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IN’Tech Octobre
2003
des protéines aux gènes...
IN’Tech Octobre 2003
Partie II
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IN’Tech Octobre
2003
du protéome au génome
Proteome
Genome
gel 2D MS/MS
PepLine
génome annoté
IN’Tech Octobre
2003
Malate permease
protéome membranaire bactérien
un exemple
IN’Tech Octobre
2003
Malate permease
protéome membranaire bactérien
un exemple
MS/MS
IN’Tech Octobre
2003
identification de protéine : approche directe
protéine
fragments trypsiques
spectres MS/MS
SwissProt
P1P2
spectres théoriques
P1
P5
P9
protéines candidates
IN’Tech Octobre
2003
identification de protéine : approche indirecte
protéine
fragments trypsiques
spectres MS/MS
P1
P5
P9
protéines candidates
interprétation
GLL[SG]LAGP
SwissProt
P1P2
GLLG LAP [SG]
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IN’Tech Octobre
2003
Un court fragment peptidique
Deux masses flanquantes de séquence inconnue
PEPTIDESEQUENCETAG
W M P
P M W ? ?
100 200 300 400 500 600 700 800 900 10000
100
%
554.33
685.37
871.46
1000.49
438.2 Da129.1Da
étiquette peptidique (PST)
IN’Tech Octobre
2003
« Mapping » d’un PST sur une séquence protéique
...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR...
675 916
SwissProt
Protéine 1
Protéine 2
Protéine 3
Protéine N…
Identification de protéines
Taggor + PepMap = PepLine
ESV
IN’Tech Octobre
2003
Taggor + PepMappro = PepLinepro
« Mapping » d’un PST sur une séquence protéique
...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR...
675 916
SwissProt
Protéine 1
Protéine 2
Protéine 3
Protéine N…
Identification de protéines
ESV
IN’Tech Octobre
2003
Spectres MS/MS
1) interprétation partielle des
spectres
PSTs
SéquencesGénomiques
Chr 1
Chr 2
Chr 3
Chr M…
Gene
localisation des gènes
2) Localisation et clusteringdes PSTs
on passe aux gènes...
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IN’Tech Octobre
2003
+3
-1
PepMapGene
chromosome
+1+2traductions
-2-3
traductions
PST
IN’Tech Octobre
2003
PepMapGene
+3
-1
chromosome
+1+2traductions
-2-3
traductions
PST
cluster
procaryote
IN’Tech Octobre
2003
PepMapGene
+3
-1
chromosome
+1+2traductions
-2-3
traductions
PST
cluster
eucaryote
exons
IN’Tech Octobre
2003
TranslatedChromoso
me(6 frames)
Cluster
Chromosome EXON EXON EXONIntron Intron
Gene
2 – localisation des séquences codantes (PSTs clustering)
EXON EXON EXON
Complete match Partial match
1- localisation des PSTs sur une séquence génomique eucaryote
EXON EXON
No match !
PepMapGene
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2003
LCU0134 (nanoLC-MS/MS analysis)
Frame +1
Frame +2
Frame +3
Frame -2
Frame -1
Frame -3
Arabidopsis thaliana Chromosome 1 11300 PSTs
application
PepLine
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MS/MS spc0300117
MS/MS spc0300222
Intronchloroplast innerenvelope protein
application
IN’Tech Octobre
2003
PepLine + GenoStar = GenoMap
JAVA
GenoCore
GenoMap
IN’Tech Octobre
2003
Objects organized in collection
List of objects(nanoLC runs)
GenoMap
PepMap task : logical decomposition
IN’Tech Octobre
2003
Malate permease
GenoMapPST
IN’Tech Octobre
2003
Thierry VERMATMarielle VIGOUROUX
Hélène RIVIERE-ROLLANDYves VANDENBROUCK
Romain CAHUZACMyriam FERRO
Gilles ANDRÉEmmanuelle MOUTON
Christophe BRULEYJérôme GARIN
Erwan RÉGUEREstelle NUGUES
Alain VIARI
Le village