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Detección de mutaciones con Detección de mutaciones con tecnología CLARTtecnología CLART
enen
Biopsia LíquidaBiopsia Líquida
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Biopsia LíquidaBiopsia Líquida
Detección de mutaciones con Detección de mutaciones con tecnología CLARTtecnología CLART®®
enen
Biopsia LíquidaBiopsia LíquidaBiopsia LíquidaBiopsia Líquida
2015 Considerada una de las 10 tecnologías más innovadoras del 2015 por la revista
Biopsia Líquida
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Considerada una de las 10 tecnologías más innovadoras del 2015 por la revista
Biopsia Líquida
Biopsia Líquida: ADNtc
3 biomarcadores:1. ADNtc2. CTC3. Exosomas
ADNtc
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Las células tumorales liberan pequeños fragmentos de ADN
Fácil análisis a partir de una muestra de sangre
ADNtc
Biopsia Líquida: ADNtc ¿utilidad?
Detección temprana de mutaciones asociadas a respuesta a tratamientos
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Detección de RESISTENCIAS a los fármacos administrados
Ver la heterogeneidad del tumor: DIFERENTES CLONES
¿utilidad?
Detección temprana de mutaciones asociadas a respuesta a
a los fármacos administrados
Ver la heterogeneidad del tumor: EVOLUCIÓN DE LOS
Retos Tecnológicos de la B
Extracción del ADNtc: separación del plasma y
Tipo de muestra a la que nos enfrentamos
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Sensibilidad y especificidad requerida
Viabilidad del ensayo en un entorno clínico
de la Biopsia Líquida
y extracción del ADNtc.
1. Extracción del ADNtc
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
ADNtc
Punto crítico independiente de la técnica de detección:
Separar el plasma.
Requisitos a cumplir:Requisitos a cumplir:� Tiempo de procesamiento
� Centrifugaciones,
� Calidad del método de
extracción
Retos Tecnológicos de la B
Extracción del ADNtc: separación del plasma y
Tipo de muestra a la que nos enfrentamos
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Sensibilidad y especificidad requerida
Viabilidad del ensayo en un entorno clínico
de la Biopsia Líquida
y extracción del ADNtc.
2. Tipo de Muestra
ALTO NIVEL DE FRAGMENTACIÓN (180-200pb).
206pb óptimo para seguir con la adaptación de la tecnología CLART®
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
la tecnología CLART®
Hemos determinado la viabilidad de nuestra tecnología teniendo en cuenta la fragmentación del ADNtc de estas muestras.
ADNtc vida media corta:
Manipulación de las muestras.
2. Tipo de Muestra: concentración y cantidad
23%
35%
5%-5ng/ul
20-100ng
0,05-0,5ng/ul1-10ng
10ng/ul200ng
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
95% Pacientes: 1ng-100ng (0,05-5ng/ul)
Individuo sano: 1-4 ng (0,03-0,13ng/ul)
37%0,5-1ng/ul10-20ng
2. Tipo de Muestra: concentración y cantidad
Estandarizar CLART® para que se
adapte a todas las muestras de
ADNtc obtenidas desde 1.5-2 ml de
plasma:plasma:
• Concentración mínima ADNtc
• Cantidad ADNtc
Retos Tecnológicos de la B
Extracción del ADNtc: separación del plasma y
Tipo de muestra a la que nos enfrentamos
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Sensibilidad y especificidad requerida
Viabilidad del ensayo en un entorno clínico
de la Biopsia Líquida
y extracción del ADNtc.
3. Sensibilidad y Especificidad: EGFRTECNOLOGÍA
BIOPSIA SÓLIDASENSIBILIDAD
BIOPSIA SÓLIDACUALIFICACIÓN TÉCNICA
SENSIBILIDADBIOPSIA LÍQUIDA
qPCR INTERMEDIA
1%-5%
ARMS-PCR+qPCR INTERMEDIA
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
1%-5%1%-5%
Por determinar el significado clínico
Compact qPCR INTERMEDIA
PCR DIGITALINTERMEDIA
CLART-EGFR(ARMS-PCRMicroarrays)
INTERMEDIA
3. Sensibilidad y Especificidad: EGFRSENSIBILIDAD
BIOPSIA LÍQUIDA
5%
� 40 dianas a determinar en un mismo
ensayo: exones 18, 19, 20, 21
�Incluimos un paso de pre-amplificación
específica para aumentar la sensibilidad,
y además te permite tener muestra
suficiente para repetir el ensayo o incluir
nuevas dianas en el mismo
5%determinar el
significado clínico
�Aumento de la sensibilidad en la
detección de la mutación T790M en el
paso posterior a la pre-amplificación
�Cualificación intermedia para la
realización de la técnica: fácil implantación
en un hospital.
Extracción y purificación del
ADN
Muestra
Tecnología CLART
Biopsia SólidaMultiplex-PCR
Amplification del ADN ARMs
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
QiAmp DNA FFPE.2,5hs
Tejido incluidoen parafina o
fijado con formalina
2,5hs
Visualización de Microarrays
Tecnología CLART® / Biopsia Sólida
Mutación Resultado Controles
Exón 18 Negativo Conforme
G719C (c.2155 G>T) Negativo Conforme
G719S (c.2155 G>A) Negativo Conforme
G719A (c.2156 G>C) Negativo Conforme
del
Deleción exón 19 POSITIVO Conforme
Exón 20 Negativo Conforme
Inserción exón 20 Negativo Conforme
S768I (c.2303 G>T) Negativo Conforme
T790M (c.2369 C>T) Negativo Conforme
Exón 21 Negativo Conforme
L8561Q (c.2582 T>A) Negativo Conforme
L858R (c.2573 T>G) Negativo Conforme
Tecnología CLART®
Obtención del plasma a partir de sangre.
Extracción del ADN circulante a partir del plasma.Proceso de pre-amplificación:
+ sensibilidad+ especificidadDetección de las mutaciones en EGFR Detección de las mutaciones en EGFR
asociadas al Cáncer de Pulmón asociadas al Cáncer de Pulmón
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Multiplex específica de las mutaciones.
ARMS-PCR específicamutaciones en EGFR
Visualización en arraysdensidad (CLART®
Nuevo primer de amplificación para la mutación T790M
® / Biopsia Líquida
Extracción del ADN circulante a partir del plasma.
Pre-amplificación delos genes de interés.
Primersgenéricos de
los exones 18, 19, 20 y 21 de EGFR
amplificación:+ sensibilidad
+ especificidadDetección de las mutaciones en EGFR Detección de las mutaciones en EGFR asociadas al Cáncer de Pulmón asociadas al Cáncer de Pulmón NNo o MicrocíticoMicrocítico..
arrays de baja densidad (CLART® technology)
Plataforma CLART Strip®
(CS) en forma de tira de 8 pocillos
Lectura automática de los resultados.
de amplificación para la mutación T790M
3. Sensibilidad y Especificidad
CLART®
SENSIBILIDAD EN BIOPSIA LÍQUIDA: >95%
Habiendo al menos un 2-3% de mutación presente.
CLART®
SENSIBILIDAD EN BIOPSIA SÓLIDA: >95%
Habiendo al menos un 1-5% de mutación presente.
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
PreAmp- CLART®
Objetivo: alcanzar la misma sensibilidad que tenemos en biopsia
sólida (1-5%) incrementando la sensibilidad en T790M (2%)
Objetivo: alcanzar la misma especificidad que tenemos en biopsia
sólida (>98%). No se han obtenido falsos positivos en Biopsia
Líquida
PreAmp- CLART®
Objetivo: alcanzar la misma sensibilidad que tenemos en biopsia
sólida (1-5%) incrementando la sensibilidad en T790M (2%)
Objetivo: alcanzar la misma especificidad que tenemos en biopsia
sólida (>98%). No se han obtenido falsos positivos en Biopsia
Líquida
3. Sensibilidad y Especificidad
MÉTODO CONTROL
NGS sensibilidad 1-5%(10ng muestra)
biopsia
biopsia
Biopsia
biopsia
biopsia
Biopsia
CALIDAD DEL RESULTADO ASEGURADO CON UNA
PROFUNDIDAD DE 15000 LECTURAS
CENTROS COLABORADORES
• HOSPITAL UNIVERSITARIO VALL D´HEBRON
• HOSPITAL CLINICO SANCARLOS
• HOSPITAL UNIVERSITARIO 12 DE OCTUBRE
• HOSPITAL UNIVERSITARIO PUERTA DE HIERRO
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
CENTROS COLABORADORES
HEBRON
HOSPITAL UNIVERSITARIO 12 DE OCTUBRE
HOSPITAL UNIVERSITARIO PUERTA DE HIERRO
Retos Tecnológicos de la B
Extracción del ADNtc: separación del plasma y
Tipo de muestra a la que nos enfrentamos
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Sensibilidad y especificidad requerida
Viabilidad del ensayo en un entorno clínico
de la Biopsia Líquida
y extracción del ADNtc.
4. Viabilidad del Ensayo
Diagnóstico rápido y
específico desde 1,5-2 ml
plasma
Detección múltiple
varias dianas en un solo análisis
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
Laboratorio de biología
molecular
4. Viabilidad del Ensayo
Detección múltiple de
varias dianas en un solo análisis
Alta Sensibilidad (2-
3%) y especificidad
(100%)
ADAPTABLE A LAS NECESIDADES DE LA CLÍNICA
Tiempo de procesamiento:
< 5 horas
4. Viabilidad del Ensayo
CUALIFICACIÓN DEL PERSONAL PARA LLEVARLO A CABO.
Técnico de laboratorio
(adición de
muestra, lavados
similares a la técnica
ELISA).
Interpretación
automática de
resultados
Equipo automático
que procesa hasta
96 muestras
PCR.
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
ELISA). PCR.
4. Viabilidad del Ensayo
CUALIFICACIÓN DEL PERSONAL PARA LLEVARLO A CABO.
Equipo automático
que procesa hasta
muestras desde
PCR.
FLEXIBILIDAD PARA AÑADIR NUEVAS DIANASFLEXIBILIDAD PARA AÑADIR NUEVAS DIANAS
COSTE DEL ENSAYO
PCR.
30-40% inferior al de tecnologías similares30-40% inferior al de tecnologías similares
CLART® CMA EGFR: Disponible en biopsia líquida
Detección y diferenciación de 40 mutaciones puntuales,
en pacientes con cáncer de pulmón no microcítico.
CLART® CMA KRAS·BRAF·PI3K:
Detección y diferenciación de 15 mutaciones puntuales asociadas a
metastásico.
CLART CMA oncología
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
metastásico.
CLART® CMA NRAS·iKRAS:
Detección y diferenciación de 10 mutaciones puntuales asociadas a
metastásico.
CLART® CMA BRAF·MEK1·AKT1:
Detección y diferenciación de 6 mutaciones puntuales asociadas a respuesta a
Disponible en biopsia líquida
y diferenciación de 40 mutaciones puntuales, deleciones e inserciones asociadas a respuesta a terapia
y diferenciación de 15 mutaciones puntuales asociadas a respuesta a terapia en pacientes con cáncer de colon
y diferenciación de 10 mutaciones puntuales asociadas a respuesta a terapia en pacientes con cáncer de colon
y diferenciación de 6 mutaciones puntuales asociadas a respuesta a terapia en pacientes con melanoma.
Rutina de diagnóstico según el modelo ACCE para la evaluación de
genéticos
Criterio
ACCE.
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
ACCE.
Ético, Legal y Social.
Rutina de diagnóstico según el modelo ACCE para la evaluación de test
genéticos.
Grado de precisión por el que un test detecta la presencia o ausencia de una mutación.
¿Son las variantes destinadas a ser identificadas por el test ¿Son las variantes destinadas a ser identificadas por el test asociadas con la enfermedad?
Cómo puede ser gestionado el riesgo de enfermedad
Ético, Legal y Social.
Gracias por su atenciónGracias por su atención
GENOMICA S.A.U.
I Simposio de Biopsia LíquidaDetección de Mutaciones en Biopsia Líquida
GENOMICA S.A.U.Parque Empresarial Alvento, Edificio B
Vía de los Poblados 1, 1ª28033-Madrid
Tel: 91 674 8 990www.genomica.com
Gracias por su atenciónGracias por su atención