Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита
description
Transcript of Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита
![Page 1: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/1.jpg)
Тема доклада
«МОДЕЛИРОВАНИЕ ЦЕПОЧЕК ПЕПТИДА (VAL-THR)6 В ВОДНОМ РАСТВОРЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ»
Исполнительстудент группы 517 Третьяков Никита
Научный руководитель профессор Халатур П.Г.
![Page 2: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/2.jpg)
Введение
![Page 3: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/3.jpg)
Задачи Провести моделирование 2-х, 3-х и 4-х цепочек
(VAL-THR)6 в случаях параллельной и антипараллельной ориентации
Посмотреть, происходит ли образование вторичных структур. Если такие структуры образуются, то выяснить, стабильны ли они на времени МД-эксперимента
Сделать статистику по количеству элементов вторичной структуры в файлах МД-траектории. На основании этой статистики сделать вывод о присутствии различных мотивов вторичных структур на МД-траектории
![Page 4: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/4.jpg)
Явный учёт растворителяНеявный учёт растворителяЯвный и неявный учёт растворителя
![Page 5: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/5.jpg)
Параллельный и антипараллельный β-листы Основная цепь полипептида вытянута зигзагообразно. Несколько цепей могут быть упакованы плечо к плечу, и, сформировать структуру, представляющую собой серию складок
![Page 6: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/6.jpg)
Получение и начальная конформация цепочек Цепочки собирались в модуле PROTEIN из пакета TINKER,
начальная конформация достигалась с помощью модуля MINIMIZE из пакета TINKER
2 цепочки 3 цепочки 4 цепочки
![Page 7: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/7.jpg)
МД - эксперимент amber 96 схема неявного учёта воды SASA (с подобранными параметрами
гидрофобности / гидрофильности) NVT – ансамбль, T = 300 К термостат Берендсена алгоритм интегрирования Верле ПГУ 100 Å х 100 Å х 100 Å радиус обрезки потенциалов 45 Å
2 антипараллельные цепочки 3 параллельные цепочки 4 антипараллельные цепочки 4 параллельные цепочки
![Page 8: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/8.jpg)
Анализ вторичных структур
H tot - total number of Alpha Helixes G tot - total number of 3-10 Helixes I tot - total number of PI-Helixes E tot - totl number of Extended conformations B tot - total number of Isolated Bridges T tot - total number of Turns
C tot - total number of None of the above
73.10.1
0.126,7
2 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
74.8
8.4
16.8
3 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
78.6
0.1 12.6 8.7
4 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
74.1
0.1
0.1
25.7
2 Параллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
79.6
0.220.2
3 Параллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
80.7
19,3
4 Параллельные цепочки (данные в процентах):
H totG totI totE totB totT totC tot
![Page 9: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/9.jpg)
Что было сделано? Написана программа для подсчёта
статистики по МД-траектории Изучены цепочки (VAL-THR)6
![Page 10: Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062408/56813b69550346895da46ca9/html5/thumbnails/10.jpg)
Что планируется делать дальше?
Вместо конецевых групп (–NH2) и (–CO-CH3) пришить к концам цепочек тиофеновый блок и ПЭО