Post on 13-Jan-2016
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利用 SAS 统计软件定位家畜群体的 QTL
报告人 : 殷 宗 俊
安徽农业大学动物科技学院
报告内容
用于 QTL 检测定位的资源群体类型 .
家畜群体 QTL 检测定位的方法和手段 .
利用 SAS 统计分析软件进行 QTL 检测定位 .
实例分析 .
一、用于 QTL 定位的资源群体
QTL 定位主要是确定其在连锁图上的位置，定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性，其基本步骤为：
资源群体构建资源群体构建 (( 试验设计试验设计 )→)→ 数据收数据收集→构建标记连锁图谱→标记集→构建标记连锁图谱→标记 -QTL-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。连锁分析或连锁不平衡分析及定位。
资源群体类型
近交系杂交 分离群体
BC设计
TC设计
F2设计
重组近交
FS设计
HS设计
孙女设计
动物模型
二、家畜群体 QTL 定位的方法和手段1. 现状 目前，用于分离群体 QTL 区间定位的统计
方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，在使用上存在许多不便：专用性太强；对分子与表型数据的录入要求十分严格；输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。
u
2u
)
SAS 统计软件的强大功能SAS 统计分析软件具有强大的计算分析功能，并具有易编程和直观易懂等优点。
1) Proc mixed;
2) Proc nlin;
3) Proc ilm;
4) SAS Macro
三、回交群体的 QTL 分析
Proc Nlin;R=0.30; /* Recombination fraction from the linkage map */parms a=1 r1=.15 mu=0;bounds 0 <= r1 <= R;r2=(R-r1)/(1-2*r1);if M=1 and N=1 then x=r1*r2/(1-R);if M=2 and N=2 then x=1-r1*r2/(1-R);if M=1 and N=2 then x=r1*(1-r2)/R;if M=2 and N=1 then x=r2*(1-r1)/R;model y=mu-a*x;run;
1 、 SAS 程序（最小二乘分析）
运行结果Gauss-Newton Iterative phase
Iter r1 a Squares
0 0 1.0000 2069.6
1 2.0540 1.5945 1489.4
… … … …
8 0.2550 3.6547 89.1923
9 0.2619 3.5742 89.0796
10 0.2618 3.5755 89.0796
11 0.2619 3.5755 89.0796
标准差与置信区间Approx
Parameter Estimate Std Error CI(95%)
r1 0.2619 0.0683 0.2115 0.3122
a 3.5755 0.5627 1.7279 5.5866
四、半同胞群体的 QTL 分析
分析模型：
通用 SAS 程序编制 程序中考虑了双侧翼标记单个区间的
情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。 QTL 区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。
sjksjssjk eZSY 1
混合模型过程的最大似然求解proc mixed data=sire method=ml;class sire;model y=sire;run;
proc mixed data=sirel method=ml;by l1;class sire;model y=sire;random z1*sire;run;
运行结果
Obs L0 interval L1 LA LRT
1 24062.46 1 0.0001 24028.12 34.3348
2 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.4966
3 24062.46 1 0.0201 24021.91 40.5500
4 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.3876
5 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.8991
6 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.9816
7 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.5503
8 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477
9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.9498
10 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.7674
11 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.0430
12 24062.46 1 0.1101 24013.62 48.8440
LRT 剖面图
30
35
40
45
50
55
0.0001
0.0101
0.0201
0.0301
0.0401
0.0501
0.0601
0.0701
0.0801
0.0901
0.1001
0.1101
重组率
LRT
五、应用总结
SAS 软件能进行一般群体的 QTL 定位研究。
Proc iml 和 SAS 宏能解决极复杂计算过程。
可以在统计基因组学的多个方面扩展应用。
谢谢大家！