Transcript of detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse opnames
- 1. Kenneth Devloo
Master Computerwetenschappen: Mens-machine communicatie
Promotors:
Prof. dr. ir. Philip Dutr
Prof. dr. ir. Abram Aertsen
Detecteren en tracken van bacterile cellen in time-lapse
opnames
- 2. Inhoud
2
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 3. Inhoud
3
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 4. Inleiding
4
Doel
Video en Uitdagingen
Bestaandetoepassingen
- 5. Inleiding: Doel
5
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
Nieuwalgoritme
Accuraat
Implementatie
- 6. Inleiding: Doel
6
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
- 7. Inleiding: Video en uitdagingen
7
- 8. Inleiding: Bestaandetoepassingen
8
Cell Profiler
CellTracer
- 9. Inleiding: Bestaandetoepassingen
9
Cell Profiler
CellTracer
- 10. Inhoud
10
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 11. Algoritme
11
Preprocessing
Detectie
Beschrijving
Tracken en correctie van detectie
Correctie op segmentatie
- 12. Algoritme: Preprocessing
12
- 13. Algoritme: Detectie: Threshold
13
- 14. Algoritme: Detectie: Breedte
14
- 15. Algoritme: Detectie: Cellen
15
- 16. Algoritme: Beschrijving
16
- 17. Algoritme: Tracken
17
Voorbereiding
Driebouwblokken:
Matchen
Correctie op score
Correctie op detectie
- 18. Algoritme: Correctie
18
Restoratievanafeenskelet
Na tracking!
- 19. Inhoud
19
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 20. Implementatie
20
Technologie
Gebruikersinterface
- 21. Implementatie: Technologie
21
C++
OpenMP
Qt
Graphviz
Implementatie preprocessing
Portabel
Snel
- 22. Implementatie: Gebruikerinterface
22
Input, Detectie
- 23. Implementatie: Gebruikersinterface
23
Lineage, opties
- 24. Aanpak: Gebruikersinterface
24
- 25. Inhoud
25
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 26. Resultaten
26
Positief
Correct op gewonecellen
Robuusttegenkwaliteitsverlies
Hogeaccuraatheid
Snel op eenvoudigebeelden
Negatief
Sneluitbreidendepopulaties
Lange cellen
Populatiebuitenbeeld
Somsaanpassing parameter
- 27. Inhoud
27
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 28. Toekomstigwerk
28
Deel van het algoritme
Accurater op pixelniveau
Iteratiefdeel
Visualisatie
Lineage
Alternatieven
- 29. Inhoud
29
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
- 30. Besluit
30
Doel: Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
Geslaagd
Accuraat
Volledigeimplementatie
- 31. Vragen?
31
- 32. Volledige lineage
32
- 33. Radiaal
33
- 34. 34
- 35. Skelet
35
- 36. 36
- 37. 37
- 38. 38
- 39. 39
- 40. 40