotation project, years of experience and dedicated hardware are needed. The need for increased competence in this area is also reflected in the recently funded EU grant Elixir-Excelerate, where NBIS takes an active part in the formation of a European experts network. The bioinformatics support module is staffed with 24.1 FTE, increasing to 25 FTE in 2020. This number includes locally funded 2.8 FTE that belong to NBIS and are providing support to users at local core facilities at LiU, NRM, SLU and UmU.

2.2B. Bioinformatics support (WABI) Many research projects involve very large data sets, which require extended, creative and customised analyses to accurately answer the scientific questions. The WABI model has proven highly successful for such in-depth support, with high user satisfaction and demand (cf. Annex A, section 4). The establishment of a an experienced team of mixed competences (module 2B, currently 22 FTE) has been important to support projects using combinations of techniques, adapt to new types of studies, and provide advanced bioinformatics training coupled with hands-on support. WABI is funded primarily by the Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW), with additional funding from SciLifeLab and the host universities. The support is currently free of charge, but we are planning to introduce user fees for senior scientists during late 2017 or early 2018. We will continue to offer this type of support and expand the team using income from user fees to meet the increasing demand. In the coming years, NBIS will establish systematic procedures to ensure that all analyses from supported projects are reproducible and that the related data and source code becomes deposited in public repositories (with human sensitive data subject to controlled access; see also section 2.3). This is particularly relevant for the type of projects supported by WABI, involving large and often heterogeneous data sets, as well as complex analysis workflows. To further benefit the larger life science community, NBIS will also increasingly turn algorithms and workflows developed within support projects into mature software packages, together with our systems development team, and where applicable transfer workflows to the National Genomics Infrastructure for implementation in their production environment.

21 / 187


2.2C. Systems biology support Systems biology is an integrative discipline that seeks to explain the properties and spatio-temporal behaviour of complex biological systems in terms of their components and their interactions. Thus, it aims to understand how biological properties emerge from interactions of network of genes, proteins, metabolites, organelles, cells and organisms. Mathematical modelling has a central role in systems biology, and quantitative models are particularly relevant for studies of complex biological systems where it is difficult to extract causal information from experimental data. Analysis of large biological networks is often considered to be the core of systems biology; this is mainly due to the fact that such networks can only be studied through the integration of mathematical models with experimental data. The network-based data integration allows our end users to:

combine different types of omics profiles in the most natural way (since the network topology has been defined by multiple molecular mechanisms),

render alterations of individual genes/proteins into the space of altered pathways / biological processes, and thus

explain clinical observations, phenotypes etc. at the pathway level, which is much more robust and transparent for biological interpretation.

Systems biology finds application in all aspects of life science research, i.e. in basic biology, in biomedicine, and in plant and industrial biotechnology. Systems biology has a significant impact on studies of human health, where in recent years very large amounts of data have been generated from genome-sequencing and multi-omics analyses of human cell lines and tissue biopsies with the objective to identify markers and mechanisms for the development of various diseases13. The application of systems biology in this area is often referred to as systems medicine, and it is expected that through integration of models and high-throughput data, it will be possible to bridge the gap between studies on molecular and cell biology and the clinic, and therefore advance translational medicine14. The systems biology module2C of NBIS will: Together with the Bioinformatics support (WABI) module, provide project support on prioritised proposals from the Swedish research community, by analysing large and diverse experimental datasets (“big data”) obtained from studies of diverse experimental systems. Provide a technology resource for data integration and application of genome-scale metabolic models15 that is easily accessible by a broad spectrum of biological and medical researchers Develop and implement tools for analysis of high-throughput data and visualisation of results, which are compatible with the algorithms for integrative data analysis, thus providing a comprehensive set of tools sufficient to perform the complete analysis of data. Provide service for analysis of metagenome data, e.g. from studies of the gut microbiome. Provide service on integrative analysis of metabolomics data The systems biology module staffing is 5.6 FTE.

2.3. Data management and Data publication support Proper management of research data is becoming increasingly important. This is an area where we see demand for support will increase considerably over time. As science in general, and life sciences in particular, is facing an unprecedented growth of data output and data complexity due to technological advances in instrumentation, NBIS will strive to be positioned to be able to handle this data explosion for Swedish life science, and to be at the forefront of research data management, as well as to contribute to international development of standards and best practices. We will also continue to collaborate with other Swedish efforts in data management, such as the Swedish National Data Service (SND). A major aim for the NBIS data management module3 is 13Soon et al. (2013) Mol. Syst. Biol. 9, 640 14Nielsen (2012) J. int. med. 271, 108–110 15Mardinoglu & Nielsen (2015) Curr. Opin. Biotech. 34, 91–97

22 / 187


to make it possible for Swedish life science researchers to adhere to the national guidelines for Open Access to research data proposed by VR and as stated in the recent research bill from the government, and we shall commit ourselves to actively promoting and advocating the principles and benefits of Open Access to research data to Swedish life science. NBIS will provide infrastructure to the Swedish life science community for data management, publishing data, and submitting data to appropriate international repositories. In close collaboration with the recently established SciLifeLab Data Office, we provide data management planning support and best-practice guidelines for data management solutions for major research data types, including personal sensitive data, needing access control. A guiding principle is to direct users to utilise already existing international public repositories, e.g. databases hosted by EMBL-EBI, ensuring the most efficient and robust distribution and discoverability of the data from a community standpoint. Best practice routines are already established for managing and submitting proteomics data (cf. section 2.2A). Automated workflows and guidelines for data submission for other data types shall be integrated in the operational routines of other NBIS support modules to be offered as a service to users. The implementation of these shall be done in collaboration with other relevant research infrastructures, such as the National Genomics Infrastructure, and with the organisation hosting the recipient public repository, e.g. the EMBL-EBI. Staffing is 2 FTE, successively increasing to 4 FTE in 2021.

2.4. Systems development, tools and infrastructure Access to professional and usable software tools is a cornerstone in current day research projects. This is particularly the case in fast-changing, data-intensive fields like next generation sequencing and proteomics. Easy-to-use tools that enable researchers to carry out more of the data analysis themselves will also help to alleviate the demands for bioinformatics support in the form of consultancy. While the development of new methods and algorithms is typically carried out in research projects, making these tools available to the greater research community is often neglected due to lack of resources and/or expertise. The NBIS systems development team creates user interfaces and provides support in deploying tools so that they can be used by the entire life science community, and not just by bioinformaticians. The combination of bioinformatics experts, who can appraise the scientific value and usefulness of tools, with developers, who have the capability of making tools stable and accessible, allows for development projects driven by user needs. The development efforts entail creating user interfaces (e.g. web interfaces), providing assistance in programming best practices (documentation, source code management, bug tracking), and deployment. The development team also assists in internal development projects, e.g. for integrating data services with other initiatives. Furthermore, the systems developers assist in managing and hosting projects that has entered “maintenance mode” and that have been identified as important for the Swedish research community. NBIS provides assistance in the form of software packaging and distribution, hosting, and basic bug fixing in these cases. One example of such a project is MrBayes, which is widely used world-wide with more than 350 000 downloads since 2005, and with an average of five citations per day during the last 10 years, totalling 41748 citations. Another example is TOPCONS that has completed about 6 million queries from 9000 unique users distributed in 77 countries since Feb. 2015 (cf. http://topcons.net/pred/serverstatus/ for details). Our bioinformatics infrastructure work on mass spectrometry (MS)-based proteomics has established an automated procedure for Swedish MS facilities to convert their data to a common standard format and upload the data for long time storage of raw data. We have has since 2013 within Elixir worked with the main European proteomics database in ProteomeXchange, the PRIDE database at EBI, to ensure facilitated data publishing. NBIS also works on data processing in the Galaxy framework (www.galaxyproject.org), termed ADAPT, focusing on modules for identification of peptides using MS/MS spectra, protein quantification from isobaric tag experiments, modules for integrating different tools and data formats, and automatic deployment on

23 / 187


local or remote hardware. Incorporation into the Galaxy framework, which has its major user group within NGS-based research, also opens up new possibilities for multi-omics projects (Boekel et al. (2015) Nat. Biotechnol. 33, 137–139). NBIS collaborates with the recently form BioMS infrastructure to ensure that efficient bioinformatics support can be provided, and that the necessary informatics infrastructure is available. NBIS has identified a prioritised need to facilitate for users to be able to analyse and store human genetic and registry data in accordance with current and coming Personal data legislation. To cater for this, NBIS early established the secure Mosler system, that is run together with the UPPMAX SNIC centre. Mosler provides researchers with a high-performance compute environment with a security level that is appropriate for processing sensitive personal data. In the system, different research projects are separated to prevent unauthorised access to sensitive data, and system design prevents accidental spreading of data. Mosler has been the inspiration for the secure Bianca system now being established by UPPMAX in the VR-financed SNIC Sens project. To cater for the needs of long-term storage and publishing of sensitive data, NBIS is also currently implementing data storage workflows and user interface components to be able to establish a local Swedish node of the federated EGA repository within the Elixir infrastructure. NBIS is within Elixir now engaged in the Local Ensembl project, where the popular Ensembl technology will be used to set up a Swedish genome portal where Swedish genome projects of general interest can be showcased, using the Ensembl genome browser capabilities, which greatly increases the visibility and scientific impact of Swedish genome projects. NBIS recently implemented a web-based platform – SweFreq (https://swefreq.nbis.se) – for sharing genome variant frequency data, that allows dataset downloading, graphical browsing and querying through a Global Alliance for Genomics and Health Beacon. The first dataset being shared is the SciLifeLab Swedish Genomes Program-funded reference cohort consisting of whole genome variant frequencies from 1000 individuals that have been selected to represent a cross-section of the Swedish population, that is a valuable resource for clinical genetics laboratories and for sequencing-based association studies. SweFreq is now being further developed to share additional large Swedish variant frequency datasets to the scientific community. Methods and software developed within NBIS are made publically available to the scientific community through Open Access publication of articles and Open Source licensing and distribution of software on publicly accessible sites. NBIS maintains public repositories (GitHub) for codes and scripts that are developed by NBIS staff. Computational resources to our users will predominantly be provided by SNIC, but other research e-infrastructures, such as EGI (European Grid Infrastructure) and emerging computational services within Elixir, will also be utilised. Staffing in module4 is 9.6 FTE in 2018 that successively increases to 11.6 FTE in 2021, partly co-funded by international collaborations.

2.5. Compute and storage support that is not funded by SNIC High throughput biomedical science nowadays depends on high-performance computers for bioinformatics analysis. The UPPNEX project was formed in 2008 as a project at UPPMAX based on a grant from KAW and VR through SNIC, to provide researchers in next-generation sequencing with e-Infrastructure for handling and analysing biological sequencing data. The resources were expanded in 2013 and 2015 by further grants from KAW, SciLifeLab, and VR through SNIC. Today, the UPPNEX project has transformed into the Compute and Storage module5 in NBIS, with the aim to support the domains of biological sequencing, biological imaging, and drug screening with computational and storage resources along with associated expertise. The Compute and Storage support is involved in strategic planning as well as support and educational efforts to bridge between NBIS, SciLifeLab and SNIC. High-performance computer clusters and large-scale storage requires dedicated experts to manage, which is not feasible for individual research groups. We expect a continuing high level of projects as well as increasing sample sizes due to decreasing costs for sequencing and the increased capacity of NGI. In order to preserve the frontline

24 / 187


position of Swedish bioscience, we need to stay in the forefront of e-Infrastructure resources. Further, it is important to improve the biologists efficiency when using high-performance resources and improve data management skills. The diagram to the right shows the increase of number of PIs during the period 2013–2016. We will develop plans for how to accommodate for this scenario in the best way, and also assess the benefits of cloud computing for outsourcing and complementing current e-infrastructure resources. We will also investigate how scientists can improve the automation of bioinformatics analysis using scientific workflow tools. In addition, we will investigate how data storage should be implemented, including user interfaces for working with multiple, tiered solutions. Staffing is 4.8 FTE from 2018 and 5.8 FTE from 2019.

2.6. Training and Outreach In the ongoing transformation of biology and medicine into large-scale data driven research, advanced training is a key factor to ensure Sweden’s scientific competitiveness. The NBIS training module6 is a well-coordinated effort across NBIS, focusing on project consultations, national and international courses, and a national mentoring program. NBIS has the mission to provide state-of-the art bioinformatics courses to life scientists within Sweden. In addition, NBIS staff makes contributions at graduate and undergraduate courses at all NBIS sites. During 2016, NBIS staff contributed in over 40 training events, of which 9 were yearly NBIS-organised courses, including 3 new courses started this year due to increasing demands. In 2017, NBIS plans to set-up 5 additional new courses in single-cell-RNAseq, advanced statistics and programming – all within areas where we see an increasing demand for knowledge. We announce available training events at the NBIS and SciLifeLab websites. Training is also one important area of future collaborations between NBIS and other SciLifeLab platforms/facilities and other academic centres around Sweden as well as the industry. NBIS will also take an active part in the recently launched Research school for medical bioinformatics funded by VR. Complementing teacher-led courses, NBIS has a Bioinformatics Advisory Mentorship Program. Currently the program has 31 enrolled PhD students that each have one appointed NBIS expert to discuss their project with and to get advice and is also presented to the bioinformatics network within NBIS. In addition, there is need for “Train-the-Trainer” programs where our staff is sharing their knowledge to colleagues within NBIS. Hence, knowledge transfer is of great importance as there is considerable expertise within NBIS that should be shared between colleagues. Such activities are continuously planned and executed within the organisation. As the Swedish node in Elixir, NBIS coordinates the Swedish efforts in training on the European scene. The Elixir Training Programme will, in partnership with global efforts such as GOBLET (Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training), focus on adequate provision of training to a large and diversifying user base, and the development of a new generation of software engineers, biocurators and other professionals needed to operate the bioinformatics infrastructures. NBIS participates in the work of the Training Coordinator Group (TrCG) of Elixir and there are already efforts on the way to involve Swedish bioinformaticians with expertise in Single Cell transcriptomics. There are also plans for training life science researchers in using the Human Protein Atlas (HPA) resource. During 2016 we have started to use the eLearning platform and resources offered by Elixir Slovenia as part of the NBIS training activities. This eLearning resource gives the students the opportunity to participate in courses remotely from any location. NBIS has virtual Teacher’s Assistants in place for these events in order to the best support

0

100

200

300

400

500

600

2013 2014 2015 2016

Unique PIs using Compute & Storage

25 / 187


the remote students. Furthermore, hackathons and software carpentry workshops are being arranged at the European level within Elixir. Outreach activities have proven important to inform the scientific community about the support that NBIS can provide and to increase the number of users. The main activities are:

Site visits – presentations at universities, providing the possibility to meet NBIS staff representing our wide variety of competences. At least one presentation per site and year. We also hold presentations at the department- and research-group-level when suitable.

Weeklydrop‐insessions at all sites where researchers can meet bioinformatics experts and discuss. In 2016, we arranged over 230 such events.

Annualsymposiumandusermeeting. We also present the infrastructure activities at relevant conferences and workshops, e.g. SciLifeLab presentations, SocBiN bioinformatics conference, SBW (Swedish Bioinformatics Workshop). Presentation material, e.g. flyers, roll-up, has been produced and will be continuously updated. Our web site (https://nbis.se) and our wiki site (https://wiki.nbis.se) are also important communication channels. NBIS will continue to provide up to date information at information portals for life science researchers, such as Tools of Science (http://toolsofscience.se/), an initiative owned and maintained by Stockholm Science City Foundation, BARC, The Biobanking Analysis Resource Catalogue (http://www.barcdb.org/), and The Molecular Methods database (http://www.molmeth.org) a collection of Molecular methods database maintained by SLU. Staffing of training and outreach activities is integrated with that of other modules.

2.7. International engagements NBIS is the Swedish node in two European infrastructures – Elixir and ISBE, as detailed below. NBIS also aims at strengthening the Nordic collaborations on computing, storage, training and on Elixir node activities. Since 2011, we have regular meetings between the Nordic Elixir heads of nodes. Travel costs for these meetings are kindly supported by a NordForsk grant. Since 2013, NeIC (Nordic eInfrastructure Collaboration) engages in supporting biomedical sciences, initiated by letters of interest from NBIS together with the Nordic Elixir nodes. The current project Tryggve aims at constructing a federated solution across the Nordic countries for secure data handling and analysis, allowing for exchange of data when the ethical permits so allow.

2.7A. International – Swedish Elixir node The European infrastructure for biological information – Elixir – is constructed as a distributed infrastructure with several nodes throughout Europe and a central hub. Sweden contributes with a node in Elixir providing access to data and methods/tools originating from Sweden and to give Swedish researchers access to the European databases, tools, and biocomputational resources. The Swedish Elixir node is NBIS. Elixir is unique in Europe encompassing all European national bioinformatics infrastructures into a coordinated distributed research infrastructure. Elixir includes as members EBI (European Bioinformatics Institute) and SIB-ISB (Swiss Institute of Bioinformatics), which are the two largest bioinformatics infrastructures on the European arena. Participation in Elixir will be of central importance for Sweden for several reasons:

Elixir gives access to knowledge necessary for handling of life science data. Co-operation within European community makes developments cheaper than if Sweden had

to do this alone. Data storage and handling need to be done for Swedish data in any case. If this is performed

within the framework of Elixir, it will be more cost-efficient. Sweden will continue to keep development and knowledge in this area of science. Elixir gives life-science researchers access to necessary data and methods. Elixir provides a network of knowledge for analysis of biological data.

26 / 187


Elixir builds up mirror sites across Europe, allowing for fast access to data and methods for the Elixir members.

Sweden has been active since the start of Elixir, and Sweden contributes with the Human Protein Atlas and its integration into the Elixir landscape. With the recent EU funding of the Elixir-Excelerate project 2015–2019, additional contributions will be done from Sweden, particularly in the areas of data management, sensitive data, genome annotation, and data interoperability. The efforts in module7A needed from Sweden are estimated to grow from current 2 FTE to 4 FTE in 2020.

2.7B. International – Swedish ISBE node ISBE, the Infrastructure for Systems Biology in Europe, finished the preparatory phase in 2015 and intends to be fully operational in 2018. ISBE is on the ESFRI roadmap and currently seeking support from funding agencies in 11 member states. Although being in an interim/building phase, ISBE will provide a light-version of proposed services during spring 2017. This effort is based on in-kind contributions by the involved research institutions. The Swedish contributions is organised through NBIS and the module for Systems Biology support. Already at an early stage a link between ISBE and Elixir was recognised to be important and if ISBE efforts to attract funding support from member states ends at a level not optimal for the full launch of ISBE, we foresee an integration of the most relevant services within the already established Elixir framework. The first planned Swedish effort is the Human Metabolic Atlas (HMA) that enables web-based analysis of clinical data and hereby allows the user to visualise metabolic reprogramming in response to development of human metabolic diseases, e.g. obesity, type-2-diabetes and cancer. HMA represents an integration of databases and computational tools that can be used to understand the underlying mechanisms associated with metabolic diseases to allow the identification of key genes and/or reactions for a systematic analysis of the process of disease progression. The Swedish efforts in module 7B are estimated to 1 FTE in 2019 which successively increases to 3 FTE in 2021.

3. Users 3.1. Access NBIS has staff at all large universities providing an access point to the infrastructure, which has proven helpful in the first contacts with NBIS. All support and consultancy requests are submitted via a web-based support form for efficient management and to provide transparency regarding ongoing support activities. All projects are nationally prioritised and allocated to achieve best possible efficiency and transparency. Based upon the requirements from the user, our managers assign the project to an expert in NBIS with appropriate competence; in some cases, multiple experts are involved. In order to improve the support to our users, we recommend getting in early in the project design in order to provide expert advice that facilitates the downstream analysis. This is facilitated via our drop-in and consultation sessions.

3.2. Prioritisation As a national infrastructure NBIS aims at providing bioinformatics support in all projects where our competence is asked for. However, when the available resources are not sufficient to match the total needs, a prioritisation has to be made according to the principles listed below. All NBIS staff has a national responsibility and should serve the users’ needs regardless of their affiliation. The current prioritisation principles, as decided by the NBIS Board and supported by the International Advisory Board, are listed here. The prioritisation is done by the NBIS Management, based upon information from the NBIS staff.

27 / 187


Projects which are judged excellent by VR are prioritised. Projects where the NBIS staff has appropriate competence are prioritised. Projects where the NBIS efforts make a large impact are prioritised. Projects that have been prioritised by related VR-supported infrastructures, e.g. NGI (National

Genomics Infrastructure), are prioritised. For the WABI support, an independent Proposals Evaluation Committee with representatives

from the major Swedish universities has been set up, ranking all submitted project applications from across Sweden 3 times annually. The granted projects receive up to 500 h support for free.

In order to more efficiently support more users, NBIS provides guidance so that the users become able to do part of the bioinformatics analyses on their own. In line with this, NBIS staff members also devote part of their time on training. Furthermore, NBIS helps in the creation of a useful infrastructure, including tools and data handling, available for the users.

3.3. Training and outreach Training and outreach activities are described in section 2.6 above.

3.4. Input from the research community We regularly (~every 2 years) have open applications for new support areas and services in order to invite valuable proposals from the researchers community and to keep the NBIS support in line with user requirements. During the BILS time, we had two rounds of open applications (2011 and 2013), which turned out to be very successful for the development of the research infrastructure. Initiated new activities are typically for 2 years, co-funded by the universities, and can be transferred into normal sustained activities if shown successful. Furthermore, we have regular site visits to all universities and annual symposium and user meeting. The reference group (cf. section 1.3) has members from all participating organisations.

3.5. User fees The costs for NBIS support of different lengths:

• Study design consultation (≤ 3h): provided for free • Support (non-WABI): user fee, prioritised according to section 3.2 • Support (WABI): free, scientific evaluation according to section 3.2

During 2016, the user fees were increased and we received support orders of close to 2000 support hours, indicating that users are willing to pay for advanced bioinformatics support, since they realise that there are also costs for data analysis (and not only data generation). We estimate the levels to successively increase from 4 MSEK in 2018 to 8 MSEK in 2021.

3.6. Users from the industry NBIS services are available also to the private sector, on a full cost-recovery basis. We are seeing a growing interest for this and expect the utilisation of NBIS by companies and the public health sector to increase. In order to further facilitate collaborations, we aim to establishing Letters of Intents with relevant companies. We will also intensify outreach activities with the industry, viz. engaging with incubator organisations and presenting NBIS at SME events. Some of these activities are done together with the Elixir Innovation and SME programme.

4. Interactions with national research infrastructures NBIS has regular contacts with other life science related infrastructures. National Genomics Infrastructure (NGI) – From an infrastructure perspective, NBIS is the logical next step to NGI, helping NGI users with customised bioinformatics analyses that go beyond

28 / 187


the standard bioinformatics analyses performed at NGI. Therefore, NBIS has regular meetings with NGI in order to assure that projects are transferred smoothly between the infrastructures and to delineate the borders of our respective support roles. The Swedish National Data Service (SND) – SND is a national resource for the coordination of existing and newly established databases within the social sciences, humanities and health sciences. NBIS will provide services complementary to those offered by SND targeted to the life sciences through the Data management and Data publication support module. Whenever applicable, NBIS will collaborate with SND when establishing data management solutions. We will also continue the collaboration with SND through which we mint DataCite Digital Object Identifiers (DOIs). The National infrastructure for biological mass spectrometry (BioMS) – BioMS is a distributed national resource providing researchers with access to different mass spectrometry setups. As NGI for genomics, BioMS generate large data quantities which need to be processed and analysed. BioMS has limited resources for bioinformatics, and there is an extensive need for further bioinformatics project support and customised data processing. There will be a continuous collaboration between the two infrastructures to ensure minimal overlap and efficient use of the resources. Future biodiversity infrastructure. The user communities of the future biodiversity infrastructure and NBIS are largely non-overlapping, but user support requests may occasionally transgress the boundary. To ensure that our respective infrastructures work efficiently together, we will arrange regular coordination meetings involving both infrastructures.

4.1. Supporting eInfrastructures SUNET will provide the computer network and AAI (Authentication and Authorisation

Infrastructure; Swamid). SUNET will also provide storage systems for data publication, currently being designed in collaboration between NBIS (and other infrastructures) and SUNET/SNIC.

SNIC will provide compute resources at their centres. The NBIS infrastructure is typically constructed as domain-specific supporting layers utilising SNIC resources for the computational needs. These computational and storage needs are set up in close collaboration with SNIC. In this respect, NBIS is content provider while SNIC is hardware provider. For the genome annotation and assembly platform, we have one large-memory system at SNIC/PDC. We would here like to point out that there are large computational needs from life science users for genome analyses that are not covered by the “production” compute resources provided to NGI by SNIC. These needs are expected to increase about 3 times the next two years due to the increased sequencing capacity and subsequent increased analyses.

EGI (European Grid Infrastructure) will be used for high-throughput computing and hosting of web services.

EUDAT will be used for some data services. Elixir is expected to provide computational resources for dedicated areas of bioinformatics

support during the next years.

5. Risk analysis In the budget, the user fees are estimations and could change both upwards and downwards. We also see a risk that the large compute needs from our users are not satisfied via SNIC,

leading to that our users are forced to cater for these needs in other, sub-optimal ways. This could lead to a plethora of individual solutions, which would increase the support time for our experts compared to if we use the streamlined and well-established SNIC systems.

The SciLifeLab contributions from 2018 and onwards are not yet formally decided, so these numbers are estimations.

29 / 187


TableE1.NeedsofsupportingeInfrastructure 2018 2019 2020 2021

Compute All our users will have substantial needs for computational analysis of large‐scale omics

data. According to the instructions from VR these demands at the researchers’ levels

should be taken care of by SNIC in their allocations for small, medium and large

projects.

The computational needs at the infrastructure level from NBIS is limited to the NBIS

Genome Assembly system as detailed in Table E2 and non‐HPC compute resources

maintained by NBIS.

Storage (PiB) for Data

publication 0.3 0.5 0.8 1.2

User support for compute and storage (FTE)

4.8

(included in budget

for Module 5)

5.8

(included in budget

for Module 5)

5.8

(included in budget

for Module 5)

5.8

(included in budget

for Module 5)

Network Current SUNET bandwidth is sufficient for NBIS’s needs. We estimate that when the

needs increase as we get more users, also the general bandwidth of SUNET will

increase.

Table E2. Estimated costs for the eInfrastructure needs in Table E1. The costs areincludedinthebudget 2018 2019 2020 2021

NBIS Genome Assembly system (kSEK)* Included in the budget for module 2A

250 250 250 250

Storage (kSEK)* Included in the budget for module 3

700 700 700 700

User support and systems administration for compute and storage (kSEK)* Included in the budget for module 5

4550 5700 5700 5800

Network (kSEK)** 0 0 0 0

Software, databases etc (kSEK)

0 0 0 0

* SNIC estimates combined with the assumption of Moore’s law reducing storage costs with 50% every 18 months.

** SUNET estimates.

30 / 187

31 / 187

NBIS + Elixir-SE

National BioinformaticsInfrastructure Sweden +Elixir Sweden node

17 000 000 19 000 000 21 000 000 23 000 000 80 000 000

Totalt 17 000 000 19 000 000 21 000 000 23 000 000 80 000 000

Driftskostnader

Avskrivningar utrustning

Driftskostnader 17 000 000 19 000 000 21 000 000 23 000 000 80 000 000

Avskrivningar utrustning 0

Total projektkostnad 17 000 000 19 000 000 21 000 000 23 000 000 80 000 000

254 570 000 334 570 000

0

254 570 000 334 570 000

Total budget*

Budget och forskningsresurser

DriftskostnaderDriftskostnader BeskrivningBeskrivning 20182018 20192019 20202020 20212021 TotaltTotalt

1

AvskrivningAvskrivning BeskrivningBeskrivning 20182018 20192019 20202020 20212021

Ingen information ifylld

Specificerade kostnaderSpecificerade kostnader 20182018 20192019 20202020 20212021 Totalt, söktTotalt, sökt

1

2

3

Annan kostnadAnnan kostnad Total kostnadTotal kostnad

1

2

3

Budget*


32 / 187

NBIS Budget 2018‐‐2021

1 Compilation Costs Total 2018 2019 2020 2021

1.1 Module 1 ‐ Management 30 900 7 500 7 650 7 800 7 950

1.2A Module 2A ‐ Bioinformatics support 92 300 22 000 22 400 23 700 24 200

1.2B Module 2B ‐ Bioinformatics support (WABI) 88 200 21 300 21 800 22 300 22 800

1.2C Module 2C ‐ Systems biology support 21 620 5 240 5 350 5 460 5 570

1.3 Module 3 ‐ Data management and data publication 15 050 2 700 3 750 3 800 4 800

1.4 Module 4 ‐ Systems development, tools & infrastructure 45 750 10 350 11 500 11 800 12 100

1.5 Module 5 ‐ Compute and storage not funded by SNIC 21 750 4 550 5 700 5 700 5 800

1.6 Module 6 ‐ Training 0

1.7A Module 7A ‐ International ‐ Swedish Elixir node 13 000 2 000 3 000 4 000 4 000

1.7B Module 7B ‐ International ‐ Swedish ISBE node 6 000 0 1 000 2 000 3 000

1 Sum total costs: 334 570 75 640 82 150 86 560 90 220

2 Compilation Revenues ‐ Contributions Total 2018 2019 2020 2021

2.1 Vetenskapsrådet (This proposal, to Prisma) 80 000 17 000 19 000 21 000 23 000

2.2 UU (Medelsförvaltare) 15 680 3 840 3 840 4 000 4 000

2.3 Chalmers 8 000 2 000 2 000 2 000 2 000

2.4 GU 1 580 380 390 400 410

2.5 KI 8 000 2 000 2 000 2 000 2 000

2.6 KTH 1 400 350 350 350 350

2.7 LiU (360 kSEK/year local staff) 5 080 1 240 1 260 1 280 1 300

2.8 LU 7 440 1 800 1 840 1 880 1 920

2.9 NRM (720 kSEK/year local staff) 3 000 720 740 760 780

2.10 SLU (720 kSEK/year loal staff) 5 520 1 320 1 350 1 400 1 450

2.11 SU 4 790 1 150 1 180 1 210 1 250

2.12 UmU (720 kSEK/year local staff) 6 260 1 520 1 550 1 580 1 610

2.13 SciLIfeLab National Funding 76 100 16 100 18 000 20 000 22 000

2.14 KAW 76 920 18 716 19 054 19 399 19 751

2.15 EU‐project Elixir‐Excelerate 3 000 1 500 1 500

2.16 EU‐project PhenoMeNal 800 400 400

2.17 NordForsk‐project Tryggve 6 000 2 000 2 000 2 000

2 Sum Contributions (VR, consortium and other funders): 309 570 72 036 76 454 79 259 81 821

3 Compilation Revenues ‐ User fees Total 2018 2019 2020 2021

3.2A User fees Module 2A 4 000 6 000 7 000 8 000

3 Sum estimated revenues from user fees: 25 000 4 000 6 000 7 000 8 000

2+3 Sum estimated total revenues : 334 570 76 036 82 454 86 259 89 821

Module 1 Management Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 1.1 Management (director + managers, 5.5 FTE) Salary+LKP+Indi 21 800 5 300 5 400 5 500 5 600

M 1.2 Administrative support (0.5 FTE) Salary+LKP+Indi 1 600 400 400 400 400

Costs include LKP and indirect costs (max 35%)

M 1.3 Rent SciLifeLab Premesis 7 500 1 800 1 850 1 900 1 950

Compilation 1.1 Sum estimated costs, this Module: 7 500 7 650 7 800 7 950

Module 2A Bioinformatics support Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 2A.1 Bioinformaticians (24.1 FTE 2018 ‐‐ 25 FTE 2021) Salary+LKP+Indi 91 300 21 750 22 150 23 450 23 950


M 2A.2 Equipment (compute resources) 1 000 250 250 250 250

Compilation 1.2A Sum estimated costs, this Module: 92 300 22 000 22 400 23 700 24 200

of which are depriciable costs:

Module 2B Bioinformatics support (WABI) Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 2B.1 Bioinformaticians (22 FTE) Salary+LKP+Indi 88 200 21 300 21 800 22 300 22 800


Compilation 1.2B Sum estimated costs, this Module: 21 300 21 800 22 300 22 800


Module 2C Systems biology support Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 2C.1 Bioinformaticians (5.6 FTE) Salary+LKP+Indi 21 620 5 240 5 350 5 460 5 570


Compilation 1.2C Sum estimated costs, this Module: 5 240 5 350 5 460 5 570


Module 3 Data management and Data publication Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 3.1 Data managers (2 FTE 2018 ‐‐ 4 FTE 2021) Salary+LKP+Indi 12 250 2 000 3 050 3 100 4 100


M 3.2 Data publication costs (hardware) 2 800 700 700 700 700

Compilation 1.3 Sum estimated costs, this Module: 15 050 2 700 3 750 3 800 4 800


Module 4 Systems development, tools & infrastructure Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 4.1 System developers (9.6 FTE 2018 ‐‐ 10.6 FTE 2021) Salary+LKP+Indi 45 350 10 250 11 400 11 700 12 000


M 4.2 Equipment (compute resources) 400 100 100 100 100



Module 5 Compute and storage not funded by SNIC Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 5.1

Bioinformaticians and system administrators (4.8 FTE 2018 ‐‐ 5.8

FTE 2021) Salary+LKP+Indi 21 750 4 550 5 700 5 700 5 800




Module 6 Training Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 6.1 Costs included in modules 1‐‐7 Salary+LKP+Indi

Compilation 1.6 Sum estimated costs, this Module:


Module 7A International ‐‐ Swedish Elixir node Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 7A.1

Bioinformaticians and systems developers (2 FTE in 2018 ‐‐ 4 FTE

in 2021) Salary+LKP+Indi 13 000 2 000 3 000 4 000 4 000


Compilation 1.7A Sum estimated costs, this Module: 13 000 2 000 3 000 4 000 4 000


Module 7B International ‐‐ Swedish ISBE node Cost item Total 2018 2019 2020 2021

M 7B.1

Bioinformaticians and systems developers (1 FTE 2018 ‐‐ 3 FTE

2021) Salary+LKP+Indi 6 000 0 1 000 2 000 3 000


Compilation 1.7B Sum estimated costs, this Module: 6 000 0 1 000 2 000 3 000


included in modules 1‐‐5

33 / 187

Förklaring av budget*


34 / 187

Comments to the budget All modules in the budget are described in Annex B, sections 2.1–2.7B. The staff costs are calculated as salary + LKP + indirect costs maximally 35%. A salary increase of ~2% annually is taken into account.

35 / 187

36 / 187

StödbrevStödbrev*


172 / 187

Support letters

A. Letters from co-funding universities: 1. Uppsala University (host organisation; UU) 2. Chalmers 3. Gothenburg University (GU) 4. Karolinska Institutet (KI) 5. Royal Institute of Technology (KTH) 6. Linköping University (LiU) 7. Lund University (LU) 8. Swedish Museum of Natural History (NRM) 9. Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) 10. Stockholm University (SU) 11. Umeå University (UmU)

B. Letter from Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW)

173 / 187

174 / 187

175 / 187

176 / 187

177 / 187

178 / 187

LINKÖPING UNIVERSITY Org 202100‐3096 Vat SE202100309601

Contact +46 (0)13‐28 10 00 [email protected]

Postal Address University Management SE‐581 83 Linköping

Visiting Address Building Origo Campus Valla

2017-03-02 Stödjebrev ansökan infrastruktur av nationellt intresse (medverkande lärosäten inklusive medelsförvaltaren) Linköpings universitet stödjer ansökan om bidrag till NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden). Om ansökan beviljas av Vetenskapsrådet är Linköpings universitet beredda att

‐ ingå i det föreslagna konsortiet (endast nationell infrastruktur) ‐ ta ansvar för den verksamhet som beskrivs i ansökan samt göra de finansiella

och/eller andra åtaganden som anges för Linköpings universitet i ansökan.

Om Vetenskapsrådet beslutar att bevilja ansökan på en lägre nivå än vad som anges i ansökan avser Linköpings universitet att i god anda föra konstruktiva diskussioner med Vetenskapsrådet och de övriga medverkande lärosätena/organisationerna för att NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden) ska bli en infrastruktur till gagn för svensk forskning. Genom att underteckna stödjebrevet bekräftas att innehållet i ansökan och budget är korrekt och att den beskrivna verksamheten sker i enlighet med gällande lagstiftning. Folke Sjöberg Prorektor

179 / 187

180 / 187

181 / 187

182 / 187

183 / 187

184 / 187

185 / 187

186 / 187

Namn: Bengt PerssonFödelsedatum: 19610828Kön: ManLand:Sverige

Dr-examen: 1991-05-31Akademisk titel: ProfessorArbetsgivare: Uppsala univers i tet

Namn: Bengt PerssonFödelsedatum: 19610828Kön: ManLand:Sverige

Dr-examen: 1991-05-31Akademisk titel: ProfessorArbetsgivare: Uppsala univers i tet

CVCV - Bengt Persson

Alla cv-sektioner är avstängda för Persson, Bengt på den här ansökan.

PublikationerPublikationer - Bengt Persson

Publikationer är avstängt för Persson, Bengt på den här ansökan.

RegistreraVillkor

Ansökningar där en organisation är sökande signeras automatiskt vid registrering av ansökan.

Signering av den sökande innebär en bekräftelse av att:

uppgifterna i ansökan är korrekta och föl jer Vetenskapsrådets instruktionereventuel la bisyss lor och kommers iel la bindningar har redovisats för medelsförvaltaren och att det där inteframkommit något som strider mot god forskningssednödvändiga ti l l s tånd och godkännanden finns vid projektstart, exempelvis avseende etikprövningden beskrivna forskningen, anstäl lningen och utrustningen kan beredas plats under den tid och i denomfattning som anges i ansökanmedelsförvaltaren godkänner kostnadsberäkningen i ansökanden forskning som utförs inom projektet bedrivs i enl ighet med svensk lagsti ftning

187 / 187

Bilaga 4

Finansiella åtaganden för kalenderåren 2019 och 2020

Beloppen är i överensstämmelse med den nationella medfinansiering som angivits i ansökan till VR 2017-03-07 och som beviljades till fullo av VR för åren 2018–2020.

Part ............................................................................................ År 2019............... År 2020

Uppsala universitet (medelsförvaltare)1 .............................. 3 840 kSEK........ 4 000 kSEK

Chalmers tekniska högskola AB ........................................ 2 000 kSEK........ 2 000 kSEK

Göteborgs universitet ............................................................. 390 kSEK........... 400 kSEK

Karolinska Institutet ............................................................ 2 000 kSEK........ 2 000 kSEK

Kungl. Tekniska högskolan .................................................... 350 kSEK........... 350 kSEK

Linköpings universitet ...................................................... 1 260 kSEK2....... 1 280 kSEK3

Lunds universitet ................................................................ 1 840 kSEK........ 1 880 kSEK

Naturhistoriska riksmuseet ................................................... 740 kSEK4.......... 760 kSEK5

Sveriges lantbruksuniversitet ........................................... 1 350 kSEK6....... 1 400 kSEK7

Stockholms universitet ....................................................... 1 180 kSEK........ 1 210 kSEK

Umeå universitet .............................................................. 1 550 kSEK8....... 1 580 kSEK9

1 Inklusive SFO-medel som Uppsala universitet tillskjuter till SciLifeLab och som kommer NBIS till godo. 2 I beloppet ingår 360 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 3 I beloppet ingår 360 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 4 Avser lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 5 Avser lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 6 I beloppet ingår 720 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 7 I beloppet ingår 720 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 8 I beloppet ingår 720 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet). 9 I beloppet ingår 720 kSEK för lokal NBIS-personal (kategori B, jfr avsnitt 7.6.2 i konsortialavtalet).

Bilaga 5

Annex 1: Revised Collaboration Agreement Template

ELIXIR COLLABORATION AGREEMENT

BETWEEN THE EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY

AS PART OF AND MANDATED BY THE ELIXIR CONSORTIUM

AND THE (…)

IN ORDER TO ESTABLISH AN ELIXIR NODE

Contents 1. Preamble ................................................................................................................................. 6

2. Definitions............................................................................................................................... 7

3. Purpose of the Agreement ..................................................................................................... 11

4. Legal Structure of the ELIXIR Node .................................................................................... 11

4.1 Legal structure of the ELIXIR Node: general requirements .......................................... 11

4.2 Governance structure in a distributed ELIXIR Node ..................................................... 11

4.3 Representing Entity in a distributed ELIXIR Node ....................................................... 11

4.4 Legal structure and governance structure of the [add country name] ELIXIR Node .... 12

5 Status of the ELIXIR Node ................................................................................................... 12

5.1 Granting of the status as ELIXIR Node ......................................................................... 12

5.2 Collaboration with other ELIXIR Nodes ....................................................................... 13

6. Provision of Services by the ELIXIR Node .......................................................................... 13

6.1 Types of Services ........................................................................................................... 13

6.2 The Service Delivery Plan.............................................................................................. 13

6.3 The Commissioned Services Contract ........................................................................... 14

7. Internal Quality Assurance System ....................................................................................... 15

8. User Access to Services provided by the ELIXIR Node(s) .................................................. 15

8.1 Training .......................................................................................................................... 15

8.2 Terms of Use .................................................................................................................. 15

8.3 Breach of User Agreement ............................................................................................. 15

8.4 Refusal of access ............................................................................................................ 15

9. Confidentiality ...................................................................................................................... 16

9.1 Confidentiality against third parties ............................................................................... 16

9.2 Exceptions ...................................................................................................................... 16

9.3 Term of confidentiality clause ........................................................................................ 16

10. Provision of Services by the ELIXIR Hub ........................................................................ 16

11. Governance ........................................................................................................................ 17

11.1 Head of Node .............................................................................................................. 17

11.1.1 Appointment of the Head of Node ...................................................................... 17

11.1.2 Role and tasks of the Head of Node .................................................................... 17

11.2 Collaboration Oversight Group .................................................................................. 18

11.2.1 Composition ........................................................................................................ 18

11.2.2 Role and tasks of the Collaboration Oversight Group ............................................ 18

11.2.3 Meetings of the Collaboration Oversight Group ................................................. 18

12. Assessment of the ELIXIR Node ....................................................................................... 18

12.1 Evaluation by the Scientific Advisory Board ............................................................. 18

12.2 Review by the Ethics Advisory Committee ............................................................... 18

13. Liability .............................................................................................................................. 19

13.1 Compliance with national rules and regulations ............................................................... 19

13.2 Limitations on liability ...................................................................................................... 19

13.3 Liabilities in case of a distributed Node ........................................................................... 19

14. Linked Third Party .................................................................................................................. 19

14.1 Introduction ................................................................................................................ 19

14.2 Legal Link in case of LTP involvement ..................................................................... 19

14.3 Responsibilities by LTP.............................................................................................. 19

14.4 Liability in relation to participation as LTP ............................................................... 20

15. Intellectual Property ........................................................................................................... 20

15.1 Background ................................................................................................................. 20

15.2 Liability ...................................................................................................................... 20

15.3 Indemnities ................................................................................................................. 20

15.4 Publications ................................................................................................................ 21

15.5 Inventions ................................................................................................................... 21

15.6 Use of the ELIXIR label ............................................................................................. 21

16. Ethics.................................................................................................................................. 21

17. Term and Termination of the Agreement .......................................................................... 22

17.1 Term of the Agreement ............................................................................................... 22

17.2 Termination by the ELIXIR Node .............................................................................. 22

17.3 Termination by ELIXIR Hub ..................................................................................... 22

17.4 Requirements for renewal of the Agreement .............................................................. 22

17.5 Replacement of Prior Agreement ............................................................................... 23

18. General Provisions ............................................................................................................. 23

18.1 Inconsistencies and severability ................................................................................. 23

18.2 Notices ........................................................................................................................ 23

18.3 Amendments ............................................................................................................... 23

18.4 Assignment ................................................................................................................. 23

19. Governing Law .................................................................................................................. 23

20. Settlement of Disputes ....................................................................................................... 23

This ELIXIR Collaboration Agreement is made by and between:

The EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY (EMBL) as part of and mandated by the ELIXIR Consortium, hosting the ELIXIR Hub located at EMBL’s Outstation the European Bioinformatics Institute (hereinafter referred to as “EMBL-EBI”), located on the Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, UK, Cambridgeshire CB10 1SD, represented by Dr. Niklas Blomberg, ELIXIR Director,

Hereinafter called “the ELIXIR Hub”

and

in case of a single Node:

[Name of Institute], based in [location], represented by [...]

in case of a distributed Node:

1. Alternative [this template assumes Representing Entity and would require modifications in case of the Lead Entity]: [Name of the Representing Entity, representing all other Node members listed below; hereinafter called “the Representing Entity”, [List all Node members, their location and representatives] 2.Alternative: [Name of the Lead Entity, “as mandated by”], based in [location], represented by [...]; hereinafter called “the Lead Entity”, 3. Alternative: [Name of the legal entity that assembles all institutes involved], based in [location], represented by [...].

Hereinafter called “the [name of the country, e.g. UK] ELIXIR Node” or sometimes also called “the ELIXIR Node”,

Also called the “Party” or the “Parties”.

1. Preamble The Parties hereby agree to conclude a Collaboration Agreement (hereinafter referred to as “the Agreement”) within the framework of the “European Life-Science Infrastructure for Biological Information” (ELIXIR), a research infrastructure organized in the form of a central hub and distributed nodes, which shall operate, manage and sustain, in the widest sense of these terms, an interlinked collection of biological data resources, tools and literature. ELIXIR is a research infrastructure of global significance based on the principles of open access and data sharing, established for the support of scientists of all disciplines.

The Parties,

• acknowledging that ELIXIR is a distributed research infrastructure with a Hub established by the ELIXIR Consortium Agreement which is located at EMBL’s outstation, the European Bioinformatics Institute on the Wellcome Genome Campus in Hinxton, Cambridge, UK;

• acknowledging that EMBL as host of the ELIXIR Hub acts as Party to the Agreement as mandated by the ELIXIR Consortium;

• acknowledging that the collaboration between the ELIXIR Hub and an ELIXIR Node takes place within the framework set by the ELIXIR Consortium Agreement, involving in particular a previous and successful application and approval to be considered an ELIXIR Node by the ELIXIR Board;

• acknowledging that the ELIXIR infrastructure combines data, compute, training, tools and standards, all of which comprise services provided by ELIXIR;

• acknowledging that ELIXIR Nodes receive all possible support, which is necessary for the successful delivery of their services through the ELIXIR Hub to the extent that it falls within the limits of its mission;

• acknowledging that the ELIXIR Nodes will collaborate in their delivery of services in order to achieve the best quality of services;

• recognising the role of the ELIXIR Member States in providing the necessary means for the establishment and operation of ELIXIR Nodes;

• recognising that the ELIXIR Hub and the ELIXIR Nodes are striving for a sustainability of funding for the provision of their services based on the service strategy as established in the ELIXIR Programme;

• recognising that ELIXIR’s challenges can best be addressed by combining European and national operations;

• recognising that data and knowledge provided by ELIXIR will be freely accessible, although controlled access shall be implemented where this is necessary;

• recognising the need for extensive training in general areas of data resources and bioinformatics infrastructures.

Agree as follows:

2. Definitions Any word(s) or expression(s) appearing in the Agreement shall have the meaning ascribed to them in the Agreement.

Agreement The ELIXIR Collaboration Agreement including its annexes.

Application Process Application process as outlined in ECA, Art. 8.1 et. seq. Background All information and intellectual property rights pertaining to

such information owned by a Party prior to entering the Agreement.

Commissioned Services Technical and administrative services that generally fall

under the responsibility of the ELIXIR Hub which are carried out by the ELIXIR Nodes – through individual or all members of the ELIXIR Node – and are funded through the ELIXIR Budget as outlined in ECA, Art. 8.6.

Commissioned Services Contract The Commissioned Services Contract outlines the

Commissioned Services for the duration of the Agreement as defined in ECA, Art. 8.6. While the Agreement sets the framework conditions for all services, including the Commissioned Services - Annex 2 includes a Commissioned Services Contract Template -, individual Commissioned Services Contracts will be concluded between the ELIXIR Hub and those members in the [add country name] ELIXIR Node that actually carry out the Commissioned Services under the conditions described in Paragraph 6.3 of the Agreement.

ECA The ELIXIR Consortium Agreement. Effective Date The Agreement shall be deemed effective when the Parties

have signed the Agreement.

ELIXIR Board A body established according to ECA, Art. 6.2 and which is

composed of representatives of ELIXIR’s members. It is ELIXIR’s principal decision-making body as defined in ECA, Art. 6.2.

ELIXIR Budget All planned revenues and expenditures for the ELIXIR Hub,

which shall be prepared annually by the ELIXIR Director,

taking into account the Financial Plan and its activities as defined in the ECA and which is approved by the ELIXIR Board.

ELIXIR Hub The central organisation coordinating ELIXIR, acting

through and under the supervision of the ELIXIR Board and the leadership of the ELIXIR Director. It shall provide administrative and technical services for ELIXIR as established under the ECA. It shall use EMBL’s legal personality as mandated by the ELIXIR Consortium.

ELIXIR Member State Any State that is a signatory to the ECA. ELIXIR Members Signatories of the ECA. ELIXIR Node A national or international research institute or a group of

distributed national or international research institutes in one Member State acting as one legal entity or having appointed one single legal entity to enter into a Collaboration Agreement with the EMBL to provide services with a European dimension and that have an added value for ELIXIR. In this Agreement, whenever the expression “ELIXIR Node” is used, it can mean the ELIXIR Node as a Party to this Agreement or in a general manner an ELIXIR Node depending on the context.

ELIXIR Programme The five-year scientific programme adopted by the ELIXIR

Board defining the scientific goals of ELIXIR and establishing the steps to achieve them, in accordance with the ECA, hereinafter referred to as “Programme”.

EMBL The European Molecular Biology Laboratory. EMBL-EBI The European Bioinformatics Institute, an outstation of the

EMBL. Head of Node Head of Node has the meaning set forth in Paragraph 11.1. Hub Collaboration Plan The Hub Collaboration Plan outlines those services that the

Hub commits to provide to the ELIXIR Node in line with the ELIXIR Programme and as specified under the terms and conditions of the Agreement.

Information Strategic information concerning the technical administration, organisation and management of the ELIXIR Hub and ELIXIR Nodes. The term Information does not relate to any data held within ELIXIR.

Lead Entity [if applicable] Based on a separate, internal agreement the Lead Entity is

mandated by all members of a distributed Node to perform a series of stipulated responsibilities as outlined in the Agreement (Paragraph 4.3). The Lead Entity acts on its own name and has recourse against the other institutes based on the separate, internal agreement.

Linked Third Party Linked Third Party has the meaning set forth in Paragraph

14.

Node-funded Services Technical and administrative Services that fall under the

administrative and financial responsibility of the ELIXIR Node and that become part of the Service Delivery Plan, which is part of Annex 1 of the Agreement; the term Node-funded Services has the same meaning as Additional Services as defined in ECA, Art. 8.5.2.

Prior Agreement [if applicable] The effective ELIXIR Collaboration Agreement, which was

based on the Template marked as “consolidated– 10 November 2014” and which should be replaced by the Agreement before the end of its term and under the conditions as described in Paragraph 17.5.

Representing Entity [if applicable]The Representing Entity has full representative authority to

act on behalf of the ELIXIR Node i.e. on behalf of all members involved in the distributed ELIXIR Node as outlined in the Agreement (Paragraph 4.3).

Scientific Advisory Board A body established according to ECA, Art. 6.4, which is

composed of independent scientists that oversee the quality of the ELIXIR activities as supervised by the ELIXIR Board and ELIXIR Director, and carried out by the ELIXIR Nodes and the ELIXIR Hub.

Services All services labelled ELIXIR Services or ELIXIR Resources,

Node-funded and Commissioned, provided by the ELIXIR Nodes and the ELIXIR Hub including associated activities and investment necessary to properly deliver the services, such as the provision of equipment, personnel and/or training.

Service Delivery Plan The Service Delivery Plan outlines the Node-funded Services

for the duration of the Agreement. Terms of Use Terms of service which the ELIXIR Node is responsible to

establish and which all Users have to abide by when using ELIXIR Services.

User Any individual or group of individuals, in academia and

industry, that has access to and uses ELIXIR Services.

3. Purpose of the Agreement The ELIXIR Hub operates on the basis of a central organisation as a distributed operation of individual Nodes in a coordinated way as defined in Art. 2.4 – 2.6 ELIXIR Consortium Agreement. The purpose of the Agreement is to define the relationship between the ELIXIR Hub and the [add country name] ELIXIR Node. The aim is in particular to define the ELIXIR Node’s rights and responsibilities towards the ELIXIR Hub. The services provided by the ELIXIR Nodes are stipulated in the Service Delivery Plan (Annex 1: Service Delivery Plan) and the Commissioned Services Contract depending on the source of funding and depending on the administrative responsibility. Annex 2 includes a Template of a Commissioned Services Contract. Based on this template Commissioned Services Contracts will be concluded between the ELIXIR Hub and those members of the [add name of the country] ELIXIR Node that actually carry out the Commissioned Services under the conditions described in Paragraph 6.3 of the Agreement.

The general obligations of the ELIXIR Hub are part of the Agreement and will be outlined in more detail in the ELIXIR Programme. The specific services that the ELIXIR Hub provides to the ELIXIR Node subject to the Agreement are listed in the Hub Collaboration Plan as annexed to the Agreement (Annex 3: Hub Collaboration Plan).

The Agreement is not intended, and nothing contained herein shall be deemed, to create any partnership, agency or joint venture amongst the Parties or any of the Parties, nor to establish any other legal entity constituted amongst any or all of the Parties, unless all Parties have agreed and expressly stated their intention otherwise.

4. Legal Structure of the ELIXIR Node

4.1 Legal structure of the ELIXIR Node: general requirements

An ELIXIR Node shall have a legal structure and may choose to adopt any legal structure within the respective domestic laws and regulations. Possible legal structures include, but are not limited to, a company or association model, the formation of a Node consortium agreement creating a new separate legal entity or the formation of a Node consortium.

4.2 Governance structure in a distributed ELIXIR Node

A distributed ELIXIR Node, which operates through a Node consortium, shall establish a governance structure, which allows for binding decision-making processes including mechanisms to monitor and enforce the ELIXIR Node’s obligations constituted through the Agreement (such as the implementation of quality assurance mechanisms and systems in accordance with Paragraph 7).

Although the responsibilities for the provision of Commissioned Services remain between the Parties of the Commissioned Services Contract the [add name of the country] ELIXIR Node allows for a governance structure that is able to authorize sanctions as a response to breaches of the Commissioned Services by e.g. expulsion of these defaulting members.

It appoints a Representing Entity which carries out the tasks as described in Paragraph 4.3.

4.3 Representing Entity in a distributed ELIXIR Node

A distributed ELIXIR Node, which operates through a Node consortium shall appoint a Representing Entity.

The Representing Entity acts for itself and on behalf of all institutes that form part of the Node consortium.

In accordance with the legal structure of the [add country name] ELIXIR Node the Representing Entity confirms:

• It represents itself and all other institutes, which form part of the [name] ELIXIR Node consortium towards the ELIXIR Hub in relation to all matters arising in the context of the Agreement unless specified in the Commissioned Service Contract.

• The [add country name] ELIXIR Node legal structure possesses a governance structure which allows the Representing Entity to

o implement ELIXIR Board decisions and consider ELIXIR SAB recommendations; o monitor all ELIXIR related activities; o monitor compliance of all members of the ELIXIR Node with ELIXIR’s regulatory

framework (ECA, the Agreement, policies, etc.);

4.4 Legal structure and governance structure of the [add country name] ELIXIR Node

[Para. 4 needs to be adapted on a case by case basis]

The organisationsinvolved in the [add country name] ELIXIR Node concluded the [name of the agreement/legal nature] which entered into force [add date].

The Node consortium is governed by the [add name of the decision making body], consisting of one representative of each of the members with the Head of Node acting as the chairperson of this committee. An international Scientific Advisory Board acts as a consultative body to provide recommendations on technical, organisational and strategic matters related to the mission of the ELIXIR Node.

The [add name of the decision making body] takes all decisions in relation to the [add country name] ELIXIR Node and as specified in the [name of the underlying Node agreement].

5. Status of the ELIXIR Node

5.1 Granting of the status as ELIXIR Node

Following the successful application to become an ELIXIR Node as described in the ECA1 and by concluding the Agreement the

ELIXIR Node, with the [add name of the institute] serving as Representing Entity, based in [add address], represented by the [add title and name], is granted the status of an ELIXIR Node for the duration of the Agreement (hereinafter called the [add country name, e.g. UK] ELIXIR Node).

1 Art. 8.1 to 8.4 in connection with Art. 6.2.4 n. and Art. 8.5.

5.2 Collaboration with other ELIXIR Nodes [if applicable]

The [add country name] ELIXIR Node collaborates closely with the [add country name] ELIXIR Node. The services provided by [add country name] ELIXIR Node to ELIXIR are laid out in the Collaboration Agreement with the [add country name] ELIXIR Node. The list of services provided by the [add country name] ELIXIR Node to the [add country name] ELIXIR Node will be included in the Service Delivery Plan.

6. Provision of Services by the ELIXIR Node

6.1 Types of Services

The ELIXIR Nodes provide technical and administrative services to the bioinformatics community. Depending on the source of funding and on the administrative responsibility the services either qualify as Node-funded Services (Annex 1: Service Delivery Plan) or Commissioned Services (Annex 2: Commissioned Services Contract Template).

6.2 The Service Delivery Plan

6.2.1 The Service Delivery Plan includes Node-funded Services that fall under the administrative and financial responsibility of the ELIXIR Node.

6.2.2 The Service Delivery Plan defines

a. the nature of the Node-funded Services to be delivered, [in case of Node-Node collaboration] and depending on what has been agreed, also services to other Nodes],

b. the dependencies and complementarities of services in the case of a collaboration involving several ELIXIR Nodes,

c. the timeliness of Node-funded Services, d. the quality of Node-funded Services, e. the internal quality assurance system established by [the ELIXIR Node] and how the

Node-funded Services will be evaluated, f. the long-term plans for service life-cycle management, and g. the safeguards that ensure that [the ELIXIR Node] continues to be able to fund and

fulfil its obligation to deliver Node-funded Services.

6.2.3 The Service Delivery Plan may be revised and minor amendments may be introduced, if this is agreed or applied for by the Head of Node and authorised by the ELIXIR Director.

6.2.4 A material revision and amendment of the Service Delivery Plan may be introduced only, if the following requirements are satisfied:

a. either of the Parties to the Agreement make an application for the respective change of the Service Delivery Plan explaining the need for the proposed changes, which are required to address changes that could not have been foreseen when the Service Delivery Plan was adopted, with a notice period of 3 months, and

b. the Scientific Advisory Board evaluates the proposed changes, and c. the ELIXIR Board accepts to adopt the changes into the Service Delivery Plan.

6.2.5 The Service Delivery Plan is valid until

a. the Agreement is terminated in accordance with ECA, Art. 8.8, or b. the Parties, in the process of revising this Service Delivery Plan, have failed to reach

an agreement and have served notice within a period of no less than 6 months.

6.3 The Commissioned Services Contract

6.3.1 The ELIXIR Board may commission technical or administrative services from the ELIXIR Node that would normally fall under the responsibility of the ELIXIR Hub.

These services will be funded through the ELIXIR Budget, subject to the provision and receipt of sufficient funding from the ELIXIR Budget (Commissioned Services).

6.3.2 Commissioned Services Contracts are concluded between the ELIXIR Hub and those members in the [add country name] ELIXIR Node that actually carry out the services. While these members are responsible for the provision of the Commissioned Services their provision takes place within the framework of the Agreement unless specified otherwise in the Commissioned Services Contract.

6.3.3 The annexed Commissioned Service Contract Template shall be used for that purpose and to describe those Commissioned Services that these members of the [add country name] ELIXIR Node shall deliver to the ELIXIR Hub, or to other ELIXIR Nodes or to third parties as described in the ELIXIR Programme.

6.3.4 The Commissioned Services Contract Template defines the following essential parts:

a. the nature of the services to be delivered, b. the dependencies and complementarities of services in the case of a collaboration involving

several ELIXIR Nodes, c. the timeliness of the services, d. the quality of services, e. the internal quality assurance system the ELIXIR Node has established and how the

Commissioned Services will be evaluated, and f. the long-term plans for service life-cycle management.

The content of the Template is not open for revisions between the Parties except under the conditions explained in the Template itself.

6.3.5 The ELIXIR Node shall provide a report that makes the allocation of funds in its delivery of the Commissioned Services transparent for all ELIXIR Members.

6.3.6 The Commissioned Services Contract may be revised and minor amendments may be introduced, if this is agreed or applied for by the Parties and authorised by the ELIXIR Director.

6.3.7 A material revision and amendment of the Commissioned Services Contract may be introduced only, if the following requirements are satisfied:

a. either of the Parties to the Agreement make an application for the respective change of the Commissioned Services Contract explaining the need for the proposed changes [which are

required to address changes that could not have been foreseen when the Commissioned Services Contract was adopted] with a notice period of 3 months, and

b. the Scientific Advisory Board evaluates the proposed changes, and c. the ELIXIR Board accepts to adopt the changes into the Commissioned Services Contract.

6.3.8 The Commissioned Services Contract will be valid until

a. the period set in the Commissioned Services Contract, or b. the Agreement is terminated in accordance with ECA, Art. 8.8, or c. the Parties, in the process of revising the Commissioned Services Contract, fail to reach an

agreement, and have served notice within a period no less than 6 months.

7. Internal Quality Assurance System Complementary to the quality assurance through the SAB, the ELIXIR Node is responsible to implement internal quality assurance mechanisms and systems in order to ensure that the Node-funded and Commissioned Services provided within ELIXIR meet the high quality standards required.

8. User Access to Services provided by the ELIXIR Node(s)

8.1 Training

The ELIXIR Node will provide the basic training or support to the Users which it deems necessary in the use of Services provided by the Node as described in the Service Delivery Plan and/or the Commissioned Services Contract.

8.2 Terms of Use

The ELIXIR Node will provide clear Terms of Use for services. The Terms of Use should at least ensure that the User

a. is obliged to be aware of the Node’s IP and Data policies; b. complies with the provisions of the ELIXIR Ethics Policy as established and approved by

the ELIXIR Board; c. complies with any further relevant ELIXIR policies in scientific, technical and

administrative matters as determined and adopted by the ELIXIR Board in accordance with ECA, Art. 6.2.1. b); and

d. is responsible for any loss, damage or injury as a result of his/her failure to comply with the ELIXIR Node’s Health & Safety policies and procedures and as a result of wilful behaviour.

8.3 Breach of User Agreement

The ELIXIR Node will report to the ELIXIR Director any breaches by a User of the User Agreement, or any misuse of Services.

8.4 Refusal of access

The ELIXIR Node shall not refuse access to individual users unless it has reasonable grounds to do so.

9. Confidentiality

9.1 Confidentiality against third parties

Each Party is committed to confidentiality against third parties for all Information that have not been published and are conveyed in confidence by the other Party provided that tangible materials are marked as confidential, and provided that information given orally is identified as confidential at the time of disclosure, and confirmed as confidential in writing within fifteen (15) days. The receiving Party shall not use any Information and objects for any purpose other than in accordance with the terms of the Agreement. The disclosure of confidential Information or objects requires written consent by the other Party.

9.2 Exceptions

The confidentiality clause mentioned above under Paragraph 9.1 excludes:

a. Objects or types of Information which have been developed or are being developed by the receiving Party independently of any disclosure by the other Party;

b. Objects or types of Information which are part of the generally accessible state of technology or which reach this status without the fault of the receiving Party;

c. Objects or types of Information which were already in the possession of the receiving Party at the time of the announcement or

d. Objects or types of Information which were lawfully disclosed to a partner from a third party who is in lawful possession thereof without any commitment to confidentiality.

e. Objects or types of Information which is needed to be communicated to comply with applicable laws or with a court of administrative order.

9.3 Term of confidentiality clause

The above-mentioned confidentiality clause ends five years after the termination of the Agreement. The Parties shall impose the same confidentiality on all of their affiliates and subcontractors, their employees and any other personnel working for them, who may have access to confidential Information.

10. Provision of Services by the ELIXIR Hub

10.1 General obligation to provide services to the ELIXIR Node

The ELIXIR Hub’s general obligations with respect to all ELIXIR Nodes are described in general terms in ECA, Art. 3.3. The ELIXIR Hub’s obligations to provide technical and administrative services to the whole bioinformatics community and to the Node in particular is part of the ELIXIR Programme, as evaluated by the Scientific Advisory Board and adopted by the ELIXIR Board. The ELIXIR Hub is responsible in particular to

a. Convene the Head of Nodes Committee;

b. Support the ELIXIR Node in the aligning of national priorities; c. Coordinate joint applications for grants and other funding opportunities in collaboration

with other ELIXIR Nodes; and d. Provide technical and administrative support to the ELIXIR Node as appropriate and

stipulated in more detail in the ELIXIR Programme.

10.2 Hub Collaboration Plan

The specific services which the ELIXIR Hub provides to the ELIXIR Node form part of the Hub Collaboration Plan which is annexed to the Agreement and defines the nature of services to be delivered and their timeliness (Annex 3: Hub Collaboration Plan).

11. Governance

11.1 Head of Node

11.1.1 Appointment of the Head of Node

The ELIXIR Node appoints a Head of Node.

11.1.2 Role and tasks of the Head of Node

The Head of Node is the strategic contact point for the ELIXIR Director in all matters related to the Agreement. The Head of Node is an individual employed by a member of an ELIXIR Node (in case of a distributed Node normally the Representing Entity) with a seat in the Heads of Nodes Committee.

The tasks of the Head of Node include, but are not limited to the following:

a. Ensure and coordinate the delivery of all services provided by the Node as established by the annexed Service Delivery Plan;

b. Monitor the delivery of Commissioned Services; c. Become a member of the Heads of Nodes Committee as established by ECA, Art. 6.5

and participate in its meetings; d. Become a member of the Collaboration Oversight Group as established by Paragraph

11.2 of the Agreement and participate in its meetings; e. Ensure smooth information exchange related to ELIXIR both internally within the

Node and towards the ELIXIR Hub. The Head of Node reports any collaboration agreements with other Nodes within ELIXIR to the ELIXIR Director;

f. Inform the ELIXIR Director in the event of financial difficulties that could affect delivery of Services;

g. Ensure that the ELIXIR Director is informed of the use of the ELIXIR label in grant or further funding applications and has authorised it where necessary;

h. Monitor the compliance of the Node with the Agreement, ELIXIR Policies, national regulations and international best practices;

i. Monitor compliance with the Terms of Use as adopted by the ELIXIR Node; j. Monitor the internal quality assurance mechanism the Node has adopted;

k. Assist the Scientific Advisory Board in carrying out the scientific evaluation of the Node; and

l. Provide evidence to the Ethics Advisory Committee in carrying out a review of the ethical measures in place at the ELIXIR Node.

11.2 Collaboration Oversight Group

11.2.1 Composition

The Collaboration Oversight Group is established by the Parties and comprises the ELIXIR Director, the Head of Node and other individuals they may appoint.

11.2.2 Role and tasks of the Collaboration Oversight Group

The Collaboration Oversight Group is established to ensure a regular exchange of information, joint coordination and monitoring of tasks and responsibilities of the Parties. It may propose and initiate subsequent steps to further the collaboration of the ELIXIR Hub and ELIXIR Node. The rights and obligations of the ELIXIR Director and the Head of Node remain unaffected by the decisions of the Collaboration Oversight Group. The Collaboration Oversight Group shall:

a. Identify key performance indicators and establish target values which may be used for the assessment of the service delivery of the ELIXIR Node in accordance with the Service Delivery Plan and the Commissioned Services Contract;

b. Monitor the implementation of the Service Delivery Plan and the provision of the Commissioned Services and measure the progress of the ELIXIR Node by applying the established key performance indicators and target values;

c. Discuss breaches of the Agreement by the ELIXIR Node or breaches of the Commissioned Service Contract by individual members and outline possible consequences; and

d. Monitor the compliance of the ELIXIR Node with the ELIXIR Ethics Policy and other ELIXIR Policies.

11.2.3 Meetings of the Collaboration Oversight Group

The Collaboration Oversight Group shall meet at least once a year as well as at any reasonable request of any of the Parties, to follow-up and decide on all substantial issues that ensure the best implementation of the Service Delivery Plan and the Commissioned Services Contract. The Collaboration Oversight Group shall establish rules of procedure.

12. Assessment of the ELIXIR Node

12.1 Evaluation by the Scientific Advisory Board

The ELIXIR Node shall be evaluated by the Scientific Advisory Board [as determined by the ELIXIR Board]. Upon recommendation of the Scientific Advisory Board the ELIXIR Board shall decide whether it wishes to renew or terminate the Agreement (in whole or in part) with the ELIXIR Node.

12.2 Review by the Ethics Advisory Committee

The ELIXIR Node shall also provide the Ethics Advisory Committee with evidence and information concerning the ethical measures in place in order to ensure that they comply with the ELIXIR Ethics Policy as determined by the ELIXIR Board. Upon recommendation of the Ethics Advisory Committee, the ELIXIR Board shall decide whether it wishes to renew or terminate (in whole or in part) the Agreement with the ELIXIR Node.

13. Liability

13.1 Compliance with national rules and regulations

The Parties confirm that they will operate in line with any applicable national rules and regulations.

13.2 Limitations on liability

They will hold each other liable only for wilful injury or gross negligence. In the event of gross negligence, liability shall be limited to the contract-typical, foreseeable damage, unless it concerns a breach of essential contractual obligations. The same rules apply with respect to damage suffered by delegated personnel during the time of their delegation. Damage suffered by third parties will be borne by the Party whose personnel are responsible for it according to the applicable national laws.

13.3 Liabilities in case of a distributed Node

Pursuant to Paragraph 13.2, in the event that a distributed Node undertakes to jointly provide Services to the bioinformatics community, the members of the Node providing the Services are severally liable for any damage suffered by the ELIXIR Hub in relation to the Services provided.

14. Linked Third Party

14.1 Introduction

The ELIXIR Hub intends to apply for grants to the European Commission to support activities fostering ELIXIR’s mission. Grant agreements are usually signed by the ELIXIR Hub in its capacity as a coordinator who thereby becomes a beneficiary to the grant. ELIXIR Nodes, or more often individual members of the ELIXIR Node, should also be involved in the grant. If the beneficiary offers their involvement as Linked Third Parties (LTP), and if they qualify as such (e.g. specified in the grant agreement) this Paragraph ensures that each participating Node member is informed about its responsibilities as outlined below and agrees to them.

14.2 Legal Link in case of LTP involvement

The Parties assume that the Agreement serves as a legal link between the ELIXIR Hub and all members of the [country name] ELIXIR Node, which are mentioned as LTP in the grant agreement and which are represented by the Representing Entity, including, if applicable, the Representing Entity.

14.3 Responsibilities by LTP

In the event of participation of any or all members of the [country name] ELIXIR Node in a grant as LTP the participating Node member(s) ensure(s) that

• they fulfil the same conditions for participation and funding under the respective Framework Programme as the ELIXIR Hub in its function as beneficiary and as outlined in the grant agreement; and

• the EC, the European Court of Auditors (ECA), and the European Anti-Fraud Office (OLAF) can exercise their rights as defined in the respective grant agreement.

14.4 Liability in relation to participation as LTP

14.4.1 Any or all participating members of the [country name] Node ensure that

• they comply at all times with the terms and conditions set out in this Agreement and in the grant agreement when implementing the action tasks attributed to them;

• in case of their participation as LTP, they shall hold the ELIXIR Hub free and harmless against any and all claims or lawsuits or otherwise cost or damage, which may result from a failure to comply with the same.

14.4.2 The LTP shall compensate the ELIXIR Hub in its function as beneficiary for any damage it sustains as a result of

• the implementation of the action by the LTP and/or • as a result of recourse by the EC based on the grant agreement in such cases where the

damage was caused by the LTP.

15. Intellectual Property

15.1 Background

The Parties shall inform each other prior to the commencement of and continually throughout the duration of service, to the best of their knowledge and belief, of any Background Intellectual Property, provided that this is necessary for the conduct of service. Each of the Parties will inform the Hub of any legal restrictions of which they are aware that may affect the use of their respective Background for the provision of services.

In respect of any Background, information or other materials supplied by one Party to another hereunder, the supplier Party shall be under no obligation or liability other than as expressly stated herein and no warranty condition or representation of any kind is made, given or to be implied as to the sufficiency, accuracy or fitness for purpose of such information or materials, or the absence of any infringement or any proprietary rights of third parties or the other Parties, by the use of such Background, information or other materials and the recipient Party shall in any case be entirely responsible for the use to which it puts such information and materials.

15.2 Liability

The Parties cannot be held liable for acts or omissions committed by the Party performing work under the Agreement. They shall not be liable for any defaults of any products or services created on the basis of knowledge resulting from the collaboration, including, for instance, anomalies in the functioning and performance thereof, nor for claims of infringement of third party rights.

15.3 Indemnities

Each Party shall indemnify each other Party against all loss, damage or injury incurred by each such other Party resulting from any claim, complaint, proceeding or cause of action brought by a third party alleging or arising from (i) gross negligent or wilful misconduct or (ii) infringement of third party intellectual property rights by itself, its employees or its sub-contractors.

15.4 Publications

The Head of Node shall give prior notice of any planned publication arising from the direct support of ELIXIR such as through the provision of Commissioned Services or dedicated ELIXIR funds including a set of the data to be published to the other Party at least 30 days before this information is made public. Any objection to the planned publication shall be made within 25 days after receipt of the notice. If no objection is made within the time limit stated above, the publication is permitted. Any objections will be resolved amicably and are only valid when the objecting Party proves that their possible intellectual property protection and/or confidential Information possibly will be damaged by the publication. The objecting Party can request a publication delay of not more than 90 calendar days from the time it raises the objection. After 90 calendar days the publication is permitted, provided that Confidential Information of the objecting Party has been removed from the publication.Publications shall mention “ELIXIR”.

15.5 Inventions

The Parties agree that all Background shall remain the sole property of an owning Party unless the Parties have agreed otherwise. Inventions, including but not limited to research, processes, developments, ideas, discoveries, concepts, know-how, methodologies, models, database rights, design rights, etc. belong to the Party whose personnel or subcontractors have made them (“Inventors”). Joint inventions belong to the Parties according to the intellectual contribution of the Inventors. The Inventors will lay down their contributions in an invention record and the Parties, as the case may be, will agree in writing in each case on the procedures for the management of the intellectual property, the commercial exploitation and the sharing of cost and revenue.

15.6 Use of the ELIXIR label

Services that are part of the Service Delivery Plan and the Commissioned Services Contract may be labelled as “ELIXIR Services” by the [name of the country] ELIXIR Node and by the ELIXIR Hub.

Neither Party shall use the ELIXIR’s label in any grant application, press release or product advertising, or for any other commercial purpose without the prior written consent of the ELIXIR Director, as mandated by the ELIXIR Board.

16. Ethics

Services delivered under the Agreement shall be in line with relevant laws and regulations and that consider best practices as well as with the Ethics Policy adopted by the ELIXIR Board. The ELIXIR Hub shall remind the ELIXIR Node of its obligation to ensure compliance of all relevant laws and regulations (and, where applicable, local ethical guidelines) when handling, storing, or processing personally identifiable data resulting from biomedical research.

The ELIXIR Node is responsible to implement its own Ethics Policy in order to ensure that the services provided within ELIXIR comply with the ELIXIR Ethics Policy and national rules and regulations as well as international standards of best practice.

17. Term and Termination of the Agreement

17.1 Term of the Agreement

The Agreement shall be effective as of the Effective Date and shall remain valid for a period of 5 years. The Service Delivery Plan and the Commissioned Services Contract remain valid for the same period of time, unless otherwise stated in the respective annex or unless they have been amended and/or terminated in accordance with Paragraphs 6.2.3 – 6.2.5 and 6.3.5 – 6.3.7 of the Agreement.

17.2 Termination by the ELIXIR Node

The ELIXIR Node may terminate the Agreement at any time before the end of the term by giving at least twelve (12) months’ notice in writing to the ELIXIR Director.

In the case of a serious breach of the Agreement by the ELIXIR Hub, the ELIXIR Node may terminate the Agreement by giving at least three (3) months notice in writing to the ELIXIR Hub, as mandated by the ELIXIR Board.

17.3 Termination by ELIXIR Hub

The ELIXIR Hub, as mandated by the ELIXIR Board, may terminate the Agreement in case of a serious breach of the Agreement by the ELIXIR Node by giving at least three months notice in writing to the respective Head of Node.

The Agreement shall terminate immediately in the event that the ELIXIR Node ceases to comply with any one or more of the formal eligibility criteria as described in the ECA, which are the following:

a. be or be part of a legal entity with legal personality under its domestic law,or in the case of

multiple distributed research organisationswith the status of one ELIXIR Node, to have

created or appointed one accountable legal entity with legal personality under its domestic

law;

b. be located in an ELIXIR Member State and

c. be able to demonstrate its financial sustainability in view of the activities it proposes to

carry out for ELIXIR.

17.4 Requirements for renewal of the Agreement

The Agreement can be renewed by the Parties if the following cumulative conditions apply:

a. Receipt of an evaluation of the Scientific Advisory Board that supports a continuation of the collaboration;

b. Agreement by both Parties to renew the Agreement, which can be assumed once the

Agreement would expire in less than six months before the regular end of the Agreement

without any notice in writing from either Party to not renew the Agreement;

c. The ELIXIR Node continues to fulfil formal eligibility criteria as described under ECA,

Art. 8.3.b.

17.5 Replacement of Prior Agreement [if applicable]

The Parties acknowledge that the Prior Agreement is hereby replaced in its entirety by this

Agreement. With the Effective Date the Prior Agreement shall be terminated and all provisions of

the Prior Agreement are superseded in their entirety and replaced and shall have no further force

or effect.

18. General Provisions

18.1 Inconsistencies and severability

Should any provision of the Agreement become invalid, illegal or unenforceable, it shall not affect the validity of the remaining provisions of the Agreement. In such a case the Parties to the Agreement will try amicably to agree on a new clause retrospectively which will substitute the invalid clause.

Any loopholes shall be closed by mutual agreement to fit the original intent of the Parties.

18.2 Notices

Any notice to be provided under the Agreement shall be in writing to the registered addresses of the respective Head of Node or the ELIXIR Director.

18.3 Amendments

The Agreement may be amended in writing and by mutual consent of the Parties.

18.4 Assignment

The rights and provisions detailed in the Agreement can be assigned only with prior approval of the other party.

19. Governing Law The Agreement shall be construed in accordance with and governed by the laws of [please chose: England and Wales or Germany]. The delivery of ELIXIR Services by the ELIXIR Node shall be conducted in accordance with the applicable national laws.

20. Settlement of Disputes

Any dispute, controversy or claim arising out of or in relation to the Agreement, or the existence, interpretation, application, breach, termination or invalidity thereof, which is not settled through the good offices of the Chair or Vice-Chair of the ELIXIR Board, shall be settled on the basis of the PCA Arbitration Rules 2012. The number of arbitrators shall be three. The language to be used in the arbitral proceedings shall be English.

The appointing authority shall be the Secretary-General of the Permanent Court of Arbitration. Each Party shall bear its own costs of arbitration. The arbitral tribunal may apportion its costs between the Parties if it determines that appointment is reasonable, taking into account the circumstances of the case.

In witness whereof, the Parties have caused the Agreement to be executed by their duly authorised representatives as of the Effective Date.

[name of institute] The EMBL as part of and mandated

(Representing Entity) by the ELIXIR Consortium, hosting the

ELIXIR Hub

Date [Name] Date Niklas Blomberg

ELIXIR Director

2019-09-23 - SLU.SE

Documents

Transcript of 2019-09-23 - SLU.SE