МИТОГЕНОМИКА ПРЕСНОВОДНЫХ РЫБ СЕМЕЙСТВА КАРПОВЫХ (...
description
Transcript of МИТОГЕНОМИКА ПРЕСНОВОДНЫХ РЫБ СЕМЕЙСТВА КАРПОВЫХ (...
МИТОГЕНОМИКА ПРЕСНОВОДНЫХ МИТОГЕНОМИКА ПРЕСНОВОДНЫХ РЫБ СЕМЕЙСТВА КАРПОВЫХ РЫБ СЕМЕЙСТВА КАРПОВЫХ
( (CYPRINIDAECYPRINIDAE)) Луданный Р.И.,Луданный Р.И., Хрисанфова Г.Г.,Хрисанфова Г.Г., Столбунова В.В.Столбунова В.В.**, Слынько Ю.В., Слынько Ю.В.**, Рысков А.П.,, Рысков А.П.,
Семенова С.К.Семенова С.К.
Институт биологии гена РАН. 119334, Москва, улица Вавилова д. 34/5.* Институт биологии внутренних вод РАН. 152742, пос. Борок, Некоузский район, Ярославская область.
Carassius auratus L. NC_002079.1
Alburnus alburnus L. AB_239593.1
Barbus barbus L. AB_238965.1
Phoxinus phoxinus L. AP_009061.1
Leucisсus soufia L. AY_704459.1.
Список исследуемых представителей карповых рыбСписок исследуемых представителей карповых рыб
C. сarpio carpio L. (Волжский карп) AY345339
C. сarpio carpio L. (Немецкий карп) AY345338
C. сarpio carpio L. (Yangtze river carp) AY345331
C. сarpio carpio L. (Xingguo carp) AY345332
C. сarpio carpio L. (Qingtian carp) AY347296
C. сarpio carpio L. (Japanese Koi carp) AY347298
C. сarpio carpio L. (Purse red carp) AY347300
C. сarpio carpio L. (Big belly carp) AY347303
C. сarpio carpio L. (Yuanjiang River wild common carp) AY347302
C. сarpio carpio L. (Алтайский карп, чумышская и приобская популяции) Новосибирская область, Россия
C. сarpio carpio L. ( Черепетский карп, рамчатый и чешуйчатый) Черепецкая ГЭС, Тульская область, Россия
C. сarpio carpio L. (Ропшинский карп, линии ММ и ВВ) Ленинградская область, Россия
C. сarpio carpio L. (Ангелинский карп, чешуйчатый и зеркальный) Краснодарский край, Россия
C. сarpio carpio L. (Ставропольский карп) Ставропольский край, Россия
Список исследуемых пород и видов карпа Список исследуемых пород и видов карпа C. carpioC. carpio
• Какова вариабельность контрольного Какова вариабельность контрольного региона у карповых региона у карповых ??
• Как дифференцируются Как дифференцируются представители семейства карповых представители семейства карповых по контрольному региону по контрольному региону ??
Al1 1 Al2 1 Volga German R(BB) 1 R(MM) 1 St 1 Hu 1 Ch1 1 Ch2 1 An1 1 An2 1 As 1 Purse red carp 1 Yuanjiang Big belly carp 1 Yangtze Xingguo Xingtao Qingtian Japanese Koi Carassius auratus 1 Carassius auratus Barbus barbus1 Barbus barbus Phoxinus phoxinus Abramis brama 1 Abramis brama 2 Alburnus alburnus Leuciskus soufia Rutilus rutilus 1 Rutilus rutilus 299
99
99
99
99
99
99
92
98
95
85
79
73
9999
86
6198
69
4
23
0.000.050.100.15
01020
Общая длина
CR
Количество
идентичных сайтов
Число нуклеотидных замен
Число замен
(%)
Abramis brama 900 547 353 39,2
Alburus alburnus 933 547 386 42,9
Rutilus rubilio 932 547 385 42,8
Rutilus rutilus 931 547 384 42,7
Leuciscus sofia 927 547 380 42,2
Carassius auratus 931 547 384 42,7
German mirror carp 931 547 384 42,7
Japanese Koi carp 928 547 381 42,3
Phoxinus phoxinus 926 547 379 42,1
Qingtian carp 930 547 383 42,6
Russian carp 928 547 381 42,3
Volga carp 931 547 384 42,7
Xingguo carp 928 547 381 42,3
Yantze river carp 931 547 384 42,7
Yuanjiang river carp 928 547 381 42,3
Амурский сазан 928 547 381 42,3
Венгерский карп 928 547 381 42,3
Полиморфизм контрольного регионаПолиморфизм контрольного региона
ETAS
CSB F
CSB E
CSB D
CSB 1
CSB 2
CSB 3
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
ETAS CSB D CSB F CSB E CSB 1 CSB 2 CSB 30
0,5
1
1,5
2
2,5
3
Количество нуклеотидных Количество нуклеотидных замен в доменахзамен в доменах
Число транзицийЧисло транзиций █ █ и и трансверсий трансверсий █ █ в разных в разных доменах контрольного региона доменах контрольного региона
St 1
Ch2 1
Al2 1
Al1 1
Volga
German
R(BB) 1
An2 1
R(MM) 1
Ch1 1
As 1
An1 1
Purse red carp 1
Japanese Koi
Yuanjiang
Russian
Big belly carp 1
Yangtze
Qingtian
Xingguo
Carassius auratus 1
Carassius auratus 2
Barbus barbus 1
Barbus barbus 2
Phoxinus phoxinus
Alburnus alburnus
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Leuciskus soufia
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
2
Генетическая дифференциация карповых рыб на основании изменчивости в Генетическая дифференциация карповых рыб на основании изменчивости в CSB-ECSB-E домена контрольного региона домена контрольного региона
As 1
Hu 1
An1 1
An2 1
Al1 1
St 1
R(BB) 1
R(MM) 1
Ch1 1
Al2 1
German
Russian
Volga
Yangtze
Xingguo
Japanese Koi
Purse red carp 1
Big belly carp 1
Yuanjiang
Carassius auratus 1
Carassius auratus
Cyprinus carpio
Barbus barbus1
Barbus barbus
Qingtian
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Alburnus alburnus
Phoxinus phoxinus
Leuciskus soufia
0.02
Генетическая дифференциация карповых рыб на основании Генетическая дифференциация карповых рыб на основании изменчивости зоны предполагаемого промотораизменчивости зоны предполагаемого промотора
• Какова вариабельность двух Какова вариабельность двух митохондриальных генов митохондриальных генов coxcox IIII и и cox IIIcox III у карповых рыб у карповых рыб ??
• Как дифференцируются Как дифференцируются представители карповых рыб по представители карповых рыб по этим генам этим генам ??
1 2 3
1 pos
2 pos
3 pos
Транзиции (Тр) Трансверсии (Тв) Тр/Тв Транзиции (Тр) Трансверсии (Тв) Тр/Тв
1 pos 14 1 13,2 38 19 2,0
2 pos 2 1 4,1 9 3 2,7
3 pos 49 25 2,0 29 14 3,0
0
5
10
15
20
25
30
35
40
1 2 3
1 pos
2 pos
3 pos
Характеристика нуклеотидного разнообразия (в 1-ом, 2-ом и 3-ем положении кодонов) генов cox II и cox III в исследованной выборке карповых рыб
cox IIcox II cox IIIcox III
cox IIIcox II
Al1 1 Al2 1 Volga German R(BB) 1 R(MM) 1 St 1 Hu 1 Ch1 1 Ch2 1 An1 1 An2 1 As 1 Purse red carp 1 Yuanjiang Big belly carp 1 Yangtze Xingguo Xingtao Qingtian Japanese Koi Carassius auratus 1 Carassius auratus Barbus barbus1 Barbus barbus Phoxinus phoxinus Abramis brama 1 Abramis brama 2 Alburnus alburnus Leuciskus soufia Rutilus rutilus 1 Rutilus rutilus 299
99
99
99
99
99
99
92
98
95
85
79
73
9999
86
6198
69
4
23
0.000.050.100.15
01020
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
Alburnus alburnus
Phoxinus phoxinus
Carassius auratus
Barbus barbus
Cyprinus carpio
100
34
99
99
63
0.000.020.040.060.080.10
0510152025
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Alburnus alburnus
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
Leuciscus baicalensis
Phoxinus phoxinus
Carassius auratus
Barbus barbus
Cyprinus carpio
100
100
100
79
98
51
0.000.020.040.060.08
0510152025
Генетическая дифференциация карповых рыб на основании Генетическая дифференциация карповых рыб на основании изменчивости генов изменчивости генов cox IIcox II, , cox III cox III ии CRCR
cox IIcox II
cox IIIcox III
CRCR
• Какова скорость накопления Какова скорость накопления мутационных изменений в мутационных изменений в кодирующих и некодирующих кодирующих и некодирующих участках мт генома карповых рыб ?участках мт генома карповых рыб ?
• Применима ли гипотеза Применима ли гипотеза «молекулярных часов» для оценки «молекулярных часов» для оценки дивергенции карповых рыб ?дивергенции карповых рыб ?
Al1 1 Al2 1 Volga German R(BB) 1 R(MM) 1 St 1 Hu 1 Ch1 1 Ch2 1 An1 1 An2 1 As 1 Purse red carp 1 Yuanjiang Big belly carp 1 Yangtze Xingguo Xingtao Qingtian Japanese Koi Carassius auratus 1 Carassius auratus Barbus barbus1 Barbus barbus Phoxinus phoxinus Abramis brama 1 Abramis brama 2 Alburnus alburnus Leuciskus soufia Rutilus rutilus 1 Rutilus rutilus 299
99
99
99
99
99
99
92
98
95
85
79
73
9999
86
6198
69
4
23
0.000.050.100.15
01020
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
Alburnus alburnus
Phoxinus phoxinus
Carassius auratus
Barbus barbus
Cyprinus carpio
100
34
99
99
63
0.000.020.040.060.080.10
0510152025
Abramis brama 1
Abramis brama 2
Alburnus alburnus
Rutilus rutilus 1
Rutilus rutilus 2
Leuciscus baicalensis
Phoxinus phoxinus
Carassius auratus
Barbus barbus
Cyprinus carpio
100
100
100
79
98
51
0.000.020.040.060.08
0510152025
27 MY (Zardoya & Doadrio, 1999) Vcox II&cox III = 0.35 %/ MY; , Vcr = 0.7 %/MY
cox IIcox II
cox IIIcox III
CRCR
Генетическая дифференциация карповых рыб на основании Генетическая дифференциация карповых рыб на основании изменчивости генов изменчивости генов cox IIcox II, , cox III cox III ии CRCR
Европейский карп
Амурский сазан
Азиатский карп
0,4 млн. лет назад0,4 млн. лет назад 1,65 млн. лет назад1,65 млн. лет назад
СПАСИБО ЗА СПАСИБО ЗА ВНИМАНИЕВНИМАНИЕ